MSTRG.12650.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12650.1.p1
Unique Name	MSTRG.12650.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+
coding sequence from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+

mRNA from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12650.1.p1 ID=MSTRG.12650.1.p1|Name=MSTRG.12650.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15610bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTTAAGCATGTCATTTGAAAATGTCTGAATTGTTACAACATTGAAAGTT
GATGTTATTATAGTGAGTGAAGGAGTGTAGAAAATCATCTTTCAGCTTCA
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CTTTTGAACTAATTCAAAATCCTAATATTGTTTTTGTAATTCCCATGTTT
CTACTGTTTACAGCTTTGCGTAGAGCCTCGGCGAATTCTTAGTTGCCcgt
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ACGATACATACTTTAGGGTGTGTGactgcattttgaatttaaattggACA
CCTTATTATCGTATATGAGCATTTTAAGGAAGTTTATTTGGAGCAGTTTT
ATAAAAAGAATGAGTCTCGTAtgctgaaaaataagaataatgccgAGCCT
GGAGTGActaaattttaagcaaattcaGAATGAAATAAGTAAAAAGTCGG
CTGTCAGACCAAAGATAGTATAAGACTTTATATTTAGattcaaatctaaa
aaataagaacagcctcACCAAAGATTTACTGCTTCTTATGAAAAAGAGTA
GACTAAGATGATAATGATAGGAAAAAGTTCTTCAGCGTATCAGGAAAAAA
GTTAACGCATACGTGTGGTGACATTTATTTGCACAATATCTAAACAGGGA
AATGtatcaaaatatcaatttaCAATATCAGACTCAATATCAAATAAAAT
TCTCTCAAGCAGCAGAATCTGGATATGGCTTTCCGGTGTCGGCTTTCCAG
AGCAAATTGATTTATAtgaatgtcaaaaaataaattacttaAAATGATGA
TAATTTCTATTGATACCAAGGAGCTCAACAGAATTTGTgaaatttaaata
aatataTGCTTTGTCAAAATAATTGACAGTCTGTGcgtgaaacaaaaaaa
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gaaaagtagataaagaaaatggggttacttgttaagtttcgaccacctgg
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ttccgatgacgtcagcattttcctaggatagccctgaattagtagtattc
aaaaatggtatggtttgttaactttcggcGTCtaaatctcgagataattc
atttttaaggtgggtaaatatgctgaaaaactgctgactcagcaaaaaaa
tatcgataattttcaatatttaaaccaaaatatctcgataTTTGGACATC
GAAAGATAACAAACCATGCCATTTTTGGATATTACTAGTTCAGAGCTATC
CAGCCGtaggaatgattttttctgaaaatgctccaaggaaaatgctgacg
tcatctgaaaacgcccaaaacgtcgatttttcccCTTAAAAATGTCGTTt
ttcggcaccaggtggtcgaaacttaacaaataaccccattttctttatct
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caaaaatttgccctgatctaaggggtgccctacgaagtgacacaattcac
tacctcggccgctggtctacttcattttcgaaactttttaaACTTAACTC
GAAAATAATacactcaaaattatttttataactgGGTAATAATTGTCATT
ATCGCCCACCTCTAGGCAAAACGCACTGGCGAATATTTGTCATTATGTAG
TTTCGTATTCAAGAGAATTGAAAGCAGTGTATCAAAATGTgcgaaatatg
aaatatcaaaatgaaataaactttAGCAACAttctatatttttaagaaat
