MSTRG.13069.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13069.1.p1
Unique NameMSTRG.13069.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000102_pilon:27448..38180+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13069.1.p1 ID=MSTRG.13069.1.p1|Name=MSTRG.13069.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=10733bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:27448..38180+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
aaGTGTAATCGATTTTTTCATCCTTAGAGCAAGAAAAGTAAGACAATATT ATCCAATGAAgctgaatttagaaaatttaattcaGAAACGACGTTGGGCC GTTATAGCAACATGCATAGCTATCAGCTCATTCTTTATCGGATTTGTCTT CGACCGACATTTAACTGAAAATGACGGATTTTTGTCGATATTTCGACGTA ATTTTGATTATTGTGATCGGTCGTGGCATGACGTGAATGAAGAATATTCG ACGGCACATGACGCcgctttgaagaaaattgacgTCCATGAGATTGATAA AGTGTTCAAGtaagaaaaatatcattttccttTGCGATCATTTATTTGTT ACACATGTATGGTCTTTAAGtataacttaaaatttgattgattgattgat tgattgattaatattgattgattgattgactgatagacagattgTCGGAG TtactcattcattcattcatacatacattcattcatCTCTGTAGATATTT GGTAGAGAAACCACATCTTGGAGGATCCATACGAAACAATGAGCTCGGTG ATTACATGGCGGACAAATGGGAATCATATGGAATGAAAGTTTACAAGAAA ACATATCAAGTGTTATTAAGTGTTCCAAAGAAACCAGCTGTTCTTCAACT CTTTCATTTGAACGGTAGTGTTGATTATGAACCAGAAATGATTGAGCATG CTTTTTACAAGGAGGAGAATCACACTGATCGAGTTCCGCCTTTTCATGCT TTTTCTGCTGCTGGAGATGTTATGGTAAGGCtcgttttcgaaatttttta acCATTCGCATTGTCAAATCTTTTCGGTTGAAGATTCATCTATAGCCTTC GGTTACAAATATATTGCTTTGTCGCCCGAAAATTTCAAGCGATTGTTTGA AAGATGGCTGGAAAATTATCATTTGATATATTTCTGAACTCTATATGTAA 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TTCCaggtatattttattttatgccTCAAAATTTAAGGCAGACTCCAGTC CCTTGTGTTTATGGATTCTGATAGCGCTAACGATTGTCCATGAGTAAAAG AAAAAGATGGTGCAAGTGGTTCTGGATTCGAAATTCGATTTCAGGGCTTT TCGAAGGCACCAAAATAGAGTTGTTTACTATGCTATGAGAAAAAAGACCT CGTTATTTGAAAGGTGGAATACTTTTCTTACACAAGACCCGAaatcttta ataaaaaaaattgaaaattatttaaaatcaatttcaggATGGGCACCACG TCGGACCATCATATTTGCAAGTTGGGATGCCGAAGAATACGGACTTGCTG GTTCCTGGGAATGGTTAGAGGTAGAATATTCACACTTTTTTCATGCTTTC AAATAAATCTTTATGTTAACTGTATGAGTGCAatgcaaaatctttaaaaa aagtgaagacAATACGATGTTTGACGCATCTGTAAGGAGCAAGATTCtag caaatttaaattttaagattaTCTTGTTGTTGTGTCTCTGAAACCTTTGA GTATTACTGATTCCGTCGTTAAAGTTGGAGACATTGAATGAGTTACGCAT GCTCAAAGCCTGAAATACGTATCTCATACGATACAAAAACCACTTTATTT AGGAATATGCAACAATGATGCAAGCCAACACAGTTGTTTATTTGAATGTT GACATCGGAGTCTCAGGTATTTCTTGTTTCAGCATAATCGAAAATATAAT CCGTTTATAATCCGtgtacattaaaggaagaaatttaggcggaaagaaaa tttggcggatttggtcaagatccgccaaattaagttcccgctaAATTTAA GTTGTTCTATCTATTCCCccaaatttgtgctatttcaggctttaaaacag gtttttccttttttaatggcgttttttggacaaaaatgtcttTCGTCCGG 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GAATCAAGAATCTAAAATTTTGGTATGAATTAAAGTTCGTGAACAGCCTC TTTTGTTCttctaatttctttcattctcCTATCCTACTCTCCTACGAAAA TTCTGATTTTAAACTTGGATGgatcaattttctcaaaaactgccaATATT TGTGGAAATTTACCAACGTGAAATTAAATCGACTTAATGTACCCCGAAAA CTCTaggattgtttttcttttagttgaaAGATCCAGAAAACGATGACACA ACGAAAAACACAggagtcaaattttcaaatctgtACGAAAGATGGAACGC AAAACTACCAAGTGATGATTTCCCTAATGAACCTCTAGTTAGCATGCTTA CAAGTGGGAGTGACTATTCAGGCTTTTATATGTTTTATGGTATCCCTGCT GTTGATATAAGATACGAATTCGATAGGGTGAGTAGATTGactttaaagcc cgaagggctagagtagaatctctaacctttttcaggcaagaaaaagtgaa