MSTRG.13115.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13115.1.p1
Unique NameMSTRG.13115.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000102_pilon:671082..685162-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13115.1.p1 ID=MSTRG.13115.1.p1|Name=MSTRG.13115.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14081bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:671082..685162- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GTCATTGCATTGATGTCAAAAAAGATGCATTGACTTTAGACAGCCAATTT TTTTGCCCACTTAAATTCATAATTTGAATAGGCAGCGCGAAAAATAGACC GTTTTAGAGCTAATTGAGTGAAATTCTTTTATCAGTAATTTAGTACTATA GTTCTGTCGATAGCAATAGACCTTTTCATAAATTACGTCACGTTCTTCAC TTGCCTTGTATTCAAAAAATTACCATGGTGTAATAAAATCCGCTGGGAGT TAATCACCAATAATTGGCAATAATTTCCAAACGAGGCGAGTGATGTTCGT AGCGTAATTTATGAAAAGGTCTATTGATGATAAAATTCTAGAATTCATTT TTTTTAGGGAAATGTTCTTGTTACGGAAAAAGAATTCACAATTCAAGAAG TCGTCAAAGCCAGTCATCAAAACAGGGTTAAAAACTTTTATTGTTAAACT CTGAAAATAATAACTATTTTGATTCAAACAAAACAGGCAAAAGATTGTGT AAACCAAGAAATTAAAGCGTAAAACACATTTTTCTTTTAACCATATTTCG ATCTTTATAGATCTTTATGTAATTACTTATGTACTTATGTATATACCCAA AACATTTTATTACCCAGAGCATTTTAAAAATTATTCCAAAATTTCAGTGG ACCACTTTGACTTTGTTCGCACGTGATGGTAAGCCATTCTATTGGTTGCA TTCAAGTGTTACGTCACTTCTAACCAATAGAATGACTTCATTCTGTTTGG GAGCAAAACGGAACTATCACGTGCGAACGTGGTCTTAAGTGAGGAATTTA GGACCGAATGAGACGCGAACTCATCTCATAGTACTTATAGTAAATTTAAT CATTATGCTAGAAACTCATTCGAAAAAAATAATTTGGACTGTTTTACTCT AGTAAATTAAATAAAGGTATCCTAACTTTTCATCTTCAGATCAAGCACAT 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GAACAAAAGCAATGGTTTTGCATAAATGTAGTTTTAAATATAACCCTTTT TTTCAATAAGGATATTTATGTTAACTATATCGCAACAAGGTCATATTTAT CATCCATCTCTGAGAAGGAACTTGTTTCGTGTAATTTCAACGTATCATTT TGTTTCCCTAACAGTCTATCCAAAATTGCTTTTGGATGAGTATTTTCTCT CAGTGTACGTCGACTTCTCATGAACTTTAAAACATCATAAAACAAACCCA GGGAAACTAAAACACCTACCATACCAACAAACACCTTTACAGAGATGTTA TTTTCGAATAGCTCTCCAACCGTTCCGATATAGATGGTCTCCATATGACA ATGTCTTTCATACTTCGTCTGCATGTAATCATAAATCTCCTCTCGATTCT TATGCATGCATCTGAGCACTTTGATTAACTCTTGACTAGGCTTACTGCTC ATGGTACATCGAATGAAAAGCTGTGCTGGTAATGTTTGAACAATATGTAA AGGTGGACTTTGACCATCGTGACCGTGGATCTCCTCTTGGTACCACGCAG CAATATCAGCGCTGATCATCGCTCCAAACACTTTCTCTTCTCGCACTAAG TTCAATACTTCTTCGTAAGAGGGTGCGGGAACTATTTTGGCGGAATAATC TTTCGCCGCCACTTCTGCTTCGTACGAATCCTGTAAAATCATATTCGTGA TATTCACCCACCTTTTCGACCGTAGTCACGCAGTCCAGGCGCGTGTCACT TAATTATTTAATTAAAATCCTAAACTCCCTAATCTCGATTCAATCCTTTT TTGACACCTTTTTCTATTGTCTATAGGTGCGAAAAAAAGACTGGGAAGAT TTTAGGGTCGTAAAAGGGACAAAAAATTGCCCGCGCGGCAATTGCCGGCT