MSTRG.13366.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13366.1.p1
Unique NameMSTRG.13366.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000105_pilon:878869..888592+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13366.1.p1 ID=MSTRG.13366.1.p1|Name=MSTRG.13366.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9724bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000105_pilon:878869..888592+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTTTAAACTACCATAGAAAATTCTAAAGATACGAAAACATGGAGGATCAG
TTTCCTATtattgatatttcaaaattagttGCAAGCCAAGGTAAAGATGA
AACCATTCTCAAGGAAACTGCCAATGAACTCATGGATGGTTTCTCAAAAT
GGGGTTTCATTTATTTGAAAGGACATCCAATAACTGAagaatcaatcgag
aaaatGTTTCAAGATTCAGAAGCATTCTTCAAGCAACCTGTGGAAAAGAA
GAATGAAGTTTTGATGAATAGCAGGGATACAGATTACATCATTGGATATG
TACCATTCAAAAAGGAGACCTTTGATGCATCCAAACCGTTCGATTTGAAG
GAAGCCTTCGACTATATGCACCACATGCGACCagagatgaaatcaaaatt
atcacCTGAATTTTTCGAGCTTTTTAGGAACTTTTTTACGCAATGTCATG
ATTTGACGTTCTTGATTTTTCGGTTGTTGGCAATATCGTTGGATCTTGAA
GACTTAGAGTTCTTTCACAAGGCTCATGATAAGTTGGGACGGTTAGGAAA
CACAACTCTTCTACGATCACTTTATTATCCAGCTGTGGAGCGATCAGATA
TCTTAGAGGAACAAAGCAGATGTGCTGAGCATACTGACTATGGCACAGTC
ACTCTTCTCTTTCAAAATTCTGGTGGTCTAGAGGTAAAATTTCTGTTTTT
GTAATTTAGAGATCAGATAGATACCTCTTTAGGcgtaaaaagatgaaaaa
tagacCGTTCACaaaaaaaGACCTTATCTGTGGATTAATGATAAGAGCAT
GTTGAATTCATAGTCGATGGAGGTGGATTTAGACAGAAACTTGAGACATT
AGCATCTATGCTAGAAATTGtgcttttataaaaactagaatgTTCCGCGC
AGctaatctgccattatggaataaAATACGGAACCAaagcaaaatagata
aaataaacaaagtagATACTGAGTATCCTTGTAAATATTAACATCCCCCT
TGAGGgcaactttctcctttttactTTTGTCCAAAGAGAAATTGTTCGAA
TTTGAGTAGatactttttttggtggttTCGTAAAGATATCAGCAACATTG
TCCCCGGACGGGACATAATCTAACAAAATACTTCCTTCATCATAACATTC
CCTAATGAAGTGGTAGCGGATATCTATATGCTTCGCTTTCGTATGCTTCA
CAGGATTCTTTACGAGTGCTAAGGCACCCTGATTGTCATTTTTGACAATA
ATTGGTTGCGTTTTCGATTGGAGTAATTCGTTGATCAAACGATTGAGATA
AATTGTCCTTGACAAGTAAGATATAGCCATGTACTCAGCTTCACGTGGAT
AAAGCGACAGACGACTGCTTCTTAGACTTCCAACTGACAGCAGGACCTTC
TGGGTTGAGACTAATAGAGTATCCGGTACGCTTCGGCGGTCTTCCACAGA
TTTAGCCCAATCGGCGTCGCTGAATGCATGAACACGAAGAGGGGTTGATG
ACTTTCGGAAGCAACTTGCGATCAATAGTCTTCTTGCGTACTGGAAGACA
TGTTTTTCATTGCGCAATCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNCCATATGGGCTGGTGTCTGCAAAGAACTTTTCGGTGGCTTTCACA
GCATCTGACTTCTCCTTGAGAAAGTAGGTAAATGAGCAGCTTGAGTAATC
GTCAACAAAGATCATGGCATATCGATATCCCTCTTTGGCAACTGGGTCCA
CAGGTCCAGCAAGATCAGTGTGAATAAGCTCAAAGGGTTTGGTTGCTCTG
ATGTCTGGATCAACATTTCGAGTGTTTGTTTGTTTGGATAAAACACAGGT
TTCACAGTCGAATGGCTTTGACTCTGTAATAGTCATCCCCTGGACGACAT
TTTCTAGACTTTTCACATCAGATAAATTACAATGTCCCAAAATTTTGTGC
CAAGTTTCAAGACTTTCTTTACGACTGGTATTTTCTGACGATTTGCATAG
GTAGTAGAGACGAGCATGTTGTACAAAGGGAAAAGACGTTCCATTGTAAA
TAAGGTTTGATTTTTCGCCATCAAAAATTACTTTGGCTCCTTTTTCGAGT
