MSTRG.13259.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13259.1.p1
Unique NameMSTRG.13259.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000104_pilon:455342..478403-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13259.1.p1 ID=MSTRG.13259.1.p1|Name=MSTRG.13259.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=23062bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:455342..478403- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTTTTCTTTTAGGATGAAAAGATTACAAAAAAATTACAAACAACATTTC CCATCAAAATTCTGAATGATTTTAATAAATGAATTCTTTGGATTTGGGTG AATTTGCTAATCATTGTGATGCATTAATTTGGTGAGTTTTTTTTCAATCA TACATTGATATGACTTCGAATAAATGTCCCCTTCTTTTAAACACCCCTCC CAAAAGGAAAAATTTTCAATAAACGGCCCCTTAGACAAACGCCCGCTTCA AATAAACTCCCCCTTCTAGCTCTGTGTTTATTTGAAAAACCTTTACAGGA AGATTCATATAGAGGAAAATTAAAATATGTGTTAATAATTGTATTCTTTC AGTATTCGAACTAGTTTTGACCAACTTTTACATCTCTAGAATGGCATATT TGAACTGAAACATAATAAAAGGCGGAAGAAGGCGCCCATTCACTTTATTC AAATGCCTTTTGTTAAAGAATATTCAATAAATGTCCCTCTTTTTATGTAC GCCCCTCTCGAATTAATGTACCTTCTAAAATCCAAAAAATTAATGAACAC CCGGACCGTTTATTCGAAGTAATACGGTATAACTTTTAACAGAATTTGAA TAAGCTTGCAAATCTGTGCTTGTTGAATGAAATGTTCGATTTTAGGAGAC TTCAGGGTTCTTTTCCAAACACAGGAATGTCGACATTAAAGTAATTATAA AATTCAGCTTTTCAATCACTTAATTGGAGATCATTATTGAATGAAGCGTT TATTAAATACTTTGAGGAATAGAGGTTTGACAAAAAAATTCAAAATTGAT TCTGATTCTCATTTTTGCTGTAAAATAGAATAACGGTGTATGGAAAAAAA TAACGATGAAATTAGGAAAAATCCCAAATCTTTCGATAAAATTGATAATA AATATTGATCTTAGCAGAGATTGTTTACTTTACTAAGTTGTTTTCGACAT 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AATTAATGCCCGCTTTTTAGAGTATTCCTTATTTTGTAAATTTACTTTCA ACCAGTTTTAGAGTTGACACCTTTGTGCCTGGTCATTACATGAGCCGTGC AAAGTTTATCAGCATTATTTTATTTGATTATTTCAATGGCTTTTCTTACC TGTTAAGACAGCTGAAATAATGGTTAACAGTGTTATCATTTTTACGCCAT TTTCTTCGAAATAACAAATATATCTGCCCTATCGATTGTGATTGTGATCT GAACTCTATAGCCTCCCTTAGATGTTTTTATGGGACTGAGCGAATTTGAT TTCCAAAAACGGATAACCTCCAACAACGAGACCAACGAAAAATCTTTTAA AAGCAAAATCTTTTGACCGGCTTTGCTTCTTCCTTTTCCTTTTCCCTTCA TCCAAATGAAGAAAATATTCATCAATATACCCTTTTACTCGTAGTTCTTT TTTTAGGAATTGTTAAATCCTTAAACCCCCATATTACACATCATATCTTC AACTTGATAATGAATTATGCAAATTTCCTTATCATTGATTGACTTATTAA ATGAACCATATTTTCTGAAGTGGTTATTTTGCAATTCATTAATGAAAAAT