ACGGTCGAAAAGGTGTATGTATTAATGATGTAATGTTTCGTATGGAAGCA 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TTGAGAATTTTCTTCCAAGCTGTATAAAGACGGAATTCTGCACGAATCAA AAATCATATTTTTAGTGTAGGCGAAAGAACTACCATCTTTTGGCACAGGG TTCCACTGCCACTTTTCTAGCAGAAAAAGACCAGGACTCTGGATATAGTG AAAAAATGAGCTTCGGAAAAATAAGCCATACATTTAGAAAAAAAAAACCT TTCCAAAATCATGCCGATAATCCCGGAAATCTGGAAATTTTCTGGAAAGT TAAATGGATCTTAGTCTGCCAAATACAATGTTATGGTAAGCGACGATAAG TTCCTAAGCCTAATTAATAAAATAATACCAACCTAAAACAAACGATCGTT CAACATTCTCATTCCAAATCCGTTCAACGAACCAGATGAGAATACTGAAA AAGATGGCCATAGGAATCACAATGACAAAAATAATTTTAGTACTAGCTAT TCCTCGTAAGATTTTATGTGGCAAATCGATCATTTTACGTGGGAGGATGA CCACCATTTTGTTTGTTTTCATTAGGGAGAAGGATCGAAGTGTGTTTTCA TTCTCCCATTCATCACCCATCTCTTGCATCTGTGGCGAAAGAAAGATTTC ACCTTCTTTGATCCCTGTCAGATAATCTTTGCCGTATGGGAACCCCTTCT TAATGTTTTGAATAAAGTCTTTCCTAGATTCGAATTTCTTCACAAAATCG ATTATAGTGACGTTTGGGTTTGGATTACAAAAGGAGTTAGCTCTTGTGAA TATCTTCGGAATGATTCCATCGATTTCGCCACGGTCGTTTGTGAACATGT ATGGTTTGACTTCCCAGAATACACCTTTCATCAGTGATGATTTGGTGGTC GTAAGGTTTTCAGCTAGCGAAAGTGTGGTGGTCTTAGCGTTTTCAGCTAG TAATTGTGTGGCGCTCGTAGTGTTTTCAGCTTTTGATGACGTGGTGGTGT TCATAGTGTTTTCGGCTTGTGATGACGTGGTGGTCGTAGCGCTTTCAACC AGTAATGGTGTGGTGGTCGTAGCGTTTTCTGCTAGTAATGGTGTCGTGGT CGTAGCGTTTTCAGCTAGTGAAGGTGTGGTGGTTGTAGCGTTTTCTGCTT GTGATGGCGTGGTGGTCGTAGCGTTTTCTGCTAGTGAAGGTGTGGTGGTT GTAGCGTTTTCTGCTTGTGATGGCGTGGTGGTCGTAGCGCTTACAGCTTG TTTTGATTTTAAAATCAAAAGTTGTAACAAAATTGATAATAGCTTCATTA TGATGGATTATCAAGTCAGTATCAAAACTTATACAAGCCTCACTCATAAT AACCTGATTTCCAAATTGAATTAGTCAAGAAATTTTATGATCATAAACTT GTATAGAGTTTATGTTTGGGAGGTTGATTTTATATTTTATCAAGTTAAGC CAATTTATTATTGATAACTTCCAAACAAGTCTGTCAGTCTTTTAGTAGCG GGTGATCGACTTTGAATTAGAAAAAACTACGGAAAGTTTGTTTGAAAGGA TAAGGTGACACTGTGAGCTAAGTTCAAATTTGTTGTAAAGTAACTTGTTA ATATTGATTAGAAAAATGATGAGGAAAATATACAAATCGAAAATTTTTCT TTACCTCCAAAGAGAAAGAAATGTTAGCCTGCTATTTTTAAACTGGTTTC TATTTCCCCATACCGATGTGTGTTTTTAAAAGAATAAACCTTTTTCTCAG AACATCCAACATTTTTGGGGCCTTCGGATATTTTAACGTTTTCAGTACGA ACCCTAAATATAATCCTAAAAATGTTTTTATTTTCACCATCTTGTGAGTA TTTTTGTAGTATTTTCCTAAAAAATTGGAAACTTGTTCTTGATATTTAGC TATCGAAGCCTTATGTTATCATATTGTTCTAACAATGCTGAAAATTCCTA 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TGAAAACCCAATTCAAAATTTTCTTTTCATTTTTGTAGTTTGGTAAGAAG CCACACCCTTGGGTTTACAATGTGAACTAAAAGTAAACACGTCTTGATAC CAAAACGAGAGAAAGTCTCCTGGTGTTATGGTAATACAAACGAAAAAACT TTGGTACATATTTTTTAACTGTTTTTTGGTAGTTCCCAGAAAGCTGATTG TTGTATTTTGTCATTTTTTGTAGTAATTTTAATTTAAGGATTTGCTTATC AAATTTTCAACATTTTATTTTGAAGTCTTTTGTACTTTTTTTTATCATCC