MSTRG.13080.3.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.13080.3.p1
Unique Name	MSTRG.13080.3.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+
coding sequence from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+

mRNA from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.13080.3.p1 ID=MSTRG.13080.3.p1|Name=MSTRG.13080.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=26519bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AACTTACTGATATCTTGGTTGGCACATAAACACTGTCCAATGCAAAGAGC
CAAAACCAAAAGTTTCATCTTGGATATGTGTATGATTAGTCAGGAAAAGC
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TAAGAAAGTGCTAGGGGCAAACATTCCAGTCGCGGATTTCTTATACTATA
AGGTGATAAGAAAGTGCTAGGGGCAAACATTCCAgtcgcggctttcttat
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GAAAAGTTTTTCACAGATGGCCTCCAGTGATTCGAGCATTTTGCTTGAAA
ATCATTCGCTTTTCAGTTACAATCTGGAATGATACATAATAATGAGAAAC
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TCATAAACCAAATATCAACTATTACTTTCCACTAAAACCacaagaaatta
aaattataaaacgCCATGGGTTAATTAAAACTAATTACTGACACAAGTTA
TCATTAACATACTGTAGTCAAAGCATTAAATATTAATGATTGACTAATTT
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gaagaaatttGATGGATAGTAGCCAGTAATTAATGATATTCTTATTCTTG
GCtctatatttctttgttttgttgtaGCTTATGTAAGACTATGGTTTTGG
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GGGTCTTTTGAGTTATATAAGGCAATATCGTTGATGATAGTTTGTTTGGA
GAATCTGGAGGAAGAATGATCATTGTAAATTGCTCATGAAGGTGGAAACA
ACCtgtcaaattttgatgaaatttacaCTGGAATGTGGTAttaatgaaaa
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ATTTGATCGAATTATAGAACGATTCCAgaaatagaagttcgaattagaga
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TCTACAGATGGTGGATTAGATGAACAATTACCTCGTTTCACAGTCGAGCG
GAAAGATGGCGACTCACATATGGAACGTTGGCATCACAAACAATCTAGAT
TTGCATCTCTGGTTAAGATCCTTTTCACCATTTTCATGTCTTTGATGACT
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atCTGATCACTTGCAAACCCCTCCCCCTGTTTACATTTAAAAGCAAAGTT
ATATTCCGTCcattttttgcagaaaatttaCATCTGAAAGGGTCCATTTG
AGAATTCTAGCGACAGCTCCCTATTTGCTATCCCATACTCGAAATTGGAT
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TTTTTCGGCcataaagagagaaaatatcCGAAGATTTTGAGCTTGCTTCG
CTCGGTTAATTATTTAAAGTTTGCCACGATTTCGGTCCAGCCAACACGTT
ATACTgatctaaaaatacaaaatctttcTTTAGATTTAAAGGACCCTTTC
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CCGAGGTAGTGGTTTGTGTCACTTCGAAgggcaatttttttgtcaattct
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CAATTCACCAGGGAAATCAATTCATTGAGTGACGAGGAAGAAATGGAGCT
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GAATCTTTCAGGTTACGATCAATATGGCACATACACCGGTGGATACCaac
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ttttagtgatttatgttttgatgtttgttatacagttttaTACACTGGTC
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TGGAATCTTCGGCGCCGTAGTATTGGAAGGACCATAGCAGCCAAAGCGAG
