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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000090_pilon:1231490..1243037+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.12166.1.p1 ID=MSTRG.12166.1.p1|Name=MSTRG.12166.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11548bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000090_pilon:1231490..1243037+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTCAacttaaacaaaacaaaagtcaATTAAAGTTGAGGTATTTAGAAAT
AATTTCTTCCAGTCATTGAAGCAGTGAACCATCAAGAGATTATTAAGTAT
TATTGGCTAAGAAGAGACATGACAGTTAGTGTAAAAGTACTTTAATTTGA
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AATGACTTGCTCTCACTTGTTTGGTttctgtaataaaaagaaagtcatta
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CGTCACGCATATGCCTTTCTCCTACCACTCAATTTTTAATTAGACTATTT
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GTTCCTGCATGACGACACCACCAATTCTCGTGTTTCCTCATATGGCTACA
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GAatattttcattctaggcatggggggaagtcaccaaaatcaattcaaaa
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attaatattatggtttaaaaacaaccatcctttccatatattcttgaatt
agaactaccttagggaaaacaataagcgttaagttcatcaaattacagct
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ggggggggggaagagaccctgaaggacactatgtaTGGGAGTTATGAGGC
TATTTGTTGACTTTGAATTGGCAAtttttttCTCACTATTTTGAACCTGT
TGACgtcacaaaaatagaaaaagggaATATCTCCAGTCTGGGGTTGATAc
gaataatgaaaaatttactgTTGTTCATTTTGTACACGATTTTTAACTTT
CGTTACTTTTTTGCTATGCAAATAGAGTGAAGGAATGTGAGAGTTCTGAA
GTGCGCCTAGGAGAAGTGCTTTCATTTTGGTTTTCTAAAGCTAATCAAAA
GATTTAATGTACCAAAATCTATTTATTGTCAATTGAAAATTATCTTCtac
ttttttcaagcaagaaatAAACCAAAAATGAGGATTGGACTCCAACATTT
GCCCCTGGCGACTGTAATCCTTTCACCCTTCATAGTTTCATACAATGGAT
ATGGTTTATTCATGACAACATTCACAATGCTTTTATGctttttgatttac
tttgtCACCAATTATTACTTGACTTTGTGAGtattagtttttttcatttt
gtgttttttgagaTAAAAAGATTCAACAATggtataattttcatttttat
aatataataaaaatgataCAAATGTTGCATCTGTTTTATCTCAAAATTGT
TCACTTGCaacaatgttttgtttttggccAATTACTTTGTTGTTCTTTCT
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ATTagttagattttttttgaaaaaaaatgtctcgCAAAAAATATCTgctt
gtgaaaatttaaaatccacTTGAAACGTATCTCATGGaagctaaaataaa
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GAACTGGGAATAATTTGACCATCTATCACTTTCAGTAAAAGAGTTGGAGC
AAAGGAAGATCGTATTGTTTTGAATACGTTTCCTATATCTCACTATGTGG
AAAAAGCAAGATGGTGTTTAGATAAATCAGGTACTTTTTATTATGTTTAa
gttatttgatgaaaattaagATCTTTCAATTTAAATCActgcttttcaaa
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ATCTGTTTATTGGACTGTTCTattaaaaatccatacagggggtggacaaa
cctttttcgaatccaaaacaaacttggaaatgtgtggatgCCCCCTCCTG
GAATCTAGATGGGAAAGTTTGCAATGAAACCCTTGGAAAAACACTCCTTA
TgaacccctggaaattcttcccAGATTAACCCTTGGAAGTATTCGTccac
ccctgtatggatataaaatggaaaggTCCGAAGTGGTCCAAATAGAACTT
GACATAAAAAGTAtttcttcattcgtttttgTTTAAGTATTTTTCGATTG