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ATAATAATGTTGTACCGCCTCAAACTAATCAGTTCTAATTTTTCTTGGAC
AAACTGTATTTTACTTCATAGTCATATGTCGCATTGCCAGAAATTTCTGA
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TGCAACCCTTGTCATCCATTGGTTTCATGTGATCTATTCTGGTGATATTA
ATGCTGACTTCATAGGTTCTATTGAATGAATAATTAATTGCTTCAAAGGT
TGTTGAAGTCCTTGCTGTTTGATTCTGCTGCTCGTAAGCATCTCGCTTCA
GAAGACTCAGGTATCCTTTGTCGATGTCAGCGatattttcatccaaaaag
aaatCCTTGTTCTTGATTCTAAAAATACTGTCTGTCCTCACCGGATGCAA
ATTGTAAGGAGTTGACAATCGATGAAGATTCTTGCCAGATTGCAAGTTCA
TGTCACATATACATAACTTCAGGTCTTTGGACTTTGTGTCACTACAATTT
TGATAACCGTTGTATGAAGAGATTCGTGAATAAGATATGAGTTTTGTACT
TAATGTTTTCAGTTTCCAATGGTTTTCGTACCTGATATGAAAGGAAAATC
TTTCTTCATTGTTACTAGATCCAGCTCCTGGGTTCGCCAATACATCAAAC
GAGAAGTCTGTTACAACGCCTTCTAAAAGAGAGCTTGGATTTAGAAATTC
CAATGGTACTAACCTTTTGCAAAGTCCCTTAGCTGACGCATCGGAAATAA
TATCATTCAGCTGTCCTACTGCAAACTCAACAAAGGGCCAAAATGAAGTG
TTGTTTTGTTCAGTTTTACGCCAGCCCTTGCATATACAATAGGTAGGTTT
TGATAATTCGAGAGTGCTACACGTTCTGTAGGTAGGAACTTCTGTTAGGA
TACCTTTATTATGATAACTAGAGTTTACCAGATACTTGATAGTGTGGTGA
ACATCTATCAAGGTGACCATTCGAAGCCGATTTCTACGTAGTGCATCAAT
TGATGCTTTCCCGATTTTCTCGATAACTTTTCCTGGTAAAATTGCAAAGA
AATGAGGATTGAACTGTTCATGACGTCCGTCTAACCAACCGGCGTAACGT
GTATACGTGTTGCCGTGATCCGCAAATAGGAGCGTGATCGTGTTCTCAAG
CTGGCTCATTTCCGTAATAAATTCCGCGAGACCGTGATCAGCACCTTGCA
CGCGCCATCCACCGGAATCGTGTGGAATACAAAGTATGGAGAACATGAAT
AAACCCGACGGCGTGGCTTTAAGTTTCTTTGCGATATGACGTACGTAATA
CGTATTGTAGTTCAGGCCGTTGTAACAAAAATCTCCCGTACCACTAAAAA
TATTACGACCCTTGGAATATATCTCACCAATCATTTTGCAGGAAGCAAAC
GTTAGACCTGAAATAGGAAAACAAGAAATAAATTGATAGTTTTGAGATGA
TTAGATCTGTGCAGAAGTATAGAGATAACTATTATATTAGCCGTTCTTTC
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GTtctactacatgttttttattaagaaacacaattttaaaaaacacgagg
ctcagaatgcctaaaaactaagaaacatgtaagaaacatgctgaggctga
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tcaaattttctttgcatgaaaaatagactgattatgtcaaaaaatttaga
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tgcttggtaaaactagcttcttaaaaaaaacgtgtagctaaTTCGAAAAA
GTACTCTGTAATGTCACCTGTATTATCTATGGCGAATTTCTTGATTCCTT
TGACAATATTTTTCCACTTTCCATGAGATTTTGAGATGCTATTGAAACCC
CATCCTCCTTTATAGCACATGTCCTCCTGGTAGATATTCCGGTAACCAGC
TTGTCTTGTGAAGTTCAATAGATTGTCAAGGTGTGGTTTTCGCCCTCCTT
TCCTTTCCTGAGCCTTTAAAACGCGCCCTTCAAAGAAAGCGATCAAATTA
TGGTGCGTGTGTCCATCGACTGCTTGCAtcatttcaaaatctaaaatttc
agttttggtTGATTGGTCTTTGTTTATGTCGGTCATTCTCTGTATGGTTT
TTTGTAACGAACGATAAAAATGGCGACGTGATAGTGAATCCATCcaaatt
