MSTRG.13256.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.13256.1.p1
Unique Name	MSTRG.13256.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+
coding sequence from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+

mRNA from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.13256.1.p1 ID=MSTRG.13256.1.p1|Name=MSTRG.13256.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=17742bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGGTAGCTTGTAGGTAATGTTCTGTCTTTAAACAGTCTGAAATAACAATG
GTAGAAATCAAGTATTATAATGGGAAAAAATCGTAAAGACCTATAATTGT
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CAGATGAGCCTGAGCAGGACGCTTTCAATTTTCAAGTGCAGTGctctttt
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CTGAGGATTGTTCTTATTCTTGGCCTTTTTCTTAGCCTCTTATAAAGGGT
TCTAACAAAATTAGAGTATTCTGATAACTTTAACTGCCTTATTATTAGCT
GGACAGGATAACGTTTACTGTTTATCCATCTAAACGTAGATTTAAAGTTA
GTACAGGAACAGCTTTCGGGGTGCAACCATGTTCTACTAAAAGActaaaa
atttacgaaaattaATTTCTAACTGGAATAGGGTCGGCAAATGTGAATTT
AGGCTGCTCTAACAAAAACGTACAATATTTGAGGGGCGTAACTGAAATCT
TTGAAGTCGATCcagaaagcaaaatttgaaaaaattgaagtgTGAATTGT
GTGAATATCTtcatgttctttttttcacacATCAGTTAgtgaacaataaa
aaaacagcTCATGTGAGAGAACTGTCTCTCAATATTTTTCACTTGACAAG
ATTGCAAGATGGGATTCAGAGATGAGTTTCGGTGCTCGAGTTTCGGTTTT
GAGGGTGTGGAAAGATCAGCACTCTACAAATCTTACGTGAGTTTTACCAA
TATTCATAAGTGTTAACtcactctctaattcaaacctctattattcgaat
ccccttgaagatcgaattagagagggccAACTGTAAACGGGTTTCCTATC
AAATTCAGTGGGGACAGAAAAAATATTCTGTagtgagaaatttttttgaa
tttgatttctttattaGGGACAAAAAATGGAGTACAATGTTCCAGTGGGG
ACGATACTTTGGCTAATCTTTCCTGTAGGAGGGGGGTCCTGTAccgggtc
tttgagaaggggaTGTAATATTGAAGAGTCTAGCTGAACCTACAATcgcg
gtcaaaatatattgggaatgttggttaattcctcgttttcaacaatttaa
agtttgggcgaaaaagtcgcttttgggcaaaatgataaatttatattcga
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ggactttttaAGTCTAGCgcccaacctaatttagagcgtttccaaatcgt
ttgtggctgTAAGATTTCGTatgaatttctctttttctcaaatattatga
ctttgattgtacttTCAACCATAGATCAATGTTCCACGATGGTTTCGTCT
TTCATCGCTCGGTTTTACGTGCGTCTACACATTTTCCATGATGATTGCTT
CCATTGTGATTACGACTATGGAAGTACATCATAGTGGCTGGTTTCATTTT
ATGACGTCATGGAATTATATGGTCAATGTCACTTATTTTATTATCGCCTT
TGTTAAACATCTTCAATATCAAGGTTTGTATTGACACTCATTGGTTTAAA
ATCTGATTGATTAGTGAGTGgataaatcacgacgacggatgAATTTTCTC
