MSTRG.12921.21.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12921.21.p1
Unique NameMSTRG.12921.21.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000100_pilon:346362..383461-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12921.21.p1 ID=MSTRG.12921.21.p1|Name=MSTRG.12921.21.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=37100bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000100_pilon:346362..383461- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTTTGAAAATTTGAGCTCTAGATTGCTTGAAAATGCACTCAAAACATGCA CTTATAAGACAATTATGACAAATTAAAAAAGAAAAACTTTGCGTTTTGCA AAATAACCGTTTAAAAATTATTAGGGACATAGCCCCCTCATTATGTAGGT GTCACTTTGTCAATATTTAGGGTTGATGATTTGTCCTTGCACTTGTTCTG AAAACAACCATACCTTAGGCTCAAAAATTGACTTTCAAAATCAGACCCTT GCCTCACAGTGTAGAAATAGGCTACGAAATTTAACACCCTTACAATGCAG AAACGGATAAAAAGTACCCCCTTACTTACAGTGCATCATTCTTTTCATCA GACCTGTTCAATGAAACACCTCCCTTTCAAAAAGGTAATTTTTGAGACAT ACAGATGGGAAATATACCTGATATACACATGTTAAATGAATAATTTAGTT AATTTCCTTCCTTACAAAAGAAGAATTCACTTCATTTGAAAATTTTCAAA GGAACAAGGTAATTTGCTACCCTTACAGTGCATGTACAGCTAAAAACGTA CCTTTAGAGTGCAGCACTGGTCAAAACCCTTACGATGCACTAGCTGAACC TTTAAAAAACCGACCCTTAAGTGCCACATCTTTCCTATCTACAGGGTACG TCACGAAAATGTTTCTTTCTTTAAAGTGAATTTTATTGAGGTCTAAAGAT TTTTAAGAGAACCATTCCTTTCTATGATAAAGAAGACAGATAAAGTTAAA TTTAGGACCTGGTAGTATGTCAGTAGTATACTGAAGAAGAGTTTTTCACT CAACTGGTTGGCAAGAAAATTACCCTAAGCGAAATTAAGTATAAATAATA TTTACACGTCTTTGCCAACCATTCTTATATAGCAATTTGAAATTAGATTT AAACAAAAAAAAAACAATGGAAATTAAACAAATACCAATCAACAATGAAG ATTTGCAGAGGTTTAGCAATCATTGTCATACATTTAAAGATCATCCCTTG AGTATGTTGGAACCATACCATCAAGTCTTTCCATCATTTTATATGGATCA CCACAAATCATTTCAAGAAGCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTT GCACTTTCCCAAAATCAGGTAGAACTAATGGGTGCTTATTTTGTGTATTT ACAGCTTGAATTACAAGCTTTTTCCATATGGCAAATAATGTTCTCTTGTG TCAGTTTAATCCAACTCTCCTTTTACAAAGGTTTTGGATTCAACTTTGTA AATGAAACCTTTTTACTTCATGAGTGTATATTGAAGCCGGCATCCTAGGT ATGTGAAGCTTTGAATAAGTGAAACCGATTACTGTCAGGTTCTACTATTA CAGCAAAATTATAATTGTCTAAAGTTTTTGTAGATGTTTTGAATTTAGGA AAACGATGATTTAGAGGAATAAAATGTGTTGAATTCTAATATAAGAAAGA TCAAGTATTTCTAAAGGATTTACTATTCTTTACTTTTCCAGGAACCCGCT GGATGCAAGAAATCGTCTCTTGTCTGAGGAATGGCATAGATTTTGAGAAA GCAAAATCAATTCCTCTAGACTTTAGAGTACCTTTCTTTGAGTAATGTTT TTTTTATTTATTAAAAGTATTGGCTGAAATTCTTGGGTTGAACTAAATGG