MSTRG.12581.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12581.1.p1
Unique Name	MSTRG.12581.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000095_pilon:941129..1000934+
coding sequence from alignment at sc0000095_pilon:941129..1000934+

mRNA from alignment at sc0000095_pilon:941129..1000934+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12581.1.p1 ID=MSTRG.12581.1.p1|Name=MSTRG.12581.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=59806bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000095_pilon:941129..1000934+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AAGAGTGAACAATTAAATTGTTAACTTTTAAATGTGCTTTGCATAGTCAA
ATATGTTACAAGTAATAACTGTTTGTggtgtgaaaattttatcaGATTGC
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GCTTGAATTTCGTCATTCGAAGTGGAAGACtggaactttttattttcgGT
TGAGCTTTGAAAGATTGATCCACatcaaatttattattttagtttttcat
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CAGGCAGCCTAATGTGTATATTATATTGACGGGTgcaatgttctttcata
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GGTCTAACAGGAAAGTTCAATATATCATTCGGACAGGTGCAACGTCTGGA
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GAACAGTGAGGAGGTCAGCTTGATGGAGGTTATATCATTCAGACAGGTGC
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GAGCAGTGCTGAGGTTAACTGGATGGAGATTATATCATTCGGACAGATGC
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GTCTTGTCACCGGTGCTTCATCTTGCCCTTGTAACAGTAACGTGGTAATA
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CCTCTTGCACTCTCTCTTTCTGGCCTGGGTGATGGCAAGGAGCGTCAGGA
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ACTCGTCAAAACTTCGTAAGTGTGTCATACTTTTGGTGGTATACTCATCT
TGTCTTGATGTATTCCATCTGGCAAGACCCTCAACCAAGTAAGCTTGAAA
GTTGATGGCACTGGCACGCTTTCCTGGGATGAATGAACGTATGTGGCCAT
GGAATTGTTCCAATGAGCTGCTCCCTCTTGCACATCTGAAGTTTGGCAAT
TCCGTCACTACCTTGGTTTTATCGGGAATCTTCCTTGTGTGACCAGTGGT
GATGTACAATGAGATGGCTTCCCGTTTGTCTTTCTTCTTACCATGCTGGA
CCTCATCTTGAACCTGATCCTCCTCTTGGTCTTGAACTTGAGGCTGAATC
TGATCAGGATCTTGAATACAACGGATATGCTTCTTCTGTTCCTTGTAGAT
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CAGTATATTTCAACAAGAGATCTTCGATTGACTTGGTGGTAGCTTCAACA
CCTCTTGTTCTTCTCCTGCAATGTAGTGTCAGCTCTGCTTTGGTAATGGC
TTTTTGAACAGCTTGATCTGTTGGTGCtggaatcttcattttaaagaTCA
TTTGCTCTCGCTTTGCCTTGACCAGGAGCTTGTAGTCTTCCGCATTGGCG
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ACCTTCTCATGAAATGGTATATGTCAAGTCGGATCAGCATTTCTAGCCAT
TCATGAAACAGCTTATGGTAGCGGTTCACACTTCCATCACTCTCGCAACA
ATCACGGTCAACATACATCACACGCGGTGGAGGAACATTTGCGTTCTTGT
ATCGCTCCATCAGACCATCAGCAAGAGGCTTCAACTTATCAAGAGACTCT
GATGTTGTCAATATGCTATTGAGAATTGCGCCATACTCGTTTGATACATT
TGTCACCCACTTTGCTTTATGCCTTATCTCACCAGCCAGTTTGTTTAGTA
TCTTCTCTGTTGAATCGAACTTCAAAATGTCACCAAACTGTGATGTTACT
TGAGCCTTGCATTCATCGAGGCGTGTCACAACATCTTTGACATAGGCTGC
AATAAACCAGCGAGCTTGTGGTAATTGTCGATAAGCTGGAAATGGCAAAA
ACTCAATCTCCTCGGCACCTCTAAAAAATGATACCTTATCTTTGTACTTC
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CATTTCATGTATGGAATTTTTCATTGCATGAGAACTATTGCCTAATGTAC
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AGAACTGCTGGAAACAGGAGTTGCTTATGCAAAGGTAGTTGCTCAATAAG
ACGAGAATCATAACTTTGAAAGTCCTTCCCACAGCGACGACAATGTAGCT
TTTCAGTTGCCAAATAATAAAAATCATTGACATCAAGTACATGACGTAGC
