MSTRG.12769.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12769.1.p1
Unique NameMSTRG.12769.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000098_pilon:313349..317074+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12769.1.p1 ID=MSTRG.12769.1.p1|Name=MSTRG.12769.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=3726bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000098_pilon:313349..317074+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAAGATTAATTTTGTCAGTTTAGTTTTCACCGTCAGCCATGATGGATTGG
CTAAGGGTGGCCACACTTTGGGCGTCAATAGCTTATTGTCACAGTCAAGT
TATTCGTGAAGATGAATGTCAAACTTTTGGTGTTAGCTTCGATTGGGTTG
TAAATGGAAAGTTGGATCGCAAAATCGGAATGCCGAATAACCATCCATTA
TCAATCGGACAATGTACATCCAGATGCGTCCACTTTGAAGAAGGCGACCA
AGGCAAAACTTGCAAATCCATTAATTATAATCCAGATACTCAAACATGTG
AGATTTTGAGGGATGATTTGATTTCAGCACTCCCTGATCAAATTTTTGAT
GATGTACAAcgattaaatcaaaacaaacaaggatgGTTTCATTACAGTCC
AAGACCAGATATCAAATTAGTAAGTTTTACTTTTGAATTGTATTGTATAC
TCTCACAATCAAAGTCatattatttgagaaaaaagaggaaTTCCCATGAA
ATCTTAcagccacaaacgatttggaagcgctctaaattaggttggaaggg
taaagttttaacgctagacttaagacttacgatcTTAGCtgtaaattgct
aaaaacgaggaattaaccaaaattctcaatatattttgaccgagatcgCA
CGAGATTCGAATAGGTAGGTTGAATGGAACAGTTTCAGAGTTTAAAGCCA
TAAAAATTTGGCCTTTGAAGCCTTAtgctctaataaaaaaaatttatata
ctGTAGTTTGTCGAtatagagagcgtcaactgaaTTTATAAATTCTGATT
CAACAGGTTGGTCCAGTGTGTATGAATATTGGCGAGTCTGGTAAAAACCC
GTGTGGTACTGGACAATGTATTGATAATTGCGAAAAATATGAATGCAAAT
GCCCAGAGGGACATGGTCAAACAGCCAACGGTGTTTGCTTTGATCCTAAT
GCTAATAgtgagaaatgtttttttagttCGACATAAatattcccgtttca
tatcataTACAAGTAGCTTTGTAGGGTAGGGTAGGGGCCGAtttttttGG
GGTCGTCGTAAGACATATAATGAAAAGAGCAGGGTTGATGACTAATTTCA
GTGCCCCTTATCTTTTTCACACCTTAGAATTAGCAGAATTTGCTCTCCGT
CTTCGATTTTTCGAGAAGTATTGGCATTGAAACACAGCGATAAATTTTTT
ACAGTCTGTCTTCACAGGTCGAATTTTAGAGAATTCAATTCTTACTGATA
ACGCCAGATATCATCAAACGCCAGCCTGTGATTGGCTGACATCATGAAAC
GGATATATTGTTTCTTCTTTACTACAtttttttGTGTGGTTTTGTAGAAT
TTTGTTATTTAGACTTTCTCATAGACTcataggttccaaataaacgggag
gTTCGAATAAGCGGGTGGGGGTtggaatttttgagattttaataaatgGG
GGACCTAATTTCCGGGGGTTTGGAAGTTGTACTTCTATTAAAATCCAATA
ATAAGGCAAATATAGGCTTAAATCAggcttctctttgacagctcaaaata
ttcttaaaaattaataaacgggagggTCCTTATAAgatccggggggttgg
aaaactttcgaaaaattaacaattgGGGGTGGCGTTtattggaacctaag
