MSTRG.12424.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12424.1.p1
Unique NameMSTRG.12424.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000093_pilon:1286407..1301927-

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12424.1.p1 ID=MSTRG.12424.1.p1|Name=MSTRG.12424.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15521bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000093_pilon:1286407..1301927- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TCTATTCATAAACACACTTTCAAGCAACTTTGTTGGCATTTCTAGTCCTT TTAGATGAACATGGTCCTTACATTTTGAGATAAATTATGTTTAACCCATC CCTTTCGAGCTTCAGCATCTCAGCAAAAAACAATCACAATCTGATCTCAG AGGTTAATTGACTTAGGATTTGCTGCAGCGTTATTACATGCAGATTCAGG AGTGTGTTAGCATGACAACTTTTTATTCAATAGACAGTCGCACAACTATT AGCTATGCAATAAAGACTGTGGTGTTTGCCTAAAGGAGTATGCTGACTTA TGCTGTGTTATTCTGTCATAGCAACTTTCTAATCTTTTAAATGTTTATAA ACAGTTAGTAGAAGTGCTTCAATCTATACCAAGTAAAGTCGTTGAAAAAT TCATTTGTAATGCTCTAGTTTGTCATTTGGAATCTTTTCATCAGTTTTCA ATGGGGTTTTCACAAACAGAGCTCTTGTGAAGACCTTCTTCTTCATATGA CAGAGAAATGGCTGAAATCTATTGATTCAGGAAAAGTTGTTGTTGTTTTA TTTATTGACTTTCAAAAAGCATAGCTCATCCTATTTTGCTTAATAAACTT GCTGGGTGTGGAATATCTGGATCATTTCTTTGAGTACATAAAATCCTATT TAGATGATCGCTCTCAATATTTCATTTACTGGTCAAAAAGACATCGACAA ATTGGGTATAGGTATTCAATCTTTCCCTGTTTTCATAAAAAAAATGATTT GGAATTTAATTGAAATTAATTGACAAATCTTTTACAATATTTTTTAATCT AAAGTAGTCAAAAAAGTTATATTTTCTGTTATAGTTTACAACGGGCTTCA TCAAGTAAAAGTGCTCCCAAAGGAGGTGATATTGAACGGATTGCGAGGTC TGGTACTGATGTCACATATACTGTCGATCTCTCATCAATCAATATAAAAG 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GAAGACCGGATTAATACGCAGTTCATAGCACTACAAGGATTACTCAGTGA GCTTCCAAAGCAATCACAGTCACCAGGTACAGTGGTCAGAGTTCTTTCCG TTGAAGACGGATTTCCACCTCAGCTTAAAACAAGCCCTGTTCCATCTCAA AATTTAAGTATGATTCAAAACTAATTCCTTTTTATGAAGTCTATTTTCTT CGTGGTCGATTGTTTTTCTACGTTAATTATCGGGATGCCGACATTTCGGG GTAAATTTTTATCTTCTTAGATCCCCTGTCACCATGTTTGCTAGTTAAAG ATGATGTTTGGATGATTTTTCTTAAATAAAAGATACCCCCTTTAGGTCTT GAATATAACAATATTGCACAAAAATCTAGTTAAACTTTGTTTACTTAAAA GAATGACTCAATACTACAGGCTTCATTTAATTTAACTCTAGAAAAAAAGA AATCACTTGAGACTAAAACAACGAGTATGTCGTCTATTAGAAGTTTACAA TCATCAAATTATGATCGTCCATCTTCAAGGTGCAGTAGGTAGGTGTATTT CAATGAAGATCTTGCTTATATTCCTTAGCAAAAATTTGATACCATTCACC TTTGAGAAACCATGTACAGGGTGTCCTGAAAAAGGTCGTGTGTTAGAGCA TGACTACAAATAGAAATATTTTTGTGTTGTTTGTTTTGACACAGGACTTT TTTTCGTGACTTTATAGTTTTACTTTCTATTTGAAATTTTGCTAAATACC GGGTACGCCACAAAATCGTTTCTTACTCTCGGGTACCTAATAGCCGCGGG GATTGGAATAAGCGGGGGGGGGGGGGTTGGAATAAAAATGTCCTGGGTGG AAAATTTTTGAAAAGGAGGCTGATACAGCAGAATTAGGACAAAAGAAGGA ACTTTCAAAAATATTTTTCCAAAAAATCAAAAAATATTTCAAAAGAACCA 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GGAAGAACTGTCTGGCAGGAAATTCAGTCCACGCTGACAAAGAATTCCTA AAGAAATACATGCCAAATTTTATGGAACATTTGCATTATCGTATTATAGA TGTTAGTACTGTCAAAGAACTTACTAGACGTTGGTATCCAAAGGAATTTG GGTCAGCCCCGAGAAAGACTTTTTCTCATAGAGCCCTACAAGATATTAAA GAGAGCATCGAGGAGCTACGATACTATAGAAAATCAGTTTTTAAGTGATT TTTTTGTAACTTTTTTATTTTTATATAAAGAACTTGGACCATGCGTTGTT TCATCTGTTTATTCTTGGGTCTGTGTAAAAATGTCTATCATTTTGTTGAA