MSTRG.1281.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1281.1.p1
Unique NameMSTRG.1281.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:1211933..1232494+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1281.1.p1 ID=MSTRG.1281.1.p1|Name=MSTRG.1281.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20562bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:1211933..1232494+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
taattttttttttagaaaaaaaaacaaaaactgaaaatgaaaaaggaaaa ttaaataagaaaCAAGAACATTGGATGATTCATCAATGTCTTGGCAATGA AGAATAAAGATTGAGAAAGTTGATAGATTGTCAAGACAAGATCTTGGAGC ATTGCCAATCAAGAGTGGTAAGGCCACATTTGATGTCATGATTATTCTGT CTGGCAGATTTCCCTGAAATCTTAGTGATACCAATCGGTCAGAATATCCC AGTCAAATGAAGTTTTGtttcatcataaaaataaaatccatttctcttca tcatcaaaataattaattaCTATTTACAAGATTTATTTgattcaaatatt ttagttGTTTCATTACAGCACGTGGTAATTTATGGTTTATCAAGAGCACG TATTCAAATTGATATGTGTTGGCAAACGAAGATATATGTAAATGATTTTT GGAAGTCATCTCCCAGTTATTAGTTACTTCTTTGCTTTTGTCCATTTCCA TTTTTCTCATGTTTCTTCTGGATcagtttatttacaaaaatatccaAGTG ACAAAAGTAACATCCGTGGTTGGTTCTTTGTCTTGTCTTTTCAGGAAGAC AGGCACTGATTACTGCGATTCACAGTACAGAGAGTCGTCTAGTGTCTTTG TATGACTGACCTCTCACCCTTCTTCGCCTCTTCACAAGGGATTTCATCCA TTTCATCATCCTGGTGATCTTTCCACTCAAACTTCTTCCGAAGTACAATC ATCAGGTTGTCTCAAATGAAACACTGACCCGTCACTTTCTGACGACGTAC GTTCTGTAACGTCACTATGATTACGTATTAAAACAGTCTTAGAGGTGGCG CTAGGATGTCGCATTACATTACGACTCGATTCATTGATCGTACGCGGGGG CCGATAAGCCCGTCTATTGCCTTCGCTATTACGGCGATCAATTTTGCCTC 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TAAAGTctctgaagcgatttggaacaaCCCGCAGTTTTAAcccacaaaat cgaggacgataaaagtgttgatttaccgtcgtcctcaggtCAGTCAGGAT ATAGACAAATTAGAACTCCACCGTCTCCATCTCAGAAAAAcccacataca taaactcggtattgttGGGACCAAGGTGACCTGCAGGCtttttttCTTAT ATAGAGTACTGTAAATGTTTATTGAAAGAGCAATATTTTTCCACTTCTTG GTAAAATCCTGGGGCAGTCTATAGCCTTAAGCACCTTGTGGCAGTGTTCT ATTTGTCTACTATACTCTTAGGTTTATACTAACGTGATGTTTTGTTTCGT AAGTATGACAACCCCTAGACATTGCTTGATTACTATATTTCACAAACGTC CATCCCCGTCTCCTTTTTCTTTCCTCCGATACAAAACAACCAAACTACTT GATTCAATATCAACCCCTTATAAATCGTTTGTTTGACAAGTGAACGTTTT TCGGGAATATTGTTGACGGAGCCATATATTGTAACTTTTTCCGATCCTTT ATTAATGAAGTTATGGCTGAAATATTGGCTCTTAAAGATTTCTTCAATTA AGAATCCTTATATGACCTGAGGTTGATTAAGTTAGGGTTTATATTTGCAT AATCTTTAATGCTATCGAGCGATTTACATGATGTTGCTAAATTTTGTGAG CCAAGCAAATTAGTTTCGCGATATCGAGTGGTGTAAATATATTTCCTTAC TGCCTTAAGTAGCGGACGCAGTTATAATTTCCAAATCGATCTCATCTTTA TTTGTTTTCATCTATTACCTAAAATCCCTTTTCATGTAAATTTTCGTGTA TTATATAAAcgaattgaatttcttttttatcagcCTTGCATGTGTGTAAT AACCTGGCTTAGTTTAGAACTTCTGTTCTCTTTTTCAAGATTACCAAAGA