MSTRG.12402.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12402.3.p1
Unique NameMSTRG.12402.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000093_pilon:1011486..1022837+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12402.3.p1 ID=MSTRG.12402.3.p1|Name=MSTRG.12402.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11352bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000093_pilon:1011486..1022837+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GAGGCCAGACCAATAAGCCGGATATGTTTACAAAATAGAACTCAGCTGAG ATCGTGTGGTGTGGATTTATTTTTGGGAAATCTGAACACAAGCTACAACA TCTGCTTATTTGCTACCTACCTACCCTGTTCATTCAACTTCTACTTGACA CTTCAAAGACTACAAACATCTTCTCTTCGTCATTCTGTTCTAGccctcaa aaataaaaatgcctAGAAAAGCCATGAAATGCATTGTTGAAGTTGATCTT CATGTGGTAAGTTCTTTTTTACATTTAAAACTTTGATAGATTCTCTgtta ttttcaagcaaaattggttTTGATTAATTGTTGATTAATTTTAGCAGAGT TTAATTCAAGCATAAGTCAATTTAAGTCTATAAGTCCAATCCCACAAGAC GGCAATCACAATGTAGAATGGCTAAACTTTCTACTTTCTCTCTCGTTGTT ATTCCCGGGGAAACTTTCTTATCAGTCAGTCAGGGATATGTTCAGATTTG CTGTTTGTCAATTGGTTAGTCAGATCGGTCAAATAGACGATAGGTAATCG GTTAAATAACGGGTCATTGTTGTTATGCCTAGATACCTCAGAggtaatta atcgaaccaatagAATTGTATTTTTAATCTAACTTGATCAAGTTTTGTTG CCCTAATGTTTGATAGTTGAGTTATCAAACTTTAACCAAATACTAGCTAA TTCTCAAAGAGACCTTAAAAATAGTTCAATTAGTTTGTTTATTGATAAAC TTCATCAAATATCGAACATATATAATCTGCAACTGACGCaatgcaaaaaa tcagcaatCTTAGTATTGATTGATCTTtcaaaaagattacatcattgaCG CAAAATAGTCAGCCTACtttttttAGCACTGTTGGTGGCAGACTTACCCC CTCCATTCCGCTTACAGATTGGATAGAAGCCTTAAAGATATTTCAAGAGA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000093_pilon:1011486..1022837+

>MSTRG.12402.3.p1 ID=MSTRG.12402.3.p1|Name=MSTRG.12402.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=9600bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000093_pilon:1011486..1022837+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AGTCATATCACATTGCAGTAGCAACACACACGATTTCTTATATCCAGCAA
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AAATTTAAACCTATCCGCGTTACTGGTGAACCAGTAAAGCTAGAATTCTC
GACTAAAACTGTCATCAAAGAAGTTCCCGATTTTGAAACATCGCCACGAC
GTTCCGTGTCACCATCGCGCTCCATGAGACGTTCCGTGTCGCCATCACGT
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CATACCTTTCATCGACCACGCCCAGAAATTTAACCACACGGTTGGACGAT
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ACGAACTTGTACGCCGTAGGGATTTCAACTATGTAGATTCAGACGCTGAG
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CGCCCTTAATGACGCCATCAAAGAGGCGGATCGAGAGGCGTTCTATCGAT
CGTTGAATCGCACCCGATGAatgcctAGAAAAGCCATGAAATGCATTGTT
GAAGTTGATCTTCATGTGACAACCTGTCCAGGAACATTTCTACGAGACTA
TGAATATGTATATCTTCATATGGAAATGCTTGGGCTTGAAGCTCGCACTA
AATCTGTCCCACCAACTTTCCCATTATTCTTCCATGAAAGATTAAAATTC
GAAAGAacATTCTATGACTGCACAGATCCTGCCCTGGTAGCTGCTGTATT
AAAAGgAGAAGATTTAATCATTGAATTACGTCAACACACAGATTACATAT
CAGatgGAAAAGTCATATCACATTGCAGTAGCAACACACACGATTTCTTA
TATCCAGCAATACCACCTTATTATGGAAGTGGCCGTGAAATTCTTTTATA
CAAAACTGCTAAATTTAAACCTATCCGCGTTACTGGTGAACCAGTAAAGC
TAGAATTCTCGACTAAAACTGTCATCAAAGAAGTTCCCGATTTTGAAACA
TCGCCACGACGTTCCGTGTCACCATCGCGCTCCATGAGACGTTCCGTGTC