CATAATAGAGTAGGGTGGGGGTAAGCTAGTTTTCGGAATTTTATTGGCTA GCACTTTGAGTTATTTTCTATTCCCTAATTTAAAAAAATACATTTTTCAG GCTTCAGAAGAAAATTGTTTTGCTTTGCTCTACAATCACGTGATTTTGAC TTCATGTACCTTGTTACGGGGATACTCATGATTTCCCATTCTATTCTTAT ATTTTTCAGCTACAAAGAAAAACAAAAATTAAATTAAATAAACAAAATAT TGAAATTATACGGAAAGAAAATGATGGATTGAATTTTACTATGTGAACAT GTGTGAATTGCATTTTGATTGTGTTTGATTGTTTTTAAACTTGCATATTA GTTTTGGGTTGTTTTAAAAATCAAAGAAGAGTCATGGATAATTATACTAT TCTTGGTCGGATCGGAGAAGGAGCTCATGGTATTGTCTTCAAAGCTAAGA AAAAGCAAAGCGGTGAAGTGGTTGCTCTAAAGAAAATTGCGTTACGGAAG CTAGAAGATGGTGTCCCAAACACTGTTATTAGGGAGATAAAAGCTTTGCA ACAGATTGAGCATCCAAATGTGGTCCGGCTGTATGATGTGTTCCCGTCCG 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GAGCTTCTTGGCATTAGAGGATTCAAAAGCAATTGTCCTGAGCTGTATTT CTAAAGACCTTTTTAAAAAGCTATGGATAAACTTACTATGGTTTGTTCAC TATTTTGTAATTGTCATTACCTTGATGACTTTTTAATTTAACTTCAATTA ATTTATTTGTAATTTTGTAAATAACTTTATTCGGATTTTTAAATTTGTAG ATTTTGAACATATAATGTGAAATAAGGATGTGTGTAATATAAAAATGTGT AGTAGCCATAATATTATAGGGAACCACTTTGGTAACCTATTGGATTTGCT TGTGCTCAGAATCACTCAAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000093_pilon:1286407..1301927-

>MSTRG.12424.1.p1 ID=MSTRG.12424.1.p1|Name=MSTRG.12424.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5880bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000093_pilon:1286407..1301927- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCGTCAGCGTTTAACTGATGCTCTATCGTTCGCTGAAAAGACCTTCAAAG
ATGGCCCCACTAATGCTGAATAAAAAAAAAGAAATCACTTGAGACTAAAA
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CCATCTTCAAGGTGCAGTAGTTTACAACGGGCTTCATCAAGTAAAAGTGC
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CATATACTGTCGATCTCTCATCAATCAATATAAAAGATGTTCCCGACCTT
GGGAAATATAAACACTGTAAATCTCTTGATTTGTCTTGTAATCAAATCAA
GTCTATTTATAAAGATACATTTCAATGTTGTTCTTACTTGAAAGAAATCA
AACTTTATTCTAACCATTTGTCTAAAGTGGAGGGTGTTAGAGAATTGCAA
CATTTGGAGAATTTACAGTTACAATACAACAATATTTCAAAAATAAACAA
TTCATTATCTGGATGTAGAAGTTTAAAATTCTTACGATTGGACTCTAACA
AAATCTCGGTTTTAAAGGGTAAGGAATTTTGTTCATTGCATCAGTTAACG
TATTTGGATATCAGTGCAAACCAACTTGAAGATATCAGTTTTGTGACTGT
GCTACCATTACTCCAAGAGCTTCACTGCACACATAACAAGCTGACAGAAA
TACCTGATATAATGTCACTGAAAAAACTGCAAGAAATTGATCTCAGTCAT
AATACAATATCAAACGTTACTGGTCTCAAAGGATTAGCTAATTTAAATAT
ATTATGCGTCAAAAATAATTTCATATCATCAATGACATCTGTAAAAACAT
TAAAAACATTAACTGAGCTAAATGTTTCGAACAACAAAATCAAATGTTTG
TCACAATTCAAAACAGTGATCCCAAGCATTGAAATACTCAACATTTCTTG
CAATCATATTGAAAACATTGATGAAATTCTACAATTGAAGGATTTTCAGC
ATTTGAAAGAGGTTGAATTTTTGGACAACCCTGTTTTGGAGGAACCAGAA
ACCGACGAACAATTGAAAGCTGCCTTTGAAAGCCTTGATTTGGTTTATCT
TAATGGGAGATCATTAAAGAAGCAACAAGTAAAACGCCCAACAAGTGCGA
TGCGTCCGATGTCAGCTAACCAACTTGTATCTGAGAGAGTTATTTCAAAT
CAACTACAATATGATGAGATGTGCCTATCTGATTTTGAAGACCGGATTAA
TACGCAGTTCATAGCACTACAAGGATTACTCAGTGAGCTTCCAAAGCAAT
CACAGTCACCAGCATCAAAATCAAAATAAACAGAGAAATCTCGAAGCGCG
AGTAGGAAAGTTCAAAGTGCAATTTAATTCTGCTTCCTGCTCTGCCATCT
ACCTGTGTTATTTGCCTTTCCTTGAAATGGCAGCGACAGCTTTAAAGTCT
CAAATACGAAAACAAAACAGCCGTCAGCGTTTAACTGATGCTCTATCGTT
CGCTGAAAAGACCTTCAAAGATGGCCCCACTAATGCTGAATAAAAAAAAA
