MSTRG.12197.11.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12197.11.p1
Unique Name	MSTRG.12197.11.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000091_pilon:400140..457322+
coding sequence from alignment at sc0000091_pilon:400140..457322+

mRNA from alignment at sc0000091_pilon:400140..457322+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12197.11.p1 ID=MSTRG.12197.11.p1|Name=MSTRG.12197.11.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=57183bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000091_pilon:400140..457322+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CTTTGACCTGTGATCATTTTTATATTGTTTTCCTTTAGCCCAAACACACA
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ATACgcaatatatgtatataatagatttgctttatgtttttgttactagt
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GTGGATCAAGAGGTAGAGTGCGACTCCCTCAAGATgaaatttaaataata
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ATCTATcttcttttgtgttttgttaaaataattatcataatataagacga
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>MSTRG.12197.11.p1 ID=MSTRG.12197.11.p1|Name=MSTRG.12197.11.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=34314bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000091_pilon:400140..457322+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GACTTGGCCACATGTAAATCGATTTTATCGGAGATTGGCGCTCAGTTCGA
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GCATGGTTTTGTGATGGTCGAATGCTACACATTAATCAACCACGTCTTAC
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TTAAAACTGAAGGATTGGCCACCTGGGACAGACTTCAAAGAAAAGTTACC
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CCCGAAAGCTGGCACCACCAACCTTCACTTGGATATTTCAGATGCTACTA
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AAGCTTGTGGTCTCAGTATTTGCTTGGACTGCTTTTTCGCCAAGTTCAAG
AAGAAAGgGAAGAATCTTCCATGGGCGGAGTGTGAATCAACAGGGATGGA
CCATAAAATCGAAGAGTTGCGAGTCACTCAAATCATACCGGATGGAATAC
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TATATTGGAATCAAATATCAATTGGCGAAAGAACCCGTTGGACTCTATCG
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CTACTAACGTTATTgCGTATGTAGGAATTCCAGACGATGACGAAGAGCAC
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GATGGACCATAAAATCGAAGAGTTGCGAGTCACTCAAATCATACCGGATG
GAATACTCGAGACTTTATACGAAGACCTGTTAAAAACTTGCGAAGAAATA
AAGTTAGACTTTAAAAGGTTGGATTTGTTGGAATATCCAGAAGCAACGGA
CATGAGTATATTGGAATCAAATATCAATTGGCGAAAGAACCCGTTGGACT
CTATCGTAGACCAAATGAATGTCAATATAGAGAGTGCAATTCCTTCCACG
CCGGCCAACTGTGCATGGTTTTGTGATGGTCGAATGCTACACATTAATCA
ACCACGTCTTACGTCCCAAGCAATGGACCTCTTCAAGTCCGAATGGGCGA
AAGGAAAGCCGGTCATTGTTTCAAACGTCCATAAAAACATGAACCGTGAC
CTGTGGACTCCAGAATCTTTCGAACGTGATTTTGGCGGTGAACTGAACGA
CATTGTCAATTGTTTTGACGGTACAATCATGGAAAAAATGCCCATACGTG
AATTCTGGCGAGGTTTTGAGAAGATCAAGGAAAGACCCGAGTGTAAACAA
CCTGTAGCGCTTTTAAAACTGAAGGATTGGCCACCTGGGACAGACTTCAA
AGAAAAGTTACCAAACAGGTTTCACGACATTATGCAAGCTCTTCCTGCTT
CGCCCTATACTCATCGTAATGGCGAATTTAACCTTTCAGCAAGGCTCCCC
GACTTTTTCGCGGTCCCTGATCTTGGACCAAAAATGTACAACGCATATGG
CTCTGCTTCTTACCCGAAAGCTGGCACCACCAACCTTCACTTGGATATTT
CAGATGCTACTAACGTTATTgCGTATGTAGGAATTCCAGACGATGACGAA
GAGCACCATCAGAAAGAAATCGATGATACGTACAAGACGGTTGATAAAGC
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GTGCTCTATGGCACATCTTTCCCGCTCACTCAGCTTATAAAATACGGCGT
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TGACCCAATTCACGATCAATCGTTTTACTTGGACCAAATGTTGTTGGAAA
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GGTGACGCCGTATTCATACCCGCCGGTGCTCCTCATCAGGTTTTGAACTT
GCACAGTTGTATCAAAGTGGCGGAAGATTTTGTGGCACCTGAACACATAT
