MSTRG.12837.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12837.2.p1
Unique NameMSTRG.12837.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000099_pilon:121451..141955-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12837.2.p1 ID=MSTRG.12837.2.p1|Name=MSTRG.12837.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20505bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:121451..141955- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ATTCAGACTATGTTTGTCGTTGCTTGGTAGAAAAATGAAATGTATTGATG GTGGTGCTTTCCTTTGAATTATTGATTGTAAAATATTCAAACATTTCTCA TGATTTATTTTTTCTTTGAATAACTTGCTGAAATGTTAATAAGAAAATTT TGACAATTTAATGAAACATATGGTACCATCGTCAAATTAAAAAAAAATCA TTGAAAATGGATACTTGAAATAAAAGCGGATTCATTTATTTTTTTTCGGA TTTCAAAGAAAAAAGATTATTGCTAAAATCGTTGTTCTTTTTGGCGAAAA TGAATCTTGTTATCTTGTCAATAGCGTTCTTTACTTTCTGGGATATGGTT GACGCGAGTAGGAGACCACCAAAGGGAACTCAAATAGTGACAGACACTGC TACAGGGAATTCTATGAGAGTTTCTTATGTTATCATGGAAGAAATACCAA ATAAAATGATTGTTGGTAAACCCATCGGTGGCATGCCAGCTAAGAATGTT TTATCATGTGAAGGAGGGTGTGCAAAGACTGTAAACTGTGTTTCAATGAA CGTCAGAAATTACAATGGGACTTTTTTGAAATGTGATTTTTATGATTTTG ATCATTATGAAAAGAAGTATTTATTGGTCGATGCGAATGATGTCAATTAT TTTGTTCTTAAGGTAAAAAAATTTAGTATTATCTGGACCGGCCTCAACTG AGGAAAAATACTACATTTATCAGGTGGACACGATTCCTCCTTCCGGTTTT TTCCCTGTCTTTATAAAAAAAGAACTCAAGGTTTACTCAATTTGAAAATG ACCGTACGTGTGGAAAAAGATAGCACCCTTATTTTGTAGAGGAATTTTTA CCAACTTTTTTGAAAGTTTTTGTCCCTTATTGTGCAAAATTAGTCGTCTT TTCGAAAAAGTGCATCCCAAAATTTCCTTTGCAGTTTTTCTAATACCCGG GGTGTAAGAAGGGGTACAGGGATGTGCCACTGATCAGGGTACCTTTGTTC ACCTCAAAGAGTCTCAGGTAGGGTCGCAAAAGCACCATAACAAATAAATC AGTCCCTCATCGTACTTTTTGGGGGAGTTTGGAAAAATTATGAAACATTA TGAGAAAATTTTGGAATTTCTGGCCCATTCAGGGTTACTTTTTTCAAAAA AAACGAGTCCCACGTAGGGTCTAATTTTTTAAACTTCAGCAGCACACCCC TGTCGGTCGGCAAAGATAGTACCCGGTGCTAATATTGCCCTGATTATTTC GAAGGCAGTTAATTTTGCTAATTTTGCTAATATTTGCAGTTTCCATAATC TTTCACAAATCAAGATTATCTTAGACAACAACTATTTATACACCAGCAGA TTGATCTTATCTACACGTTTTTTTTTAATAAGAAGAAGTAAATTTTGCCT CAGATTGGGCTGTTCTTATTTTTTTTGAAATTTTCAGGCTGAAATGTTTT TACGATGTTCTTAATACGCTTAAATTGTTTTCTTAAAAAATTAAAATGTT AAAATAAGTACTGTGCATCTTAGTAATTTCTGAAATCCAAGCCTCAAGTT GTTCTTAATTTGTTCTTAGGTTTTTGCCAATTTTTAATCTCATGTTTTTA TCAATTAATTCGTTAAAAAAAGCAGTATGTAATCCTCAATTTAATAACTT TTCAATAGAGTGGTTGTGTATATAATGATACATGTATCGGCCAATCATAT TGTTCTCCAAATTACACCACTGGTGAATCAGAACAATGCAGATGCAGAAA TGACCCAAATAATGATAAAGTCTGCCTCAAGAAAAATGAAGGTAAATTCG TACCCGTTCCCTTTTATTTGTTATTTTATTTATTTTGCTGATATTGCTCT AGTCTAATTTTCCATTTTTTCATACACCCCTTTCTCACAGACCCGGTAGA ACTTTATCAGTGGGATAAAAAAAACGAAGAAAACTCGATGGGGATTGATA TTGCCATGTTTTTATCTAATTATTTTCAGCGGGGACAATAGTTAGAGTAA AATTTTCCACTGGGGACGATGTTTTGGCCAATTTTTCGATGGGGATCGAT ATTCCCCTCTTTTTATGAATTCTTTTGTTTTCAAGTCGGAAAATTCAGTG GGAATGATAAAAATAAAATAAAATAATATTTTGCATTGAGGATTGTTTTT ATTTTATTATTTTCAGAGGAGGGGACGAAAATTGGAGTATAATTTTCCAG TGGGGACGATAATTTTGACAATTATTCCAGTGGGAAGGGTTCCGAGTGGG TCTGCGAGAAGGTTGTTAGATCCAACTTGAGGTCTGCAATTTAGACTCTT CTTTCTCAATATCATTTTTTTTACTAGATTTTCAGGTGATGAAAAATGAG CAGCTTCAACATATTCCATTCTTACCACCAAACTGGCAACTCACTTTCAA TGTGACGGTTCAATGCGATTCAAGTTTTAATTTCCCTGTATTTTCATTGG GAGGT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000099_pilon:121451..141955-