GAAATATCATCACTGAAGATAAGATTGAAACAGAAAAGATTAACAGAATG ATAATCACAATCAACTCAACTTTCTTTACTCAATAAGGATCAATGGTCTA AAATACATAATCTTTTCTCATTTTAGTTTATCAGCCGTCTTTAATAACGC AGAAAAGGTACTCAAAATTAGGGGTTCTTCTTGCAAAACAGGAGCTGAAC TTGTTAATCATACACTTCGACCAAGGACAATAAAAACCCATCTCAGCTAT GAAATGTTGCCTCCAAAGATTCATGAAAAAGGTGCCAAGGTACCAGAACT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000100_pilon:346362..383461-

>MSTRG.12921.21.p1 ID=MSTRG.12921.21.p1|Name=MSTRG.12921.21.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=6951bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000100_pilon:346362..383461- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTTAAAAAATGGGAAGGGAAATGGTTGAAAGACACTGGATTGTTGTTTG
CTTACAAAGTTTAAAAACTAAAGGCAGCAATGAAGAATGAGCAGAAAGGG
ACTTTTATCAACACTGGAAAGACAGGAGGATGGAAAAACAAACTCACTGA
AGAAACTATTGAGAGGTGTCATCAAACGAGTGGCCAAGTTTATTGGTACA
GAGGAATATTCAGATGATCAAATAGCAAAACTTATAGAGCATACATCTGT
GGATAAAATGAGAGCCAACCCAATGGTCAATGGGACTGGACCAATTGATA
TGATCAATGTAATACGAAACCCACGTGATGTTTGTGTATCATTTCTCAAC
CATCATGTTCTGACAGAAAACTACACTGGTGATTTACAAACCATCGCAGA
GATTATGTTACAGGATGTAGGACCTATCTATGCACCTTTCTTTACACATA
TCCTGAGCTACTGGAACCAACGAGAAAATCCAAATCTTTTGATTGTTCAC
TATGAAGAGATGCAAAAGGATGTAACTGTTTTTCAGCCGTCTCTTATAAC
GCAGAAAAGATGCTCAAAGCTTATGGTTCTTCTTGCAAAACAGGAGCTGA
ACTTGTTAATCATACACTTCGACCAAGGACCATAAAAACCCATCTCAGCT
ATGAAATGTTGCCTCCAAAGATTCATGAAAAAGGTGCCAAGGAACCCGTT
GGATGCAAGAAATTGTCTCTTGTCTGAGGAATGGCTTGGATTTTGAAAAA
GCAAAATCAAGTCCTCTAGGCTTAAGAGTACCTTTCTTTGAATGGAAATT
AAACAAATACCAATCAACAATGAAGATTTACAGAGGTTCAACAGTGACTG
TTATACATTTAAAGAGCATCCCTTGAGTATGTTGGAACCATACCATCAAG
TCTTTCCATCACTTTATATGGATCACCACAAATCATTTCAAGAAGCTGAA
GTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCCAAAATCAGGTTTAAA
AAATGGGAAGGGAAATGGTTGAAAGACACTGGATTGTTGTTTGCTTACAA
AGTTTAAAAACTAAAGGCAGCAATGAAGAATGAGCAGAAAGGGACTTTTA
TCAACACTGGAAAGACAGGAGGATGGAAAAACAAACTCACTGAAGAAACT
ATTGAGAGGTGTCATCAAACGAGTGGCCAAGTTTATTGGTACAGAGGAAT
ATTCAGATGATCAAATAGCAAAACTTATAGAGCATACATCTGTGGATAAA
ATGAGAGCCAACCCAATGGTCAATGGGACTGGACCAATTGATATGATCAA
TGTAATACGAAACCCACGTGATGTTTGTGTATCATTTCTCAACCATCATG
TTCTGACAGAAAACTACACTGGTGATTTACAAACCATCGCAGAGATTATG
TTACAGGATGTAGGACCTATCTATGCACCTTTCTTTACACATATCCTGAG
CTACTGGAACCAACGAGAAAATCCAAATCTTTTGATTGTTCACTATGAAG