AAATAACCTGTTTTGGACATTATCCTTTAGGCATTCCTTATACTGAAGAA
AAGGACATTGGAGTCTTTTGGTTCATACTGACTGGACGAATGTTACCAAC
TCTTCGAAATGAAACTCAAAGTCAGTATTTTGTTACTCTCTCGATTTTCt
tgttcaatttttatttaaggGACCTTTGatattagcgagattatgtatcg
aaaatattctacggctacggtcgCGGGGCTGTCCATATGGGTCGccacca
aaggcgacatgtcgttgtctactttgctctgtacggaaaaaaacactaaa
actgtataagcaaagtcgacataatgccgtacgtcaaatatgaAACTTGC
GTTCACCCGCGATTAATttccttactcgccatttccctcgtcacattaac
cgtagccgtagagaattcgaGATGGATAAACTCGCTATATTCTTCGCCAA
CACGTAGTCCAAAAGTGTATAACAACATTCATTTTCTATTTGGAAATCCT
GTTGGGTTAATGTCTCTAAcaactacaatcaaggtcataatatttgagaa
aaagttaTTCGCctggaagttttgaaaccacaatcgatttgtaagtgctc
taaagtaatttagaagggtagagttttaactctgagttttaacgctaggc
TTAGATagaaccttaggatctgaggatccaaaagttcaaaaatagtctaa
cgaggctcagaatatatagtctggaagtctgccaacccatcCCATTAGAT
TCGTGAATAGATTCTTTTTCAACAACTTTCtttaattgtaaattttttga
atgaCTATTTAGTATTAGAAATTTGTGGCACAGGAAATTTAATATTATTA
CTTTTTCGTTTGCAGCAAATGCTGGGTCGGTtgcgcccgtagaacaacaa
atcaaattggtctcacctaaattgttttttaaatattgatatCAGTATAT
TTTAGTTTCCTGTTAAggtcgctacccactcagcattttatgttCGGCGA
GCATGGCGCACGGCTCGAGCGTTTTGGTCGCTAAACGCTTTTCTCATTCC
ACTGATCCAAAATAAAGGGGAGATATGCtgcaaatgttttcttttttcat
ttgttgaaaTTCTTTTGCACACGGTACAAGAAAGTTAAATGTCTATCCTG
GTTGGCTAATTCAAAAAGAACGATATGGAGCTGCACAGCCTAGCgaaaaa
ggttgaaaagtttcaactcttgttgAGCTCAAAGCGAAACCTTTGAAGGC
TTGgtttatgtaatttatgcaataattaagccgtgcgccttgttcgccga
ccataaaaaaccgagtttatgtatcggaggatatcgagggcaacggtaag
tgaaatcgatacaaaacaaagtcgatagtggACGTACGGCTTTATATCGc
ttttgctcacctaaacagacgacggaattttggtgtttttaccgtcgtcg
agcaaagtggacgatGATTtaggagacatgtcaactttgctttatataGT
CCCCCTctatttatctcgaatacataaactcgctaatgctgagtgggtag
cgaccTTTAaaggatttattttttatttttcagatatcACTATTCCCAAC
ACGTCCGATATTTGTAAATACTTGTACGGACACACGGTACAAACGCAAGG
GGAAGAAAAAGCAGAGTTTCTGAAACCTTCCACTAAAGGATTTGAATTAG
AGAAGAAGATTGATCGAATCGGTTTGTTGTTGAGAAGATATGCTTATTAt
catgtaagaatattttttttttttgacgctctcttattcagGTTTTTTGT
TAACGATAACTTTCACTATTAAGGCCGGACTCCATTTTCGCGCGAAacgg
gcgacagtttttttctcaacttttttttgcatgaagaaaagattacgtca
taaaaaagtttcgcgcaaacaaaaaaaaagttgaaggaagttctactttt
ttcatcagttacgtcaatttctaccaatggaattgcttaatttttcaacc
gaccaatgaccttacaaaaacgtcaaaaagttttcgctcatgtcgtgcga
aagtggagaccggaaTTAAAGCGCGAAAAATCAATCGAGGTTCAAGGAAA
CGGTtgacaaatacaataatgaccgctTTTttagggctgtactgagaaat
attaccctcggtcaacgcaacaacctcgcaaaccggtcattattgtgtTA
ATGGAGCGTATCAATTagaagaacgtcgaattagagagcggcAACGCACT
ACAATACTAGTTTgagcagaggaatgtaaagagatggaaaaacagcttct
tgaaaacaatggaaaaacggctcgtcatataccaggtctcttgcccttaa
gggagtttatgtcgagtaaataggtttcttttgttttcgctataaaaaat
ctgcataattagcgtgttgtgacaaaattcttttgtttcaagcctgatta
tgcgcaaacttttaaggcttatattttgggtacacctctcctatacgaaa
aggtacctatatcttcttgctcagaatttcctagcgattctactgatata
actgcatcatgaccgcaccataatatggaaagctagagctcgagaaaatt