CTGTTGTAAAGTCCTTTAGATGTTAATCCCTTACCATTACATTCTGATCT
AGGACAATCAAACTCAAATGCATACATCTTTCTTGGCATCCACAAAAACA
GTCGACGCATAGTATACTCTGCTGGATTGGGTTTTTTGACAGCATCATCA
TTGATTTCTGGCGGATGATGCCAAAGTTTCATAGGTCTTTTCATCCTATC
TTCACCTTCTGTTTTCGAAAACAGCTCTTGTCCCAACCATTGAGCCTCTG
TTTGGTTCAAAGATTCTAACCAACGTTCTGGGACTCTTCGGGTGTAATCA
TTAGGCTGCCTGGCAAATAACGGGGGAGACTTTTGGGGctaaaatggaaa
ataatcATCAAGAATTTATACcacctaaaatcaaaaaaaaattaatgtgt
GCCCCGAGCTTATTGGTGGAAATGCataaaagatattttacttatgaaat
gaaaaaaaagtaatgCTGCTTTGACAAGAAGGCCTagatttttaattata
aattataaattataacaAATTATCAGACTATTAGCCTGAGGTTGAAGACC
CCAAAAGATTCAAGAATTTTTcccccccGGGACCCTCACCCTTTGAAAAA
ATTGTGGTAGAAAAAAGAAGTAATTCATATATAAATTGCTTAGCAGTTCC
AAGCTATTATCAGCTTCATGAGCTTTAATCATTTGAGTAATTATATTTCA
AGCAAACTTAGTGAAGTGATTTTTACATAAGTAACAGTACATAAGGTTCC
CCAAAATAATAGTATTTCTATGCCCCCTCAATAGATTTGAAAAGATGCGA
TAATAGAAAAGTGAATAGAAACTCTTACTGATTTCGGAACATTTCTATGC
TGTTCCGCTTGCACTGTTTGTCTCGGCGGTTTCGTTGAGGAGCTTGGATT
GTCTGGCTTGGGTGTCGATGGGTCATGTTGACGTTGCGGCATGTTCTTCA
CAATCACCTTCCCATGTTTATTAAAAACAGCTTTGATTGGGCTGACAATT
TTACAATCTTCTGATCGCTTCTTTGATGGCGGCGATGTTCCAATGGAGGC
GTATTGGAATCGAGATCTTTTCCCAGATGGTGATGTGGTGGTTGCTGAAG
AAGTCGATTGAGTAGCCATAGGAGTTGAAATTGATCTTGTTGATGGTGTT
GAAATAGATATTGTTGATGATGCTGAGCCATGATAACCACAATTACATTT
GACAGGGTTTTTAAAAAGATCGAAACCAGACCTATTGGATTGCAATGGGC
AAGATTTAACCATCTCAAATTTCACATGCCATTGAGAAGACTTTGGTGGA
TATTGTCCTCGTTTCAAGGGTTCCCCAGCAGCAAACTTCTTGAGGCGATC
ACGCCAATCAGAGTTTGACAATGCCTTATGAGAagacattgtttttgttt
taaaaaaaacagtttttcaaaatttaaacttgatgttttatttctttgat
aCAATAATTTGGCAGAATCTAAAAGAGAATCGAAAAATCAAATAACAGGA
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TAAGTTTGACAGACATTATAATTTAATCTGATAGAActaattgctttaaa
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ttattttgctaaaattgaTTATAATAGTTTACATTATAATTGATATCGGT
TGATTGAATAGTTATCGATTAAAACCGATTCAAATCGATATATTGATTTA
AATTGATATatttaatgtttaaaatttttggttaGCTCCAATTAGCTCAA
CCAtgataatcaaatttttcaatacaaTAGCTACGTACACCATACTTTAT
ATAATCTATACCCAGTCAGTCGATGTCAATCAAACAGATTGAAAgcagaa
tcaattgaacgcaattgaataattgcaattcgattgtcaaacgcaaatTG
AATCGTCCACGCTAAAAAGTCCTAACGgtgtgatccaatttaatttaaat
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attaAATGTTATtgatcgaaccaatctaacacCTTACTTGAATGTAATCa
aacacaattgaatattacccaggcatcggtcgttcgattgagattcgatt
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ATCTATTCTAAGAGATTTCTAATCCAGACTCTCCCCACTCAATCAAACAG
TCGTAATTGATAAATTGATAATTGATTTAAATCGCTAGATAATCAATTAC
CGCgaaattgggtaacttgcatcagtggaggctaacatgcatagccctca
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TATAATCGATAGCTaattccagacggtgtcaatcgaacgaatcgaacgcc
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000095_pilon:941129..1000934+

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ATGTTGTTGAATACTGTGCTGAAATGGTTTTTCTGTGGATTACTTTGCAC
TTTACCAGTGCTATCAGTAGATATACGCGTAGACCAACAGAAAGGACTAG
ACACCGAGATTTGTTTCGAGGATGAATCCCAACCCTGTAAAACACTTGAT
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GCGTAAACAGCGTTCCAGTCAAAAGTTGCTTTATCGAACAATTTAACAGC
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ATTGCAATTTACGTTTTTGCTACTGATACCCAACTTAAACAGACATTGCT
GACGATATGCTGCGTTATTGCTCTATCTTTCCATATCCAACAACAACCTT
