MSTRG.13219.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13219.1.p1
Unique NameMSTRG.13219.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000103_pilon:1093427..1130499-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13219.1.p1 ID=MSTRG.13219.1.p1|Name=MSTRG.13219.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=37073bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000103_pilon:1093427..1130499- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTTGTTCATGTTTGTACCTTTCTTCAAAAGAATGATGTCATCAACAATG AACTCGTGCTACAAGGACACCAAATTGGTTGTCATTCTGGGTAGTACGGC GGTTGGCAAAACAAAGTTAAGCATCGAATTGGCAAAAATGTTTGATGGGG AGATTATTAGTGCAGATTCTATGCAGGTTGGTATAAGTTAGATATTGGTT GTTAATAAATTAGTTTAAGTACTTTAATGTATCTCATCTTTTCAACAGCA CCCTTTATTGTTTGCTATGACATTTTTCATATGAAGATTGTAACCTTTAA AATCCTTTTTTTCCCACGTAATAAATTCTGTTCCCCAAAACTTGTAGTCT GCACATTTTAAAAATTTACTCTTGAGGGAAAAAAATTATATGAATTAAAA GTAATATCTCGTTAGAAAGATAATTTTGAGTGGCTTGTTGAAGTAAGCTT TGTTGAATTCTAAAGATTTGAAAATTTGAATGAAGATTCTTTCTACACGG TTAAAAACTTTATTATATACCGGGTATAGCAAAAAAAAATTCCCTCAAGT TTGTTTCTGAGACTTTGAACTCAGCTGATTTTATATATGGTTTCAGATCT GTTTGATCAAAAATCACAACCCCACGAAAGTTTAAATGGGTGATCAATTA CTAAAGTTAGTCGAAATGGAATTCATAAATGCTCCAAGGTGTTTCATGTT TGATGTTAGGCGAGACCAATTTGATTAGTTGTTTTACAGGCCCGACCGAC CCCGAAATTTCAAAAATCGAAATAAAAATTAAATTAAAATTTTGGTAGTA TATTTTTATTTTCATTGCTTTACAGACTGCCAAATTTTCAAATTTTGTTC GTTTTTCCAAGATTACGAGAATTCTATGTTCAATTTTATCTATGAATTCG AGCTTTTAGTGTCTTTTTGTTTTCTTTTTCGCATTTTAGTTTTTGCTGGC 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TTCTCGTCCTTCATCCAGCTCCGCTATAACATTTCCCTGTTTGGAATGAG TTAGCATCTGGGCCGACATGAGGTTGTTGAACGTTTCTCTTTCTTTTTGT TTTTTCTTTCTTCTATTTAGTTACCAGACTCTCTGACAAACACGTGGATG AACCTACAAGTCAAATATTCCGCTAAACGCAAAGAAATCACCATCTACCT CAATGGAGGTCAAGAAATGAAATCGACCAACATTGAATCCGATCTTTCTA AACAAAGTGAAGACAAATTGAAATTTCAATTCGGTAATGCTGTAACTGAT TATCACCAGAAAGATTGCTCATTACGCAATGATACTCGATGGTTTGGTCA AATCGCTGAAGCTTATTTGTGGACAAGAGAGTTATCTAACGAAGAGATGA ATTTGGTTTTCGGACAACAAGTTACACGCGTCTCAAGCGATGGATTGATT TTTGCTTGGTATGGAGTTCCCAATGATTTTTTAATCACTGGTGGCATAAA TTATCATAATTTTGATGCAGAAGGGTTCCAGTTCCCCAAATAAAATTGAC TGATTTTCACTACTATAAAGTTTTTGAGTGCGGTAACATTTAGTCTCGAG TAATGTGAAATGTTCCTTGCATTACTCCGGATAGCTTTTGTAACTCTCGT TAGAGAGTATGGGTATTCAATTGTAAGGCTTCTCATCTTTCTTCTCCAGT CTTTATCAAACGTCACTGTGTATTTCGGACAGTAGCGTGGTACACGTTTT TTTTTATTAGAACACCTAAAATTTGGCTGAGCCTGGATGTGCTTATTTTT TTAGAAATTTTCAGCCTAAAATGTTCTTAAAGGGACATTAACGTAGTAAA ATGTAAACATTGTGCGAACCACGTGTCATTAAAGAGAACAATTGAAATCA CGTGTCCAAAACAAACTTGTAAAACAATTGAACAATCAAACTTAGCCATA TTTGGTTTGATATTTTATTTTGACATGTGACATTTGTTTTGATTTTGTAT CCGCTGCATACAGTTTGTTTACAAATTTCGCAAGTACTGTTATGTCCCTT TAAAGATGTTCTTAATTTTTCAGACTACTCTAAATCGATAATATCATACA AAATAAAGAGCACTTAAAATTGGTAAAATTTGGATAATATTTGACTCTCG