gtcacTCATTTCCCATTAAGAACGCGCCTAGAATGCGCcccaatcatgac gacggattgtatctagcggttcctttgtttttgaggatggcattttttta aatctagtgatagattttactttcaatccggtgtttgtgtgaaaaccacg cgcgggcgttctagttgggaaattaagtggcttcatttaCCATCCAAGAG TCTCGTTAATGGGTGAGTACTGTGGATATAGACTACTCCTCCTATAACTG AAAAGGTCGGCTTAAAATTATGAAAGCTTTGTTTTCCACTGGGAAAGGTA TGATGATTATGAGAATTCCTACTGGAATTTTAAGCTCATCAAACAATATA ATTAACCATCAAACCCATATAAACCCAACAAAAACTGTAATTTTCCATCT CAATTGACATTGAGCTCCTTTATTTTATAGCCGGAAATTGGACTAAGAAA GTCTTCGAGAAGAAAAGGGGGCTTTTACAATGTTTTATGAAGAATggttt cccaaaaattaataagcagaGAGTTGAAATGAGAATGCCCGGATTGGGAA ACTTTTGAATGTTTAATCAGCAAGCGTTGCTTAATAGATACCCAAAAaac gataattttttttctatttttccaacTCATTCAGACAGCAAGTGAAAACG AAGCATTTGATAATTATCCTGCATATCATACAATTTATGACAAtgaaaat tacgtcaaaaaatttctcgACCCAGACATGAAATATCATAAAACGGTGGC CGAAATGTTGTTATTGCAATTACTCAAATTCTCCGATGATCTTTTGTTAC CGTTCGATTTGAGTCGATATGCGTTGAAAATCAAAACCGATTGGGACATT TTCAAGAGAGAGTTTGTTGAGATTCTAACGAACAATACTGTCAGCATTGG TAAGCCTCACAATTCTTAGTTTGTTTGGAGGCAGCGTATGTAAGGCCCGG GGGAGGCAcccaaggtaaatgacctactgtacgtgcggcccttaagggta ctttttccaagcttcccaaattGTAGAAATTATCAAAGTTGAGAAAAGTT Gcactaagggtgtaaaattttgaaactgtgaccaaattttgcctgaaaat ggtcaaaacttAAAGTTAAATTCTTTctgtactgtaagggtccggTTTTA AAGGGAAGGGAAAACAGGGATGGTATTTCGGTGACAAACATGTCGCGCAG TGAcgaattttaccaattttaatttcatttttatctaaaGGTGACCCAAT AAAAATGCGTTGGTATTCCGGTTTCTGCGACTCGTGTCTCCCTTTTTGTT TAGGTAAAGCGTTGGGCAGTTGACACGACTTCTGTGGCACAGTGAAAATT AGAATAAAACCTTTATCGGCTTCATTTTCGTGAAGTTTACTGGGAAAATT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000102_pilon:27448..38180+

>MSTRG.13069.1.p1 ID=MSTRG.13069.1.p1|Name=MSTRG.13069.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=36336bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000102_pilon:27448..38180+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTATGGCAGAACTTATGCATGTCAATTACGGCAATCAAAAAGATTATGAA
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ATTaagtAAATTTAAAGGAGTTGAAGCACCAAACCATTGGCACACAAGTT
TTACTGATATCACAAACCGCATACAATCACATAGgGTGGTTCGTTTACAA
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GTTTTATGGTATCCCTGCTGTTGATATAAGATACGAATTCGATAGGACAG
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TTTTACTGATATCACAAACCGCATACAATCACATAGgGTGGTTCGTTTAC
AAGTGAATACTGAGAATGTATTCAAAAACATCACAAATGTATTTGGTGTG
TTGGAGGGAGATACAGAATCAGATCGTCTTGTCATTATGGGAAACCATCG
CGATGCATGGGTATATGGAGCAGGTGATCCTTCAAGTGGAACGGCTTGTA
TGATGGAAGTATCCAGAGTTCTCGGTCAAATTACTAATGACGTTCCaggA
TGGGCACCACGTCGGACCATCATATTTGCAAGTTGGGATGCCGAAGAATA
CGGACTTGCTGGTTCCTGGGAATGGTTAGAGGAATATGCAACAATGATGC
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CATTCGATCCGTGCACATGCAACGCCTTCCTTATCAAAATCACTTTTCGA
ATCAGCGAAACAGttgaaAGATCCAGAAAACGATGACACAACGAAAAACA
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AGTGATGATTTCCCTAATGAACCTCTAGTTAGCATGCTTACAAGTGGGAG
TGACTATTCAGGCTTTTATATGTTTTATGGTATCCCTGCTGTTGATATAA
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CCTGCATATCATACAATTTATGACAAtgaaaattacgtcaaaaaatttct
cgACCCAGACATGAAATATCATAAAACGGTGGCCGAAATGTTGTTATTGC