TAGCCTTCATTCGCCCCACCGCACTTTTCTACGGGCTGGTCGGAAAACAA
AGTCTAGCttgctaccttaagggaagatattttggcgaatttggcgagtT
GTCTAAAAAATTCGCCAAAtacgccaaaatttcttcccgccaaatttgaa
tttataagtcattcgccaaaattaattctcgcaaaattttgttttctttc
aatttagtctctatttctcatataaaccacttttttcatccttttttAAc
taaaatattcaacaaaaaatggatctttcgccaaaattaattctcgtcaa
atttagagattttatcaattcgccaaaataaattccgccaaattgcacca
aatttcttctcttaaggtacccAGCAAAGAAATCAACATTGCTTCCAGAA
TGAATTTCCGCTTGATTTTCCGTTCTAGAAGCAAAGCGGGAGAGGTGCAG
CTTGTTTTCCGATCAGTCCGTAGAAAAGTGCCGTGGCGCGAATGAAGGCT
AGaaaaaaaTCGTCCGTCGCCGTGATTTATGTTTCGATACTTAACTTCAT
TATTTGAGCTTGTTTTAGGGCTTCTGTTGGGAGTTTTCAGACATCAGTCA
GAGCAACTCTGGTCAGAGTTCAAAATATAGTTCTTTAGCATattcaaaac
atttaaattcATCTATTACCAAAAAAGTACGCCTcagaaataataataaa
acagaaggttaatttgaaattgaagactttAGGTCATCCCCAGTTTTAAG
CGCGATATATACACATAATCTTTCGATTGGGGGTGGGGTTGGGAGGGAAC
TTGATATGAAAACTGCTATAAACTACTACTACCATATCCGGACAGAAATT
AGGCCTCAACTTTGGTAGGCCGCTCACCTTTCACTACTTCTTCCAAGAAT
ATCGTGTACTCGACTCCTTTACGGCGTTTAAGGTTGATTAGCCTATAATA
GGTAGGCAGGGCTATCGGTAATTCTATTCCACTTTGTGACTTTTTCGAAA
GATGAGAGCTCAGGTTTttgggctctaaacattcgatttttggaTGCCAC
TAAAACTCTAGAAACGCTTGCAGTAAAGTAGCAGAAATATCGTATTATCG
TCAAATTACTTCAAGGCCTTCTTTTTCCGAAATTCTTCAAAGTGTGACTC
GCCAAGAAACGGAGTAAAAATTGCCGGTTTTTGGTGAAGTGCTCACTTAG
GGTTGATATGTGTATAGAGCCAATTCAGTCAGTGATAAGATATCCTCAAT
CCTTGTAGGAGTTTATTATGAAAAGACCATTAAAGTTTCGTTTCATCCAT
AGGTGATGCTGATGAAGGGTACGAAGTGATCAGAGACGAAGCTGTAGGTC
TAATGGCTGGTGACGAAAGCAAACATGAGGTATTCATGGAAAAAGGAGTG
GTCCTCAGTGATCCCCTAGTCCTCGATACAATCCCTTCCAAAATGTCAAT
AAGTGACAAAGTCTATTGGTTCTTTCATTCTCTGGCTTTCTTAATGTCTT
CCGTGGTCGTTGTAGTATACTGGCCAATCCTGTTCGACCCATCTTCATTT
GAGAACGATTTTCATTGGTTCCAAACAATTGATCGGCACGGGATTGTATA
TCTCTTGTTCATTTTCCAATACATCTTCAACAAGATTCCAATCCGTATAT
TCCACTGTGTGTATGCTATCGCAGTTGCTGTCATCTTTTTTATTCACACC
TATATTTATTACTTGGTGACCAGCAGATTGGTTTATTCCATCTTTGATTG
GGGTAATGCACCTTTGAAAGCGTTCTACTACTTCCTGGGAATTGTTGCGT
TGGCTATCATACTACAATTCATCTTATACGGTATTGATCGATTTAAGCAT
TGGCTTGGTAATCGAAAATGAACAGAATCGTCGAGTGATAATTATTCTCA
TGGGCTAAACATTTTCTGAATTTCTTATCAATCTGGGGCATGAGTTTTAG
CATTTTCAcgtcattttttagcatttcaaCGTGAAAAAATCACGTTGTAG
ATCCCATGCGGCATACATATCTTTAAtgtttcataaatgtatatCTTTAA
TGTTCGATCTCCCCAGGTCAATATTATAAATGTAGTTCTAGCTTagattt
tagaatattttatAttgtaaagTTAAGTTTAAAGGCCTTTTTCTATATAA