GATAGAATAATCTTCATTTTGATAAATTCTTTATTGATCATTTTATTTTA ACCACAAGCTATGATAAAATGTTCGTAAAACTGTCAGATACAGGTAGAAG AAGAAATTAAGATCATTTAAATTACACCTTACACATCCTTATACTGGTTT TGATTTTTGATTAAATTTTACAACCACTCCCGCGATTAAGCATCGTCGTT GTATGACCGCCCTCGAGGCGATGAACTCCACCCTTATTCGCCATCAATGT CGGATCTGCAATGTTTTGATTAATTTCTAATTAAAATGTATTCGCTTTAT TTGCGTACTCTTTTTTCTATCATACGAAAATCACTCTGAAGGGAAATAGT GTAATTGCGCTACACGCTTTTTTTATAAGAATAACTTCTATAAGAATATC AGGGTGAGATTTCAGAGTTAAGACATTAGGCCTATTGTTCAGAACAATAG AAAAATAAAAATAATGCTGACTCTCAGCCAAAGTACACTATTCTTATAAA AAAAGCGTGTACATGGTTAAAATTTCTACTATTCTCAGGCTGGGCTCCAT TATTCGAACTTTAGTCTCGTAAGCTCAAATTGGGAAAATATTTAAGTTAT TCACTAGCCCTTCTTACAGACCCGATAGGATTCTCTCAGCCAGTGGGGTA AGAATACCGGACTCAAACTCGATGGGGATTGATATTCTCATGTTTTTTAT GGCCCAAGCTTGAATTCCTTTTTTTCTTAAATCAGAAAATTCAGTGGGTA TGGAAAAAATAGCACAGTATTTTCAGTGGATATTTTTTATTTCATTATTT CAAGCGGGGAAAAAATTGTAGCATAATTTTCCACTGGGGACAATATTTTG GCCAGTTTTTCCAGTGGTACAGGGCCTCGCCGGGCCTGTGAGAAGGGAGT GTTTATTCTGATTTGTTAGCATAAGGGATGTACCTACTTTGTATACCATT GAAATTAATGTATTTTGATCCTTTTAAGTCTTAAAGTCTTTTGAGCGATT TGTATTTTAAAAATTGTTTATCAAAACTTTTGATTTTCGTTCTTGAATTT TTAACGGTCTGGGGATGAGAATATTGTATGATGGTCTATAAGTTGTCTGT AAACAGACCCAATATCTACGGAAATTTCAAAATTCATTTCCGTATACGTA CTACACTATACGTGAGATTCACTCTCATAGTAGTCTATAAGATGGTTGAT CTGTTTCAGCAAAGCGAGTCAATTTTTGAATTCAGCCATGGCAAATACTG AAATGTGACGAGATGCAATTTTTTAATACACGGTTTTTTTTATAATTAAT TACACCCAAAACTTTTGAAGCCTACGGATGCTCATAACTTTTTTGGGTTT CAAGCATAAAAATGTTCTCAACTTGTTCATATTTTCACCATTTTTCGAGT ATTTCTTTCCAATTCCCTAAGAAATTGGGTGATTTAGAGTTAACAAAGCC TAAGAATGTTCTTAACTTGTTCTTAATATTTTGGTCATCGAAGTCTTATG TTTTTATACGAAAAACGTGTACACGTTTTTTTTTTATAAGGAACACGTTT ATAAGGAACTCGAGGCTGAAAATGGTCCAAAAAATAAGGAATTGTTAAGG AACTGCTCAGGCTGATGATAAGAAAACAAGTTTTAAGGAATCCAATTTTT GCGAATCCAAACTTAGCAGCTATGTAAATAAGGAACTCGATAAGGAACTT TGAGGCTGAAATTCTCTGCAAAAGTAAAGAACTCCAGGCTCAGAGCAAAG TCAAGGCTCCTTATAAAAAAAAAACGTGTACACGATTTACGGTATTTGCT TTCTTTTTCTCTATGTATAAGTGTGCACACACTCGTGTCATATCATTTCA GCCATGTTTATTCTGAAGAAGTATAAATCAACAACAATCTACAATCGTGT GTAGGATGGAATATTTGAACATCTGGACGCCTGAAATATTAAAAAATCAA TCACTGCTGAAACCCACAAGATAATCTAACGCGATTTTGAATTTGTCCTG TTACTTTTTCTATCGAGAAGAAAAGAAGTCGAGGGAGGGTGACTGAAATT