AGTTAAATCAATCTTGGGAGGGAAATCAATGAAACGAGCTAAAGTTCATG
AAGTCAATAAAATAACAACCAGCTCCGTGAAAAAGCCCTATGAATGGGTC
GAACCCAAAAAGATAAGATCATTCCCACTCTCATAAAGAGGTGgaaaaac
gttgaataaatgaaaaacgaaaacaatagaaagaacaatgaaacacaaaa
agagattttttgaaCCAAGTCATGTTAACGCAGTGGTTTATCCCTGATAA
AGGATCAGAAGCCCGGAGATTTCTTCATTTAGCAATGTCAATAGAGCGTG
TCAAAGTGAGTTTAGTGTCTTTGACATGACATTTTGAGACTTATTGTtag
ttaaaaatacaaaaagactTACTGGGACTGCTACGTCGGTGGTTTAAGCA
TCGTTGAATCAATTGTAAATAGCCAAATCTTTGATGGTCTACCTATTTGG
TAAtttcttgttgtatatagttttcctcttttataatcagtttttgcaat
ttttatttctggttttATTAGTTGTTGTAGATTATTtctaaagaaataaa
atgaaaacactaTCAAAGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+

>MSTRG.13080.3.p1 ID=MSTRG.13080.3.p1|Name=MSTRG.13080.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=79020bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:180518..207036+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaCGGACGAGGAGAATAGAAGGAGTCCCGCTGAACTGAACGAGCCCGT
CGTTGACGGCAGTAGTAACAGTGGTAGTGGAAGCTACGAAATGCAAGAAC
CTTACATGAAACCAGATTATGACCTCGACCACCTCATCAATGGTGGAAAC
ACTCCTAATAGTACCTTGGGTAGGACCAACCCTATGATTTATGAGTACGA
AGATAGTGTGTATGGGGGCTACAACCCTCGATCTGAAGCAGGATACCCCT
ACGACGGTAGATCCCACTACGATGGGAAATCCCAGTATGGAGGTACCACT
ATCGGTAGACATAGCATGTACTCACCAACCGTTGACGGAATGACGGTTGA
TGGCATGACTGTAGGAACGGAGTCCGTTCTTGGTCAACCGGAACACCGAT
TCACTGTCGAACGTAAAGATGTCGATTCCCATATGCATCGTTGGTATAAA
AAACCATCAAGGACTTTATCATTACTTAAATTCCTGTTAGCTGTCTTTGT
AGCTTCAGTCACTCTCTTTTGTGTTGTTGTCAGCAAGTTAACAGTCATCG
GCATTGCACAAGGCTTTGTTTACCATAAACCAACGGATAAGGCTCTTACA
GATCATTTCGACACTAAACATGCATTCTTGTGTGGCAAAACAACCACCAA
TTCAACGCATTATGCTGTATACGAAAACGCCGAAGTTTGTATGCGTGAgg
ttgtctttgttatgctgtGTATCATTTTAATGATTCCCCCTGCAGTCACT
TTGATCAAATTGTTCGTCAAGACATGTCGTAAGATCACACATCCATGGCC
AACCAAGCTCGCTATCTTATGGGGTGCTATCGGTACACTTATGGAATCTG
CTGGTTTATCATTATTCTTTGTCGGTTTGGTAATGCATGTTATGGATACT
GATATTGTTTTGATTCTAATGAATGCTTTATTCATCATCCCTGTCATTTC
ACAATTCACCAAAgaattcaaatcacttcaaaacgaggctgaaatgGAAC
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ATTCTTAGCTCCATTGCTTTCGTTTTCCAAGCTGGTGGAATTATTGGTAT
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TTCATGGCTTTCTTTACATACATCTTTGAGACTGCCGATGTCACCAATAT
CCATCATGGATTCTTCTACATCACTGCCAATAAAACACTCTTCGGAATGT
TCCTTGTCCACATCATTACCAGTTTTGTTGGTTATCATTTCGCCTGGATG
GGCTGCATGATCACTCTGCAACGTCTCTGCTTTGCTATCCCACTCACATT
CGCAACTCCTATCTGCATCGTTATCGTTCTTACCAAGAGCTGCACTTACC
TCGCTTTAAGCGAATGTCCAGCCAGCTTGTACAATCAACACGGATTTGTG
GTCGCTCTTCTTAGCGTTGCCTTATGGCTTGGTCAATTCTTTGCTACCAC
TTATTATGCATGGAAAAGTCAAGATTTCGTTATGGCTGAAGAAGCAACAC
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GCCCGAAGATCCCAAGAACGTATGTTTGAATGTCATATCTGGTTTGATGA
TGGTGTTCGTGACAAGACATTGAAGACATTCGCCATCCAATTGATTTCAT
TGTTACCAAACACTGTTCAAGTCCAACCAGAAGAAGCGAAGAAGATCTTA
ACACCTTACGGAATGGAATTATATTGGACTCTACCAGGTGGCATGCCTTT