GCTCGTCTAACTGAAAATATGGATTGCGGAAATGAAGGTACATACAGGGT
ATTTTCCAATGTTGCTTTAACAATCTTATTGTCAGATGTACGCAAAGAAA
TTAACACTGTCCCTCTTTTCTTTGCTAAATTATTGACAAGAGATCCATCT
GCAAGCTCGATGTAATGGTTTTCCGGTTTGAAATCGTCATCGGTGGATAT
AAAATTTGCATCGGTATTGACCATGTGAGATGTGGCACCACAATCCACTA
AAAAGGTATCAATATCAGACATAAGTTTTAAGTTATTGTCGTTGTCATCA
CATTTAAAAGCAAAACTGTGGTCTGCTTCGTCAAGATTTCCTGCTTTCTT
TGATgagctttttgatttttcgacaatttgattCACCAAATGCGTCGAAG
ACTTGCAATGAGAGCAGTATTTTCGATTTGCTTTGGTTTGGTGCAATTGG
TGCTTTGTGTCCTGGGATTCCACAGTTGTAGCAAGTAACTTTAGAACGAT
GATGCTGGTCGTTGGTTTCATGACAGAGTTTTTATCAGGTTGTACTTGTC
CAGCAGAACGTTGAGATCTGGCATTTTCAGtgtcttcaaatttttcaaag
tttgtttaaatttttgaaaatcttggatGATTTCTTCAGATTGGGTTGTA
AGTGCTATGAATGATTGGTATTCGTCTGGTAGCCCCTTAACAACCATGGA
CAAGGAGGCCATCGCTAACCGTTCCTTTGACATACGAAGTGCATTTGCTG
CAGATTCGGCTCGTAGAACGTAGTCAGTAATGGTTTCATTAGGTTTTTTC
TTCAGCGAAGTGAGCTGGGTATAAAGTGTGATAATTCGGGCTTTACCACT
GCCTGCGTAATGTTCTCGAGTATTTGGAATGCTTTACGTCCATCATCTCT
TGCATCTCTCATTATCAAGGAGATAGAACGTTCATCAAGTACTTGAATAA
GCTCAGCAAAAGCAAGTTCCTTGTTGTCGGCGGAAACATCATCTTCacca
acaaaaatgtttttgagttttctaaTCTTCATGTATCCAAGGAATTTTAC
TTCCCACAGttcaaattttcgttcgtcTCCGTCAAACGTAATGTTTTTCC
AGTGTGTGTTGGCACTGGGCCCATAACCTGTTGAATTCATAGTCGATGGA
GGTGGATTTAGACAGAAACTTGAGACATTAGCATCTATGCTAGAAATTGt
gcttttataaaaactagaatgTTCCGCGCAGctaatctgccattatggaa
taaAATACGGAACCAaagcaaaatagataaaataaacaaagtagATACTG
AGTATCCTTGTAAATATTAACAGAGCAGTGAAACTAATCATTGCAAGAAA
TGCGAGCCACCGGCTGATAATTAACTTTCAATCTCCAATAACAAATCTGG
GAATAAGATCTTCACCGGGAGGCTATATATATTGAGTATTATACCATGTC
ACATTGTCTAAAGCATTTACACCAAAAAATGTCGACTTGTATCGGAGAAG
ATAGGTTTTTATATAGCGTGGTTAAAACTCATGAAGGTCCCGGGGGGGGG
TACTACCCTTGTCGACCGACGGAGGTGCTCCGCTGAGGTTCGAAAAATGG
ACCCTACGTGGGACTGAAATTCCAAAATTTTCTCAAATTTTCTACTTTTT
CCCTAAATTTTCCAAAAATAGGCACCCTACGAGGGACCGATTTTTCTATT
TTGGTGTTTTTGCGACCCTACCTGGGACTTGTGGAGGTTAAAAAAGGTAC
CCTGACCAGCGGAGCATCCCCGTAACCCATCTTGCCCTAGTATTAAGGTA
CATTTCTTCAAAGTGAATCGTTGTGTTGAAACAGCTGTCTTGATTTGATT
ATGCTTAGTAGCCATTACATTgtaatcatttttgtttttaggtcAAGTCA
CCATCAGGAGATTTCATCAAAGCTAAAGTAATTCCTGGTACCATAGTTGT
CAACGCTGCAGATTTGATGGAACGATGGGCTAGCGGAAGAATCAAATCGA
CACCACATCGAGTCACTATCCAAACAGATATGTCGAAACCAAGACAATGT
TTGGCTTTCTTTGTATCACCAGATAATGATTGTCTGGTCGAATGTGTGGA
TGGGTCTGATAAGTATGAACCAATCAACTCTTATGATTATTTGGATAGAC
GTTTCAAAGAGACTTTAAGCAAAAATTGATCGCTTTGAAGTCATCTATAA
TGTcggtcgaaatatattgggaattttggttaattcctcctTTTAGctat
ttaaagttcgggcgagaaagtggtttttgggctaattgatattCGAATAG
TTCAATTCGGGAGAAGTTTATAGACTTGCAGGCTATATtttgagccctat
tggaccattcttggacttttgaATCCTCATATCCTAAGCTctttaagtct
taagtctagcgttaaaactcagactTAAAACTTTACCCGTCCAACATAAT
TTAGaacgcttccaaatcgtttgtggttgtaagatttcgtgggaatttcc
cttttttctcaaaaccttgATTGTATTTCTTTGCAAAATTTGCAATCTTA
TAACTACAACataaatttaaaattccataggctatagaaataattttaaa
