MSTRG.12908.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12908.2.p1
Unique NameMSTRG.12908.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000100_pilon:173891..216261-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12908.2.p1 ID=MSTRG.12908.2.p1|Name=MSTRG.12908.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=42371bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000100_pilon:173891..216261- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AGTCGAAAAATAAAAATGTAGAGATTTGAATAGAAGCAAAACATTACAGC TTACACAAGAATATTCAAGAGGTCGTTGAGTTGAAAGGTAAGTTAATCTC GATTGAGCCAATAGCAAGTGCCACAGGAAAAAAGATTCCTTACAAGATTT GTACTGGATTTTTCTATCCTTGAAGTACATGAAGTTTTAATCGATATATC GCAAACTATCGGCAATTTTACCCCTGCACCTGCTTCGATGTGATAATTAG GTCTAGTTTAGACGGCACACTTTTCGCCCTGCAAAATATTCTAATTGTGA ATTAAAGTTGGCATAAAGTGGGCTGTCTAAAGTCAATGCATTGCCATCTT TTGACGTCAATGCAATGTCTTCTTTCAATATTTTCCAAGTAAAGGTTTTA ACTTCCAACTTTGTGCCCACTTTCAGCCTACTCTAACAATTAGAATAGGC AAGGTAGAAAGTCGGCCGTCTAAACTAGAGCTTAGATCTTATCCATGTGT CCTGCATTTTTAAAGGTCACATCAATCTTAAAGTACTTGCATTATTGACA AGATAAACTTTCAGTTTCGACTTTGTTTGTCGTTGACTTTTCTTCAACCA GCTTGTCTCACATCCGCGATCATCTTTGTAAGGAGATTTGAAACTCGCAA GAAAATCGGTGTTGCTAATCAATAATCCTTAAAAAGCTCAACATAAATTC CTGTTTAATAGCTGCTAATGAATCAAGCAGATATCATTCCTAAACCAATT TCTAGTTAACAGATTGACCCATCGGGTGGCCGGAGATACATCTACTTAAA TTGTGTTATAATGTTCTATCTCTACAGGGGTTTGAATTTAGAATACCCTC CTTGTTGAACTTTGAAAAGGGTTAGTAATTAGGACATTAATCCCTTATAG ATTTGAAGATATCTAGAAATCCTAGGATTAAAATGTATTATGATATTACC 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TCAGTGACAGTGTTTCAATAATAGAAACGACATAGACGAAAGTATGTTTC AGTGAGATTCTTGTTTGAGATGTAAACAAGGTCTTATCCTCTCTTGCGGT TCGTCCAGACGAACTTTATCCTTCTAGCTTAAAATTTCAAGCACGCAATA GTTTTGATTTGTCCTAGAAAGACATTCCGACAGTGACGTTGTGAAGGGCA CCGAATTTTAACACGTCCTTCTCACACTTCTCACACAATTACCCTTACTG ATAACTCCTTATGCGATTATATTGTTACAAGGACATTTGGCAATATTTAG AAACAGATCTTGAGTATACCGTCTATAAATACAATAAATAGAGAAGTTAT TTTCCTGTTTAGCACTGAAAACCACCCATCTTTGCCTGTAGGGGAAGGTA CAAAAGATATTGAATTTGATATTAAATTCGCTCGAACGTATATAGCTCTT CGCATTTACATTTTACATCAGCTAAAGTTGTTTTGTAAAGATGATACGTT TTCTTTCAAATCTTGTTACAAATAAAGAGGTGGGTGGTAAAAACCCTTAT CTTATTTGCTCCGCCTTGACCAACATCATCCCTACCTCTTGAAACTCAAC CTCAAACAAATGTAATACCATACCAGCTACTTTAAATGACTTTTTCCATC