CCATGTTCACATGAAAGATAACTTCAAAGTCAAGAACAAGAAGAGGTGGT
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GCGCTGTCTGCGGTCGAACACATCCTATGGGTACAGGACCTATGGTATGG
TACCAGATTTTTGATTACGCTATCGGTCATTGGTTATTGAAAGTTGCTGA
ACATGTGATGGGATCTGTACTCTGTTCTCCGGGATGTTTCTCTGTCTACC
GTTGCCGTGCTATTCAGGATATCCTCCCACAATACGCTTCCTCTGTAGAA
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CTGATACCACATACTGTCCAGAAGAATTTAACGAGTTTTTCAAACAACGT
CGTCGTTGGGGTCCATCTACACTTGCTAACCAAGCTTTATTGATTCAACG
TCAAGGAAGCATCCGTCAAAGTAACGATGATATCAATTTGGTGTTCATTA
TCTATCAAGTTCTTATGTTGGTTTCTACAATCATTGGCCCTGGAACCGTC
GTCTTGCTCGTCTCATCTGGTTTAAATGCTGCTTTCCCTGCTGTTGTCTC
CCTCACACAATCCTTCTTGATCAATTTATTCTTGGTATTGTTCTACGTTT
GGGTTTGCATGTATTACAAACAAGATACACAACTTCACGTGGCTCAGCTT
TTGACTTTCTTATATTCCATCATTATGACAATCACTATTGTTGGTTTGAT
GGTACAGATTGCAGACGATTTGTACAAACAACGAATGGAAGGGGACAGTT
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TCTTCTTCCTGGCAGGAATGTTTTTGACGACAGCTCTCTTACACGGTGGT
GAATGTTTACAACTTGTTCACGGATTATGGTATTTGTTGTGTCTTCCATC
CAGTTATATTTTCCTGATGATATTCTCCATCGCAAATATCGCTGATAGAT
CATGGGGCACCAGAGAAGAGCGCCCACAGCTTCATAAACCCGTCGTCGAA
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ctgttgtttcaaagaagaaactgaaaaactgTTGAATATgaagagagaaa
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gaaacCAATCAGAAAGCTTGGTGGTTAGCACATAAAAACCAGCCGACGAT
CGAACAAAAAAGATTCATTCAATTCAACGAAAGTGACGAAGAACTTTCAG
ATGAAGAACCGATGATTTTCAAAGAAGGTTTCTCTGATGGAGAAACTGAA
GAATCAGATAATGATAAGGAGGTTGATTCAATTGGTTTCGGTAAAAATGC
TGAAGatgagaaagaaaattcaaCCAAAAGTGTTTGGGCGAAAGCGAGGA
ATGTGATTGGTCGATACACCAGTCAGCGTAGGAAAGATTTCGAATGGAAT
ATGCTTGAAGAGGCGAACCAATACGATTTTGAGCAAGCTTATACAAGTGG
TTACGATCAATATGGCACATACACCGGTGGATACCaacaatatctttcca
acgatgatGATGAATGCTTTTGTACAGTTCTCATTGAGGATTGGTTGTAT
GGGACATATTCTGTTTACATTTCCTTGTTCAAAGATGCTGGTTACGATGA
TACCACATTCTTGATGGGAATGAAAGAACcagatttgattgaaattggAA
TCGAAAATCGTGGTCATCGTAAGAAGATCTTGAGTGAAATTCATCGTTTA
CCTCCGGAGGATATGGATCAGAATGTACccGAAGATGTTTACCAGTGGCT
AGTGCTCCTTGGTTTAGGACAATACTGGATGAAATTCCAGGAGAATTCTT
ATGACGAACCGAACTTCTTGGCTGATTTGAAATTAATGGATAAACCGATG
TTATCCAAGACCTTTGGTATCAATAAACCAGGGCATTTGAAGAAATTGGT
GAAAGCTATCAAGAAGTTGAAATACCCAACCTCTGCACAACGAAAGATAC
GCGATGCAAAGCGAGCACTGGACAAAGTTCAAACGTACAATCTAGCTGAA
GACAACATCAACGAGCATATTTTCTGGGAACAGTTACGTAAAGTTTGTTT
GCACAACGAAGAGGATGCTTTCTCACAAAGCGATGAGTTGAAATCAAAGT
TGATGGAATTAAGGAATtctgttttggttgtttttgctGTTTTCAATGTC
TTATGGTTGGTGGTAATGATGGGGATCTTGAATCAAGGCGAGAAACTGAA
ATTgtataattcgaactttttaagtgtcacttttttagtgatttatgttt
tgatgtttgttatacagttttaTACACTGGTCATTCACCGTATCTCGACC
TGGATGCATTTCGTATCTCGAACGCCTTTCAAACCTGGAGCAAGTAAAAC
AGCAGCTTGGGATTTCAATGATGATGAAGTGAAAGAAGAACCGGCACACG
AAGAATTAGAAGAACACGGTGAAGTGTTGGCTTGGAATCTTCGGCGCCGT
AGTATTGGAAGGACCATAGCAGCCAAAGCGAGAGTTAAATCAATCTTGGG