AGTCATCCATTCCTCTTCATTGAGAAGAGCCCAATTTTGTAGTGGGTATT TCCAACACATTCTCGCACTTATTTTACCAAAAAATACCTAAAATATGTCA TTTCGTTCTTTGATAGTTAGGGTTAGGGTTTGTCGTTCTTTTTGTCGCTT TTTAATAGTTATTTATCGTTCTTTTTAGATTGTCTGGATAGTATTTACCG TAATTACCGATTGTAGATTTATGGATTTTTACATATCTACACATATGGTA GATTTAAGGATGTTTACATATCTACACATATGGTGGAAATAAGTGCGAGA TAGGCCTGGTATTATCTATGGTTATTTAATTGCCATCATTTAAGGGGAAA GCTTATATCAAATTTATTAGATTTAACTAAAGTATATTTTAAAGTATTTA TATGGATTTATTTAGAGATTAATGATTTATGTGTTAAAAGATTCATCTAA AAAATGAAATGGTGTAAACATAAGACTTTCA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000102_pilon:671082..685162-

>MSTRG.13115.1.p1 ID=MSTRG.13115.1.p1|Name=MSTRG.13115.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3630bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:671082..685162- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CGGCCCTTACTTCCCTGGTGGTAAGATGCGACCTGTATCTTTACTTGCGA
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ATGGTTGGAGTTCTCCTATTATCAAAACCCATGAGCCACTAATGTTGCAC
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CTTTTGTTTGTAATCACCTCACCAAGCGGCCCTTACTTCCCTGGTGGTAA
GATGCGACCTGTATCTTTACTTGCGAACCCACAACATGTGCGATCATGGT
ATGGTGGTATTGGAGAGGTCAAAGCTGATTTATGAAGGAATGAAAGCATA
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ATAGGTTTTGGAAATCAGCTCACAGGATGGCTTTACCAACGTTCAACCAA
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GGTTCCAAGACAAGAAGGGAAATCATTATACATTCGCCCAACTTTGATAG
GTTTGGATAGTGAAAATCTTGAAATCCACCATACAAAATATCCAAAAGAA
AAGCCTGATCCTGAGAACTTACCCTTTGCTAAAATCATGTCTGATCATAT
GTTGGTGATTGAATGGTTTAAAGGTTATGGTTGGAGTTCTCCTATTATCA
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GGTAGTCAAATGTTACGTCTGCAAGCATATCGCAACTTTTCCAAACAAAT
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AGAAACTATGGACCTACATTGTATTTACAAAGAGAAGCCATGACCTGCTT
CAGACATTAATGATATCAAACGTGCCCTTTTGTTTGTAATCACCTCACCA
AGCGGCCCTTACTTCCCTGGTGGTAAGATGCGACCTGTATCTTTACTTGC
GAACCCACAACATGTGCGATCATGGTATGGTGGTATTGGAGAGGTCAAAG
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GATGTTTCGTCCAGAATGTAACATGGATAGGTTTTGGAAATCAGCTCACA
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GCACTCGTCAATTTGGAGAGAGACTGGGTTCCAAGACAAGAAGGGAAATC
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TTATGGTTGGAGTTCTCCTATTATCAAAACCCATGAGCCACTAATGTTGC
ACCCTGGAGCAGGAGCTTTACAATATGGTAGTCAAATGTTACGTCTGCAA
GCATATCGCAACTTTTCCAAACAAATAAGAAGATTTGTCCAGCCAGCAGC
CTCTTATGAAGAATTCAATGATATTAAGAAACTATGGACCTACATTGTAT
TTACAAAGAGAAGCCATGACCTGCTTCAGACATTAATGATATCAAACGTG
