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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000099_pilon:213521..218021+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.12840.1.p1 ID=MSTRG.12840.1.p1|Name=MSTRG.12840.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=4501bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:213521..218021+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTTCACATATCTTATTTCTAGATAAAATTATACAACATGTACATTCATG
CTACACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCAAACGACAAACATT
AAAGCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATAACACCTTGAATCA
TACTATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCATACTATGGGTCACA
ACCACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAACCACACTATGGGT
CACAACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCCATAATCATACAAT
GGGTCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATGGGCCACAATCATA
CAATGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCACACAGATCATGGT
ACGGGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAACATGCTGGTCACGA
AACAGGACATAACGTAAGTaataaatataaatttgaatCTAAAACTTACT
TCTAAAAAGATTCAATTAGAGTGTTTTTCTAAGAGAAGGCAAATGGACAG
GTAAGGGGTGTAGTATATACGTTGGCAAAGCCGCGTACTGTTTTTAGATT
TTCCCGACACTATCGGGCTTACATTTTCCTATCAAGTTCGTATTTTCCCA
GATTCCTATTAAGTGGCTTTATAAGTTGTTCATAGACATATTCTAACTCT
AAGACTCGCGAATTAATCTCATTTTGTTCTTAAATAGACCCTTAAACACA
CCCTTGTTTCACAGATCAGCTGGGACCCCGACCCCACCggaaaaatttag
caaaaatttcgtacccggtggaaaattacccTTGAAGTACctttgaagaa
tttttgaagTCCCTTTGAATTTTCAGCTCCActgggaaaatgactttgat
ttcgtcatcactcgaaattccatgtttaaaatttGCACTCCAAAaacatc
cccactggatttttacatcaatacaaaagaatttctatccctcttgggat
ttcaatagggatttttatccccactgaggaaaaaggtttCACTGgggcag
tgagacaggggttgTTTAAATTTTGGTCAGATTACCTTTTCATATTCTTA
CACTGTTCTTATCGTATGTATTATTCTTATTCCATAGATGTTCTTCGTAA
CAACAGAATCATTGACATTGTTCTTCAAAGAATGGACTTCTGAGGACAAA
AAGGgttagttgttttttttcctaCCAAAATTTCTCTAAGGGTCGGCAGA
AAcccccccTAGTAAAATTCTTAAgttcgaaaaaaattgtaacTACAACC
CCCGGTGTGATACCCTTTTGGAGACGGAAGAATGGCTAAAATGATTTCAA
ACAACCTCTgatatttcaaagattttatcgTGAATAGTAAAACAAGTGTA
AAACAGTAAAAACCTAGAATTACAATAATTAACAGAGTGTTTCCAGAACT
GTTTCGGTTTTTGCCATAACCAAGACAACACAAGAATTTCCCGATGTAAA
GTGTGCGTGATTAAGCCTGTACATATGGTTTTATCTGTTCATCTTTGGTC
CAGAGTTGCTTGAACAAATATACTGGGTAGAGTTTCAAGTCGTAAATGGC
CTGCTCTGGTCCTTAAAGTTGTTGCTATGTATGAATCTAAAGGCGTTTAA
GATAACGTTTGCTTCAATCTCCAATATctattatttttgtttagatCTGA
CTGGAATGGCTGTTGCTCTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATG
AAAGTTTTCAAGCAATATATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGG
TGGCAAATCGTAAGTAAATCACTTTATAAAGCTTACCAACAAGTGACTTA
ATGGACGatgctgaaacaaaaaaaatctttagccAATGAAGTATCTAGCT
GATAGTCGAAAGATTTGCCCTTTCTTTATTTCCAAATGGCACATTTCAAA
AACCTGATAGTAAAACCAGTAAATGTTATCATTTCAATCCAGTATTTGTG
TTAACCACCCACTATGTCTGTGGCACTTCCTTTTAAGGTATAATTTCTAA