TATAGACGAATTGAAAGGAAAGGCTTTTTAGATAAAATAATCTATAACCC TTGACCCAATTAGCATAAATATGGTATACAATAATATTAGAAAGGGTAAA AGAAGATTTATCGGAATTGATCCTACTATACTTATTGGCCCAAACTGATT GGAGAAATTCTCTCTAAAATTTATTCCCTGATATTGGGCTTTTCCAGAAA AAAATTTGAATATGAAGGGGGGGGGGGAGGATATCACATTTTTTGGAACT TTACCCCATCCCAGACATTGTGACTTTTGACCCCCCGGACAGCAGGTCTA ACTCCCTGGACAAGCATCAATTGATCCCCTGGACATTCAAAATCAGCCTC AAACAGAGCAAAATTACCCCTAAACAGAGCAAGTTTGTTCTAGACCCTGT TAAGGAATCTTTGGAGACTAGAATTCACTCATAAATTCTATCCACACTTT GTAAAAACCTAACAAGGTGTTGCCATTTTATTTTACATGCTGTTCAATAT ATTAATTTTGTATTTTCAAAATATCATGGAGATCTGAGGATGGGCTATGA AACTTGACAAATTTGACAAAACAAAAACCCCCCAAAAAAAAATCAGTATT TATGTATGGTAGGTAGGTAGCATTGCTGGCTATAAAGACATCGTTTTTAA GGTTTATGCCAGCACTTGTGCATGTGGATTTTACACATAGAAGAATCTTA AATCCATTATCATCAAAAGTATTTCCAGAACGAACTATTACACTTTCATA GCCCAGTTCCCTGTTTCTCTTTCATTGAGCAACATATTTGATTGACAGTT CGGACGTAAAACAATAAAGGCGTCAACTTTATGAATAGGACCTCTTTTGT TTCAATACAATTGTTTGGACAATGATCTGTTATGTCAATATAAAGGCATC CAAATATTAAAATTTCTTTAATTTGTGAACAACCATCAGGTAGCACAATG ATGTTGGTAATGTTATTTGTGGCCCTGTTTCCAATTGCTATCTGCGCTCC TACCAGTTCCGATTTCAACCAACTCAAAACTGAAATCAAGTCTTTAAGAG ATGAAATATTTTACTTAAAAAGCAAAGACCAATACCAGAACGGGATATGT GATGTGAATGCTGATAAATGTGGTACATGTTACTGTCGAGAAGATTACAA TATGATCGAGAAGTTTTATTGCGACTGCAGAGCTAAGCCCGTGCGCCGTG ACTGTAAGGATCACTACCAGAAGGGAGGCCGCGTCAGTGGCCTGTATAGG ATCAATCAGAACATATTGGGAGCCTTGGTACAGGTCTACTGTGACCAGAC AACGGATGGTGGTGGCTGGACCTTGATACAAAGAAGAGTGGATGGATCCA CAAACTTCTACCGTAATTGGACAGAGTACAAAGAAGGATTTGGACAGCTC CACAGAGAACATTGGCTTGGGAATGAACTGATTTATCGGCTGGTGGCACA AGCATTTCTGAAAGGATCTGAGGCACGTTTCGACATGCAAGCCAAAGGCG CTTCCAAGAGGATTTGGGCTAAGTATTCGACATTTGGGATCAATCAAGAA ACAGATGGGTATCGGCTTCATGTTGCAGGGTACAGTGGAACAGCAGGTTA AAATTATATCTGTAGTAATTTGACTTTTTTCGAATAAGTGGTTGAATTTT TCCACCTGGGACATTCCCGATGCCATGCATACTAGCTTTTGAGAATTTAC ACATTTCTTTTATTATGAGCAACCAAGTTGCTAAGGCTCGAGCCCTGAAA TCAGCAAATTTCTTTTCACTATCTCGTGAAGTAAAAGCTTTTTTAGATAA TCTAAACATGACAAACGATAGCCCTTGACCCAATCAGCATAAATATGGTA TAATATCAGGGGTGGTCAAAGCAAATTTTTCTGAAAATGAGCTAGAATGC TAAGCAACCCCAGCCCTGACTCGAAAATTAGAGCTGCTTATAAAAAAATG TGTACATATCTATTAGAACAATCATTTATCTTTTATTTCATTTATGAATA