MSTRG.12441.5.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12441.5.p1
Unique Name	MSTRG.12441.5.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+
coding sequence from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+

mRNA from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12441.5.p1 ID=MSTRG.12441.5.p1|Name=MSTRG.12441.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=31652bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TACTCTCAACTCATTGACTCAAATTACTTTTAATTTCCAGTATTTTATAT
TATTCTTCTAGCTGAAAATCGAGGTGCTCTCAGGGAATTGGAAGCCATGA
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GTTTTTTATCCTATTTCTTAACTCGAATGtgatattttttcaagttaaat
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TATTGGTCAGAGTTATTCCATACTTAGGTCTTTTTATCTCCAAAATGGAT
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GTATCAGACCAAATCCCTCTGTTATTCCAAGTATTAATGCCAACCTAATA
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GGGGTTGCAATATTTGACCTGTCTTTACCATTGAAATGGTCAAACTTCCA
GAGTTTTGCTCAAAACTTGAATGATTTAGTTCAATACGTAAACATTGGCC
TTGTAAGTGATATGATTTTCCTCGACAATAGTAAGAGCTGGCTACCAAAT
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GGAACGCACGAGGCGAGTTGTGTGTTGAAAACCATATCTGCTGGACAGCT
TGCTTTAATATTTTGGAAATAGTTCAATGTCAATGTTTTCGACCAAGACC
TTCCAGCCACGCGTATCTTGAGAATGCCACATTTTTTACAGAATACATTT
TTGAAAGTCTCATAATGGTCTTCATCTTGGCTAAGAATAGTGAAGTTTGA
GAGGAAATAATGGCATAGGTTGGCTGTAACTTTGTTGCATTTACTTGTTA
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cattgaaaaaattgattttgaagaaaGTCTTGTAGTGTTCGATTGAATAT
TTGTACACATGTTATGTCTATTTCAACATCTGTGAAACTTTGGATGTCGT
TGCAGCGTGCACAATACATGTTACGGTACAACATATCATCAACACCCATC
ACTGGTAATGTGTTCACTTTCTCCGTACCATGCCCTTCGCATTTTTCTAC
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AATCAAAAATTAGGTCATGACATGCCATTTTTTGATGCAAAGGTGGCGAG
AGTAATCTGGATGTGTAAGTTTCCATAGCTACCGGCTTTTCTGCTTCCCA
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AACTACACGTTCTGTATGCAGAGGATGTGGTACATAGATTGGGGAGCAAT
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AAAAACCGTGTTGATCTCATCGCAATGAGCACACGCTATCAACATTACAG
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TTCCAATAATGAAGGGTGACTCGAAAATTCTAATTTTCCCTCTCTGTCAT
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aaacCAATTTATATTCTTAGCTTGAAGAAGAACACTGTCAAAGAACActg
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tacgctcgttaaaagacaataaaattgcaattacaaatctctttcTCTGA