agtaagctcTGCCTCAATGTGTTATCTTTCTTTATCGCTTTATAGCACTT
GGTACATGTAGATTAACCAGCTTGATTAATGAGTCTAGTGGTGAGAATCC
TGTTGAAATAATATCCGTCACTTCAGAAAGTGCTATCTCTTTTATGGGAA
GTACTTATAGCCATAACCAAGACGGTCAAGGATGTACATTTTCTGATGGA
GCTGCAGATTTTCAGTACGAGCCAAAGACATGCACTTTCACAAATGATGA
AGGaacgaaattcaaattcaatcaatCAAAGTGTGATCACAGTgagtaaa
cgtttttttataacaatccttcagatgttcttaactttttgagttttaag
ccaaaaaatatttttaaattattcttattttaaaaattttgcgacttttt
ttatcaattttccttagaaaataggtgtttaggGTCCGCAAAAATGGACA
ATATTATTACAAATAAAGACCCAAAATCacaatataaaatatatattcgA
ATTTCAGTTCAAATCAAAGAATTGGTTGGTGTTTATGATAAaggaaagat
tttcaaaagtcaaattgGAGTTGAAGGAGgtttcaaaatcaaattgaaTA
ATTTGGATATGGTTTTGCGTGGTACCATCAGTGAGGTCAATTTTAGTGAT
CCAGAAAATCCGACAGTTGTTGGCACCATTTTCGATAATTTACTCAAAGT
GGAGGCAGTGAGCAAATGTTCAATAACCTTCAAAAACATGgccaaaaaca
aagaaatggttTGGAACAAATTGAACTGTGATGGTAAGTCTTTAATAGCT
TTCTGTATCCCGATTATTATTGCTCGAACAGAAAGTCACATTGTGAGAAT
CAGTGCTCAGAGTAGACGATGCTATAGCCCGTTAAAGGGTCAGTAAACGC
AGAAAAATATGTATACgcagagtcagggcgtcagggcggtagagcttgga
acaaaaacagagagagagagagagaaagagatttttaaagaaatgacTGC
GCAAGTATTTCGGATTataaattcttgatatgcgtaagtcatttttctag
cggaaacacccgaaaaaatccgggatttgacctctctctgttactaaaaa
tagaaacacggaggtcaaaatCCAGCTTTTTTCGAGTGCTTCCGTTGAat
aatatgacgtcatcttgacttacgcatatcaagaataagaAAGCAACAAC
AAAGTTTCAGTaaaaagttcaagaattttttgaCTAAGTGAAAACGTAAA
GATATTAGTAAAGGTCCTCGGAGTCAGCATAGCTgcaaaataataaacaa
atatGTTAGCCCCAGTGAGTACCGAACGGAATGTAATATGGAGTGagaca
aaaaaagtttctctaggCTACTTCAAGACACCCTCGATCGCTAATCTCTT
CATcgatcaaaaaaagaaaagagagatAAGGCATTGGGACAAGGATTGAA
TTCAAAGTAGGCTTTAACGGCTGACTACACGCGCATGGATAATGTTTGTT
TGTACGCAGAAGTCGAACAGTTTTGGAAGAAATTTCTTTCCAGTTTGAGC
TTATTAAATGTTAGATATTTATTTGTTATAGACATTATAGACGTTCTTTT
ATGTTCCCTTTCAGACAACAACGGAAATGGTTATTTTGGATATGGTTCTT
AATAAAACATCAACAAAGATCAATGAGGCCCCCAAGCGCACCCttaattc
acgcaatcacgcatttttttttcaatttacacgcattcacgcaaccaaaa
atacccattcacgcattcacgcaaaccgctgggggccatcaataaaaaaa
taactgtCACACCTTTGTTTAAGGTATTTTAGAAATTTGCAACAAGTTTA
TCATATGCGACCCCTTTTCATTTTCAACATTTATTATAAAGCTGATTTTG
GACAGGAAAGGGAAAGGGGGCTTAAAGCTGCAAATAATgggataataata
ataaatttaaATGTCTGATTATCATATACACAATGTTGCGCATTCCAcat
gggttggtctaaaaagcagggtagccaatggggtagccaattgggctagg
ttatggggtacctctttttgcctaaa

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000098_pilon:313349..317074+