TAATCTCGTGTTTTTCTTCTCTTTTTCACCATAGTACTTGATACTGTTTT CAATACACTATTTACTCTTGGTTGTACGCGCACTGTTAAATCTCTTTGCT GAGCGGCACCTGATGTTTTTCTTGTTACCTTTGAACAAATAAAAACCCTC TCTCATGGTAAACATCACAACACAACTGTTCCAACTGAGATTTTTTATGT TTGTTGACTTCTTCTAATGTGTCAGCAAAAACAGAGGATTAGGGTCTAAA TCCAAATGTTTTGGTCCAGTCTGCTCATTTCGTCTTCACAACTAACTATC GTCACCCTTCCTTCATTCAAACGCAAATCGAAACAAGTTCATGACGCTTT TCTAGATTTTCAAGCTTTAACTTCAAGAATGACCGGCTAATCTTGTTGCC CCTTTCACCAAGTCACCTATAAGTATGTACAGATGTGTACGTGATAGGTG AACATGCTTAGGTTAGCAAGTCTCGCCTTCAATATCTGAATCAACTGAAC GAGGAATTACTTTAAGACTACTACTTTCATGAAAAGATTACTAGGCACTC TCAGCCGATAAATTACGGTTCCCTTCGACCGACAAATTATCTTTGGAATT CCTTCTCTCAAAATTATAATCAGCCTTTTCAAAATGATGACCAAGAGAGA AAACACGATGATAAGGTCACTCCTAAATTAATTAAGGTCTTTTTTCTTTT ACCACAACCGGTAGGTTATTTGCATGACAGGCAAATAACCCACCGGTAGT GGTAGAAAAGAACAAGTAACTATCAGCTAGCCATAGTTCGAATTGCAGAC CTCTACAAGAGGACAGGCATAAGTATGCAAGATACACGGATTCGTTCGAA AATGTCAACATCCTAAACTAAATAACAATAAACGAATAAGATAAAGTTAC ATTGTTTTAATAAGTATGCCAATTAAGTCCTGCAAAAAAACATACAACAG TCAGGAACTATATTTATTTGCCAATATCAAATCAGATCATGGCTTTAGTA AGAAAAGCTCTTTACTTCAGCTCCCCATGGGAACTGTTCTCATTAATTTT CTAGTTTCCATATCCTTTTATACCGTAGCCAGCAGAAAATTTTGTCCAGT GGGTTGGCAGACATTACACAAAAAATGGTAGAGAACTAAAATATTTTGAA AGCGTTCCAAATGAGTTATTCACTTAAATTCGAAACATAGATATCAAAAA ACTGTGTACTGTACTAAAGGATTGTAAAAGTAGTTCGTTGGTTTATGTAA TTCGTTATTGACCCATCGGTCGTGATGACGTTTTCAAAACCTCTGACGTC ATCAACAAATCGAGATTTATATAATTTCAGAGTCACCCTAGCTCTGGAAT GTCAGATTGTCAATAGAAGTACTGTTTATCTACTATGGTATACAGTGAAT TCCGGATGAAGCAAGGTGGTATACAAACTAATGATATCACAAACCAAAAA CAGGCACTTGCTCATACCAACTTCCATGAAACATGTTTAGAGCTCCTGCT TGCTATGTTCAATCTACTTCAGTAATGAATGAACAAAGGCTTAGGAGGCT CTTGTCTTAGAAGATTTGTGAGCTCGGCAAAATACTATCAATGCTCATGG ACCAATTTTGTTATAAAGGAAACTTTTAAAAACTTACTCCATTCATTATG TATTAAATTTCTTAAAAATCAGCTTTATCGTCGCAGCGACTCTATATACA GCAAACCATTCGTCTTTCAACTATCTCTTCTAGTTTGAAGCACCAACTTT GCGATACACTTTTGAATTTTTTTGTTATTTGTATCAAAAGTAGCAAGGAA TTTCACTAATTTGTCGCAGAGGAAAGTATTAATTTTTTAAATAACGAAAT TCCTAGCGAACTTTTAGTAGACTTGTTAAATACGCGCTTCTTTATAAGAA CAATTCTTTAACAAAACAAGGCTTGCTTTTGACTAAAGCCTAAAATAAAG GAATAAAATCAGATTTCAGTAACTGCTAAGAAAATGCAGATATTAGGCCT CTTTTAATTCAATAAGTGGCTTCAAATATCAAGATCATAAGAAATAAGAA CGTGGCTATGGTATCGGCCAAAGTTTACTGGTTCTTATAAAATGAGCGTC TATCCTTCGAACGAAGAGGAGTAACCTACCCTTGGGAGATGGAGACGAGA