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ttagtttttcttgaaaaattaaaatatcttAAGTCCTTGTACCAACAATT
TTATCCTTTACCCCAAGGAAATATAAACATGTTATGATTGAATTTTCTCT
CTGAATCttcatttcttttcaatttcttttagaaCATACAAGTTTCAATC
AGTGCTGTTAAAGCGATTGCTGCGTTATCAGAAAATCTATCGTCTAGAGA
TAAAATTGGGAGATTGGGTTGGTTATTTGGTTCATTTATGTTTTACAATG
TCCAGGGCTGATTCCTCCTTGATTGGTCTGCTGTTTATGTAATTCCTGTT
GTTGTTTTTCAGCTTTTCTACTGATCTTCCTTTCGCTCGTCAACCCTCCC
TTTTTGGTGAGCTGtaacccagccggcacacaacgttgtttcaacgttac
atttaacgttatatggacgttgtgaacgttagataaacgttgaaacaacg
ttgtgtgccagctgggaagaagCTTGATGTTAATCTAAAAGGAAACATAT
AAAATATTCTCTTCTATCTATGATATTTCCAGAATAGctaatcaaaatat
aatatttaatgTTTCTCTGATTTCCGAGCATATTCTAATTACGTTTAAAG
TCTTATAGCCATAGCCCCataagagaatctgcccaggttggcgcgctgct
ttgatttttttatccaGATTAGTTAAAATGATATACTGTACCGGACATGG
CaaaaaaaCGTtaccaaaattaaaaacttgACATAGTCCTGTCAGGTTGT
CAGAAATACTTTTAAATTACTGGACATGTTCTATAatgtataaaaaaaag
tttctgaaagttttattttcaaaaagctttttttctaaaagatacacgct
ttttttggAATCATAGAAAAAACACTTGTTTATAAAATTAACGTCAAaat
ctttttgacgtttttgaccTTAAAATAGCTATAATAGTTACAAGATTTCA
CTACTCAACTAAACGAAATCGATCATCGTTTCGTTTCGTGACACATCTCT
TAGAATTAAcattttttggtggaaactcctGAATTGATATGTGCAGATAA
TAAATcgaaaaagtttccacgtttttcCATGCAAGTCTCGAGAAAATCGA
CTTAAAAGTCGTTAAAATTGCCTTTAATCAAGTTTATcgatttttatcga
ttttaatGAATAGAACGCGGTGTTTAGATCATGAATTCTCATTTCATAAC
ATGTTTTGTTTGTAAAAACCAATCGCCATTTAATCGTTACATTATGAATC
GATAAAAGCCATAAAAACATAGGAAAAACAGCTAAAATCGGTTAAAATAT
CGATTAAATAGTCTACTTAAGCtcgaaaaacttcgaaacagTCTTAAAAA
ATGATCAGATTGGgctgaaactttgcacacttgttcttAGATAGAATAGT
gcctattttcattttttcaaaaataaatgatttttagGGTCTGGGAATGA
GTTAAATTTCACGAAAACGAGGCTGAAGCCTCGAAGCTCACTGTAGACCT
TAAAAATGATCTGATTCTTCTGAATTTTTCTCAGTTGACCTACGAGTGAA
TAGTTGTAGATatataatttcatattttgaaaactttgattctTTTGGGC
CTGAGAACTGGTTTTTcacaaaaacgaaagtgccttgactttgctgaaat
tttgctcaGTTGAactttgaatgaatattttaattgtagATTCCAAGAGA
ACGAAGCTCTAACTTTGAAGTAGTCTGCAGACTTGAAAAATGGTCTTATT
tgacttaaatgtttttcacttCTGCAGTGGGACTCGGTAACTGAGTCTTT
GTGATTGGTCAGAGCAAAACAACGGCACTGAAATCAAGGGCCAATCATAA
ACATTAACATTaaaacccagtcgctttcgcttctgttttcaagcaaaaag
caaGGTGGGTTTGattgttttggctgaacaaccaggtcagatcgtcacat
tcgcCATACCCCTTTAGAGCAGAGTGCGGTATGCGCAAAATGAATGATCT
GTTTGAGataaatttttctccatttctaGACGGTATTCCTAACATAATGA
AGCTTCTTAGTCACGAAAATGAAGAGGCTAGAGAAATAGCAACGTTAGCT
TTATCCAATTTGAccaatgcaaatcaaaacaattgcAATATCTTAATGGA
CAAGAATTCACTTGATGTTATTGTGAAATTATTATCGGacaagaaatatg
aaatacaaTCAAATACTGCAGTCCTTCTCTCCAACCTTGCAATGAATGGT