>MSTRG.12769.1.p1 ID=MSTRG.12769.1.p1|Name=MSTRG.12769.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5460bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000098_pilon:313349..317074+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATGGATTGGCTAAGGGTGGCCACACTTTGGGCGTCAATAGCTTATTG
TCACAGTCAAGTTATTCGTGAAGATGAATGTCAAACTTTTGGTGTTAGCT
TCGATTGGGTTGTAAATGGAAAGTTGGATCGCAAAATCGGAATGCCGAAT
AACCATCCATTATCAATCGGACAATGTACATCCAGATGCGTCCACTTTGA
AGAAGGCGACCAAGGCAAAACTTGCAAATCCATTAATTATAATCCAGATA
CTCAAACATGTGAGATTTTGAGGGATGATTTGATTTCAGCACTCCCTGAT
CAAATTTTTGATGATGTACAAcgattaaatcaaaacaaacaaggatgGTT
TCATTACAGTCCAAGACCAGATATCAAATTAGTTGGTCCAGTGTGTATGA
ATATTGGCGAGTCTGGTAAAAACCCGTGTGGTACTGGACAATGTATTGAT
AATTGCGAAAAATATGAATGCAAATGCCCAGAGGGACATGGTCAAACAGC
CAACGGTGTTTGCTTTGATCCTAATGCTAATACACTTGGTACATGTAGAT
TAACCAGCTTGATTAATGAGTCTAGTGGTGAGAATCCTGTTGAAATAATA
TCCGTCACTTCAGAAAGTGCTATCTCTTTTATGGGAAGTACTTATAGCCA
TAACCAAGACGGTCAAGGATGTACATTTTCTGATGGAGCTGCAGATTTTC
AGTACGAGCCAAAGACATGCACTTTCACAAATGATGAAGGaacgaaattc
aaattcaatcaatCAAAGTGTGATCACATTCAAATCAAAGAATTGGTTGG
TGTTTATGATAAaggaaagattttcaaaagtcaaattgGAGTTGAAGGAG
gtttcaaaatcaaattgaaTAATTTGGATATGGTTTTGCGTGGTACCATC
AGTGAGGTCAATTTTAGTGATCCAGAAAATCCGACAGTTGTTGGCACCAT
TTTCGATAATTTACTCAAAGTGGAGGCAGTGAGCAAATGTTCAATAACCT
TCAAAAACATGgccaaaaacaaagaaatggttTGGAACAAATTGAACTGT
GATGACAACAACGGAAATGGTTATTTTGGATATGGTTCTTAAATGATGGA
TTGGCTAAGGGTGGCCACACTTTGGGCGTCAATAGCTTATTGTCACAGTC
AAGTTATTCGTGAAGATGAATGTCAAACTTTTGGTGTTAGCTTCGATTGG
GTTGTAAATGGAAAGTTGGATCGCAAAATCGGAATGCCGAATAACCATCC
ATTATCAATCGGACAATGTACATCCAGATGCGTCCACTTTGAAGAAGGCG
ACCAAGGCAAAACTTGCAAATCCATTAATTATAATCCAGATACTCAAACA
TGTGAGATTTTGAGGGATGATTTGATTTCAGCACTCCCTGATCAAATTTT
TGATGATGTACAAcgattaaatcaaaacaaacaaggatgGTTTCATTACA
GTCCAAGACCAGATATCAAATTAGTTGGTCCAGTGTGTATGAATATTGGC
GAGTCTGGTAAAAACCCGTGTGGTACTGGACAATGTATTGATAATTGCGA
AAAATATGAATGCAAATGCCCAGAGGGACATGGTCAAACAGCCAACGGTG
TTTGCTTTGATCCTAATGCTAATACACTTGGTACATGTAGATTAACCAGC
TTGATTAATGAGTCTAGTGGTGAGAATCCTGTTGAAATAATATCCGTCAC
TTCAGAAAGTGCTATCTCTTTTATGGGAAGTACTTATAGCCATAACCAAG
ACGGTCAAGGATGTACATTTTCTGATGGAGCTGCAGATTTTCAGTACGAG
CCAAAGACATGCACTTTCACAAATGATGAAGGaacgaaattcaaattcaa
