MSTRG.12643.2.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12643.2.p2
Unique NameMSTRG.12643.2.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000096_pilon:618289..637740+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12643.2.p2 ID=MSTRG.12643.2.p2|Name=MSTRG.12643.2.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19452bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000096_pilon:618289..637740+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
tttcaggctagataaaaatataagaatacacgaaagaaaaataacaaaat aattacTCTGCACAAGCTTTCCAACGACAACTTTCAaaatgtgtgacgtc aatttggATAAACTTGAGGCTGAACAAGAAATGGTCAGAAAAGCCAAGTT GAGGTACAGACAATGACTGCTTCCTAAAGCtccctgaaattttttttaac atttatgAATTGAATCTGTTAACTTCATTATAATACTCGAGACCTGTTAG CTTATAGTTGGTTAGCCTGATATCAGGGTTTTACTCGCTCGCCAATTATA GTTGGTCGGGATTTTTATAATCCGAAATTATCAGTACGAAGATAGAAACA AATGTAGAAACTGTAGGATGATTGAACTTTCTTATTCCCGGCTAAACATT CCTATCACTACTTTACAACGGAAAAAGGCCGAGGCTCCGGGTTGGTAAAA AAGTAATTTGTTAGGCGGTCACTGTGTATAGTGTAGCGTATTTCTCATGc agaagaatattttttcaggtgtaccttgaaaaaataatgaaaagatCGGA GAATGCTCCAAGAATGTTTTGCCGGGAATAAGAAAGTGTTGCCATCGGGG TATGCGGCTCCCTAACACACCAAATGATCTATCTCTTCTTATATCTCTTC TTCGTAGCacccaaaaagaaaagaagaccGGGTGCTTGCCACTAATCTTG AATTTAAGCAATAAAACTAGTGGCGAACTAAACAAATTTGGGTGCTTCCT tataaaatattacgtcatggatatcatgaattggaccctttttgttctta ttttgttttgcAGAAATATGTCAGTGTGTATGAAATGCAAAATAGCCAAA CCAGCCGTCGTCATTCGTATCAATGATCCAATGTGCAAGTATGTCCTTTG CCAATTCCTAATTAATTGTGTAAACCCTAGTAGGGTCATGATGTCTATAT 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aaatacttgctTGCTTCTGAGGTTTTATGTAAGTGATGTTCAAGGTTCGG TCTTAACTACAAATGAATTACAACGGCTGGTTGGTTTAACGAGttataaa taatttgaatttcgGGCTTAAATGGTTCGCTTTCTTTCCAGCTTAAAATA ACGATATCGAACACAAGAAAAAACTCCAAGAATCAACTATGGAGACGATA CCAGAAGGATTATTGGGACCTCGAAAGAAATCAAATTCGTTCAATAATCG CTTCACTGAGCAAACACGATCTTTGACACGTTTAAACCCTGAAAGCATAT TAAAGAAATCACCACTTCAGCGATCACAATCTACCGCCAGTATAGAGAAC GTTCTTCACAACGCTGTCTTAAGGGAAGACCATGAGGCGGTAGTCCAAAT TCTGAACAATAATTTTCTTGATATAAACGCTTTATCAATTGATGGTTTTA CCTCACTTCACCAAGCTTGTATAGTGGGTAATGAAGAGACAGTTAAGTTA CTAATCGAGGCAGGGGCAGATATAACTTTGAGGACACGACGCAAGAAACA TGAATCACCTTTAAAGTTAGCTTACCTGAACGGCAACTTCGAAGTCGCGG AATATTTGTTATCCCTTGGTGCACATGATGCAGAAATTAAAAACGGAATG TCCAAAAAATGTTTCGGAAGAGCAAACACTTTGGCTTCGTAAAATGGTTT TGAGAATCGTGTTTTTTGGGGAAGACTGCTAAATAGCCGCtgaacttttt cgaaaaaattggtCCAATGGCGTTGAGTATCAATGCATGTTTCTCTGCAT CCTTGAAAACAGTGGTATAGCCTGGAACTGAGACCACGATTCCTCTTCCT TTTTAGAAGTCAAATTTGTTTCAGGGTCTTAGAAGTTGTAAATAGTCAGT AAGTTTaattttcttgaatattttgTAACATATTTTTTGTGAGGTTCCAA TATAAGGAAACTATGATTTAAAAGGTAAATTTTAAATAGAGCCATCTGAT AAAGACTTATTACAGAAACCTATTAACCCTTAAAGCTTGATGAAAGTGTA TTCGAATTTACCAGGAAAAGATGACGTCAAAAAGAGCGTTAAAATGTCTG ACGTTGTTGCATTGATGAAAAGTTCTGACGTTAATCTTTCCTGGTAAACT CGAATCCCGTCTCCTCACGCTTTAATGCTTGAAAGGTGTATTTTCATTCC CAGCATCACATAGTCGGtgttaaatttgattttccttCAACTTTGGGACT TGATCCGTCTTTTATCACCGCCCCTATTCTTTTGTGGTTAATCACGTCTT CACAAACTGTCGAAGTTCTGTATCCATTTCTGCTAGACCAGCTAGACGTT TGTTACTTGAATTAGCGTTGGTTGAACTAGCATTCATTAGTATTTTAttc cc

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000096_pilon:618289..637740+

>MSTRG.12643.2.p2 ID=MSTRG.12643.2.p2|Name=MSTRG.12643.2.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=504bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000096_pilon:618289..637740+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGAGACGATACCAGAAGGATTATTGGGACCTCGAAAGAAATCAAATTC
GTTCAATAATCGCTTCACTGAGCAAACACGATCTTTGACACGTTTAAACC
CTGAAAGCATATTAAAGAAATCACCACTTCAGCGATCACAATCTACCGCC
AGTATAGAGAACGTTCTTCACAACGCTGTCTTAAGGGAAGACCATGAGGC
GGTAGTCCAAATTCTGAACAATAATTTTCTTGATATAAACGCTTTATCAA
TTGATGGTTTTACCTCACTTCACCAAGCTTGTATAGTGGGTAATGAAGAG
ACAGTTAAGTTACTAATCGAGGCAGGGGCAGATATAACTTTGAGGACACG
ACGCAAGAAACATGAATCACCTTTAAAGTTAGCTTACCTGAACGGCAACT
TCGAAGTCGCGGAATATTTGTTATCCCTTGGTGCACATGATGCAGAAATT
AAAAACGGAATGTCCAAAAAATGTTTCGGAAGAGCAAACACTTTGGCTTC
GTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12643MSTRG.12643Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12643.2.p2.exon1MSTRG.12643.2.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon2MSTRG.12643.2.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon3MSTRG.12643.2.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon4MSTRG.12643.2.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon5MSTRG.12643.2.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon6MSTRG.12643.2.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon7MSTRG.12643.2.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon8MSTRG.12643.2.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon9MSTRG.12643.2.p2.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon10MSTRG.12643.2.p2.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon11MSTRG.12643.2.p2.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon12MSTRG.12643.2.p2.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon13MSTRG.12643.2.p2.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon14MSTRG.12643.2.p2.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon15MSTRG.12643.2.p2.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12643.2.p2.exon16MSTRG.12643.2.p2.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12643.2.p2MSTRG.12643.2.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000096_pilongenomesc0000096_pilon:618289..637740 +