CACAGGTGATAAAATGTCAAATCATAATGGTTTGAAGTATACAACGTACG ACCGAGATTCGGATACGTGGAGTGCTGGAAACTGTGCCAAAGATAGGAAT GGTGCTTGGTGGTATAGTCAATGTACTGATTCGAATCTTAATTCCTATTA TGATCCATTTGATAAAAGCAGTGCTAGTAAGAGCTTGGGTTGGGACCCAA TGAGTATCAAATTCTCGGAAATCAAATTACGTCGTAAGTGAATCCTTAAC GCTGCTACGATGAACAATGTTTTATTTCTTCGGACACAATGATTATTATT TGAGTTTGAATCTTTGATTTTTATTGTTTATTTTTTTATTGTTTATCTTT AAGAAGTATATTTTTCCCGAAAGACCTTTGATTGATCCTCGTAACTTAAC CTAACTTAATGAAGTCGCCTGCTAAAGATAATGGTTAAAATAACAAGGGA GGGTACTCTGTTTAAAAACGGTTGTATATACCGACCCATAATTAGGACTT TCCCTTACAGAGAAAATTTAGCCAAATTTGGGCGAAAAATTTACTGTTGT GTTTTTCTTCATTTTCTGGCAAAAGAAGTCAGATTCTCCAAATTTTAAAC CCTTAGAGTGCACTTTTTCTCATCTTTGCTCATTTCGACTTTGCAGTGTA CTTTTGGAAGTTTGGAAAAAGGACCCTTGAGGGCCCCCTTTCCAGGGTTA ACAATGGTTAATGGTATCTTCTTAATTTCCTTATTTTAAATGAGTCCTTC AGGATATACGTGGGAGACCGATATTGTCAACTCAACATCTTAAAAATTGA AAGTTCTTTATATTGAATTGAATGATGGGTGGTGAACCTTGTGAATCTTT TTTTGTCATCAGAGTGTTTCGTACGGCTTAAATGACCGGTCATTTAAGCC GTACGAAACACTTTGATGACCAAAAAAGATTCACAAGGTTGATTGACACC GAAAGTCTCTTCTTATTCTCTTATAGTTTTTATTGTAACTATACCTTGCT TTACGGTTTTTACTAGCAAAATATCCCACCCCTCCGGAAATTTTGACCCT CACCCGTTTATTGAAAAATAAAAATATTTACCAAAACCCCCCATTAATAA CCTGAGAGTAAGCTTCCCAAAGCCATTTCGCCTTGTTTTTAGTTTATCGC TAGTATTTTTCAAACTATAATCTTTGTATAGGGGAATTATTTTCTGCGTT TCAGAGAAAGATTAAAACGTCTCGTGCATTTCACCTTGGCTCTTCCTGTC ACTGGTGGTTCTTTTGAGAGTTTTTCCATCTAGTCGCCCCTGTCCCTTCC CGACTACTTTGC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000104_pilon:455342..478403-

>MSTRG.13259.1.p1 ID=MSTRG.13259.1.p1|Name=MSTRG.13259.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1770bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:455342..478403- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTGATAAAATGTCAAATCATAATGGTTTGAAGTATACAACGTACGACCGA
GATTCGGATACGTGGAGTGCTGGAAACTGTGCCAAAGATAGGAATGGTGC
TTGGTGGTATAGTCAATGTACTGATTCGAATCTTAATTCCTATTATGATC
CATTTGATAAAAGCAGTGCTAGTAAGAGCTTGGGTTGGGACCCAATGAGT
ATCAAATTCTCGGAAATCAAATTACGTCGTAAGTGAATGATGTTGGTAAT
GTTATTTGTGGCCCTGTTTCCAATTGCTATCTGCGCTCCTACCAGTTCCG
ATTTCAACCAACTCAAAACTGAAATCAAGTCTTTAAGAGATGAAATATTT
TACTTAAAAAGCAAAGACCAATACCAGAACGGGATATGTGATGTGAATGC
TGATAAATGTGGTACATGTTACTGTCGAGAAGATTACAATATGATCGAGA