ATTGTGAAGGAGGGTGTAGCCGCTTTTCTCTATGTATCATCTTATAATGG AATTCAGTGATTCTTCCCCATAGATGTCGAACCTTGTCTCTGTATCCGGC AATGAGGAGACTGGAAAATTTATTTCAATAGCAATGAATCGACCATGCTG TCCTGTTATGAAACACATGTGCGATTTCACTATGGTAACTGTATTGGGTT TCATAACAAGCAGACTTAACTCAAATTCTGCCACACTGCCAAATCAAAAC TTGAAACCCTCTTAGGAATTCTTCAACTCTAGTGCCAAGAACTGCGAGGT CTTTTTGTCCGTACTTGTACTTTTACAATTAGCGCATTCTGAATAAAGAA TGGATTCTTCCATAGATATATACAAAACTGTTTCCAGACAAATTTCCCTG TACAAAAAATTCCATAAACAGAAATGACTCGACATTTGAGAGGAACTTGG AAAATATTCCAAATTGTGTTTTTCTTTTGTCTAAAAACTGAGATTACCAC CTTTCATTTATCATTTTTATGCGTATTTATAGATGCAGAGGAAAGTATTA TGTTTTCTTTAGTAGTTTTTTGGCTTTAACTGACCAATTATATTCAAGGG AAATCCAAAAATAAAGCAAACATAGTCCCGTCCATCAGTCGGTCCGTCTG TCATTCCATAGCGAATATGATAAAGGCATTTGTAGAAATCTGTAGAAAAA CAACAATTCCAATTATTTTGCAGATATTATACGCATTTGAAAATAGTAAT CTTCAATGTCAGTAACAAGGAGGAATATAACAAAATTACCCGGAACGAGA AAACAAACAAATTTGGAGAAACAGGTCATTGGAACATAAAAGACGTTTTG AATTTCATGCCATTGATCGGTAGTTAGCGAGAAATCTTAAGAAAAGAAAT GCTTTTGATTTGCCAAGTACTTTTGCATCGACGCTTTCGTACAAGACGAC AACCATCAATTAGGTCAAATCAAACCTTGTTAAAATTAACATAATCGGTG AGATGACGGCAACATGTGCAACGAATTTGGCTTACTTAGCTGAATTCATC TTTTTTTAATCACACTTTTGTGGGTAATTCATTTGACGATGACTGCCAAA AGGAATGAGTTAGTTGAATTTGGAAGAATGTGGATTTTTCGATTTTGTAG GAGGAGATAATGGTTGAGAAAGATGCCAAAAATATTCGGATGCCAAGAAG TTGCGAACATTAAGGATACAACAGGATGCAGAGGTGTTGGGAAGCGAACG AATGTTTGACGGGATATTATAAAGGTTGATGGCGTGATTTCCAGAAAAGT TGTTTGTTTGTTATAATCGCACGTTTCTTGTGGTGTGGCTTTGAAGCGTG ATCAATAAAATGTCTTTGAGCTTGTACGTTAACCTCTCGGGGACCTAACG AACAAATTTCTCATTTAACCCTGATTCGTCTCTTTTGAAAAAGATTCTTC TACCAAGGACATCCTTATTCTTACGACCAACAGCCGCCCCTTCCGCTCAT TTCATCCCCACCACCGCCTATAAGGCACCCGAGAGTGTGAAATGTGGGTA TGTTATGTTTATAGTACGAAATGTACTTAGCTCGAGACTAATCAATATTA AGTACAAAATAAGCAGAGAAAAGAAATTGAAAATGAAAAAAGCAAGTGCA CTCTGACCAAATTTGATTCTTCGTTTATGACTCAATGAGTCAATCAAACT AAGTAAGTGATTGCTTTTTCCACAGTAAATACTTGATACATTTGTATAAC AAAATTGTTGAAATGCGTAGTGGAAATCACGCTAATCAATATGAGTAATA GGAAGTTTTTCATCATAAAACTTGATGGAGATTCATCCTGTAAAGTCGAA GCATTCGTAAACCGTTTATAGGGTTACTCAGTTCACACTGATCACTTTAT GTATCTATTTGGTGTAGAGTAGACGATCGTATAGTATACATAAGGTCACT GGAAAGGGGGGATATTTTCGCTGGCAAGATAAATAGCGTTTAAAAGGTGA CTCGCTTTACTCTGATCAGTGTGTTTATTCATTATGGAGTGAAATGAAAA TCTACAATGTTTCAGTCCTATGTAAAAAAGTCAAACTCTTTGAATGTTGA GAAAGAACATAACTTTGTAGAGACACAATTAACAGCAGAACGAAGACAAT