TTGTAAAATTTCCCTTTTAGACTTGATTATGGTACAAAGTCAAGCGGGTA
AGttgataattttaagttttgatctcagattttaattttgtcaAGCAAGA
AAGTTGTAAGTAAGTAATCACAGTACTAATTATTGAAGTTGAATCCGTTG
AATCATGAATTTTGCCCCTTTATATATTACAATATAAGTGAATACATTCG
CTTTCGTGCTGTCTTCTGATCAGCGACCAGAACAGTTAGAAACCCAACGG
ATCCGGCGTGACTCAAACTCTCAACCATGCCATTCGTAGGCATTTGCTCa
accattgagctacgggtccacGTGGAACCCGAAGACTCggtagagctgga
agtgaattcttgtctactgactTGACAGTATTCTAATCTAATTGTAACTA
CGGCTAAATGAgtactattttttcattttttttttgaagttacTGCATAA
tctatataccgggtgacccacgaaaaagttcggacctttctcggcgtctt
gaggccgaacaaatgtcccaaagtgctcggaGTTTTGGTATtcaaaaagt
agatatcctaacttaaaatttgagctatcactttttaaatttgaccgact
agttctctacttatgaccttttaaactcaaaattcacttttcggaaagtg
taaaaaacacgtaaaaaagaggtattaaattaatgcaatcaattagaaaa
tctcttataaattgacttatttaacgagttttatgacattaataattatt
aaaaacacctttgaaagtagttttgctttaaaacaagactagtttttatc
aaaattggcactttcaaggaattttttcaaaaactgtatatcaaaaacgt
ctaaaaatacctaatttgataccccttttttacctgttttttacactttc
cgaaaagtgaattttgagtttaaaagctcataactagggaacttgtgcaa
caaatttaaaaagtaatggctcagattttaagttaggatatctactttct
aaataataaaactccaagcactttgggacatttgttcggcctcaagacgc
cgagaaacatccgaactttttcgtgggtcacccggtacttCAATCTTTAA
TAGTTTTTCACAGTGTTTAATGTGCTTAGCTTGACATGAGAATATGTGCT
CTCTATCTCCGATTAGTTGAGTAGTTATATGATTGACACATCCGCAATAA
AAGTGTTACAGTCCGTCACCACAGGTTAAATTTCGGACAAAGCTAAGGTG
TGGTGTTCACGACTgacacaaaacgttgtttcaacgttcatctaacgtta
tatggacgttgtgaatattagaaaaacgttgagaCGACGTTGTGTGTCAG
TTGGGTTTCACAGTCTTTAACTCTAAGAATTATCATctccttttcatttt
cagaacaTGCTGGAAGATCGGTCTCCATCTACTGCAAACGTTTCTTCACA
TTGTTCACATCTTCATCGGATATATGCTCATGTTGGGCTTTATGACGTAC
AACACTTATCTTTGTGTCGCCATCATGGTCGGTTTTGCAATAGGATACCT
GTGTTTCGGTTGGATTTTACCGGCATATCTAATAATCGGGGAACATGATA
CTTGCTGCTCTTAGAgaatatataaacaaaaaacactAAAACGGCCTAGG
GGAAGCATGCATAAAATGTTAGAATTATACAGTACGAGGTTGAGTAACTA
TACTACAGTTTAACGATTTACgagtgttttgaaaaatgatcaaaCCGAAT
TTTAAGTATCCCTGGATGTGACCTGCACCTCCGATTATTGATCCTTTTGA
TTTTCGGTGTTGGAGGTAAAATTAGCAAGAAATGGTGATAATCAGCCTCT
CCTACAACGGGCTTTAAAGAGCCTTCCGGTCATTAGGGATAAAAATCGCA
TAGTCACGGTTCATTTCCACATAACCTTTTCAAGTGAGGAGTTTATAACT
TTCAATTTATGGATTTATCCAGAAAATTGACCCATACAATCATGCCATGT
CATGTTAAACtggtttcaattataattttaataTCAATTATCacgaattt
atttttatttgataatttcACACCAAAACTTTATCACGaattttgtaagt
agtattataatattttttcctttaataaattttctaaaatattttaaaaa
tgcctttaagaaactttgaattgtaaattaaattttaatttacataTTGG
TCCATGTTGCAATTTCAACTTCGGTATTTCGACTTCACCTATTAGAAATT
TACGTGAAGTATTCAAGCCAAGTAGCTTAACCATTAATACAAGATTATAT
ACGTGTGAATTTTACTTACTTATTAGGTTTGATAGATTTTATGGAGCTTT
TATAGTTGGCGTCACAGTTTCAATCTCTCAATTTTCCAATAAAAGGTTAA
AACGTTAAACTAGAAATTGACACGTCTGGTATCGTCTGCCTGATATCAGA
T Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000099_pilon:213521..218021+ >MSTRG.12840.1.p1 ID=MSTRG.12840.1.p1|Name=MSTRG.12840.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4230bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:213521..218021+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTACATTCATGCTACACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCA
AACGACAAACATTAAAGCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATA
ACACCTTGAATCATACTATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCAT
ACTATGGGTCACAACCACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAA
CCACACTATGGGTCACAACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCC
ATAATCATACAATGGGTCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATG
GGCCACAATCATACAATGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCA
CACAGATCATGGTACGGGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAAC
ATGCTGGTCACGAAACAGGACATAACATGTTCTTCGTAACAACAGAATCA
TTGACATTGTTCTTCAAAGAATGGACTTCTGAGGACAAAAAGGatCTGAC
TGGAATGGCTGTTGCTCTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATGA
AAGTTTTCAAGCAATATATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGGT
GGCAAATCACTTGATTATGGTACAAAGTCAAGCGGaacaTGCTGGAAGAT
CGGTCTCCATCTACTGCAAACGTTTCTTCACATTGTTCACATCTTCATCG
GATATATGCTCATGTTGGGCTTTATGACGTACAACACTTATCTTTGTGTC
GCCATCATGGTCGGTTTTGCAATAGGATACCTGTGTTTCGGTTGGATTTT
ACCGGCATATCTAATAATCGGGGAACATGATACTTGCTGCTCTTAGATGT
ACATTCATGCTACACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCAAACG
ACAAACATTAAAGCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATAACAC
CTTGAATCATACTATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCATACTA
TGGGTCACAACCACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAACCAC
ACTATGGGTCACAACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCCATAA
TCATACAATGGGTCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATGGGCC
ACAATCATACAATGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCACACA
GATCATGGTACGGGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAACATGC
TGGTCACGAAACAGGACATAACATGTTCTTCGTAACAACAGAATCATTGA
CATTGTTCTTCAAAGAATGGACTTCTGAGGACAAAAAGGatCTGACTGGA
ATGGCTGTTGCTCTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATGAAAGT
TTTCAAGCAATATATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGGTGGCA
AATCACTTGATTATGGTACAAAGTCAAGCGGaacaTGCTGGAAGATCGGT
CTCCATCTACTGCAAACGTTTCTTCACATTGTTCACATCTTCATCGGATA
TATGCTCATGTTGGGCTTTATGACGTACAACACTTATCTTTGTGTCGCCA
TCATGGTCGGTTTTGCAATAGGATACCTGTGTTTCGGTTGGATTTTACCG
GCATATCTAATAATCGGGGAACATGATACTTGCTGCTCTTAGATGTACAT
TCATGCTACACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCAAACGACAA
ACATTAAAGCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATAACACCTTG
AATCATACTATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCATACTATGGG
TCACAACCACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAACCACACTA
TGGGTCACAACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCCATAATCAT
ACAATGGGTCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATGGGCCACAA
TCATACAATGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCACACAGATC
ATGGTACGGGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAACATGCTGGT
CACGAAACAGGACATAACATGTTCTTCGTAACAACAGAATCATTGACATT
GTTCTTCAAAGAATGGACTTCTGAGGACAAAAAGGatCTGACTGGAATGG
CTGTTGCTCTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATGAAAGTTTTC
AAGCAATATATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGGTGGCAAATC
ACTTGATTATGGTACAAAGTCAAGCGGaacaTGCTGGAAGATCGGTCTCC
ATCTACTGCAAACGTTTCTTCACATTGTTCACATCTTCATCGGATATATG
CTCATGTTGGGCTTTATGACGTACAACACTTATCTTTGTGTCGCCATCAT
GGTCGGTTTTGCAATAGGATACCTGTGTTTCGGTTGGATTTTACCGGCAT
ATCTAATAATCGGGGAACATGATACTTGCTGCTCTTAGATGTACATTCAT
GCTACACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCAAACGACAAACAT
TAAAGCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATAACACCTTGAATC
ATACTATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCATACTATGGGTCAC
AACCACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAACCACACTATGGG
TCACAACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCCATAATCATACAA
TGGGTCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATGGGCCACAATCAT
ACAATGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCACACAGATCATGG
TACGGGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAACATGCTGGTCACG
AAACAGGACATAACATGTTCTTCGTAACAACAGAATCATTGACATTGTTC
TTCAAAGAATGGACTTCTGAGGACAAAAAGGatCTGACTGGAATGGCTGT
TGCTCTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATGAAAGTTTTCAAGC
AATATATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGGTGGCAAATCACTT
GATTATGGTACAAAGTCAAGCGGaacaTGCTGGAAGATCGGTCTCCATCT
ACTGCAAACGTTTCTTCACATTGTTCACATCTTCATCGGATATATGCTCA
TGTTGGGCTTTATGACGTACAACACTTATCTTTGTGTCGCCATCATGGTC
GGTTTTGCAATAGGATACCTGTGTTTCGGTTGGATTTTACCGGCATATCT
AATAATCGGGGAACATGATACTTGCTGCTCTTAGATGTACATTCATGCTA
CACTTCTTTTCGTGTTTTGCTACTTGGCATTGCAAACGACAAACATTAAA
GCTCATAATCATGAAGGAATGCACATGAATAATAACACCTTGAATCATAC
TATAGGCCACAACCATACTATGGGCCATAATCATACTATGGGTCACAACC
ACACTATGGGCAACAACTACACTATAGGCCATAACCACACTATGGGTCAC
AACCATACTATGGGCCACAACCACACTATGGGCCATAATCATACAATGGG
TCATAACCATACAATGGGCCATAATCACACTATGGGCCACAATCATACAA
TGGGCCATAATCACACTAATCCAGGGCACAACCACACAGATCATGGTACG
GGGCATGGAGGAGCGGGTCACGAAAACACGGAACATGCTGGTCACGAAAC
AGGACATAACATGTTCTTCGTAACAACAGAATCATTGACATTGTTCTTCA
AAGAATGGACTTCTGAGGACAAAAAGGatCTGACTGGAATGGCTGTTGCT
CTTGCTATAATTGCATGGTTTTATGAAGCAATGAAAGTTTTCAAGCAATA
TATCACAAAGAAGCAACTTATCGCCAAAGCAGGTGGCAAATCACTTGATT
ATGGTACAAAGTCAAGCGGaacaTGCTGGAAGATCGGTCTCCATCTACTG
CAAACGTTTCTTCACATTGTTCACATCTTCATCGGATATATGCTCATGTT
GGGCTTTATGACGTACAACACTTATCTTTGTGTCGCCATCATGGTCGGTT
TTGCAATAGGATACCTGTGTTTCGGTTGGATTTTACCGGCATATCTAATA
ATCGGGGAACATGATACTTGCTGCTCTTAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000099_pilon | genome | sc0000099_pilon:213521..218021 + |
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