AGTTTTATTGCGACTGCAGAGCTAAGCCCGTGCGCCGTGACTGTAAGGAT
CACTACCAGAAGGGAGGCCGCGTCAGTGGCCTGTATAGGATCAATCAGAA
CATATTGGGAGCCTTGGTACAGGTCTACTGTGACCAGACAACGGATGGTG
GTGGCTGGACCTTGATACAAAGAAGAGTGGATGGATCCACAAACTTCTAC
CGTAATTGGACAGAGTACAAAGAAGGATTTGGACAGCTCCACAGAGAACA
TTGGCTTGGGAATGAACTGATTTATCGGCTGGTGGCACAAGCATTTCTGA
AAGGATCTGAGGCACGTTTCGACATGCAAGCCAAAGGCGCTTCCAAGAGG
ATTTGGGCTAAGTATTCGACATTTGGGATCAATCAAGAAACAGATGGGTA
TCGGCTTCATGTTGCAGGGTACAGTGGAACAGCAGGTGATAAAATGTCAA
ATCATAATGGTTTGAAGTATACAACGTACGACCGAGATTCGGATACGTGG
AGTGCTGGAAACTGTGCCAAAGATAGGAATGGTGCTTGGTGGTATAGTCA
ATGTACTGATTCGAATCTTAATTCCTATTATGATCCATTTGATAAAAGCA
GTGCTAGTAAGAGCTTGGGTTGGGACCCAATGAGTATCAAATTCTCGGAA
ATCAAATTACGTCGTAAGTGAATGATGTTGGTAATGTTATTTGTGGCCCT
GTTTCCAATTGCTATCTGCGCTCCTACCAGTTCCGATTTCAACCAACTCA
AAACTGAAATCAAGTCTTTAAGAGATGAAATATTTTACTTAAAAAGCAAA
GACCAATACCAGAACGGGATATGTGATGTGAATGCTGATAAATGTGGTAC
ATGTTACTGTCGAGAAGATTACAATATGATCGAGAAGTTTTATTGCGACT
GCAGAGCTAAGCCCGTGCGCCGTGACTGTAAGGATCACTACCAGAAGGGA
GGCCGCGTCAGTGGCCTGTATAGGATCAATCAGAACATATTGGGAGCCTT
GGTACAGGTCTACTGTGACCAGACAACGGATGGTGGTGGCTGGACCTTGA
TACAAAGAAGAGTGGATGGATCCACAAACTTCTACCGTAATTGGACAGAG
TACAAAGAAGGATTTGGACAGCTCCACAGAGAACATTGGCTTGGGAATGA
ACTGATTTATCGGCTGGTGGCACAAGCATTTCTGAAAGGATCTGAGGCAC
GTTTCGACATGCAAGCCAAAGGCGCTTCCAAGAGGATTTGGGCTAAGTAT
TCGACATTTGGGATCAATCAAGAAACAGATGGGTATCGGCTTCATGTTGC
AGGGTACAGTGGAACAGCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13259MSTRG.13259Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13259.1.p1MSTRG.13259.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13259.1.p1.exon6MSTRG.13259.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13259.1.p1.exon5MSTRG.13259.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13259.1.p1.exon4MSTRG.13259.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13259.1.p1.exon3MSTRG.13259.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13259.1.p1.exon2MSTRG.13259.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13259.1.p1.exon1MSTRG.13259.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000104_pilongenomesc0000104_pilon:455342..478403 -