ATTTTAGAAAATCCATCCCTAAATTCATTTAAAACTGTTTGAAAAGAGAA AAAATTGTAGTTTCTTGTCATTTTTTTCCAAACTGAGGCTGGGCATGTTC TTACGATGTTCCTAATTTTTCGACGAATTTCAGCCTCAATGTTCTTATAA ACTGGGTTCTAATAAAAAAAAAACGTGTAGCCGAAACATTGTTTCAACTT TACTTTTTGTGGCTTTGTTTATATAAATCGTTTCTTTTGAAATTAATAAT TAATTCATGAATTTTATTATTTTTTATTTATTGTAAATACATTCTTAGTT TCACTTTAGTTTGTCCAGTATTGGTATTTAACGTAATACGTCATTGTTCC TAACACGATTAATGTAAACGGTGCAATTATTCTATTTCTTTCAAAAAATA CCAAATGCATTACAGTGAAAACTCTTTAACTCGAACCTCTATAACTCGAA TGTTTTCTTAACTCGAACAAATTCGTGCTCCCCGTGCGTATGTCTTTTGA GTGTAAGCAAGGAATTCCTTGGCGAGAGCATACCACAAATTGGTTACACT ACCCCTCAAAAAAATAACGAAATAGCTCACAATTTAATCTTAGACAAAAC GACCAAAAGCTTTTCCTTTTGAAAAGTGTCTATTTATAGCTGTCCTATTT ATAGTAAATGGTCTCCAAAACATCAATTATGTCGTTTTTACTTTCATTCT ACAGACTTTGTGAACACAAGGGGGTTGTTTGCTCCTCTTCGAGCCTTCTG TTGACTGGAAATATGCCAAGCTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000103_pilon:1093427..1130499-

>MSTRG.13219.1.p1 ID=MSTRG.13219.1.p1|Name=MSTRG.13219.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4644bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000103_pilon:1093427..1130499- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ACTTTGTGAACACAAGGGGGTTGTTTGCTCCTCTTCGAGCCTTCTGTTGA
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CTCGTGCTACAAGGACACCAAATTGGTTGTCATTCTGGGTAGTACGGCGG
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GCTCCTCTTCGAGCCTTCTGTTGAATTTACCACACAACCGGGGAAACGCA
TTCAAGTTTAATGAAAAAACAACAAGATCAACCAGGCTCAAGCAAGTTGA
TTGATAACAGAGATGTTATAGCAGAGACAGCGTTATATGATGAACTGATG
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AATATCCAGAAGTTTGCAGAGCTTCGAAATCGAAAAGCATTTTTATTTCC
CGGTTCAAAACGAAGACACGGTGATAAGAATGAGGTGGATGACGAAGAAT
CCGATCAAAGAGGTATACAAAGGTCTTGATATTATCACAAACAAAGTGAC
ACCAGAGGAGAAACAATGCATACCCCATCACATGATTGATATCTTTGACT
CCACCCAAGAGTTCACCGTCATTGATTTCAAGCAACGAGCATTGAAAGTC
ATCACAGATCTGGTAAAGAGACAGAAAGTTCCTATCATCGTTGGAGGGAC
AAATTATTTCATTGAAGCATTATTATGGGATTTCTTGATCGAAGGAGGGT
TGGATGATGTGGATCCAAAGAAAGTTGTTCATGTTTGTACCTTTCTTCAA
AAGAATGATGTCATCAACAATGAACTCGTGCTACAAGGACACCAAATTGG
TTGTCATTCTGGGTAGTACGGCGGTTGGCAAAACAAAGTTAAGCATCGAA
TTGGCAAAAATGTTTGATGGGGAGATTATTAGTGCAGATTCTATGCAGAC
TTTGTGAACACAAGGGGGTTGTTTGCTCCTCTTCGAGCCTTCTGTTGAAT
TTACCACACAACCGGGGAAACGCATTCAAGTTTAATGAAAAAACAACAAG
ATCAACCAGGCTCAAGCAAGTTGATTGATAACAGAGATGTTATAGCAGAG
ACAGCGTTATATGATGAACTGATGAAGGTTGATCCAGAACGAGCCAATCA
ATTGCATCCAAACAATCTACGAAAAATATCCAGAAGTTTGCAGAGCTTCG
AAATCGAAAAGCATTTTTATTTCCCGGTTCAAAACGAAGACACGGTGATA
AGAATGAGGTGGATGACGAAGAATCCGATCAAAGAGGTATACAAAGGTCT
TGATATTATCACAAACAAAGTGACACCAGAGGAGAAACAATGCATACCCC
ATCACATGATTGATATCTTTGACTCCACCCAAGAGTTCACCGTCATTGAT
TTCAAGCAACGAGCATTGAAAGTCATCACAGATCTGGTAAAGAGACAGAA
AGTTCCTATCATCGTTGGAGGGACAAATTATTTCATTGAAGCATTATTAT