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ATTGTGTTTTGATCACCCTTTATGTCTGGATAGCGTATTTCATCAAACGC
TTTCGAACGCGCGGCTACACGCAAATTGACGATCTAGATAAAGACAGTGG
CGACGAAGGAAATTATCGTGAAAATCTACGACGAAGAATTTCTGGGGGTA
AGCGTAGATATGACCCCCTGACTTGGTTGTCGTCACCGACAGAGAAACTG
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CCATACCCGATCTTATCTTCATGATAAAATATAAATGTTGTTGAATACTG
TGCTGAAATGGTTTTTCTGTGGATTACTTTGCACTTTACCAGTGCTATCA
GTAGATATACGCGTAGACCAACAGAAAGGACTAGACACCGAGATTTGTTT
CGAGGATGAATCCCAACCCTGTAAAACACTTGATTATGTTTGCACTGGTA
TTATATCAAACCACAACATATCCACTGCCAATATTTTCATTCAAGGAGAA
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GCTGCCATTTTGGAAAGAATAGATGTGCTGCAGTTAATGTGGTTGATACT
AATATATCCATCGAGGATTCTGTTTTTGAGGATAACTCTGGTAGCGCCGT
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GGAATAGCAACTATCAGTAAAAGTATTTTCCGAAACAATATCGCTGTTTC
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CGCATACTGGTGGTGCTCTATTGCTTGCTTTCATGGGCCAATCATCGTAT
GCGAAAGTGCTGATTCAGCAGAATTTATTCATGAACAATTTAGCATCACT
TGGTGGTGGGATGACTTTGACATTTCATGATACTTCTGGTCAAAATCACG
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GCTAATCACTCTACAGAGGTGTATAAATTCTCTCTACAAGGGCCATCAGC
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gttgcaaaaatatttcatattcaACCCTAATGATGCAGTTGATGCTAAAT
TCGCGTTAACATACTCCTTGGAGAACGAAGCTTATGAACAACTGGTGAAT
GAAAATAAGCAAATCATCCGGGATATCACTTTCGTTGATAGCTCCTCACA
ATTCATCtccaatgccaccatcaaggtCAAAGTGCTTAGGTGCAAACCAG
GCTTCTACTTTAAAGATGATCGATGTGTATGTGATAATGGACCTGGTTCT
CACGTTGTAAGGTGCGAGGATGATGTTGTTTACATAGAGAAAGGATATTG
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CAATTAATGACTCAGATGGTGGACGTCGCATCTTTTACCTGGATGGTTCG
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TGTTTTACTAATGGCGGTCTTTCCTCCGCCCATCTTAGTCGCCCTAATAG
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AAGACAGTGGCGACGAAGGAAATTATCGTGAAAATCTACGACGAAGAATT
TCTGGGGGTAAGCGTAGATATGACCCCCTGACTTGGTTGTCGTCACCGAC
AGAGAAACTGAAGAAATCGCAATCGGACCGGATCGTCGGGGGAAGGTGTC
CTTCGCCATTCCATACCCGATCTTATCTTCATGATAAAATATAA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12581	MSTRG.12581	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12581.1.p1.exon1	MSTRG.12581.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon2	MSTRG.12581.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon3	MSTRG.12581.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon4	MSTRG.12581.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon5	MSTRG.12581.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon6	MSTRG.12581.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon7	MSTRG.12581.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon8	MSTRG.12581.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon9	MSTRG.12581.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon10	MSTRG.12581.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12581.1.p1.exon11	MSTRG.12581.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12581.1.p1	MSTRG.12581.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000095_pilon	genome	sc0000095_pilon:941129..1000934 +

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MSTRG.12581.1.p1 (mRNA) -