>MSTRG.12837.2.p1 ID=MSTRG.12837.2.p1|Name=MSTRG.12837.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1872bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:121451..141955- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTTTCAGGTGATGAAAAATGAGCAGCTTCAACATATTCCATTCTTACCA
CCAAACTGGCAACTCACTTTCAATGTGACGGTTCAATGCGATTCAAGTTT
TAATTTCCCTGTATTTTCATTGGGAGGTAGTGGTTGTGTATATAATGATA
CATGTATCGGCCAATCATATTGTTCTCCAAATTACACCACTGGTGAATCA
GAACAATGCAGATGCAGAAATGACCCAAATAATGATAAAGTCTGCCTCAA
GAAAAATGAAGATGAATCTTGTTATCTTGTCAATAGCGTTCTTTACTTTC
TGGGATATGGTTGACGCGAGTAGGAGACCACCAAGGGGAACTCAAATAGT
GACAGACACTGCTACTGGGAATTCTATGAGAGTTTCTTATGTTATAATGG
AAGAAATACCAAATAAAATGATTGTTGGTAAACCCATCGGTGGCATGCCA
GCTAAGAATGTTTTATCATGTGAAGGAGGGTGTGCAAAGACTGTAAACTG
TGTTTCAATGAACGTCAGAAATTACAATGGGACTTTTTTGAAATGTGATT
TTTATGATTTTGATCATTATGAAAAGAAGTATTTATTGGTCGATGCGAAT
GATGTCAATTATTTTGTTCTTAAGATTTTCAGGTGATGAAAAATGAGCAG
CTTCAACATATTCCATTCTTACCACCAAACTGGCAACTCACTTTCAATGT
GACGGTTCAATGCGATTCAAGTTTTAATTTCCCTGTATTTTCATTGGGAG
GTAGTGGTTGTGTATATAATGATACATGTATCGGCCAATCATATTGTTCT
CCAAATTACACCACTGGTGAATCAGAACAATGCAGATGCAGAAATGACCC
AAATAATGATAAAGTCTGCCTCAAGAAAAATGAAGATGAATCTTGTTATC
TTGTCAATAGCGTTCTTTACTTTCTGGGATATGGTTGACGCGAGTAGGAG
ACCACCAAGGGGAACTCAAATAGTGACAGACACTGCTACTGGGAATTCTA
TGAGAGTTTCTTATGTTATAATGGAAGAAATACCAAATAAAATGATTGTT
GGTAAACCCATCGGTGGCATGCCAGCTAAGAATGTTTTATCATGTGAAGG
AGGGTGTGCAAAGACTGTAAACTGTGTTTCAATGAACGTCAGAAATTACA
ATGGGACTTTTTTGAAATGTGATTTTTATGATTTTGATCATTATGAAAAG
AAGTATTTATTGGTCGATGCGAATGATGTCAATTATTTTGTTCTTAAGAT
TTTCAGGTGATGAAAAATGAGCAGCTTCAACATATTCCATTCTTACCACC
AAACTGGCAACTCACTTTCAATGTGACGGTTCAATGCGATTCAAGTTTTA
ATTTCCCTGTATTTTCATTGGGAGGTAGTGGTTGTGTATATAATGATACA
TGTATCGGCCAATCATATTGTTCTCCAAATTACACCACTGGTGAATCAGA
ACAATGCAGATGCAGAAATGACCCAAATAATGATAAAGTCTGCCTCAAGA
AAAATGAAGATGAATCTTGTTATCTTGTCAATAGCGTTCTTTACTTTCTG
GGATATGGTTGACGCGAGTAGGAGACCACCAAGGGGAACTCAAATAGTGA
CAGACACTGCTACTGGGAATTCTATGAGAGTTTCTTATGTTATAATGGAA
GAAATACCAAATAAAATGATTGTTGGTAAACCCATCGGTGGCATGCCAGC
TAAGAATGTTTTATCATGTGAAGGAGGGTGTGCAAAGACTGTAAACTGTG
TTTCAATGAACGTCAGAAATTACAATGGGACTTTTTTGAAATGTGATTTT
TATGATTTTGATCATTATGAAAAGAAGTATTTATTGGTCGATGCGAATGA
TGTCAATTATTTTGTTCTTAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12837MSTRG.12837Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12837.2.p1.exon3MSTRG.12837.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12837.2.p1.exon2MSTRG.12837.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12837.2.p1.exon1MSTRG.12837.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12837.2.p1MSTRG.12837.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000099_pilongenomesc0000099_pilon:121451..141955 -