AGGGAAATCAATGAAACGAGCTAAAGTTCATGAAGTCAATAAAATAACAA
CCAGCTCCGTGAAAAAGCCCTATGAATGGGTCGAACCCAAAAAGATAAGA
TCATTCCCACTCTCATAAatgaCGGACGAGGAGAATAGAAGGAGTCCCGC
TGAACTGAACGAGCCCGTCGTTGACGGCAGTAGTAACAGTGGTAGTGGAA
GCTACGAAATGCAAGAACCTTACATGAAACCAGATTATGACCTCGACCAC
CTCATCAATGGTGGAAACACTCCTAATAGTACCTTGGGTAGGACCAACCC
TATGATTTATGAGTACGAAGATAGTGTGTATGGGGGCTACAACCCTCGAT
CTGAAGCAGGATACCCCTACGACGGTAGATCCCACTACGATGGGAAATCC
CAGTATGGAGGTACCACTATCGGTAGACATAGCATGTACTCACCAACCGT
TGACGGAATGACGGTTGATGGCATGACTGTAGGAACGGAGTCCGTTCTTG
GTCAACCGGAACACCGATTCACTGTCGAACGTAAAGATGTCGATTCCCAT
ATGCATCGTTGGTATAAAAAACCATCAAGGACTTTATCATTACTTAAATT
CCTGTTAGCTGTCTTTGTAGCTTCAGTCACTCTCTTTTGTGTTGTTGTCA
GCAAGTTAACAGTCATCGGCATTGCACAAGGCTTTGTTTACCATAAACCA
ACGGATAAGGCTCTTACAGATCATTTCGACACTAAACATGCATTCTTGTG
TGGCAAAACAACCACCAATTCAACGCATTATGCTGTATACGAAAACGCCG
AAGTTTGTATGCGTGAggttgtctttgttatgctgtGTATCATTTTAATG
ATTCCCCCTGCAGTCACTTTGATCAAATTGTTCGTCAAGACATGTCGTAA
GATCACACATCCATGGCCAACCAAGCTCGCTATCTTATGGGGTGCTATCG
GTACACTTATGGAATCTGCTGGTTTATCATTATTCTTTGTCGGTTTGGTA
ATGCATGTTATGGATACTGATATTGTTTTGATTCTAATGAATGCTTTATT
CATCATCCCTGTCATTTCACAATTCACCAAAgaattcaaatcacttcaaa
acgaggctgaaatgGAACTTTCACCAAAATTATACCAAAAACGACGAAAA
ATTCATATTCAGAATGTCATTCTTAGCTCCATTGCTTTCGTTTTCCAAGC
TGGTGGAATTATTGGTATCTTATACTTGATTTATGACACCAACAAGGACT
ACAAACAGATGATCATTATCCCATGCGCTATCACTTTAATCGGTATCGGG
TGGAGTCCAAAGATCAGAAAATTACAAATCGATCATGATCTTGCTTACGT
CTGGTCCGACACTTCCGATCAAGctttagaacaacaaaaattaccaaaag
ctCATCGTGTTCGTTATTTCCGTGGTGACAGcaccaaaacaaagaaatcg
gTCGATTTCAGTGACGCTGCATCAACCGTCTCCACTAAATATTCCAAAAC
acaaaagaagaaatcaaaCATCAAAGATGATGCCAAAAAAGTCGTCGTCC
AGACCAACACATCTCGTGGTAAAGCTACCTTAATCAATTGCATGATCAAG
ATTGTCGCTATCCCGGTCTTCATGGCTTTCTTTACATACATCTTTGAGAC
TGCCGATGTCACCAATATCCATCATGGATTCTTCTACATCACTGCCAATA
AAACACTCTTCGGAATGTTCCTTGTCCACATCATTACCAGTTTTGTTGGT
TATCATTTCGCCTGGATGGGCTGCATGATCACTCTGCAACGTCTCTGCTT
TGCTATCCCACTCACATTCGCAACTCCTATCTGCATCGTTATCGTTCTTA
CCAAGAGCTGCACTTACCTCGCTTTAAGCGAATGTCCAGCCAGCTTGTAC
AATCAACACGGATTTGTGGTCGCTCTTCTTAGCGTTGCCTTATGGCTTGG
TCAATTCTTTGCTACCACTTATTATGCATGGAAAAGTCAAGATTTCGTTA
TGGCTGAAGAAGCAACACTTTTCTGGGTACCGACTTGGGATGGAACTCTC
TTGGAACAAAACATGTTGCTAAACCGAAAAAACGAAGCCACCAACGAATT
CTTTGTCAACTACCGAACATTGGTCAAACAGAGTCACGTCTACATTTGCA
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GTGAATGTTTACAACTTGTTCACGGATTATGGTATTTGTTGTGTCTTCCA
TCCAGTTATATTTTCCTGATGATATTCTCCATCGCAAATATCGCTGATAG
ATCATGGGGCACCAGAGAAGAGCGCCCACAGCTTCATAAACCCGTCGTCG
AAGATATAAGTATACCAAAAATATTATGGATAAAGTTACGCCaagttttt
ttctgttgtttcaaagaagaaactgaaaaactgTTGAATATgaagagaga
aatggaagaaaacgtgaacaaggaggaacgagaaaaacagaagagactgg
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ATCGAACAAAAAAGATTCATTCAATTCAACGAAAGTGACGAAGAACTTTC
