MSTRG.1336.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1336.1.p1
Unique NameMSTRG.1336.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:1976416..1992004-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1336.1.p1 ID=MSTRG.1336.1.p1|Name=MSTRG.1336.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15589bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:1976416..1992004- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TAAATGTTTAACTTACATGTTTCTAAGCTTGACATAATCAGATTATTTTC ATGCAAAGAAAAAAAACATATGTTTTGATTGAAAGGTTCTTAAAAAAACC GAAATTAAAAAATTTTATTTTCTCATTCTCAGCCTCGGCATGTTTCTTAG ATGTTTCTTAGTTTTTGGGCATTCTGAGCCTCATGTTTCTTAAAAGTGTG TTTCTTAAAGAAAAACGTGTAGTCATCTTGTTAGATATTTTGTTTTAAGA GTCCTTGCAATAGTTTATTGTAGGTTTTAGCACACTTAAATTTAATTACC ATTGGCCATCATGGCCTATCTAAACCTTATTTTTCTAATACTTTGCACAT GTTAAAATGGTAATGTTTTTTATCTGTTGAACTCCTATTTTGCAAATAAA AAATTGTTTATAAAGCAAATTTTGGCCAAAACTTCCCTAAAATGGGGTGT TATTGATGTTTTGCTTAAATTGCTCCATTAGTTTTTTCTGATTTTTTGCC TAAAGACAGAGGGCAAGGTTCTCTAAAAAGTAACTGAAAAAAAAAATTTG ACAATAAAAATCAGATTTTTGTATTTGGAGAAAACTCTCTTTTGTCATTT AGGGATAATGAGCATTTAATTAGGGATTGACTTGGTATTTTTGGAATGAT ACGAAATACTCTCGGGTACCTAATAGCCGGGGGGTTTGGAATAAGCGGGG GGGTTGGAAAAAATCGAAAAACTTAATAAGCGGGGGGGTTGGAATAAAAA TGTCCTGGGTGGAAAATTTTTGAAAAGGAGGCTAATACAGCAGAAAAAGG ACAAAAGAGGGAACTTTCAAAAATATTTTTCCAAAAATTAATAAGCGGGG GGGTTGGAATAAGAATGTCCTGGGTGGAAAATTTTCGAAAAATTAATTAG CGGGGGGGGACGGCTATTAGGTACCCGAGAGTAGTAATCCTCAAAATGTG 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CTTCAGTTGTTCAAAAGTTTAACCCTTCTTTTGATGAAATTCATATTTTC ATTTGAAGTGCTTGGGATTTGTAATTTTATGCTTGCGAAAGTCTGTGGTA GAAATTTTCAGCTTTTCAACTGTTTTTAATCTTTCGAAAAACCAGTGTGC AAGATTAACTGTAGTGGAAATTCAATATTATTATTTTTTCAATATCAGCA AAAATAGGGTCGGTTGGGCCTGTAGAGCAACAAATTAAATTGGTCTCGCC TTAGGAGATCCTCGCTTTTATATAGCGCTTTGTTACTATGAATTCCTTTT ATATTTTTTGGTATTTTTATTAAGGGTCATATCTATTTTTTTTCTATGAG TTTATAAACGTCGAATGTAAGATTAACTTTGAAAATTGG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:1976416..1992004-

>MSTRG.1336.1.p1 ID=MSTRG.1336.1.p1|Name=MSTRG.1336.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5364bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:1976416..1992004- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GGCAGTGATGTACACACATCTACCTGTACCTCCCGTCCTCAAAGATATTG
CAGACTTAGATTTATCTACTGATTCTGTATAAGCGCTATATTTCAGTAGG
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ACTTGAAATCTTGTGAAACTTACGATCCAGTATCAAACATTTGGACCAAA
CGCGCAAATATGGCTTACAACAGAAGCAGTGCAGGGAGTTGTGTCTTAAA