taaaaacataaaatacatCAACTG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000105_pilon:878869..888592+

>MSTRG.13366.1.p1 ID=MSTRG.13366.1.p1|Name=MSTRG.13366.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1866bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000105_pilon:878869..888592+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAGGATCAGTTTCCTATtattgatatttcaaaattagttGCAAGCCA
AGGTAAAGATGAAACCATTCTCAAGGAAACTGCCAATGAACTCATGGATG
GTTTCTCAAAATGGGGTTTCATTTATTTGAAAGGACATCCAATAACTGAa
gaatcaatcgagaaaatGTTTCAAGATTCAGAAGCATTCTTCAAGCAACC
TGTGGAAAAGAAGAATGAAGTTTTGATGAATAGCAGGGATACAGATTACA
TCATTGGATATGTACCATTCAAAAAGGAGACCTTTGATGCATCCAAACCG
TTCGATTTGAAGGAAGCCTTCGACTATATGCACCACATGCGACCagagat
gaaatcaaaattatcacCTGAATTTTTCGAGCTTTTTAGGAACTTTTTTA
CGCAATGTCATGATTTGACGTTCTTGATTTTTCGGTTGTTGGCAATATCG
TTGGATCTTGAAGACTTAGAGTTCTTTCACAAGGCTCATGATAAGTTGGG
ACGGTTAGGAAACACAACTCTTCTACGATCACTTTATTATCCAGCTGTGG
AGCGATCAGATATCTTAGAGGAACAAAGCAGATGTGCTGAGCATACTGAC
TATGGCACAGTCACTCTTCTCTTTCAAAATTCTGGTGGTCTAGAGgtcAA
GTCACCATCAGGAGATTTCATCAAAGCTAAAGTAATTCCTGGTACCATAG
TTGTCAACGCTGCAGATTTGATGGAACGATGGGCTAGCGGAAGAATCAAA
TCGACACCACATCGAGTCACTATCCAAACAGATATGTCGAAACCAAGACA
ATGTTTGGCTTTCTTTGTATCACCAGATAATGATTGTCTGGTCGAATGTG
TGGATGGGTCTGATAAGTATGAACCAATCAACTCTTATGATTATTTGGAT
AGACGTTTCAAAGAGACTTTAAGCAAAAATTGAATGGAGGATCAGTTTCC
TATtattgatatttcaaaattagttGCAAGCCAAGGTAAAGATGAAACCA
TTCTCAAGGAAACTGCCAATGAACTCATGGATGGTTTCTCAAAATGGGGT
TTCATTTATTTGAAAGGACATCCAATAACTGAagaatcaatcgagaaaat
GTTTCAAGATTCAGAAGCATTCTTCAAGCAACCTGTGGAAAAGAAGAATG
AAGTTTTGATGAATAGCAGGGATACAGATTACATCATTGGATATGTACCA
TTCAAAAAGGAGACCTTTGATGCATCCAAACCGTTCGATTTGAAGGAAGC
CTTCGACTATATGCACCACATGCGACCagagatgaaatcaaaattatcac
CTGAATTTTTCGAGCTTTTTAGGAACTTTTTTACGCAATGTCATGATTTG
ACGTTCTTGATTTTTCGGTTGTTGGCAATATCGTTGGATCTTGAAGACTT
AGAGTTCTTTCACAAGGCTCATGATAAGTTGGGACGGTTAGGAAACACAA
CTCTTCTACGATCACTTTATTATCCAGCTGTGGAGCGATCAGATATCTTA
GAGGAACAAAGCAGATGTGCTGAGCATACTGACTATGGCACAGTCACTCT
TCTCTTTCAAAATTCTGGTGGTCTAGAGgtcAAGTCACCATCAGGAGATT
TCATCAAAGCTAAAGTAATTCCTGGTACCATAGTTGTCAACGCTGCAGAT
TTGATGGAACGATGGGCTAGCGGAAGAATCAAATCGACACCACATCGAGT
CACTATCCAAACAGATATGTCGAAACCAAGACAATGTTTGGCTTTCTTTG
TATCACCAGATAATGATTGTCTGGTCGAATGTGTGGATGGGTCTGATAAG
TATGAACCAATCAACTCTTATGATTATTTGGATAGACGTTTCAAAGAGAC
TTTAAGCAAAAATTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13366MSTRG.13366Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13366.1.p1.exon1MSTRG.13366.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13366.1.p1.exon2MSTRG.13366.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13366.1.p1MSTRG.13366.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000105_pilongenomesc0000105_pilon:878869..888592 +