TTTTCGCGATATTGGTTGATTTGAATTAGAACCAGATAGTATCTATATTT
CTTATTAATTGGTATTTCACTTGTTCTCACCTTCAAAATATGAAAACGTG
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ttcttaaacaatagaaccaTTATTTAGGTATCAACTGATACTGCATTTGC
TTATaaatgttatgcttataaaaacatgtaaaatattgataatttgacGG
TCATTTTAACAATATCATTATATTTTCTTTAGTATAAACACTTAGTTGAA
GTATAGGAATAAATTTTCATCAGCTACCAGTAGATATCCCTTTACCCAGT
AGGTACCCTCTATCTGAAAAATAAGGTGGAATTCGaggttgatttttttg
tgttgaaaggTTACTTTGATGGGAtgaactttcgcggggattaaatttcg
cggttgggtctatccgcgaaattcaaaaatttcgcggggacttaatttcg
cggatggcactattgggtggcaatattttcacgattttgtgacttttact
gtcgaatcatgcatgttggttgttgaaatacacattattagcgcttcttt
gatgcaagtaaccactcaaatagtatttatttgatgACATagtttgagtt
ttgtttagaaatatttcgcggatgatgCCCTTCTAAATtcccattgggac
ttaatttcgtggatttgtccaaaaataaattattaatgTTATACAAAAGC
CTTTTGAGATCAAGGTTAGAATATTCGCATATTTGTCTACTTTCTATTTC
CAATGCTCAGATgtacaatatggaaaaaatacaaaatagggCACTAAGAA
TTATCTTAGGGAAACCTAGATGGACTAGGATAACTGAATTAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+

>MSTRG.13256.1.p1 ID=MSTRG.13256.1.p1|Name=MSTRG.13256.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2538bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104_pilon:423961..441702+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGATTCAGAGATGAGTTTCGGTGCTCGAGTTTTGGTTTTGAGGGTGT
GGAAAGATCAGCACTCTACAAATCTTACATCAATGTTCCACGGTGGTTTC
GTCTTTCATCGCTCGGTGTTACGTGCGTCTACACATTTTCCATGATGATT
GCTTCCATTGTGATTACGACTATGGAAGTACATAATAGTGGCTGGTTTCA
TTTTATGACGTCATGGAATTATATGGTCAATGTCACTTATTTTATCATCG
CCTTTGTTAAACATCTTCAATATCAAGGTGATGCTGATGAAGGGTACGAA
GTGATCAGAGACGAAGCTGTAGGTCTAATGGCTGGTGACGAAAGCAAACA
TGAGGTATTCATGGAAAAAGGAGTGGTCCTCAGTGATCCCCTAGTCCTCG
ATACAATCCCTTCCAAAATGTCAATAAGTGACAAAGTCTATTGGTTCTTT
CATTCTCTGGCTTTCTTAATGTCTTCCGTGGTCGTTGTAGTATACTGGCC
AATCCTGTTCGACCCATCTTCATTTGAGAACGATTTTCATTGGTTCCAAA
CAATTGATCGGCACGGGATTGTATATCTCTTGTTCATTTTCCAATACATC
TTCAACAAGATTCCAATCCGTATATTCCACTGTGTGTATGCTATCGCAGT
TGCTGTCATCTTTTTTATTCACACCTATATTTATTACTTGGTGACCAGCA
GATTGGTTTATTCCATCTTTGATTGGGGTAATGCACCTTTGAAAGCGTTC
TACTACTTCCTGGGAATTGTTGCGTTGGCTATCATACTACAATTCATCTT
ATACGGTATTGATCGATTTAAGCATTGGCTTGGTAATCGAAAATGAATGG
GATTCAGAGATGAGTTTCGGTGCTCGAGTTTTGGTTTTGAGGGTGTGGAA
AGATCAGCACTCTACAAATCTTACATCAATGTTCCACGGTGGTTTCGTCT