CGGGATGTTTTATGTCACAGATGTCAGAAAGTAGCAATAAAGATGGAGAA
GAGGATAGAAATCCTTTATATAATTTTGAATGCCAACTCCATCCTACAAA
TTCCTTCAAAAATTTAAACAAATATCGTCAAAATGGAACTTTATGTGATG
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CTTTGGGAATTCTTATGTTTGCTGAAGATCACAGTTGTCAACAACTTGTG
AACCATACTGCAACTTATGTCATGCAAAATTTCTTACAAATTGTATGCAT
GGAAGAATTTTTAACATTATCATTTGAGAGAATGAAGTTTTTCTTATCAA
GTGACACTCTAATGATTGGAGAAGAGGAAGATGCTTACAATGCTGTCATA
AGGTGGATCAAATCAGATAGTGGGAATCGGAAAAAGTATTTACACGATCT
AATGAATTGTGTGAGATTACCTCTACTAAGACGGGATTTCTTGATGCTTA
CTGTTGAGCCTGAAGAGTTGATCAAACAGGATTCAAAATGTAAAGACTTA
TTAATTGAAGCAATGAAGTATCATTTGATGCCAGAAATGAGAAGGTATCT
ACAAAAGAAACGAACTAAATATCGCTGCTCTGAAGGAACTGAGCCTTTAT
TTTTCGTTGTTGGTGGTCAAAGTTTATTTTCTTATCATTCCGATTGTGAG
ATTTATTGCCCTAACACAGAACGATGGTATTCTATTCAACCAATGACAAT
GCGACGATCAAGAGTCGGAATTGGAGTTGTTTATGATAAATTATATGTTG
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GGTAATACTAAACAATGGTCTAGTGGACTACAAATGGGAACACAGCGTAG
TTGTCTTGGTGTTGCAGTCTTGCATAATTTGTTATACGCCATTGGTGGTT
TTGATGGCTCGTCTTGTTTAAAAAGTATGGAAAGATTTGATCCACTATCA
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TGGACAACCATCAACTCAATGTTAAGTGTTCGAATGACTCACATGCTTGT
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GCCTTAATAGTGTTGAACAGTACTCACCAGAGAAAGATGAATGGATAGCT
AAGAAACCTGCTTCTTTGCGACGTTCTCATCTTGGTGCGGCAGTGATGTA
CACACATCTACCTGTACCTCCCGTCCTCAAAGATATTGCAGACTTAGATT
TATCTACTGATTCTGTATAAGCGCTATATTTCAGTAGGTGTCATCAATGA
GTTCTTGATAGTGGCAGGTGGTTATGATGGGAACGAACACTTGAAATCTT
GTGAAACTTACGATCCAGTATCAAACATTTGGACCAAACGCGCAAATATG
GCTTACAACAGAAGCAGTGCAGGGAGTTGTGTCTTAAACGGGATGTTTTA
TGTCACAGATGTCAGAAAGTAGCAATAAAGATGGAGAAGAGGATAGAAAT
CCTTTATATAATTTTGAATGCCAACTCCATCCTACAAATTCCTTCAAAAA
TTTAAACAAATATCGTCAAAATGGAACTTTATGTGATGTCACCATCAAGG
TCAAAGAAGAGCTTTTTCATGTACACAAAGTTGTTTTGTCCAGTGCAAGT
AATTATTTCCAAGCAATGTTCACGTCAGGGTTACGAGAAGGAACAGCTGA
GCTGGTTGAATTACATGAAGCTGATCCTATGTCAATCTCTATTTTGTTGG
ATTTTATTTACACTTCAAAAATTGAAATTGTCAATGAAAATGTACAGAGA
TTATTACCAGCATCTAAATTATTTCAATTAGACACTGTCACAGATGCTTG
CTGTAATTTTCTTCAACAGCAGCTTGACCCTTGTAATGCTTTGGGAATTC
TTATGTTTGCTGAAGATCACAGTTGTCAACAACTTGTGAACCATACTGCA
ACTTATGTCATGCAAAATTTCTTACAAATTGTATGCATGGAAGAATTTTT
AACATTATCATTTGAGAGAATGAAGTTTTTCTTATCAAGTGACACTCTAA
TGATTGGAGAAGAGGAAGATGCTTACAATGCTGTCATAAGGTGGATCAAA
TCAGATAGTGGGAATCGGAAAAAGTATTTACACGATCTAATGAATTGTGT
GAGATTACCTCTACTAAGACGGGATTTCTTGATGCTTACTGTTGAGCCTG
AAGAGTTGATCAAACAGGATTCAAAATGTAAAGACTTATTAATTGAAGCA
ATGAAGTATCATTTGATGCCAGAAATGAGAAGGTATCTACAAAAGAAACG