AGATGCAAAAGGATGTAACTGTTTTTCAGCCGTCTCTTATAACGCAGAAA
AGATGCTCAAAGCTTATGGTTCTTCTTGCAAAACAGGAGCTGAACTTGTT
AATCATACACTTCGACCAAGGACCATAAAAACCCATCTCAGCTATGAAAT
GTTGCCTCCAAAGATTCATGAAAAAGGTGCCAAGGAACCCGTTGGATGCA
AGAAATTGTCTCTTGTCTGAGGAATGGCTTGGATTTTGAAAAAGCAAAAT
CAAGTCCTCTAGGCTTAAGAGTACCTTTCTTTGAATGGAAATTAAACAAA
TACCAATCAACAATGAAGATTTACAGAGGTTCAACAGTGACTGTTATACA
TTTAAAGAGCATCCCTTGAGTATGTTGGAACCATACCATCAAGTCTTTCC
ATCACTTTATATGGATCACCACAAATCATTTCAAGAAGCTGAAGTTTATG
AAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCCAAAATCAGGTTTAAAAAATGGG
AAGGGAAATGGTTGAAAGACACTGGATTGTTGTTTGCTTACAAAGTTTAA
AAACTAAAGGCAGCAATGAAGAATGAGCAGAAAGGGACTTTTATCAACAC
TGGAAAGACAGGAGGATGGAAAAACAAACTCACTGAAGAAACTATTGAGA
GGTGTCATCAAACGAGTGGCCAAGTTTATTGGTACAGAGGAATATTCAGA
TGATCAAATAGCAAAACTTATAGAGCATACATCTGTGGATAAAATGAGAG
CCAACCCAATGGTCAATGGGACTGGACCAATTGATATGATCAATGTAATA
CGAAACCCACGTGATGTTTGTGTATCATTTCTCAACCATCATGTTCTGAC
AGAAAACTACACTGGTGATTTACAAACCATCGCAGAGATTATGTTACAGG
ATGTAGGACCTATCTATGCACCTTTCTTTACACATATCCTGAGCTACTGG
AACCAACGAGAAAATCCAAATCTTTTGATTGTTCACTATGAAGAGATGCA
AAAGGATGTAACTGTTTTTCAGCCGTCTCTTATAACGCAGAAAAGATGCT
CAAAGCTTATGGTTCTTCTTGCAAAACAGGAGCTGAACTTGTTAATCATA
CACTTCGACCAAGGACCATAAAAACCCATCTCAGCTATGAAATGTTGCCT
CCAAAGATTCATGAAAAAGGTGCCAAGGAACCCGTTGGATGCAAGAAATT
GTCTCTTGTCTGAGGAATGGCTTGGATTTTGAAAAAGCAAAATCAAGTCC
TCTAGGCTTAAGAGTACCTTTCTTTGAATGGAAATTAAACAAATACCAAT
CAACAATGAAGATTTACAGAGGTTCAACAGTGACTGTTATACATTTAAAG
AGCATCCCTTGAGTATGTTGGAACCATACCATCAAGTCTTTCCATCACTT
TATATGGATCACCACAAATCATTTCAAGAAGCTGAAGTTTATGAAGATGA
TGTTTGGATTTGCACTTTCCCAAAATCAGGTTTAAAAAATGGGAAGGGAA
ATGGTTGAAAGACACTGGATTGTTGTTTGCTTACAAAGTTTAAAAACTAA
AGGCAGCAATGAAGAATGAGCAGAAAGGGACTTTTATCAACACTGGAAAG
ACAGGAGGATGGAAAAACAAACTCACTGAAGAAACTATTGAGAGGTGTCA
TCAAACGAGTGGCCAAGTTTATTGGTACAGAGGAATATTCAGATGATCAA
ATAGCAAAACTTATAGAGCATACATCTGTGGATAAAATGAGAGCCAACCC
AATGGTCAATGGGACTGGACCAATTGATATGATCAATGTAATACGAAACC
CACGTGATGTTTGTGTATCATTTCTCAACCATCATGTTCTGACAGAAAAC
TACACTGGTGATTTACAAACCATCGCAGAGATTATGTTACAGGATGTAGG
ACCTATCTATGCACCTTTCTTTACACATATCCTGAGCTACTGGAACCAAC
GAGAAAATCCAAATCTTTTGATTGTTCACTATGAAGAGATGCAAAAGGAT
GTAACTGTTTTTCAGCCGTCTCTTATAACGCAGAAAAGATGCTCAAAGCT
TATGGTTCTTCTTGCAAAACAGGAGCTGAACTTGTTAATCATACACTTCG