ATGATTCTCCCGGTCAACtcttttggtcaatttttttatgataagAACTC
TCGTTAGAGATGGAACAGGTGTTAAACTTAATGATGGACAAATATCATAA
ATTATTTCTACCGCTGTAAAGACATGAAATTTCATGAAGTGAGAgttaaa
aaacttaattttgtaATCAGGAgggggggCTTTTATGGTATACGTCTATA
CAGGGCAGGGGGTGTCGGTACTATACTAAAAGGgcttttaagaatttttt
gcatACTGCCACCCCACTTTagagaagtggtattttagtactCGTGTACT
AAAATCTTTGGGAACATTCTGATACAGAGACCACCCAATTTTGGTCTTCC
CAGAACAAATTTTGTCTTCTCGGGAccaattttctcaaaagtgtTGATAT
TTGCAACATGATATTCTTTGAATACTATAATAATTGATACTTTTAAAGGT
TGCTGATTTATGAATTCAGCAAACAGTTTATGACATTTGACTGACTGCAA
GAATAATTGAGACCGACCCCCTGGTGTAATCATGATTTTctctaaaaaat
tatttaaaaatcttaaaagcaATTATACAATTAGTGAGGACTGTTCGAAG
GACTTAAATTGTACTCGACttgatttttcagaaagttggAGGAACGAAAT
CAAGAAACATGGAGTTGTCAAAGCTTTAATGGAACCTTTAAAATCAGAGT
GAGATTTCTTGTTGTGTCTTTTCTTTTGCGGGTATTCCCTTGACATTAAT
TTACAACAGCCACTGCCGGTTTGTTTTTTCCCGGGGGAGGGGGAATTGGG
CaaaatgggtgtcgggtattACGAAAATCGACTTCCTCAAAGAGTGATAA
AATCTGGtaattttgagctaaaaaatGGAGCaaaaaaaTCTCTCCAAGGG
TCGTAAAAACGTCGAAATAGAGTCTCTCAAAGGTTctattttcgaacttt
ggctcggacatgcccgtcacctcgcaaacctagtagcCCACCAGGTTATT
TTACCAACATACTTATTAGCGAACAACTAAAATATATCGAATTTACTTAC
AATTGTATCACAGAAGCGAACAAGTCCAGTTGGATGCATGCCAAGCGCTA
GCTGCTTTCCTGTGTGATGTTGATGCTCGAAACAAGGTGCGTGATCATCT
TTTTGTCTAACTTTTCTTTTGACATACGGAGCTGTTTCTTGATAAAACGT
CTATCTAATACAATCAAGGTCATCATATTTGAGAGAAActgtccaataag
gctcagaatatagccttaAAGTCTATAAACACTTTCCactttgaaatatt
cgattacattTAACAGATAGCCCAATAGCgactttttcagacttttttag
cCGAACTTCATATttctaaaaacgaggaaataaacAAAATTCTTAATGTA
TTTCGACGCAGATTTTACCTTCGTCTTTATTCACTCATCATCAATTTCAT
CAAGGAAGACCATAGATTTTTATTCGATTTAATGAAACGAATGCTCAATT
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ACATTGGATGAAGGTATCCTAAATGTTGTCAATCTTTTGAGATCACCCAA
TGGTTCAGTACAGCGCAATGCAGCATGGGTACTTGCAATGTGTGCTGTTG
ATGAAAATATTGCCGAAGAAATCACTAAATATGGGTTAATAAAAGATTCT
TCttactttttcaatattttgggaTACTTCTTTGTCAAAGAATGGGCAAT
TCCATTTATACCCATATAAGGGGTAGACGAACATTGCCAGGGTGTAATCC
GAGAAGAATTGCCAGGGGGTCCGGAGTGTTTTTCCAGTTTCCAGTATAAA
GTTatattccaaaatttccagATGGTTCCAGACTGATTTTAGCTCGTCCA
TTCTCACTTAAAAGTTAGGAAAGGAATTTTCCAagggTtttttttgaaaa
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GTTCGACACCGCTGAGAAACCGTACAAGCTGCCAGTCAGGAAAAGAACGC
CTTCGAAGAGAGCTAGAAGGACTGTCATGCAAATGATTATGTTGACTCGT
TGGATTTTAACGATCGCGCGGTATTTGTTTGCTAGTTTGACGCGCGCGTA
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CCACTAACGCGAAAAGAGTCATCAACTCTAACTCGTAATAGCATGAATCG
GAGTAACTCGTCAAAAGCATAGTTAGGAAAGTCAAAGTGGCTAATGCGCC