atatttatgtttattttaCTGGTTTTTGGATGGGATTCTCTTTTGGTATT
TTGATCCTTGACATCTTTGAGATATGTTGAATCAAAATGGACTAGTTGTG
TTCTTGTCTTATTCTCACCGCAACTTAAGAAAGCAAAATCTTgtgcaatt
ttcaatttcttgacaTGTTCTAGTAAAGCCTCTTCCAGTGATTTAGAGTC
ATTAAATACTGGTCTCACGACTTCGTACCATCCTGTATCATCCTTAAAAA
CATGTATGAAAATACTTTGATTGCCATCGCATGCTTTAGAATTGCATTTA
AATCGAACATCTTTTTCAATGAATTGGCAAATATTGACCGTTTCTGTCTC
ATCTTTTTCTGTCCCACATTTATGTTCTTGATATTTATAAGTATATGACC
TTGACACATAACTGCAAGATTTCGTTGTTAACGTGTGAGGTTTGCAAGTg
gtttgttctttattttggaTATCAGTTTTATGCGGGAGTGTTGGGTGAGG
GCAGAGATCAGGTTGTTTTGTGCTCAttggttttgatgtttttgaaggTG
CTGGTGTCAGGGGAATGGATTTCGTTTGTAATGGCGTGTTTTTGGATAGA
GTGGGCGTTGTTTTTGGTGTTACTGGTTGAGTGGAGATTTTCGTTTTGAT
CTTTTGTCTTGTTGTTGCTTTTACTGATGGAGATGTTTTTGTTGCCGTAG
GTTTTGTCTCTGTTACTCTTAATGTTGTAATTATTTGTGTAGGGAGAGCT
GGGCTTGATGTGGGTTTTATTGTCGAAGTTGTTGTGAGAAGCTTTTTGGC
GGTTGATCGTTTCTTGGTAGATGTTCCTGCTGTGATAAAGGATACAGTAG
GTTTCTTGGTTGACATTGAAGTCAATTCTTTGTCTTTTGATTTCCCACTT
TTAGTCCTTGTTGGTGTTGTTGAAACCAGATCTTTAGTtgcttttgttga
aaatttcgtTTTGATTGATTGCTGAGCGGGTTTTTTCTTGGATAGTTGAA
GCTAACGTACTTTGAATTTGAGTCGTAGTTTTCGGTGAAGTTCGAGGAGT
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CTTGTGGTGGAATGAAGTGTTTCAATCTGGTAGAATCAAAAGTTTCATTT
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CAGtgccaaaaaaaagaaatatttcttaaCACTCATGGCTTTTTACAAGG
ATATCCGATCCAAATAAAAATAGGCAATCAAATTATTTGTTAATACATCT
AAAAGTACAAAATTCTTTAACCATTCCTTCTATTActttatgattataaa
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TTTCTCGGTCACACTAATGAGTTGGTTGAGATAAGCGTAATCACCTAATA
TGgataatatacctttcggtttCTAGTTAGTtactttcggtaattagttc
ttacaaagtagaCATGGGACTACTGGATACCAGTTTTTAGTATGGCTCAT
CCTCGCTTATCCATTATAAAAATGACTGTGTCTAAATCATTTCTCATGAC
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ttgatttttttatcaaatacatTGAAATTGAGGTATAAGAAAAACAGCTG
GCTTAATATTTTAGCTATATACAGCTACagattttcattaatttaattaa
tcaggttttgtttttaaaaaaatgctatCtttttttACTCGTCAAATCAA
AGATAACATGCTTTCGTatattttattgacaaaaatcaGTTCGGTAAAGT
GCATAGTTCCTCAGCCGTGTAGTTTGTGACCGAAAATTATGAACTCAAAg
tagttttttttgaaatttttcttgaattttgaaataaatcagGCTTATTG
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AAGTTTACTAAGTAGTTTCAAAAAGGGTAGAGTCATTTGGCTTAGAGACC
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GTTTACCGTCGGGCACTTATTATCACCCACGCAATGTTATAAGAATATCT
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GTGttaattaagaaaaattatcgTTCTAATACTAGTTCTTAATTAACCTA
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GAATACACATAGAGCTTTATTGGATTAGTTAAGCAAGAATAAGAATACGC