ACCAAGGACCATAAAAACCCATCTCAGCTATGAAATGTTGCCTCCAAAGA
TTCATGAAAAAGGTGCCAAGGAACCCGTTGGATGCAAGAAATTGTCTCTT
GTCTGAGGAATGGCTTGGATTTTGAAAAAGCAAAATCAAGTCCTCTAGGC
TTAAGAGTACCTTTCTTTGAATGGAAATTAAACAAATACCAATCAACAAT
GAAGATTTACAGAGGTTCAACAGTGACTGTTATACATTTAAAGAGCATCC
CTTGAGTATGTTGGAACCATACCATCAAGTCTTTCCATCACTTTATATGG
ATCACCACAAATCATTTCAAGAAGCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGG
ATTTGCACTTTCCCAAAATCAGGTTTAAAAAATGGGAAGGGAAATGGTTG
AAAGACACTGGATTGTTGTTTGCTTACAAAGTTTAAAAACTAAAGGCAGC
AATGAAGAATGAGCAGAAAGGGACTTTTATCAACACTGGAAAGACAGGAG
GATGGAAAAACAAACTCACTGAAGAAACTATTGAGAGGTGTCATCAAACG
AGTGGCCAAGTTTATTGGTACAGAGGAATATTCAGATGATCAAATAGCAA
AACTTATAGAGCATACATCTGTGGATAAAATGAGAGCCAACCCAATGGTC
AATGGGACTGGACCAATTGATATGATCAATGTAATACGAAACCCACGTGA
TGTTTGTGTATCATTTCTCAACCATCATGTTCTGACAGAAAACTACACTG
GTGATTTACAAACCATCGCAGAGATTATGTTACAGGATGTAGGACCTATC
TATGCACCTTTCTTTACACATATCCTGAGCTACTGGAACCAACGAGAAAA
TCCAAATCTTTTGATTGTTCACTATGAAGAGATGCAAAAGGATGTAACTG
TTTTTCAGCCGTCTCTTATAACGCAGAAAAGATGCTCAAAGCTTATGGTT
CTTCTTGCAAAACAGGAGCTGAACTTGTTAATCATACACTTCGACCAAGG
ACCATAAAAACCCATCTCAGCTATGAAATGTTGCCTCCAAAGATTCATGA
AAAAGGTGCCAAGGAACCCGTTGGATGCAAGAAATTGTCTCTTGTCTGAG
GAATGGCTTGGATTTTGAAAAAGCAAAATCAAGTCCTCTAGGCTTAAGAG
TACCTTTCTTTGAATGGAAATTAAACAAATACCAATCAACAATGAAGATT
TACAGAGGTTCAACAGTGACTGTTATACATTTAAAGAGCATCCCTTGAGT
ATGTTGGAACCATACCATCAAGTCTTTCCATCACTTTATATGGATCACCA
CAAATCATTTCAAGAAGCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCA
CTTTCCCAAAATCAGGTTTAAAAAATGGGAAGGGAAATGGTTGAAAGACA
CTGGATTGTTGTTTGCTTACAAAGTTTAAAAACTAAAGGCAGCAATGAAG
AATGAGCAGAAAGGGACTTTTATCAACACTGGAAAGACAGGAGGATGGAA
AAACAAACTCACTGAAGAAACTATTGAGAGGTGTCATCAAACGAGTGGCC
AAGTTTATTGGTACAGAGGAATATTCAGATGATCAAATAGCAAAACTTAT
AGAGCATACATCTGTGGATAAAATGAGAGCCAACCCAATGGTCAATGGGA
CTGGACCAATTGATATGATCAATGTAATACGAAACCCACGTGATGTTTGT
GTATCATTTCTCAACCATCATGTTCTGACAGAAAACTACACTGGTGATTT
ACAAACCATCGCAGAGATTATGTTACAGGATGTAGGACCTATCTATGCAC
CTTTCTTTACACATATCCTGAGCTACTGGAACCAACGAGAAAATCCAAAT
CTTTTGATTGTTCACTATGAAGAGATGCAAAAGGATGTAACTGTTTTTCA
GCCGTCTCTTATAACGCAGAAAAGATGCTCAAAGCTTATGGTTCTTCTTG
CAAAACAGGAGCTGAACTTGTTAATCATACACTTCGACCAAGGACCATAA
AAACCCATCTCAGCTATGAAATGTTGCCTCCAAAGATTCATGAAAAAGGT
GCCAAGGAACCCGTTGGATGCAAGAAATTGTCTCTTGTCTGAGGAATGGC
