MSTRG.12853.12.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12853.12.p1
Unique NameMSTRG.12853.12.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12853.12.p1 ID=MSTRG.12853.12.p1|Name=MSTRG.12853.12.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18816bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TCTTGAATTTTCTGACTTTGCCCCAAAAATGACTGTTGACGCCCTACCCT AATATTGGTCCATAGATATATAATGCTAACCAAATCCTGTACAGAAGGAA GCAATAAAAAAACAAACAAAGAATCTCTTTCTAAATTAACTAGAATAACT ACCTCTAGCCGATCATCCAACCATTTTGATTGATGTAAGTGTGAGATTGA TTGTGATAGTCTCAATTCGTTAATGGATATCAATAAAGTAGACTACTCTG TGGTAAGTTCTTTATGTTCTTTATTGTCATATGATTTTTTCATTCGTTTA TTAATATGCTACATTTCTATAAAGAAAGTTTTGGGCATTTTTCTAATTAT GATGATTTTTAATAGTTGCAGATAATAAATCAAAGATTTATACTAACTAA ATTTAAAATTGTTAGTTTGCTGATGATGATCAACGCAGAAGAAGGTTGTG AAAGTATTGGTAAAAAAACTGTTTTTGTTTTTTCTGTTTCGTATATATAC TAACTAAATTTAAAAAATGGCACAATTTTCTACTTTTCTTTTTACACCAA GATTGATACGCAGAAGAAGTGGAATGAAACTGCCAGTAGCCGAATAAATA TTTGCCTTTTCTACTTCTGTACTAGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATT TCAAAGATGGTTATATAGCAAAATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAA GCAATTTATGGACTGGTTGTGGATCATCAAGAAGAATTTCATGATGCTGG ATACAAAGATTTGAGAAAAGTATCATTTTTTGAAAAACTCTCTCACATTT TTTTGCATAAGCGAAATAATGTTTGCAGTCTTAATGATTTGCCTTAACAT ATATATAATAAACATTTCATTTTTGGCTTACTTTGACGTACAAAATATGG TAAAATGGGTTTGGAAACAAATTTAGCTATAAGATAATAGATAACATTCT 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ATTTCACTCCGCTTATCTTGACATCAAGTTTTCCTAAACATCAAGAACTA CGGCAAATATAACACGAGCGAAGCGAGAAAAAAAATATAATTGCAGAGCC GTCTCGGACGTCGCTGGTCGCCGGTATGGTGTAATTTGGGAATGACGCCC TTTCTGCTTTCTGATCATTTTTGCCACAAAAATCTTTTTCAAAATATGGT TAAAAGATACGTCACCCGGGAGGGATAGAGTCAAACTTTGAAGAGAATCC TTCCCTTTAATTTTGATTTCATCGTGTTTAAGCCACCTTCCCAAAATCCA AAGGACTTCAAATGCGTTCAGAAAACAGCTAAACCGGCGTGCGACGCCGG GTACCGGCTAGTTTACTTTAATAATCGTTTTACGGCTAAAGGTTGAAAAC TAGTTGGATATGCCCAGATGCAGAGTTTGGTTTATTCCGTGATTAGGTTT AAATATTACTCAACAATATCTGTATCAGTAAACCGTTGATTCCAGCGGAT TTGTGGCTGGCATGTGCGTGTGTAGGATTTGAAGAATCGCTTGTCCGCTG TTTAGAATAGAAGAAAGAGGGTGTTTGCTCTTTATAGTTACTGTAAAAAA AGTCCCCTCTTTCGATAGCTACCCACCCGAAGGTAGGGTACCACTTTTTC TCCCTGGGTTGCTCCACTTACCCTCGATCCTTCTCTTAATTGCTGAGCAT CAAGCACAGAGGCACCAAGTACCATATTTTTACAAAGTAGGAAGTCTTTG GTATTATGACCCTTGCGCGAATGCTTTCCAACTATACTACGGTCGCTCGA AAGAGGAGTCTTCGGGTCAAAACTATAAGAAAGATTAAGCCAATGGCGCC AATGGAAAACAAAGTAGGAATAGACCCATTTTGAAGCTGAAGTAGAATTA AAGGGATATTGTTCGTTTATAGAGCAAACACAACGGGTTCCATTGGTTTA CGATGAACAGGAATTTATTCGTTTAACATTCCCTTTGAAGAGGTACAAGA AAAATCAACGAAAAAATATTTCAAAGGCTTAATAAAAGATGAGAAACAAG AATAAATATGTGCCACGGGCCCTGGTTACTGAAGTTATGAAAAAAGGGGT ATATTTGCTGTTCAGATTATGTTTCAACGTGTTTTAAAGGGAACATACCT TTTTTTTAATGTTTGCTTAGAGGGGTCGTTTTTTCAAATTTGTTTATTTT TCAAAGACGTTTCAAATATAAAGTTTATAAGAATCGATCATTCTGTAAGG ACCCTTTAAATGATCACAGCTGACTGTTTAGAGCCCTAGCTGTGTTCATT TTTATTACGATAGAGAATTGTCTTTGGCATTTACCAGTTAAAAAGAAATA AGTCAGTCTATGGACTAAGCTATGTAATTCGCATTTTTCGTTATTTTAAT TACGTTCCGTCCTGTTCTTACGTAATTTCAAGTTTACTTTCTAATATGTT TGTTATTTGAAAACATGCATGACATTCAACCGTGACTTTTTTGCAGATTT TGTAATTCTTTATGAAGTGTTGCATGTACCGTTTTAGTTTTGTGGATCAG ATGTGTAAATGTGAAACAAATTGGGCTTGGCCTTTCGTCTCAACCATAAT ACCAGGGGTTTGATTTGGTTGATTTCTTTGATAAGATATCTTTTTGCTTC CTCGAAGACTTGCCAGCCGCTAGACTTGCAAGCTAGTTGCCTTTTTTGGT ATACGTAATATAATAGTGAAATCATGTTTACTAAATTAGTTGAGATACTC TAATACTATGTTTACTAAACAAGTCTAATGAAGAATTGTCTTAAAGGTTA TTTCTTGAACGATATTTATGTTAGTTCTAGTAATATAGGAAACAACGTTG CAATTTCCTTTATTCTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATG AGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACACA CCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAGT GAGTACAAATCCCTCCCCCCCTCTTATGAGAAGAGAAATTGTTATTTTAA CCTTATTGGTTTCATTTTGAATTCTCAACAAAATCTCTGTCTAAGTGACC TAGTGAGAACCTCAAAAATAGATGCTGGGTCAAACAGAAATAATCTCATA ACAGATAATTTATTCTGCGCATCCACGTTCTGCTCTAAAGGGATATGGCG AATGTGACGACCTGACCTGGTTAATTAAGGTGATTAAGGCAAAGCATTCA AAGTAGAGATTCTCTCTAAGGGTAAGAAATGTTTTTAAAAAGCGTTTCTT GCGCTTAACTTTTCCCAAATTTAGTCTTTTTAAAAGAGTCTTGTAAGTTC GGTCAGCACATACCCGACTTTCTTTAATGCCAGTACCCCGCCCCCTTCCT CCGCCTGAGATGGCATATTCCTATTTTTCTGCTTCAGATTTCGATATCCG CCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGAC ACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTA CCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAAT GTTTAGCCTTGTACATGATTTATTGTCTTACCCTTTTACATTTCTCATCA TAAACATTAAGGGCTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326-

>MSTRG.12853.12.p1 ID=MSTRG.12853.12.p1|Name=MSTRG.12853.12.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4095bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTA
AATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTA
ACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAA
GTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCAT
GAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACAC
ACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAA
CGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCT
GGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAATGTTTCAT
CCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCAGTC
CTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAACGA
AAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGAACG
ACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGATTGTGTG
TTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCATTAGTG
ATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTGGATGGA
TTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCTTAA
CCTCCGGAATTTCAAATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCATGGGCTAG
ATATACCAATGCTGGCCAGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGA
AGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGC
TGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTA
TATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCC
CATTCGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATAT
ACATACGACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAA
GAACGAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAG
TAGTCTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACC
ATTATGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTT
CGGCCCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGG
AGTTTGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAG
AAAAACGATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGT
CTGTGTCAATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGAT
TACGTATTATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCT
GAAGAAAACACTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTG
ATTTTGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAAATGCAGCTCGTAGCAA
ACCGTATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAGATTTCGATATCC
GCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGA
CACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTT
ACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAA
TGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGG
TTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACACACCGAAAGAGCT
GTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAA
CTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGA
TCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGG
TCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCC
AACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGC
CCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGAACGACATCTTGGCAA
GGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGA
ACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCATTAGTGATAACGTACAAG
ACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTGGATGGATTTTATGGTGAA
AATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTT
CAAATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCATGGGCTAGATATACCAATGC
TGGCCAGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGC
ATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTG
GTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTG
TGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAG
TGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCG
TTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTAT
GAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGA
ACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAAT
GTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCT
TCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAG
AGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTT
GTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGA
TTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGC
ATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACT
GGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTA
TTCTTAACCTCCGGAATTTCAAATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCAT
GGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAGATTTCGATATCCGCCATATGACTA
TAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAA
AACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACT
CTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACC
AATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGG
CAAATATACATACGACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTA
AGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCA
TCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTC
ACCCACCATTATGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAG
AGATCTTCGGCCCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAG
GCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTT
TTCGAAGAAAAACGATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAG
GAACTGTCTGTGTCAATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGC
AACTGATTACGTATTATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCG
AATGTCTGAAGAAAACACTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAA
TCTCCTGATTTTGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAAATGCAGCTC
GTAGCAAACCGTATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853MSTRG.12853Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.12.p1.exon10MSTRG.12853.12.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon9MSTRG.12853.12.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon8MSTRG.12853.12.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon7MSTRG.12853.12.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon6MSTRG.12853.12.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon5MSTRG.12853.12.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon4MSTRG.12853.12.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon3MSTRG.12853.12.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon2MSTRG.12853.12.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.12.p1.exon1MSTRG.12853.12.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.12.p1MSTRG.12853.12.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000099_pilongenomesc0000099_pilon:615511..634326 -