GAAATCACTTGAGACTAAAACAACGAGTATGTCGTCTATTAGAAGTTTAC
AATCATCAAATTATGATCGTCCATCTTCAAGGTGCAGTAGTTTACAACGG
GCTTCATCAAGTAAAAGTGCTCCCAAAGGAGGTGATATTGAACGGATTGC
GAGGTCTGGTACTGATGTCACATATACTGTCGATCTCTCATCAATCAATA
TAAAAGATGTTCCCGACCTTGGGAAATATAAACACTGTAAATCTCTTGAT
TTGTCTTGTAATCAAATCAAGTCTATTTATAAAGATACATTTCAATGTTG
TTCTTACTTGAAAGAAATCAAACTTTATTCTAACCATTTGTCTAAAGTGG
AGGGTGTTAGAGAATTGCAACATTTGGAGAATTTACAGTTACAATACAAC
AATATTTCAAAAATAAACAATTCATTATCTGGATGTAGAAGTTTAAAATT
CTTACGATTGGACTCTAACAAAATCTCGGTTTTAAAGGGTAAGGAATTTT
GTTCATTGCATCAGTTAACGTATTTGGATATCAGTGCAAACCAACTTGAA
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ACATAACAAGCTGACAGAAATACCTGATATAATGTCACTGAAAAAACTGC
AAGAAATTGATCTCAGTCATAATACAATATCAAACGTTACTGGTCTCAAA
GGATTAGCTAATTTAAATATATTATGCGTCAAAAATAATTTCATATCATC
AATGACATCTGTAAAAACATTAAAAACATTAACTGAGCTAAATGTTTCGA
ACAACAAAATCAAATGTTTGTCACAATTCAAAACAGTGATCCCAAGCATT
GAAATACTCAACATTTCTTGCAATCATATTGAAAACATTGATGAAATTCT
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CAGCGACAGCTTTAAAGTCTCAAATACGAAAACAAAACAGCCGTCAGCGT
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TAATGCTGAATAAAAAAAAAGAAATCACTTGAGACTAAAACAACGAGTAT
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GGTGCAGTAGTTTACAACGGGCTTCATCAAGTAAAAGTGCTCCCAAAGGA
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CGATCTCTCATCAATCAATATAAAAGATGTTCCCGACCTTGGGAAATATA
AACACTGTAAATCTCTTGATTTGTCTTGTAATCAAATCAAGTCTATTTAT
AAAGATACATTTCAATGTTGTTCTTACTTGAAAGAAATCAAACTTTATTC
TAACCATTTGTCTAAAGTGGAGGGTGTTAGAGAATTGCAACATTTGGAGA
ATTTACAGTTACAATACAACAATATTTCAAAAATAAACAATTCATTATCT
GGATGTAGAAGTTTAAAATTCTTACGATTGGACTCTAACAAAATCTCGGT
TTTAAAGGGTAAGGAATTTTGTTCATTGCATCAGTTAACGTATTTGGATA
TCAGTGCAAACCAACTTGAAGATATCAGTTTTGTGACTGTGCTACCATTA
CTCCAAGAGCTTCACTGCACACATAACAAGCTGACAGAAATACCTGATAT
AATGTCACTGAAAAAACTGCAAGAAATTGATCTCAGTCATAATACAATAT
CAAACGTTACTGGTCTCAAAGGATTAGCTAATTTAAATATATTATGCGTC
AAAAATAATTTCATATCATCAATGACATCTGTAAAAACATTAAAAACATT
AACTGAGCTAAATGTTTCGAACAACAAAATCAAATGTTTGTCACAATTCA
AAACAGTGATCCCAAGCATTGAAATACTCAACATTTCTTGCAATCATATT
GAAAACATTGATGAAATTCTACAATTGAAGGATTTTCAGCATTTGAAAGA
GGTTGAATTTTTGGACAACCCTGTTTTGGAGGAACCAGAAACCGACGAAC
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TCTGCCATCTACCTGTGTTATTTGCCTTTCCTTGAAATGGCAGCGACAGC
TTTAAAGTCTCAAATACGAAAACAAAACAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12424MSTRG.12424Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12424.1.p1MSTRG.12424.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12424.1.p1.exon5MSTRG.12424.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12424.1.p1.exon4MSTRG.12424.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12424.1.p1.exon3MSTRG.12424.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12424.1.p1.exon2MSTRG.12424.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12424.1.p1.exon1MSTRG.12424.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000093_pilongenomesc0000093_pilon:1286407..1301927 -