AGGCTACTGATGATAGATAATTATTTCTGCAGATTACATATCTCCATCAA
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CTTTCATTCCATTAATAGCTGATTTGAAAACACGAATTTATCATCTTTAT
TGCCCCACAGATGCTTAGTTCGCTTCGACATTATTAGCGAGATTAAATAC
CAATAGATAAAAATCATAACGCCGGACAATTTAGCTCTCGCTTTCGTCAC
AGCACTTTATCAAAAGGCTAATTGGGAAAGCGCTAGGAATAGGAATAGGA
ATCttttttctcaagcaagaaaaattttaagcctTAAGATTTACCccgca
tttagaaattttgtttgaaaacctACGATAAACGAGTTTTCATTGACATC
AATGAAAGCAAGGTCACTTACCCCGCATCGTATATCCGCTATAAGTTAAT
AAGAAGTTAGTTTCTTCGATATACTTAACCTCGCTATAGTCGACATTCCC
AAATTAAAAACTTCTTTGGAAATAGAAATTACCTCTGTCATGTGGGCCAC
TTAGCtttttttAGTCGCCGAACGACGCGCACGGCTcgattattgcataa
attaaataaattaagcCTTCAAGGCTTGTCGAAATGAACGGTGtgagcat
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cagtttattattggtagatagtttttgaaatttttcccgcattttccttc
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tttgggtcggaaatttgtgtttttccaaaacagtttggaaaacgttaaaa
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tcatagtttcaaatggagccctgctgagctgtgtgagtgatctaagatca
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GGagcgtttttttttacatacagATGCCTTATAGGTCTAAGCACCACGGA
AAAATCGCATAATTTCTAATTTCTAACTCTTTTACTTTCAGGTGCTGTTA
GAGGAACGAAGGCTAACGGAAAGCGTCAAGACTGGGCAAACAAAAATGCG
AGCTCCTAATTCTCTGCGGATATTAATCCCAATACTTGGAGTAATTTTAC
TTTtgagtttgtttacattcaagGATAGCTCTTACATAAGATTCACTCCG
ACCAACACCCAATCGAATGATTTGAATGATGTCAAAATAATACACGAAGA
AGAACTTCGGAGTATGCAAGAATTGAGAGAaatgattgacaaaaattcac
tctCGCTTGGTCAAATTGCAAAATCTTTGAATGTCTCACTTGACAACAAA
TCCAGACAGAAAAAGATGGACACCATTGACAAACAAAGCCCTCGTGTTTC
TGGAAACGAAAAACCCAACGTTAAACTACTTAACGAAgaagatttgaaaa
catttgacggtcaaattttgtttcttgtcttttccCATATTGGAAATGTC
GATAGGCGCACAGCGATTCGACGTACTTGGGGGGCACCAATGAATTTCCC
TAAACAAAGAGCAATGTTTAAAAATGCAACATACAAAGTACTCTTTATAA
CTGGTTTTGTAGCCGACAAAATTAAAAAGGCGAAAGAAGAATCAAAAACA
CACAGAGACATGTTGATTACCAACCGAACTGAAAATTATTTCGATATTTC
ACGAAGAACACAATTTGGTATACATTGGACAATCAGAAATTGcaaatttg
actttttctttaaaaCCGATGATGATGTCTTTGTAAGTATTCCAAAcact
tataattttttttacaaagacCCTTTTGCTGTTGAGCACAAGACTTCTTT
ATATGCTGGTTTAATGCATATGCGTGGTGGCCCGAATCGAAACAAAAATT
CCAAATGGTATATTGACAAAAAGAGATGGGGACAGACAGTATACGCTCCA
TTTGCTACTGGGATGGCTATCATATTATCGAGAAATGTTGCTGAGCGTAT
TGAACCATATTTCCAATGGGAAAATGTTTTCCCACTTGAAGATGTCAATA
TTGGCTTCtatgtttttgttgcaaaagtCCCAAATATTGGAGTGAGGCCG
TCCAAAGGAGCAGAATTCGTACTGGATTACACTGGGGCCGTTTGTAATCA
TTATAAAAGGAAAACTATCACTATGCACTCTGTGAAGACTGAAGCTTGTA