AACTAAATATCGCTGCTCTGAAGGAACTGAGCCTTTATTTTTCGTTGTTG
GTGGTCAAAGTTTATTTTCTTATCATTCCGATTGTGAGATTTATTGCCCT
AACACAGAACGATGGTATTCTATTCAACCAATGACAATGCGACGATCAAG
AGTCGGAATTGGAGTTGTTTATGATAAATTATATGTTGTCGGTGGGTTTG
ATGGAAGTCAAGACCTAGCTTCTGTTGAAGTGTGTAATGGTAATACTAAA
CAATGGTCTAGTGGACTACAAATGGGAACACAGCGTAGTTGTCTTGGTGT
TGCAGTCTTGCATAATTTGTTATACGCCATTGGTGGTTTTGATGGCTCGT
CTTGTTTAAAAAGTATGGAAAGATTTGATCCACTATCAAACCAATGGATG
TCTGTTGCTATGATGCATCATAAAAGGAGGGACTGATGGAACATTAATCA
ATCACTCGTGTGAGAAATATGACATTCAGAATGATGAGTGGACAACCATC
AACTCAATGTTAAGTGTTCGAATGACTCACATGCTTGTTACTGATAGCAA
AAATCTATTTGCTATTGGTGGAAATGACGGGAGTGGAAGCCTTAATAGTG
TTGAACAGTACTCACCAGAGAAAGATGAATGGATAGCTAAGAAACCTGCT
TCTTTGCGACGTTCTCATCTTGGTGCGGCAGTGATGTACACACATCTACC
TGTACCTCCCGTCCTCAAAGATATTGCAGACTTAGATTTATCTACTGATT
CTGTATAAGCGCTATATTTCAGTAGGTGTCATCAATGAGTTCTTGATAGT
GGCAGGTGGTTATGATGGGAACGAACACTTGAAATCTTGTGAAACTTACG
ATCCAGTATCAAACATTTGGACCAAACGCGCAAATATGGCTTACAACAGA
AGCAGTGCAGGGAGTTGTGTCTTAAACGGGATGTTTTATGTCACAGATGT
CAGAAAGTAGCAATAAAGATGGAGAAGAGGATAGAAATCCTTTATATAAT
TTTGAATGCCAACTCCATCCTACAAATTCCTTCAAAAATTTAAACAAATA
TCGTCAAAATGGAACTTTATGTGATGTCACCATCAAGGTCAAAGAAGAGC
TTTTTCATGTACACAAAGTTGTTTTGTCCAGTGCAAGTAATTATTTCCAA
GCAATGTTCACGTCAGGGTTACGAGAAGGAACAGCTGAGCTGGTTGAATT
ACATGAAGCTGATCCTATGTCAATCTCTATTTTGTTGGATTTTATTTACA
CTTCAAAAATTGAAATTGTCAATGAAAATGTACAGAGATTATTACCAGCA
TCTAAATTATTTCAATTAGACACTGTCACAGATGCTTGCTGTAATTTTCT
TCAACAGCAGCTTGACCCTTGTAATGCTTTGGGAATTCTTATGTTTGCTG
AAGATCACAGTTGTCAACAACTTGTGAACCATACTGCAACTTATGTCATG
CAAAATTTCTTACAAATTGTATGCATGGAAGAATTTTTAACATTATCATT
TGAGAGAATGAAGTTTTTCTTATCAAGTGACACTCTAATGATTGGAGAAG
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AGTTGTTTATGATAAATTATATGTTGTCGGTGGGTTTGATGGAAGTCAAG
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GGACTACAAATGGGAACACAGCGTAGTTGTCTTGGTGTTGCAGTCTTGCA
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GTATGGAAAGATTTGATCCACTATCAAACCAATGGATGTCTGTTGCTATG
ATGCATCATAAAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1336MSTRG.1336Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1336.1.p1MSTRG.1336.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1336.1.p1.exon4MSTRG.1336.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1336.1.p1.exon3MSTRG.1336.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1336.1.p1.exon2MSTRG.1336.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1336.1.p1.exon1MSTRG.1336.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:1976416..1992004 -