MSTRG.12490.3.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12490.3.p1
Unique Name	MSTRG.12490.3.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+
coding sequence from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+

mRNA from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12490.3.p1 ID=MSTRG.12490.3.p1|Name=MSTRG.12490.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=49431bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
gaCTACTATTACGTCATAAACCTTTTATATGttcaacaagtttttttttt
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aatagaaaaaaaagaattcaaactGGAACCAttcgtttcttttttaaaaa
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GTTTATGAAGCCAAACGCCTCAATACTATTTTAAAATCCTCAGTACTCTG
GTTTCTTTCTAAGCTTTCCTAGTTTTAAGAAGTCATTAATTCCATATCGC
CTTAAgactcggaaaatattgtacggaaaaatctcagaactcgtaaaata
tttctcatattgtactcgcaactgtccgataactattacgtatgaaaata
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GCATTGGATCTTTGTTGGATTGTTGAGTTTGCTCTTACGGCGACCCTTTT
TCTCGATTTCTTGAAGACAAATAAGATCATGAGGTATAGCACTGGTAAAG
ATATAATCGTGGTGATGGTAATGGCAAAAGAAATATAATTGTTGAGTATA
TTTCCTAGAATCACATTGATAAGCATCGGGAAGGCTGGTACAAACCAACA
CAACACTATTAAGATCCATAACCGCTTCTCTGTTATGAGATCATCAAAAG
TGCttgttcttgaaattttgagatatttgatAGCGGCTAACATGATGATT
GTCAAAGATGAAGTTGAGGTCATGCTTAACAGGACCAAGCCAAAAATTCT
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GATAAACTGGATAAACAGTGATTGAAACCAAAGCATCGCAAACAGCAAGT
GATAATAAAATCAGATCAATCTTATCTCGATCGTTCGAgctttgattctt
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TCATCAAACCATAACATATGGTCAGAAATATACGGAAATGAAAAGACAGA
CAGATACCGCACAAATAGCTGAAATTCATGATGAAGAATGTCTTGCTTTG
AACCCTACTCAATGAAGTTGAGAGACTACTTGTACTTCTATTTCTAGTTT
TCGGAATGGTCCGATTAGGGGTTGTATTTAATTCAAGGGCTTTCAAGTGC
ACTTAGATTTAATTGATTGTGCGATTAACTGAAAATCGTATCATTAtgca
ataatgaccggttattgagggctgtactgagaatattgcccgaggtcaag
taacgactgAACTTCaatttccttcagcttcgattgatctttagcgcttt
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AAATTAGCCCATTTTTTGGGTGTGAGAGTCAAAATTATCCCCATATAATG
GATTTGAATGCACCAGTATTCTGTTTAAGGAGAATCGGGAAGGCTATAAT
AGAAAACTATTTTAGTGTATCAATTTCAgaataaatttacttttttaata
tgccgacatgggcaaaagGTCGcgattttcacttcattttctgaataata
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ATTGGTTGTGATAATATTGCTAATGTCTGTTGCTAGATAAACAGGAAATT
TGAGGTTAATAATTACCTTTCAAAATTTCGTAATGATTTTAGATGTGAGT
ACCTTAATAGTTTGcagaaaaatgttatttttacatACAGGTAACCCtct
tactttaatgggataaattttcgcggggattaaatttcgctgtTGAGctc
atctgcaaaattttaagatttcgcgtgGACTTAAATTTCGATGACATTAT
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cctagtacgaaaaGGGTTAGGAATGATTTTTAATTAACTTGAATGATATT
TcgaaattgataaaagtgaaaaGAAGGATAGGCTGCAAATGTTGAAATCG
GAAAGTTTTCTTTTGCCAATTTTTGTATTATTACCATTATTTTCAAGATC
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GGGGTTTTGCGTcctattttctcttttttatgaaaataacaagaaaaGAC
TAAAAccaaatctgaaaatattttggcctaacaaaaattttatgtatttt
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ATAGACTAAAATACTTGGAGGTATTACTCAGGCCCTTAGAAAGTTTCTGC
GCAGTCTGAAGAACATAAATAAACTCATTATCCCttcaaaaattgtaata
aaaagaatatttttgctGAAGAATGAGACAGATTCGAATATCTTTGTATA
TTATTTGTGCCTAAATTTAATCGAATCGGAGAGTTGGGGCCTTTAGATAA
TCTAAGAGATTGTACATTTTTTCGAAACCATTCTCCCAGGTCGAAAAATA
AACGAAACTTTCTGATGACTAGACACTCTTTGGGTCTCCATTAgaatatg
taatcacatgataacgagtgcaattcggaAATAATTGCACGAgcgaattt
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AGCTTATCGCACAAtgattttcagaatattttttctCAGTATCACGAAAA
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ACACGTTCGATGAAAGAACGatctAaaaaatatcaaaaactcaattttga
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TTAAAGCACCCCTCTGGTGGTGAgtctctttgatttttttgtatcGTCTC
ATTCTTTGTGCTTTATGTTcgagatacacgcttttttttataagaataca
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ttttaagcaaatttatattttataaatcaagTTATTAAATTGTTTGGTGT
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gtaaatagttttttatatttttttggctAAAACACCACCAttatgatatt
ttgtaatgtagTGTTGTAAATAAGGACAATGTTTTAGTAACCTGGGGATA
ctgtaggctacgtcatatcttccttcgtttcgagcgtataactcctactc
ttcgggatatgactAAAGATGCTCATACATATCTAAGAATcctaattttc
tcaaatttaatCTTAGAGTAGGTAAGGATTGctatatttgaaatttatag
ACCATATTTAGATGTATTATGTATCCGAAATGAATCTTATTGGTTAGAAA
CGAGGTCAGTGctggaatacacgtttttttt