TGATTTTGATACACAAGCATTCGAATTATTGGGACCAGGCAAAATTAATT ATCACAATGAATTCATTTTATCCATCCTGGCGAAATGTCAATCTGTGGCT GTCAGCTCCCCAGGTAAAAGAAAAACTCCAAATTATTATTTAAAAGAAGC GtttattatatgtgttatatagATTAACCGGAGTTGTATCATtatacgat aattgttacgggacaACCTAAGACTGCATTTAAACTATAATATTAACTTC AGTTTCCTTATCAAAGCCTCGAACTATTTTCGTAAATTTAGCCTTCTGAC ATACTAGAATGTCATAggatttccattttttcaattgttattgttatttc CAATTTATCTAAACTGAAGATGAAGCTGTTAGCAggagatgagatggagt ttttacaagatacttcactaattggtcatttgaagtgatagagatgacgc gttctttagaaaaagtaataagattcttttattatatcttaacgaccaac caaatcaaataagggcttgtaaaaactccagcttgtcccgttAGCAGAAG TAtcaatttgattctttttttcgTATTTGTTGCTTTCTCAGCACCCAACC AAACAAAAAGTCAAAGTAAATCAACGAACAGATCTGTTCAGTTAAGAAAA CCAAGAATAAAAAGACCAAGCGAATCAACCGAAATTGTAAGCTCcccttt ttcatttatttgtatttgaaattctgaaaatgcattaaattttcTGAGTA ATTGCTTCCGTAGTGTGCTTTCATCATGTTCGTCGGAATGTAAAGCCAAG ACCACAAAAATGCGCCATTTTGAGTTTGAAGGCATTTAGGTTAATTTGGA gttataaattttgattggaAACTACATTTTTAAGTAGACAGCGTGTCGCA ATTAAAATACACGAAAATCAAGTAAAACCTTGATGTCTTGTTTATAATTA CTGTTTTTCATCCATTTTAGCAAACTTTTGAAGAAGTGGACCATTTCAGA GATACGCCGACTTTTATCAAACGGGtgagttacacgttttttttattaga attcagtttataagaacatttaggctggaATTTGGGAAAGacaagaacat cgtaagaacatggcCAACCTGAGAATGAAACTTGCAACTTTCGTACAGTA ATTCTTTTACTTCTCAACTTTAAATTAGAGCAGAAGGCCAATTTTTATTA ACCCAAGGTTGTTCTGTGTattataaaatgaaagaatttcaagAACGCAT GGgctaaaattgtcaaaaaaatagGCTCTAACCAGGCTCAGCTCAAAGAC GTTATAATAACGTTCTAAAAACGCGTACGGCATGTACGTAACGAGAAGTT GTTTGTGaatcaaaataaatgtttattGAGATAACTACTTATTCTTCTTT CTAAATGaatttttccttctttcttttcatGTTGTCGACAAAAAATCTTC CATTTATCATCTTCATTTGACAACCAGGGTAAGCATACTTCTCTCAACAT GATCATCTACATGCAGTAACCAGAAATGAACTAAAAGACCAGTCACTGTA CTAAATACAATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:1211933..1232494+

>MSTRG.1281.1.p1 ID=MSTRG.1281.1.p1|Name=MSTRG.1281.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2484bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:1211933..1232494+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atggtagacgtTGCAACGGCAAGGAGAAAGCTGATGGAAGCCCTTGGTGA
ATACAGTGAAAAatactGGAATAATATGAAACTATGGTACAAACAAAAGA
TTACCAAAGATGATTTTGATACACAAGCATTCGAATTATTGGGACCAGGC
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ATCTGTGGCTGTCAGCTCCCCAGCACCCAACCAAACAAAAAGTCAAAGTA
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GTACAAACAAAAGATTACCAAAGATGATTTTGATACACAAGCATTCGAAT
TATTGGGACCAGGCAAAATTAATTATCACAATGAATTCATTTTATCCATC
CTGGCGAAATGTCAATCTGTGGCTGTCAGCTCCCCAGCACCCAACCAAAC
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GACCATTTCAGAGATACGCCGACTTTTATCAAACGGGGTAAGCATACTTC