AACGATATCTGATATGCTAATAAAAAGCACTAGTCTCATGGCGGTGATTT
GTGTTTGTTTAGTCAGAATCAGGCTAACAACAACAGCCAAATTTGCCAGC
ATGCTTGCCAAGCCATTAACGATGACGTTGTAAACAGCCaatgatatttt
ttgactgTTTAACATGTGAAATCGTGGGTAAGGCGTTGAACAGGCAAGTG
TAGTGTTGTTCATCTTGAGGTGCCAGTGGAGTATTGTTGATGCTAAAGTC
AC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+

>MSTRG.12441.5.p1 ID=MSTRG.12441.5.p1|Name=MSTRG.12441.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=61632bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000094_pilon:189371..221022+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgggaaagaaaaAAGGAGGCAAAGAATCTGAAGTCCCTTTGAAAGAGGA
GTTTGACCCCGTTGAGTTGGTTACAAAGAAACCGCAAACAGTCACTTTAA
TGCTTCAATCTGCAGAAGAAAGTGTTCTACAAACTGTTTGCGATTCTCTT
TACAAATATGCTGAAAAATCTCAAGAAAACAAGGCCCAGATGGTCAATCT
AGGTGTTTTGGAGCATCTACCAAGACTGATCAGTCATGAAGACAAATTGG
TCAAGCGGTCTGCCATAATGTGTATTGGTTCTATGTCTTCTGaaaattca
tgcaaaaaaattctCAGAAGAATTGGATGTGTAAAGCCACTACTACAACT
GCTCTCTCCAGATGAGGAGATCATTTGCCATGAATTCTCAACTTTGGCAC
TTTCCAATTTAGCAGAGACATTCACcagtaaaattgaaatatttgagcAA
AATGGATTGCAACTTTTGGTCAATCATTTGTCATCCACTGACTGTGACGT
ACAGAAAAATACGGTTCATGCTGTCAGTCTCTTAGTAGAAGAATTCCAAA
ATCGTGCTGCAATGAAAGATTTACACggctTTGAACCTCTGTTGAAGTTG
TTAGATTCTGACTACCCAGTTATTCAAGAGTTGGCACTTTCAACACTTAT
TACTTGCTCACAAGACGCTGAAAATCGAGGTGCTCTCAGGGAATTGGAAG
CCATGAATAAATTGGTTGATATTATTGGAAACGAGACATGGAGTGATTTG
CATATCCTGGCTTTACAGTGCTTAGCTAATTTACTGGAAGATACTGAAAC
ACTCAGGgccATCCAAACGACTGGAGTTTTTGATAAATTATTGGCTTTCA
TAACTGGTTCCAGCAGCAGTCCAGAAATTCAACAATTTACAATGATTGTT
ATTGCTGCTGCGTCAAGATTAGAGGAAAACAGGAGGATTTTCAATGAACA
AGAGACAGAGAAAACGTTGATTACACTTCTGACGTCTGATaaCATACAAG
TTTCAATCAGTGCTGTTAAAGCGATTGCTGCGTTATCAGAAAATCTATCG
TCTAGAGATAAAATTGGGAGATTGGACGGTATTCCTAACATAATGAAGCT
TCTTAGTCACGAAAATGAAGAGGCTAGAGAAATAGCAACGTTAGCTTTAT
CCAATTTGAccaatgcaaatcaaaacaattgcAATATCTTAATGGACAAG
AATTCACTTGATGTTATTGTGAAATTATTATCGGacaagaaatatgaaat
acaaTCAAATACTGCAGTCCTTCTCTCCAACCTTGCAATGAATGaaagtt
ggAGGAACGAAATCAAGAAACATGGAGTTGTCAAAGCTTTAATGGAACCT
TTAAAATCAGAAAGCGAACAAGTCCAGTTGGATGCATGCCAAGCGCTAGC
TGCTTTCCTGTGTGATGTTGATGCTCGAAACAAGTTATTGACATTGGATG
AAGGTATCCTAAATGTTGTCAATCTTTTGAGATCACCCAATGGTTCAGTA
CAGCGCAATGCAGCATGGGTACTTGCAATGTGTGCTGTTGATGAAAATAT
TGCCGAAGAAATCACTAAATATGGAGGATTAGAGTTGCTTCAACAAATTC
AACATTCATCAACACGTAAGAACCCGGTTGTGGATATGGCATGGTCACGT
CTCTTGAATAACAATCTTCCCGCTAAATATGCCCTGACTGGAGAACTTGG