TTCATCGCTCGGTGTTACGTGCGTCTACACATTTTCCATGATGATTGCTT
CCATTGTGATTACGACTATGGAAGTACATAATAGTGGCTGGTTTCATTTT
ATGACGTCATGGAATTATATGGTCAATGTCACTTATTTTATCATCGCCTT
TGTTAAACATCTTCAATATCAAGGTGATGCTGATGAAGGGTACGAAGTGA
TCAGAGACGAAGCTGTAGGTCTAATGGCTGGTGACGAAAGCAAACATGAG
GTATTCATGGAAAAAGGAGTGGTCCTCAGTGATCCCCTAGTCCTCGATAC
AATCCCTTCCAAAATGTCAATAAGTGACAAAGTCTATTGGTTCTTTCATT
CTCTGGCTTTCTTAATGTCTTCCGTGGTCGTTGTAGTATACTGGCCAATC
CTGTTCGACCCATCTTCATTTGAGAACGATTTTCATTGGTTCCAAACAAT
TGATCGGCACGGGATTGTATATCTCTTGTTCATTTTCCAATACATCTTCA
ACAAGATTCCAATCCGTATATTCCACTGTGTGTATGCTATCGCAGTTGCT
GTCATCTTTTTTATTCACACCTATATTTATTACTTGGTGACCAGCAGATT
GGTTTATTCCATCTTTGATTGGGGTAATGCACCTTTGAAAGCGTTCTACT
ACTTCCTGGGAATTGTTGCGTTGGCTATCATACTACAATTCATCTTATAC
GGTATTGATCGATTTAAGCATTGGCTTGGTAATCGAAAATGAATGGGATT
CAGAGATGAGTTTCGGTGCTCGAGTTTTGGTTTTGAGGGTGTGGAAAGAT
CAGCACTCTACAAATCTTACATCAATGTTCCACGGTGGTTTCGTCTTTCA
TCGCTCGGTGTTACGTGCGTCTACACATTTTCCATGATGATTGCTTCCAT
TGTGATTACGACTATGGAAGTACATAATAGTGGCTGGTTTCATTTTATGA
CGTCATGGAATTATATGGTCAATGTCACTTATTTTATCATCGCCTTTGTT
AAACATCTTCAATATCAAGGTGATGCTGATGAAGGGTACGAAGTGATCAG
AGACGAAGCTGTAGGTCTAATGGCTGGTGACGAAAGCAAACATGAGGTAT
TCATGGAAAAAGGAGTGGTCCTCAGTGATCCCCTAGTCCTCGATACAATC
CCTTCCAAAATGTCAATAAGTGACAAAGTCTATTGGTTCTTTCATTCTCT
GGCTTTCTTAATGTCTTCCGTGGTCGTTGTAGTATACTGGCCAATCCTGT
TCGACCCATCTTCATTTGAGAACGATTTTCATTGGTTCCAAACAATTGAT
CGGCACGGGATTGTATATCTCTTGTTCATTTTCCAATACATCTTCAACAA
GATTCCAATCCGTATATTCCACTGTGTGTATGCTATCGCAGTTGCTGTCA
TCTTTTTTATTCACACCTATATTTATTACTTGGTGACCAGCAGATTGGTT
TATTCCATCTTTGATTGGGGTAATGCACCTTTGAAAGCGTTCTACTACTT
CCTGGGAATTGTTGCGTTGGCTATCATACTACAATTCATCTTATACGGTA
TTGATCGATTTAAGCATTGGCTTGGTAATCGAAAATGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13256	MSTRG.13256	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13256.1.p1	MSTRG.13256.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13256.1.p1.exon1	MSTRG.13256.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13256.1.p1.exon2	MSTRG.13256.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13256.1.p1.exon3	MSTRG.13256.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000104_pilon	genome	sc0000104_pilon:423961..441702 +

You are here

MSTRG.13256.1.p1 (mRNA) -