TGAAAAAGTTGATGCAGGAAAGCTTAAAGTATTAAGGTGAttcgttaaaa
aaataaaatgactcTCTTATCATTATTAGTAGATGGCCTGCCGTATTAAA
TCACACGCCACTAGATTGtaagcaaaaataaaatggGACCCAAAAATGGG
GCATTGCTGCGTTTACATTTTACCGTCAATTCACCTAAGATTTCTTAAGA
TTTCCGGAATGTTTTCGCTAGTTATTTTCTGGACCAGCTAGCTGGTTAAA
GTAAAAGGTTACATCCAGAGACACCAGATGCAATGATTAGCACGGTCTAA
TCGAGAGACTGGCTAACTttaagttaatttttcaaactgtcggaactttt
tgtctttttcagcTTGGCAGAAGTGGTATTTTAGTTCGGGAGGTAGAATC
CTTGTTAAAGCTTTCTATAAATTACTTCATATTGTACTCAAAGCCATCGA
AAGCTGAGCCAGAAGTATACTTAGTCTAGTATTACATTGCATTCCTTTAT
GGTAAGctttaatctttttcttttcgtgTATTGAAAGACTTACCGAAAAA
TGTCAATCACCGAGTCATGCAAAAACTAATTTGTTAAACATGTGTTTTAA
GTAACTCTTATATGAGAAAAGTCTGTATTGACGATGTCTACTTTAaatta
aaactttgaatttgagATCTGGCGTAGAGTTTagccaaggatttattata
cactggatatacaagtaacagatttttgccgatttctcgtgtactagcta
tgtccgcagtaatgatgttattgttcactctccctccctcattaaatatt
ttttcgaagcattttcattgcatttcttatcgaaaatcactcatccaatt
cccaaaagagacttaaaactttcctgtgagagtcagattcttccacttaa
ttgctgattataagtcgttatgacgtttcaagctgtgagaaagatgcaaa
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ttcaacctcaaaaaaaccaccttgccaccacgtgcctccagaggattttc
atatcacagtggagccaagacactcaagtcttatgtatgttaatttcagc
tcttctggggacagtcttggaaagatatttccaattgaaaatttcgtgtc
actataagcattttgtctggatttcttgtctaatgatgtttttctcacat
tagatttcacaaatgcatccggcttggtattctagccttactttcaaagt
tttttccctgcaaaggtacgaaaagaaaacgctagagaacttttttaaaa
tgaattAATAAAGATTTCTCAAAATCAGATACAtttgagccgccatgaca
gttgtcctttgcggacatagctagaacatcaattgttttctgaaacaaag
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TCTTATAATTCCTTGGTTTAGCATCTTTCTTTTCATATTCACAGTGGGTC
CCGAGCCCggctttggttcaaatttgggagGTTGTATTTACGAATTCATT
TAGCTGCATCCTCGTTAGcattatttcatattttgactttgttattttga
ctttttaatattgtattttgtgtttgtgattttttagctttttagtCCAG
AGAAACAAATTTACAGGTCCGTTATTGTGGCTAAAAGTGTGTTTTGTGAT
GTGAAATtaaaagtctgttcacgataagtgtgcactcttttttcttttac
ctataacttttgaaggaattcttcaatctttacaaaactggtatcattgg
aaagatattaactagtggaacaatttagaataaaaaaatctttaaaaaaa
ttctaaaaatgatgatgaaaatgaagaagaaaaaaatgaagatcttgtag
aaaggtactacaactatcattttcactgacgGTAATTCTTGATCATTGAA
CGTTATCACtgggaaaaaaattctcaaaaataatcattcagtcaaaagat
atcaaacaacgttataagctgattgacgtcttaaagcgctgttttctgct
gtttttggggatcaatcacttattaactttgtatcataactttatattga
atgaatattttagtgaaatttcttcagactgatgacctcctaagatcaaa
gaatctctccagtgaaaatgaaagttatagtacttttctacaagatcttc
attttcttcttctttatttttgtcttcgtttttagaattcttttaaagac
ttttttatatcaaattgTTCCACACataaatatctctccaacgataccaa