ATTCGATAACACATTAGAATCCCTCTTCTTCGACGTTGGCAAGATTCGAG
GTGACAGTCAATTCCTGCCCCTGCCATTACTATTTAATGAAGAAGTGAAT
AATAAAAGACCTGTCATCCTTGTCAACCCAAAGAAGAATGCAACAAGCGG
TTCAAACAGTAAACGTGCAAAcaaagatgaagaaaaacatACAGCTTCGC
CGAGCAAACCTGCCAGTGTTGAGAAACCTGAAAAACAACGAACACGCACC
AGAAATGATCGTCGAATGAGTAAATCTAGAGTTGGGCGTGACAATCGGGA
GGAGCCCATCATCAGTGGTGGAACAAACACTGTATCTGAAAAACCGCTCG
TTGAAACTATACCTAGTTTGCCagctttgtcaaaatttgtgacaTCAATC
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AACTATCGGTGGCTTATCAGATCTCTCTGAGCAAATTACCTCCCTCGCCC
TGTTTGTGAGCGATCGAATGGGAGGGAATGTTGAACGCTCAGACTTCACC
AATTTCTCTTTCGAACTACACATCAGTGAATTGAAGACTGAACTGGCCTC
CAATGTCATCCCTATCGGTCGAATCAAATGTGGAATTTACTATCACAGAG
CTCTACTGTTTAAAGTATTGGCAGACCAGATCGCACTACGATGTTCTTTG
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CATGCTGTCAGTCTCTTAGTAGAAGAATTCCAAAATCGTGCTGCAATGAA
AGATTTACACggctTTGAACCTCTGTTGAAGTTGTTAGATTCTGACTACC
CAGTTATTCAAGAGTTGGCACTTTCAACACTTATTACTTGCTCACAAGAC
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TAAAGCGATTGCTGCGTTATCAGAAAATCTATCGTCTAGAGATAAAATTG
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GAAGAGGCTAGAGAAATAGCAACGTTAGCTTTATCCAATTTGAccaatgc
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TTGTGAAATTATTATCGGacaagaaatatgaaatacaaTCAAATACTGCA
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GAAACATGGAGTTGTCAAAGCTTTAATGGAACCTTTAAAATCAGAAAGCG
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GTTGATGCTCGAAACAAGTTATTGACATTGGATGAAGGTATCCTAAATGT
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GCCCCTGCCATTACTATTTAATGAAGAAGTGAATAATAAAAGACCTGTCA
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TGTTGAGAAACCTGAAAAACAACGAACACGCACCAGAAATGATCGTCGAA
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CTTCTGaaaattcatgcaaaaaaattctCAGAAGAATTGGATGTGTAAAG
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TGATaaCATACAAGTTTCAATCAGTGCTGTTAAAGCGATTGCTGCGTTAT
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CTTTGTTGTTGACCTAATGCACAACCCTGGCGAACTATTTCCCAAAGGAT
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Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12441	MSTRG.12441	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12441.5.p1	MSTRG.12441.5.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000094_pilon	genome	sc0000094_pilon:189371..221022 +

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MSTRG.12441.5.p1 (mRNA) -