tcaatCAAAGTGTGATCACATTCAAATCAAAGAATTGGTTGGTGTTTATG
ATAAaggaaagattttcaaaagtcaaattgGAGTTGAAGGAGgtttcaaa
atcaaattgaaTAATTTGGATATGGTTTTGCGTGGTACCATCAGTGAGGT
CAATTTTAGTGATCCAGAAAATCCGACAGTTGTTGGCACCATTTTCGATA
ATTTACTCAAAGTGGAGGCAGTGAGCAAATGTTCAATAACCTTCAAAAAC
ATGgccaaaaacaaagaaatggttTGGAACAAATTGAACTGTGATGACAA
CAACGGAAATGGTTATTTTGGATATGGTTCTTAAATGATGGATTGGCTAA
GGGTGGCCACACTTTGGGCGTCAATAGCTTATTGTCACAGTCAAGTTATT
CGTGAAGATGAATGTCAAACTTTTGGTGTTAGCTTCGATTGGGTTGTAAA
TGGAAAGTTGGATCGCAAAATCGGAATGCCGAATAACCATCCATTATCAA
TCGGACAATGTACATCCAGATGCGTCCACTTTGAAGAAGGCGACCAAGGC
AAAACTTGCAAATCCATTAATTATAATCCAGATACTCAAACATGTGAGAT
TTTGAGGGATGATTTGATTTCAGCACTCCCTGATCAAATTTTTGATGATG
TACAAcgattaaatcaaaacaaacaaggatgGTTTCATTACAGTCCAAGA
CCAGATATCAAATTAGTTGGTCCAGTGTGTATGAATATTGGCGAGTCTGG
TAAAAACCCGTGTGGTACTGGACAATGTATTGATAATTGCGAAAAATATG
AATGCAAATGCCCAGAGGGACATGGTCAAACAGCCAACGGTGTTTGCTTT
GATCCTAATGCTAATACACTTGGTACATGTAGATTAACCAGCTTGATTAA
TGAGTCTAGTGGTGAGAATCCTGTTGAAATAATATCCGTCACTTCAGAAA
GTGCTATCTCTTTTATGGGAAGTACTTATAGCCATAACCAAGACGGTCAA
GGATGTACATTTTCTGATGGAGCTGCAGATTTTCAGTACGAGCCAAAGAC
ATGCACTTTCACAAATGATGAAGGaacgaaattcaaattcaatcaatCAA
AGTGTGATCACATTCAAATCAAAGAATTGGTTGGTGTTTATGATAAagga
aagattttcaaaagtcaaattgGAGTTGAAGGAGgtttcaaaatcaaatt
gaaTAATTTGGATATGGTTTTGCGTGGTACCATCAGTGAGGTCAATTTTA
GTGATCCAGAAAATCCGACAGTTGTTGGCACCATTTTCGATAATTTACTC
AAAGTGGAGGCAGTGAGCAAATGTTCAATAACCTTCAAAAACATGgccaa
aaacaaagaaatggttTGGAACAAATTGAACTGTGATGACAACAACGGAA
ATGGTTATTTTGGATATGGTTCTTAAATGATGGATTGGCTAAGGGTGGCC
ACACTTTGGGCGTCAATAGCTTATTGTCACAGTCAAGTTATTCGTGAAGA
TGAATGTCAAACTTTTGGTGTTAGCTTCGATTGGGTTGTAAATGGAAAGT
TGGATCGCAAAATCGGAATGCCGAATAACCATCCATTATCAATCGGACAA
TGTACATCCAGATGCGTCCACTTTGAAGAAGGCGACCAAGGCAAAACTTG
CAAATCCATTAATTATAATCCAGATACTCAAACATGTGAGATTTTGAGGG
ATGATTTGATTTCAGCACTCCCTGATCAAATTTTTGATGATGTACAAcga
ttaaatcaaaacaaacaaggatgGTTTCATTACAGTCCAAGACCAGATAT
CAAATTAGTTGGTCCAGTGTGTATGAATATTGGCGAGTCTGGTAAAAACC
CGTGTGGTACTGGACAATGTATTGATAATTGCGAAAAATATGAATGCAAA
TGCCCAGAGGGACATGGTCAAACAGCCAACGGTGTTTGCTTTGATCCTAA
TGCTAATACACTTGGTACATGTAGATTAACCAGCTTGATTAATGAGTCTA
GTGGTGAGAATCCTGTTGAAATAATATCCGTCACTTCAGAAAGTGCTATC
TCTTTTATGGGAAGTACTTATAGCCATAACCAAGACGGTCAAGGATGTAC