atttgtaaagattgaagaattccttcaaaagttataggtaaaagaaaaaa
gagtgcacacacacttatcgtgaatagactttagtcaAATTGAATATAAC
AATCGTGACAacataccctgagtatcagaggttgagctcatttttttcat
tgtgaTTATGATAGTAATtattaaacttttaattatggaaatgtcacttt
aatcgaatcgaaataatagacagactttatgttttgattctctatcactg
actctttttaaaaagtattggTGACATTTTTGTGTTGCgctttcaacgac
gggaatgaaaatttcaactttaaacttcatccaagatcttagattgtcgt
catggttacttttctttgCGTTGCTTgcacgctgaatagaatctggattg
gtcgatACAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+

>MSTRG.12650.1.p1 ID=MSTRG.12650.1.p1|Name=MSTRG.12650.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1140bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000096_pilon:709130..724739+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCGAGCTCCTAATTCTCTGCGGATATTAATCCCAATACTTGGAGTAAT
TTTACTTTtgagtttgtttacattcaagGATAGCTCTTACATAAGATTCA
CTCCGACCAACACCCAATCGAATGATTTGAATGATGTCAAAATAATACAC
GAAGAAGAACTTCGGAGTATGCAAGAATTGAGAGAaatgattgacaaaaa
ttcactctCGCTTGGTCAAATTGCAAAATCTTTGAATGTCTCACTTGACA
ACAAATCCAGACAGAAAAAGATGGACACCATTGACAAACAAAGCCCTCGT
GTTTCTGGAAACGAAAAACCCAACGTTAAACTACTTAACGAAgaagattt
gaaaacatttgacggtcaaattttgtttcttgtcttttccCATATTGGAA
ATGTCGATAGGCGCACAGCGATTCGACGTACTTGGGGGGCACCAATGAAT
TTCCCTAAACAAAGAGCAATGTTTAAAAATGCAACATACAAAGTACTCTT
TATAACTGGTTTTGTAGCCGACAAAATTAAAAAGGCGAAAGAAGAATCAA
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ATTTCACGAAGAACACAATTTGGTATACATTGGACAATCAGAAATTGcaa
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AcacttataattttttttacaaagacCCTTTTGCTGTTGAGCACAAGACT
TCTTTATATGCTGGTTTAATGCATATGCGTGGTGGCCCGAATCGAAACAA
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CTCCATTTGCTACTGGGATGGCTATCATATTATCGAGAAATGTTGCTGAG
CGTATTGAACCATATTTCCAATGGGAAAATGTTTTCCCACTTGAAGATGT
CAATATTGGCTTCtatgtttttgttgcaaaagtCCCAAATATTGGAGTGA
GGCCGTCCAAAGGAGCAGAATTCGTACTGGATTACACTGGGGCCGTTTGT
AATCATTATAAAAGGAAAACTATCACTATGCACTCTGTGAAGACTGAAGC
TTGTATGAAAAAGTTGATGCAGGAAAGCTTAAAGTATTAA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12650	MSTRG.12650	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12650.1.p1	MSTRG.12650.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12650.1.p1.exon1	MSTRG.12650.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12650.1.p1.exon2	MSTRG.12650.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000096_pilon	genome	sc0000096_pilon:709130..724739 +

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MSTRG.12650.1.p1 (mRNA) -