TTCAGAAGCGGGAAGTAGCATGTTGCTGTGTAATTATCATTTGGTCAACC TCTTCCATTATTCAAAGTTATGATCTCATTAAGCGGTGTATATATTTTTA ATTATCGTACAATTGACCCCTTGTTCCTTTTGTAGAAAACCGTCATCCTT TTGTCCTTTCGAGTTTTCTTAAATATAGTTCTTCGTCATCATAATTTGGC TTACGTTTTCAATAAAGTGTTTTTCTTCTTCTTTTTCTCATATTTTTGTA TTTTTGCCACCATCCATGGTCTTCTTGTTGTGGAACATTGCTTTTCATGA GAGCTTTAAGTTTAATTTTATTTCAAAATTTTAAAGATCTCTTTCTAGAG TTTGGAAAACTACACCAAGATTCTGGCCAAAAACTTGGTCTTTCATTGGT CATTTAGTGATTTAAACTTTGATTTCTTGATTGATTTGTCTGTCAATGTT TAATGGAAGTGTGGCGTGGTTATAATTTGCGACAACTTTTTCATTGTTAT CAATTCAGTTTGAAATTAATGAAACTAACCTCTGGTCAAATGAAAGTTTT TCATGGCTTCTTTCTTATTTGCTACACAGTATACATATTTCGAAACTTTT GTCCATATGACGTGCGAGGGGTTAAATTCAGAGAATTAAAACCATTGAGA AGAATGCAACATTGCAAATAAAACTTTCAGTTTGCCAAATAATACCACAC TACTGCATCGTTTATTTTTGATTGACAAATTTATCGCATTGTTGAAAACG AGATGACGTGAATATATTCGGTTTGTTGGATTTGGTTTTTCCTCAGTAAG AGTGGGAAGAAAATGCGATTGTGCGTTATATTTATACCACGAAATGATAT TCCAAGTCACGTATTTGTGTTTGTAAACAAAGGCAAGATTTGAATCTTGA ATTTACTTTTTTTTCATCTTTAGATAAACTAACAAACAACAATGGCAAAC TTGACGACCAGGCATTTATGTTTGGCTATTTTGACGACGTTGGGCATGCT GACCACAAAGTTCGAAGGATGTGAATGTCGTTCAATTTCTTCGTGGTTGA AAGATTCTGATTATCCTGAAGTTGACCAAAAAACTTTCGGTCAAGGTAAA TATTTGAAGAGTTTCAACTATGTACATTTACATACTTTCAAACTCACTTT GTCTTTTCTCATAATGGTAGATGAATTGTGATGTTGCAGCTCAAACAGTA AAGGAAAAATATGGGTAAACAACTGAAAACAATTCGGTGCCGTAGGAAGC ATTTTCATATTGGGGGGGGACTGAAGTTTAGTGACACCGCGAGGGCCAAC CATGGTTTGGCCCGAGGGGGAAAATTTTGAAAATTTGAGCTCTAGATTGC TTAAAAATACACTCAAAACATGCACATAAAAGACAATTATGACAAATTAA AAAAGAAAAACTTTGCATTTTGCAAAATAACCATTTTTGAAAAAATTATT GGGGGAGGGCATAGCCCCCCCTTGCCCCCCCCCCCAGTTGCTACGGCACT GCAATTGAGTTAGAGTCAATTCAATATATAATGGAACAGTTTTGGTGCCA TCGGGTAGAGCGTGAAATTTGGAGCAAAAAATTATGCTAAACGTTTCATA CAGCACTATCACTAGTCATTTCGAATACGATTGAATTTTAAAGTTTGTTG ATATGTAGCTTTATGTACTATTCTCTGGTTGTAAAGAACAAACGTTGAGT CCGACAACTCTGTGCTGATTTCTCTTTTTCTCTAATAATTCTTTGTTTTG TTGCAGGTTCATTTACCCTTGGTGTTCCTGCAGGCCACAGTTGTGCTGAG AAGAATTTCCAAGTTCCCGGTGGCCGGCTGATTTGCACGAAAACCAAAAC TAATGACGTCATGTGTATACCATCATGCAAAAAAGATCTCTTCTTAAGAA CTGATTATGATTCTCACAAGTCGGTCATTGCGAAATTCCCGATTTTCTTG TGCAAGAGTGGCAGCTTGTTTTGGACAGATATTCAAAACAACAGACTATC ATTACCAAACCCAAGATGCGTTAAGAAAGACGACTTCTTGAATGAAATCT TGGAAGATAAAGAATAAATCATTTCCTCTCTCTTAAATGTTCACCTGAAA AATTGTCACTTTATTACAGAATAGATATTGTCAATTTTTTTTAGAATTTT CTTTCTTTTAATTTATTGAAATGAAGACCATAGTATCCCTCTCGTTTGGA TCCTCAATGAGAAATGATATTTCCATCTTTGTACTTTGTAACATTTGATA AGGGGGGCTCACGGTTGGCGG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000100_pilon:173891..216261-