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AAGAATCAGATAATGATAAGGAGGTTGATTCAATTGGTTTCGGTAAAAAT
GCTGAAGatgagaaagaaaattcaaCCAAAAGTGTTTGGGCGAAAGCGAG
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ATATGCTTGAAGAGGCGAACCAATACGATTTTGAGCAAGCTTATACAAGT
GGTTACGATCAATATGGCACATACACCGGTGGATACCaacaatatctttc
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ATGGGACATATTCTGTTTACATTTCCTTGTTCAAAGATGCTGGTTACGAT
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TACCTCCGGAGGATATGGATCAGAATGTACccGAAGATGTTTACCAGTGG
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TTATGACGAACCGAACTTCTTGGCTGATTTGAAATTAATGGATAAACCGA
TGTTATCCAAGACCTTTGGTATCAATAAACCAGGGCATTTGAAGAAATTG
GTGAAAGCTATCAAGAAGTTGAAATACCCAACCTCTGCACAACGAAAGAT
ACGCGATGCAAAGCGAGCACTGGACAAAGTTCAAACGTACAATCTAGCTG
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TTGCACAACGAAGAGGATGCTTTCTCACAAAGCGATGAGTTGAAATCAAA
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tttgatgtttgttatacagttttaTACACTGGTCATTCACCGTATCTCGA
CCTGGATGCATTTCGTATCTCGAACGCCTTTCAAACCTGGAGCAAGTAAA
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CGAAGAATTAGAAGAACACGGTGAAGTGTTGGCTTGGAATCTTCGGCGCC
GTAGTATTGGAAGGACCATAGCAGCCAAAGCGAGAGTTAAATCAATCTTG
GGAGGGAAATCAATGAAACGAGCTAAAGTTCATGAAGTCAATAAAATAAC
AACCAGCTCCGTGAAAAAGCCCTATGAATGGGTCGAACCCAAAAAGATAA
GATCATTCCCACTCTCATAA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13080	MSTRG.13080	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13080.3.p1.exon1	MSTRG.13080.3.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon2	MSTRG.13080.3.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon3	MSTRG.13080.3.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon4	MSTRG.13080.3.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon5	MSTRG.13080.3.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon6	MSTRG.13080.3.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon7	MSTRG.13080.3.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon8	MSTRG.13080.3.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon9	MSTRG.13080.3.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon10	MSTRG.13080.3.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon11	MSTRG.13080.3.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon12	MSTRG.13080.3.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon13	MSTRG.13080.3.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon14	MSTRG.13080.3.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13080.3.p1.exon15	MSTRG.13080.3.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13080.3.p1	MSTRG.13080.3.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000102_pilon	genome	sc0000102_pilon:180518..207036 +

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MSTRG.13080.3.p1 (mRNA) -