TTGGATTTTGAAAAAGCAAAATCAAGTCCTCTAGGCTTAAGAGTACCTTT
CTTTGAATGGAAATTAAACAAATACCAATCAACAATGAAGATTTACAGAG
GTTCAACAGTGACTGTTATACATTTAAAGAGCATCCCTTGAGTATGTTGG
AACCATACCATCAAGTCTTTCCATCACTTTATATGGATCACCACAAATCA
TTTCAAGAAGCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCC
AAAATCAGGTTTAAAAAATGGGAAGGGAAATGGTTGAAAGACACTGGATT
GTTGTTTGCTTACAAAGTTTAAAAACTAAAGGCAGCAATGAAGAATGAGC
AGAAAGGGACTTTTATCAACACTGGAAAGACAGGAGGATGGAAAAACAAA
CTCACTGAAGAAACTATTGAGAGGTGTCATCAAACGAGTGGCCAAGTTTA
TTGGTACAGAGGAATATTCAGATGATCAAATAGCAAAACTTATAGAGCAT
ACATCTGTGGATAAAATGAGAGCCAACCCAATGGTCAATGGGACTGGACC
AATTGATATGATCAATGTAATACGAAACCCACGTGATGTTTGTGTATCAT
TTCTCAACCATCATGTTCTGACAGAAAACTACACTGGTGATTTACAAACC
ATCGCAGAGATTATGTTACAGGATGTAGGACCTATCTATGCACCTTTCTT
TACACATATCCTGAGCTACTGGAACCAACGAGAAAATCCAAATCTTTTGA
TTGTTCACTATGAAGAGATGCAAAAGGATGTAACTGTTTTTCAGCCGTCT
CTTATAACGCAGAAAAGATGCTCAAAGCTTATGGTTCTTCTTGCAAAACA
GGAGCTGAACTTGTTAATCATACACTTCGACCAAGGACCATAAAAACCCA
TCTCAGCTATGAAATGTTGCCTCCAAAGATTCATGAAAAAGGTGCCAAGG
AACCCGTTGGATGCAAGAAATTGTCTCTTGTCTGAGGAATGGCTTGGATT
TTGAAAAAGCAAAATCAAGTCCTCTAGGCTTAAGAGTACCTTTCTTTGAA
TGGAAATTAAACAAATACCAATCAACAATGAAGATTTACAGAGGTTCAAC
AGTGACTGTTATACATTTAAAGAGCATCCCTTGAGTATGTTGGAACCATA
CCATCAAGTCTTTCCATCACTTTATATGGATCACCACAAATCATTTCAAG
AAGCTGAAGTTTATGAAGATGATGTTTGGATTTGCACTTTCCCAAAATCA
G
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12921MSTRG.12921Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12921.21.p1.exon9MSTRG.12921.21.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon8MSTRG.12921.21.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon7MSTRG.12921.21.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon6MSTRG.12921.21.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon5MSTRG.12921.21.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon4MSTRG.12921.21.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon3MSTRG.12921.21.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon2MSTRG.12921.21.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12921.21.p1.exon1MSTRG.12921.21.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12921.21.p1MSTRG.12921.21.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000100_pilongenomesc0000100_pilon:346362..383461 -