GGGATTTCTTGATCGAAGGAGGGTTGGATGATGTGGATCCAAAGAAAGTT
GTTCATGTTTGTACCTTTCTTCAAAAGAATGATGTCATCAACAATGAACT
CGTGCTACAAGGACACCAAATTGGTTGTCATTCTGGGTAGTACGGCGGTT
GGCAAAACAAAGTTAAGCATCGAATTGGCAAAAATGTTTGATGGGGAGAT
TATTAGTGCAGATTCTATGCAGACTTTGTGAACACAAGGGGGTTGTTTGC
TCCTCTTCGAGCCTTCTGTTGAATTTACCACACAACCGGGGAAACGCATT
CAAGTTTAATGAAAAAACAACAAGATCAACCAGGCTCAAGCAAGTTGATT
GATAACAGAGATGTTATAGCAGAGACAGCGTTATATGATGAACTGATGAA
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TATCCAGAAGTTTGCAGAGCTTCGAAATCGAAAAGCATTTTTATTTCCCG
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GGCAAAAATGTTTGATGGGGAGATTATTAGTGCAGATTCTATGCAGACTT
TGTGAACACAAGGGGGTTGTTTGCTCCTCTTCGAGCCTTCTGTTGAATTT
ACCACACAACCGGGGAAACGCATTCAAGTTTAATGAAAAAACAACAAGAT
CAACCAGGCTCAAGCAAGTTGATTGATAACAGAGATGTTATAGCAGAGAC
AGCGTTATATGATGAACTGATGAAGGTTGATCCAGAACGAGCCAATCAAT
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AATGAGGTGGATGACGAAGAATCCGATCAAAGAGGTATACAAAGGTCTTG
ATATTATCACAAACAAAGTGACACCAGAGGAGAAACAATGCATACCCCAT
CACATGATTGATATCTTTGACTCCACCCAAGAGTTCACCGTCATTGATTT
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TCATGTTTGTACCTTTCTTCAAAAGAATGATGTCATCAACAATGAACTCG
TGCTACAAGGACACCAAATTGGTTGTCATTCTGGGTAGTACGGCGGTTGG
CAAAACAAAGTTAAGCATCGAATTGGCAAAAATGTTTGATGGGGAGATTA
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TAACAGAGATGTTATAGCAGAGACAGCGTTATATGATGAACTGATGAAGG
TTGATCCAGAACGAGCCAATCAATTGCATCCAAACAATCTACGAAAAATA
TCCAGAAGTTTGCAGAGCTTCGAAATCGAAAAGCATTTTTATTTCCCGGT
TCAAAACGAAGACACGGTGATAAGAATGAGGTGGATGACGAAGAATCCGA
TCAAAGAGGTATACAAAGGTCTTGATATTATCACAAACAAAGTGACACCA
GAGGAGAAACAATGCATACCCCATCACATGATTGATATCTTTGACTCCAC
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CAGATCTGGTAAAGAGACAGAAAGTTCCTATCATCGTTGGAGGGACAAAT
TATTTCATTGAAGCATTATTATGGGATTTCTTGATCGAAGGAGGGTTGGA
TGATGTGGATCCAAAGAAAGTTGTTCATGTTTGTACCTTTCTTCAAAAGA
ATGATGTCATCAACAATGAACTCGTGCTACAAGGACACCAAATTGGTTGT
CATTCTGGGTAGTACGGCGGTTGGCAAAACAAAGTTAAGCATCGAATTGG
CAAAAATGTTTGATGGGGAGATTATTAGTGCAGATTCTATGCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13219MSTRG.13219Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13219.1.p1MSTRG.13219.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13219.1.p1.exon6MSTRG.13219.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13219.1.p1.exon5MSTRG.13219.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13219.1.p1.exon4MSTRG.13219.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13219.1.p1.exon3MSTRG.13219.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13219.1.p1.exon2MSTRG.13219.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13219.1.p1.exon1MSTRG.13219.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000103_pilongenomesc0000103_pilon:1093427..1130499 -