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GGAGAAAGCTGATGGAAGCCCTTGGTGAATACAGTGAAAAatactGGAAT
AATATGAAACTATGGTACAAACAAAAGATTACCAAAGATGATTTTGATAC
ACAAGCATTCGAATTATTGGGACCAGGCAAAATTAATTATCACAATGAAT
TCATTTTATCCATCCTGGCGAAATGTCAATCTGTGGCTGTCAGCTCCCCA
GCACCCAACCAAACAAAAAGTCAAAGTAAATCAACGAACAGATCTGTTCA
GTTAAGAAAACCAAGAATAAAAAGACCAAGCGAATCAACCGAAATTCAAA
CTTTTGAAGAAGTGGACCATTTCAGAGATACGCCGACTTTTATCAAACGG
GGTAAGCATACTTCTCTCAACATGATCATCTACATGCAGTAAatggtaga
cgtTGCAACGGCAAGGAGAAAGCTGATGGAAGCCCTTGGTGAATACAGTG
AAAAatactGGAATAATATGAAACTATGGTACAAACAAAAGATTACCAAA
GATGATTTTGATACACAAGCATTCGAATTATTGGGACCAGGCAAAATTAA
TTATCACAATGAATTCATTTTATCCATCCTGGCGAAATGTCAATCTGTGG
CTGTCAGCTCCCCAGCACCCAACCAAACAAAAAGTCAAAGTAAATCAACG
AACAGATCTGTTCAGTTAAGAAAACCAAGAATAAAAAGACCAAGCGAATC
AACCGAAATTCAAACTTTTGAAGAAGTGGACCATTTCAGAGATACGCCGA
CTTTTATCAAACGGGGTAAGCATACTTCTCTCAACATGATCATCTACATG
CAGTAAatggtagacgtTGCAACGGCAAGGAGAAAGCTGATGGAAGCCCT
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AAAAGATTACCAAAGATGATTTTGATACACAAGCATTCGAATTATTGGGA
CCAGGCAAAATTAATTATCACAATGAATTCATTTTATCCATCCTGGCGAA
ATGTCAATCTGTGGCTGTCAGCTCCCCAGCACCCAACCAAACAAAAAGTC
AAAGTAAATCAACGAACAGATCTGTTCAGTTAAGAAAACCAAGAATAAAA
AGACCAAGCGAATCAACCGAAATTCAAACTTTTGAAGAAGTGGACCATTT
CAGAGATACGCCGACTTTTATCAAACGGGGTAAGCATACTTCTCTCAACA
TGATCATCTACATGCAGTAAatggtagacgtTGCAACGGCAAGGAGAAAG
CTGATGGAAGCCCTTGGTGAATACAGTGAAAAatactGGAATAATATGAA
ACTATGGTACAAACAAAAGATTACCAAAGATGATTTTGATACACAAGCAT
TCGAATTATTGGGACCAGGCAAAATTAATTATCACAATGAATTCATTTTA
TCCATCCTGGCGAAATGTCAATCTGTGGCTGTCAGCTCCCCAGCACCCAA
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AACCAAGAATAAAAAGACCAAGCGAATCAACCGAAATTCAAACTTTTGAA
GAAGTGGACCATTTCAGAGATACGCCGACTTTTATCAAACGGGGTAAGCA
TACTTCTCTCAACATGATCATCTACATGCAGTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1281MSTRG.1281Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1281.1.p1MSTRG.1281.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1281.1.p1.exon1MSTRG.1281.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon2MSTRG.1281.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon3MSTRG.1281.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon4MSTRG.1281.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon5MSTRG.1281.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon6MSTRG.1281.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1281.1.p1.exon7MSTRG.1281.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:1211933..1232494 +