ATTTTCTGATGGAGCTGCAGATTTTCAGTACGAGCCAAAGACATGCACTT
TCACAAATGATGAAGGaacgaaattcaaattcaatcaatCAAAGTGTGAT
CACATTCAAATCAAAGAATTGGTTGGTGTTTATGATAAaggaaagatttt
caaaagtcaaattgGAGTTGAAGGAGgtttcaaaatcaaattgaaTAATT
TGGATATGGTTTTGCGTGGTACCATCAGTGAGGTCAATTTTAGTGATCCA
GAAAATCCGACAGTTGTTGGCACCATTTTCGATAATTTACTCAAAGTGGA
GGCAGTGAGCAAATGTTCAATAACCTTCAAAAACATGgccaaaaacaaag
aaatggttTGGAACAAATTGAACTGTGATGACAACAACGGAAATGGTTAT
TTTGGATATGGTTCTTAAATGATGGATTGGCTAAGGGTGGCCACACTTTG
GGCGTCAATAGCTTATTGTCACAGTCAAGTTATTCGTGAAGATGAATGTC
AAACTTTTGGTGTTAGCTTCGATTGGGTTGTAAATGGAAAGTTGGATCGC
AAAATCGGAATGCCGAATAACCATCCATTATCAATCGGACAATGTACATC
CAGATGCGTCCACTTTGAAGAAGGCGACCAAGGCAAAACTTGCAAATCCA
TTAATTATAATCCAGATACTCAAACATGTGAGATTTTGAGGGATGATTTG
ATTTCAGCACTCCCTGATCAAATTTTTGATGATGTACAAcgattaaatca
aaacaaacaaggatgGTTTCATTACAGTCCAAGACCAGATATCAAATTAG
TTGGTCCAGTGTGTATGAATATTGGCGAGTCTGGTAAAAACCCGTGTGGT
ACTGGACAATGTATTGATAATTGCGAAAAATATGAATGCAAATGCCCAGA
GGGACATGGTCAAACAGCCAACGGTGTTTGCTTTGATCCTAATGCTAATA
CACTTGGTACATGTAGATTAACCAGCTTGATTAATGAGTCTAGTGGTGAG
AATCCTGTTGAAATAATATCCGTCACTTCAGAAAGTGCTATCTCTTTTAT
GGGAAGTACTTATAGCCATAACCAAGACGGTCAAGGATGTACATTTTCTG
ATGGAGCTGCAGATTTTCAGTACGAGCCAAAGACATGCACTTTCACAAAT
GATGAAGGaacgaaattcaaattcaatcaatCAAAGTGTGATCACATTCA
AATCAAAGAATTGGTTGGTGTTTATGATAAaggaaagattttcaaaagtc
aaattgGAGTTGAAGGAGgtttcaaaatcaaattgaaTAATTTGGATATG
GTTTTGCGTGGTACCATCAGTGAGGTCAATTTTAGTGATCCAGAAAATCC
GACAGTTGTTGGCACCATTTTCGATAATTTACTCAAAGTGGAGGCAGTGA
GCAAATGTTCAATAACCTTCAAAAACATGgccaaaaacaaagaaatggtt
TGGAACAAATTGAACTGTGATGACAACAACGGAAATGGTTATTTTGGATA
TGGTTCTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12769MSTRG.12769Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12769.1.p1MSTRG.12769.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12769.1.p1.exon1MSTRG.12769.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12769.1.p1.exon2MSTRG.12769.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12769.1.p1.exon3MSTRG.12769.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12769.1.p1.exon4MSTRG.12769.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12769.1.p1.exon5MSTRG.12769.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000098_pilongenomesc0000098_pilon:313349..317074 +