CCCTTTTGTTTGTAATCACCTCACCAAGCGGCCCTTACTTCCCTGGTGGT
AAGATGCGACCTGTATCTTTACTTGCGAACCCACAACATGTGCGATCATG
GTATGGTGGTATTGGAGAGGTCAAAGCTGATTTATGAAGGAATGAAAGCA
TATCATGGTGTTGATGGTCAGATACGGATGTTTCGTCCAGAATGTAACAT
GGATAGGTTTTGGAAATCAGCTCACAGGATGGCTTTACCAACGTTCAACC
AAAAAGAATTGTTACAGTGTATTCACGCACTCGTCAATTTGGAGAGAGAC
TGGGTTCCAAGACAAGAAGGGAAATCATTATACATTCGCCCAACTTTGAT
AGGTTTGGATAGTGAAAATCTTGAAATCCACCATACAAAATATCCAAAAG
AAAAGCCTGATCCTGAGAACTTACCCTTTGCTAAAATCATGTCTGATCAT
ATGTTGGTGATTGAATGGTTTAAAGGTTATGGTTGGAGTTCTCCTATTAT
CAAAACCCATGAGCCACTAATGTTGCACCCTGGAGCAGGAGCTTTACAAT
ATGGTAGTCAAATGTTACGTCTGCAAGCATATCGCAACTTTTCCAAACAA
ATAAGAAGATTTGTCCAGCCAGCAGCCTCTTATGAAGAATTCAATGATAT
TAAGAAACTATGGACCTACATTGTATTTACAAAGAGAAGCCATGACCTGC
TTCAGACATTAATGATATCAAACGTGCCCTTTTGTTTGTAATCACCTCAC
CAAGCGGCCCTTACTTCCCTGGTGGTAAGATGCGACCTGTATCTTTACTT
GCGAACCCACAACATGTGCGATCATGGTATGGTGGTATTGGAGAGGTCAA
AGCTGATTTATGAAGGAATGAAAGCATATCATGGTGTTGATGGTCAGATA
CGGATGTTTCGTCCAGAATGTAACATGGATAGGTTTTGGAAATCAGCTCA
CAGGATGGCTTTACCAACGTTCAACCAAAAAGAATTGTTACAGTGTATTC
ACGCACTCGTCAATTTGGAGAGAGACTGGGTTCCAAGACAAGAAGGGAAA
TCATTATACATTCGCCCAACTTTGATAGGTTTGGATAGTGAAAATCTTGA
AATCCACCATACAAAATATCCAAAAGAAAAGCCTGATCCTGAGAACTTAC
CCTTTGCTAAAATCATGTCTGATCATATGTTGGTGATTGAATGGTTTAAA
GGTTATGGTTGGAGTTCTCCTATTATCAAAACCCATGAGCCACTAATGTT
GCACCCTGGAGCAGGAGCTTTACAATATGGTAGTCAAATGTTACGTCTGC
AAGCATATCGCAACTTTTCCAAACAAATAAGAAGATTTGTCCAGCCAGCA
GCCTCTTATGAAGAATTCAATGATATTAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13115MSTRG.13115Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13115.1.p1MSTRG.13115.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13115.1.p1.exon11MSTRG.13115.1.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon10MSTRG.13115.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon9MSTRG.13115.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon8MSTRG.13115.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon7MSTRG.13115.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon6MSTRG.13115.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon5MSTRG.13115.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon4MSTRG.13115.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon3MSTRG.13115.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon2MSTRG.13115.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13115.1.p1.exon1MSTRG.13115.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000102_pilongenomesc0000102_pilon:671082..685162 -