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+

>MSTRG.12490.3.p1 ID=MSTRG.12490.3.p1|Name=MSTRG.12490.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=28518bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000094_pilon:1061718..1111148+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGACACTGATTTTGTACCGCTCATAAGTTCGTATTTAAAGTCAGAAGA
ATTCGATCCTTGTTCTTTTCAGCAGCAGTTGAATCTTCCAAATGCCGGTG
GGTATAATAACAGCACCGCCAgtggtggtggcggtggtggtggcggcagt
ggtgTAATAAACCAAGATCAATTTGTTGGATATAACAATTATGCTAGTGA
AAGTCCAGAGTATCCTTACAATAACTCACCTTATAATAACAAAAATGGGG
CAATTGAAATGCAATCTGGTCATTTGTCCCCTCGAACCCATggaataata
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GCATTTTGGAATTTGCTCTGGACTTTCTGGATCCTGTCACATTAAACCTG
GTTGTCGTCCATAGTATACAAGTTTACATAAAACGAtctaaagaattgaa
aaatacaCCAAAATATGTTGGAGCTATCCAATTACAACCTAAATCTATAA
CTCCTGTTGATGGAACATTTAAATATCTCATCAAAGTGGATTTAGACTCT
GTCTATGAAGTTGATGGCAAGAAAGTATATCAATTACAAAAGACAGCAAC
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GTCGTTCAACATGCTTGCAAACTAAAGAGTTATTATTGGTCGGCaaaaaa
aCAGCTGCTGCAGAAGCGTCATGTTTTGTTCCTTCTCCACCAACCGGTCT
TGCTGCTTTGGAGCAAAGAAGAGACAGCTTTAGCTCAGGGGAAGTTCATT
CACCTTCAGGATCATCAGGCTATGGAACAACAGGAGATGAAGATGTCATC
CACGCGAGTACCATTGTTGCTAATCACATCAAAACGAAGAGTTTGGAGGT
TGGTAACATCGTGATCGGTAACACTATACAAACACACCAGGGAGACATCG
CGTACCATTTCCCGATTCAAGATTGCGATGAATTCTTTAAAGAAGGCGAA
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GGATACGCCTTTGAAGATCATGATGCCGCCCATCAACACCAGaTTGGTTT
CGTGAACGCTGGTGTTTCAGTGTTAAACACAGCAAGTCATATTCTTCTGA
ACAAACGAATCAAGAAGCTTGAAAATCATTGGGATAGACGAATCAGGGAG
CTGACAAGAGCAAATACCAATTTCAAACGATGTTTCGTGACGTCTGGATT
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TGACACCCGGAACAGCATACCGATACTGGAAATGCCGGGATGGTTCTATA
CCGGATCATCAAGCAACATTTAAATATAATCCTGACAGATTCTCCTTTTC
GCTTGAAGATGTGAATGGGATCGAATTTGATTTCAAGAAGCTGATGAAGA
AGACAGAACATTCGCAATACCCAATGATGGATTCTAAAGCATACCCTGGC
GTTCGTTATTACCTGAATGTAGACGTTTGTGCGTACGGCGGGACGCGTTC
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TACGCATCCAAAAGTGAACCTGGAGTCGCAGTTTCAGGCTATCACTCACA
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ATGATGCCGCCCATCAACACCAGaTTGGTTTCGTGAACGCTGGTGTTTCA
GTGTTAAACACAGCAAGTCATATTCTTCTGAACAAACGAATCAAGAAGCT
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CTTTTGACGGGATTCTTCTTGTGGCAACTACTGACACCCGGAACAGCATA
CCGATACTGGAAATGCCGGGATGGTTCTATACCGGATCATCAAGCAACAT
TTAAATATAATCCTGACAGATTCTCCTTTTCGCTTGAAGATGTGAATGGG
ATCGAATTTGATTTCAAGAAGCTGATGAAGAAGACAGAACATTCGCAATA
CCCAATGATGGATTCTAAAGCATACCCTGGCGTTCGTTATTACCTGAATG
TAGACGTTTGTGCGTACGGCGGGACGCGTTCGACACAAGATATAACAACA
GGTCAGAAAGTGGTATATGGCCCTGATGTATTCGCAGTTGACAAAGATTg
caaaaaagctttttattttGTCGAGTGGGAATTCAAATGGCGACAAATTT
ATTCGTCCAGATTTGTCAATTTCACGCATACCATTCACAACCCGTTGAAT
TTGACGTGTGTTTCTTAG

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12490	MSTRG.12490	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12490.3.p1.exon1	MSTRG.12490.3.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.12490.3.p1.exon6	MSTRG.12490.3.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon7	MSTRG.12490.3.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon8	MSTRG.12490.3.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon9	MSTRG.12490.3.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon10	MSTRG.12490.3.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon11	MSTRG.12490.3.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon12	MSTRG.12490.3.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon13	MSTRG.12490.3.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon14	MSTRG.12490.3.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12490.3.p1.exon15	MSTRG.12490.3.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12490.3.p1	MSTRG.12490.3.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000094_pilon	genome	sc0000094_pilon:1061718..1111148 +

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MSTRG.12490.3.p1 (mRNA) -