CTCACTGCTTCCAACTAACGCAAGAGTTCCGATATTTGTCCGATTATCAT
ACTAATCATGAAGACAAACTACAGATTAAGAACATCATATACCACGCAGT
GAAAGATTGTCTCGGTGTCGTCAAGAAGAAGCATGCAGAAGACACCTCAT
GAATGTTCAGAACGTTGAGAAAAATGGAATCAGGGAAAGTAAAGTCGGCT
GGTTTCTGTACTACTGATGTTGCCGAAGAAAGTGATCTTTTTCATTGGAA
ATTCCAAGACAACACATTGCTTGACTTGGCCACATGTAAATCGATTTTAT
CGGAGATTGGCGCTCAGTTCGAACAATTGGTGTTACAAGAACAACAAGCC
CAAACATGGACAAAAACATTGCCGAAGCTGGCATGGAAACGTGCAGTACT
GCGTGTGCGTGAATTGTGTGATCTGTGCGCCACAAGTATCTTCAATAACC
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CGTGACCTGTGGACTCCAGAATCTTTCGAACGTGATTTTGGCGGTGAACT
GAACGACATTGTCAATTGTTTTGACGGTACAATCATGGAAAAAATGCCCA
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CTGCTTCGCCCTATACTCATCGTAATGGCGAATTTAACCTTTCAGCAAGG
CTCCCCGACTTTTTCGCGGTCCCTGATCTTGGACCAAAAATGTACAACGC
ATATGGCTCTGCTTCTTACCCGAAAGCTGGCACCACCAACCTTCACTTGG
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GACCTGGTGCTCTATGGCACATCTTTCCCGCTCACTCAGCTTATAAAATA
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GAACTTGCACAGTTGTATCAAAGTGGCGGAAGATTTTGTGGCACCTGAAC
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TGCCCATACGTGAATTCTGGCGAGGTTTTGAGAAGATCAAGGAAAGACCC
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GACAGACTTCAAAGAAAAGTTACCAAACAGGTTTCACGACATTATGCAAG
CTCTTCCTGCTTCGCCCTATACTCATCGTAATGGCGAATTTAACCTTTCA
GCAAGGCTCCCCGACTTTTTCGCGGTCCCTGATCTTGGACCAAAAATGTA
CAACGCATATGGCTCTGCTTCTTACCCGAAAGCTGGCACCACCAACCTTC
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GACGATGACGAAGAGCACCATCAGAAAGAAATCGATGATACGTACAAGAC
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CAGTCCGACCTGGTGCTCTATGGCACATCTTTCCCGCTCACTCAGCTTAT
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ACAAGCAATGAGTGACCCAATTCACGATCAATCGTTTTACTTGGACCAAA
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TGTCAGTGTTTGGGTGACGCCGTATTCATACCCGCCGGTGCTCCTCATCA
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ATACCACGCAGTGAAAGATTGTCTCGGTGTCGTCAAGAAGAAGCATGCAG
AAGACACCTCATGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12197	MSTRG.12197	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12197.11.p1	MSTRG.12197.11.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12197.11.p1.exon1	MSTRG.12197.11.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon2	MSTRG.12197.11.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon3	MSTRG.12197.11.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon4	MSTRG.12197.11.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon5	MSTRG.12197.11.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon6	MSTRG.12197.11.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon7	MSTRG.12197.11.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.12197.11.p1.exon9	MSTRG.12197.11.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon10	MSTRG.12197.11.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon11	MSTRG.12197.11.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon12	MSTRG.12197.11.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon13	MSTRG.12197.11.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12197.11.p1.exon14	MSTRG.12197.11.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.12197.11.p1.exon34	MSTRG.12197.11.p1.exon34	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000091_pilon	genome	sc0000091_pilon:400140..457322 +

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MSTRG.12197.11.p1 (mRNA) -