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TGAGATTCTAACGAACAATACTGTCAGCATTGATCATTTAGACTTTACAA
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ACCAAACCATTGGCACACAAGTTTTACTGATATCACAAACCGCATACAAT
CACATAGgGTGGTTCGTTTACAAGTGAATACTGAGAATGTATTCAAAAAC
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TGTCATTATGGGAAACCATCGCGATGCATGGGTATATGGAGCAGGTGATC
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GACATCGGAGTCTCAGGAAACCATTCGATCCGTGCACATGCAACGCCTTC
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TAGCATGCTTACAAGTGGGAGTGACTATTCAGGCTTTTATATGTTTTATG
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aaattacgtcaaaaaatttctcgACCCAGACATGAAATATCATAAAACGG
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tAAATTTAAAGGAGTTGAAGCACCAAACCATTGGCACACAAGTTTTACTG
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GGGTATATGGAGCAGGTGATCCTTCAAGTGGAACGGCTTGTATGATGGAA
GTATCCAGAGTTCTCGGTCAAATTACTAATGACGTTCCaggATGGGCACC
ACGTCGGACCATCATATTTGCAAGTTGGGATGCCGAAGAATACGGACTTG
CTGGTTCCTGGGAATGGTTAGAGGAATATGCAACAATGATGCAAGCCAAC
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CCGTGCACATGCAACGCCTTCCTTATCAAAATCACTTTTCGAATCAGCGA
AACAGttgaaAGATCCAGAAAACGATGACACAACGAAAAACACAggagtc
aaattttcaaatctgtACGAAAGATGGAACGCAAAACTACCAAGTGATGA
TTTCCCTAATGAACCTCTAGTTAGCATGCTTACAAGTGGGAGTGACTATT
CAGGCTTTTATATGTTTTATGGTATCCCTGCTGTTGATATAAGATACGAA
TTCGATAGGACAGCAAGTGAAAACGAAGCATTTGATAATTATCCTGCATA
TCATACAATTTATGACAAtgaaaattacgtcaaaaaatttctcgACCCAG
ACATGAAATATCATAAAACGGTGGCCGAAATGTTGTTATTGCAATTACTC
AAATTCTCCGATGATCTTTTGTTACCGTTCGATTTGAGTCGATATGCGTT
GAAAATCAAAACCGATTGGGACATTTTCAAGAGAGAGTTTGTTGAGATTC
TAACGAACAATACTGTCAGCATTGATCATTTAGACTTTACAATCGAACAA
TTACTAAACACAACTCTGATGTTTCATCATGAAGCGAAAAAGCTTAGTAA
ACAAGATTTAAATCAAGTTCGACGATACAACGATCAATTAATGTGGTTCG
AACGCTCATTTGTTGTTCCTGAAGGTTTGAAGAAAGACCCTGCAATGAGG
CACAGCATTTTTAACAGTGGAAGCCGTTCGTTGTTTTCAAGAAACACATT
CCCTTCATTATCAAGAACACTTTATAATATCTTCATCGAGAAAACAGACG
CTTGGGACGATTTACGCAAAGAAATTTCTATACTTGATAATCGATTACAA
AATGCAATTCTGGTTCTTTCGGAATATGGATTTTAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13069MSTRG.13069Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13069.1.p1.exon1MSTRG.13069.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13069.1.p1.exon7MSTRG.13069.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon8MSTRG.13069.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon9MSTRG.13069.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon10MSTRG.13069.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon11MSTRG.13069.1.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon12MSTRG.13069.1.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon13MSTRG.13069.1.p1.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon14MSTRG.13069.1.p1.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon15MSTRG.13069.1.p1.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13069.1.p1.exon16MSTRG.13069.1.p1.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13069.1.p1MSTRG.13069.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000102_pilongenomesc0000102_pilon:27448..38180 +