GCCATCACGTCCACGTAACTTCAACGGAAATACGACTGTAGAATCGATCC
CAGCCACGGTGTACAGATCGAGCTCACCTGCTCGTCACTATAGATCAGTA
ACCGAACCCACATACCTTTCATCGACCACGCCCAGAAATTTAACCACACG
GTTGGACGATCTCGATCTCTCGCTTGCTTCTACTAAGAGAagGGTTCACA
CAGTTACGCCCAACATGAACCACGCCTTACGTTCTTCCCAACGTATTCAA
CGCCGCGTTGACGAACTTGTACGCCGTAGGGATTTCAACTATGTAGATTC
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ATGCATTGTTGAAGTTGATCTTCATGTGACAACCTGTCCAGGAACATTTC
TACGAGACTATGAATATGTATATCTTCATATGGAAATGCTTGGGCTTGAA
GCTCGCACTAAATCTGTCCCACCAACTTTCCCATTATTCTTCCATGAAAG
ATTAAAATTCGAAAGAacATTCTATGACTGCACAGATCCTGCCCTGGTAG
CTGCTGTATTAAAAGgAGAAGATTTAATCATTGAATTACGTCAACACACA
GATTACATATCAGatgGAAAAGTCATATCACATTGCAGTAGCAACACACA
CGATTTCTTATATCCAGCAATACCACCTTATTATGGAAGTGGCCGTGAAA
TTCTTTTATACAAAACTGCTAAATTTAAACCTATCCGCGTTACTGGTGAA
CCAGTAAAGCTAGAATTCTCGACTAAAACTGTCATCAAAGAAGTTCCCGA
TTTTGAAACATCGCCACGACGTTCCGTGTCACCATCGCGCTCCATGAGAC
GTTCCGTGTCGCCATCACGTCCACGTAACTTCAACGGAAATACGACTGTA
GAATCGATCCCAGCCACGGTGTACAGATCGAGCTCACCTGCTCGTCACTA
TAGATCAGTAACCGAACCCACATACCTTTCATCGACCACGCCCAGAAATT
TAACCACACGGTTGGACGATCTCGATCTCTCGCTTGCTTCTACTAAGAGA
agGGTTCACACAGTTACGCCCAACATGAACCACGCCTTACGTTCTTCCCA
ACGTATTCAACGCCGCGTTGACGAACTTGTACGCCGTAGGGATTTCAACT
ATGTAGATTCAGACGCTGAGAGCGACTACTCTTTGGATTTGCTACGTGAA
TCTTTGCGTGATGAACGAAACGCCCTTAATGACGCCATCAAAGAGGCGGA
TCGAGAGGCGTTCTATCGATCGTTGAATCGCACCCGATGAatgcctAGAA
AAGCCATGAAATGCATTGTTGAAGTTGATCTTCATGTGACAACCTGTCCA
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TGGGCTTGAAGCTCGCACTAAATCTGTCCCACCAACTTTCCCATTATTCT
TCCATGAAAGATTAAAATTCGAAAGAacATTCTATGACTGCACAGATCCT
GCCCTGGTAGCTGCTGTATTAAAAGgAGAAGATTTAATCATTGAATTACG
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GCAACACACACGATTTCTTATATCCAGCAATACCACCTTATTATGGAAGT
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TACTAAGAGAagGGTTCACACAGTTACGCCCAACATGAACCACGCCTTAC
GTTCTTCCCAACGTATTCAACGCCGCGTTGACGAACTTGTACGCCGTAGG
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GCTACGTGAATCTTTGCGTGATGAACGAAACGCCCTTAATGACGCCATCA
AAGAGGCGGATCGAGAGGCGTTCTATCGATCGTTGAATCGCACCCGATGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12402MSTRG.12402Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12402.3.p1MSTRG.12402.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12402.3.p1.exon1MSTRG.12402.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon2MSTRG.12402.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon3MSTRG.12402.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon4MSTRG.12402.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon5MSTRG.12402.3.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon6MSTRG.12402.3.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12402.3.p1.exon7MSTRG.12402.3.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.12402.3.p1.exon10MSTRG.12402.3.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.12402.3.p1.exon12MSTRG.12402.3.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000093_pilongenomesc0000093_pilon:1011486..1022837 +