>MSTRG.12908.2.p1 ID=MSTRG.12908.2.p1|Name=MSTRG.12908.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=930bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000100_pilon:173891..216261- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTCATTTACCCTTGGTGTTCCTGCAGGCCACAGTTGTGCTGAGAAGAAT
TTCCAAGTTCCCGGTGGCCGGCTGATTTGCACGAAAACCAAAACTAATGA
CGTCATGTGTATACCATCATGCAAAAAAGATCTCTTCTTAAGAACTGATT
ATGATTCTCACAAGTCGGTCATTGCGAAATTCCCGATTTTCTTGTGCAAG
AGTGGCAGCTTGTTTTGGACAGATATTCAAAACAACAGACTATCATTACC
AAACCCAAGATGCGTTAAGAAAGACGACTTCTTGAATGAAATCTTGGAAG
ATAAAGAATAAATGGCAAACTTGACGACCAGGCATTTATGTTTGGCTATT
TTGACGACGTTGGGCATGCTGACCACAAAGTTCGAAGGATGTGAATGTCG
TTCAATTTCTTCGTGGTTGAAAGATTCTGATTATCCTGAAGTTGACCAAA
AAACTTTCGGTCAAGGTTCATTTACCCTTGGTGTTCCTGCAGGCCACAGT
TGTGCTGAGAAGAATTTCCAAGTTCCCGGTGGCCGGCTGATTTGCACGAA
AACCAAAACTAATGACGTCATGTGTATACCATCATGCAAAAAAGATCTCT
TCTTAAGAACTGATTATGATTCTCACAAGTCGGTCATTGCGAAATTCCCG
ATTTTCTTGTGCAAGAGTGGCAGCTTGTTTTGGACAGATATTCAAAACAA
CAGACTATCATTACCAAACCCAAGATGCGTTAAGAAAGACGACTTCTTGA
ATGAAATCTTGGAAGATAAAGAATAAATGGCAAACTTGACGACCAGGCAT
TTATGTTTGGCTATTTTGACGACGTTGGGCATGCTGACCACAAAGTTCGA
AGGATGTGAATGTCGTTCAATTTCTTCGTGGTTGAAAGATTCTGATTATC
CTGAAGTTGACCAAAAAACTTTCGGTCAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12908MSTRG.12908Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12908.2.p1MSTRG.12908.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12908.2.p1.exon6MSTRG.12908.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12908.2.p1.exon5MSTRG.12908.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12908.2.p1.exon4MSTRG.12908.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12908.2.p1.exon3MSTRG.12908.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12908.2.p1.exon2MSTRG.12908.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12908.2.p1.exon1MSTRG.12908.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000100_pilongenomesc0000100_pilon:173891..216261 -