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TTTAatatatcattgcgttaaggatttcttttgttatacattggtaaaaa
tattgctccttattcttaaaaattggactagtaatcggcaaaaaaggaaa
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ATGGCGACGGctgtcttttctggactttcatttaatgggcttttccagaa
caaACCGTGCACcacctgttgaggaggtccaaccttttgtgacctacccc
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tttacaaattttcaatcattacccccttggaactccgcttatttttgacg
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tgggtgtgcacgatttttttctgggaaagcccaatgacctaatcaacgtt
tttacaatagaattttcaatagaagtgatcgttgaactttgagtaatcag
aaaagctgtttttccatctctttacattcctctgatgcACTACTGCAACG
ACTttacgaaattatgcaacttttttgtttttgttccacccaatacgtca
ctttttctattgtttaagtgacgtattgggtggaaaattttaaaagttct
cagaagactctccagtggtgcatatcttGAATAAACGTTCTATAAAATTC
TACAATTTAACATATTCTTCGATTTAACATCAACAatatttctgacgtca
attcaaaataaaaaatcattcgAAAGTCTCAAGGAGACGCACTTTACAGT
ATATTATACTCGATTATTTAAAGATCCTACCTTTTTTATACACACGTCCG
ATAGATTCAGGCACCATAAGGACCTCTTTAAGAAAATTGCAAGTGAAACT
TAAGAGTTCAAAAATAAATGCATATAATTTGTCAACCATTTTGATATATT
GTTTTTAGATGATCGTTGACTACCCTGACAACATGGAGATGATTGCTTTG
AAAGGTTGGGGATTCCATGAGGAGACAGTCCCAAGCTGGCAAAAAATGAT
CCTCAAAATTGTTTGGCCTTTGAATCGAATTTTTGTAATCAATGCCTTac
aaatcaacaaaaagaaTGTCGAGAAAGATCGCAAAAGAATCGATGATTTT
TATCGAGAAATGGATGAAATTTTATCCAACAACAAGTATTTACTTGGCAC
TGATGAGCCAACGTATATTGATATCACTTTTGCTGCTATCACCTCCTTGA
TTGTTTGGCCTAAAGAATACGGTGGCCCACGCTTGACACCTGCTGCAAGA
CTGGAGATAAATGATTTTGGTCCTGAACCTCAAAAACGTATGAATGAGTT
TCGCGAAACTGTGTCTGGTCAATTTGTACTTAGAATGTATCGAGAACATC
GAATCTGAAAGTGGACCAATGATAAGCATATTCTAGCTTCTTATGCTGct
taatagtgaggttaagtaaatcggtaaaatcacgacgacgaacgaaaatt
taacaggctagtgagtttcaaccaatcaaatttcgtatttccactagcct
attacatttttcgtccgtcgtcgtgattatcccggtatacttaacctcac
taatagcTCTTATATCATGTATATTCAAGCATATTCTAGCTTTTTAAGCT
GCTTTATAACTTTTATAtcatgtaatttttttcttagaatGTATTGAGAA
CGTCGAATCTGAAAGCAGGCCAATGAAAAGCATATTCTAGCTTCTTAATA
ACTCTTATatcatgtacacgtttttttataagaaaaaactatataagaac
ataaggcttcgatgaccaaaatgttaagaacaagttaagaacattttaag
gctttggggactctaaaatacccaatttcttaggatggaaaaaaatgctc
aaaaacggtgaaaataagaatatgttaagaacatttttaggcttaacact
aaaaaagttaagaccatcaaaggcttcaaaaatttaggatgttcttataa
aaaaaagaggtGCTGTATATCATGTAATTTGTACTTTAAAATGTATGAAA
AACAGAACACCAATTTTGAATTACCTTAATTTGATTATGAAATCtgaagg
ccggtctccactttcgctcgaaatgagcgaaaactgtttttgtaaggtca
ttgttCGGTTTAAAAACGAAGCAATTTCATTGGGCAAATCTGACGTGAcg
gtttgaaaaagttgaacttctttCAACGTTTCATTTTTTCGCTCGAAACT
TGTttaatgacgtaattttttctGTAGGTAAATACGATTGACAACAAAAA
ATGGAGCGAAAGTGAAGATCGGCCCTAAATTTTGAGTATGCGAAAAAAGT
GATTTATAGTTTTCAGATGAACGCATATTTGATTATATTTGCGACATTCT
GGCTTTTCATTTAGTCTTCAATGATTTTTATAGAGCTCCCCTCAaaataa
gcggagtgaaatgcGATGGCCATGGAAGTGGTCAAAGGCGACAGCGtttc
aaaccagggattcgcaGTTCGAATTCCCGCTGCTTccaatttttgttaaa
ttcatAGTAATCTAAAAATCCTAGATTATTGGGCTGAGCAatatatcgac
tctatctatgcgataaaaaaaaactacattaaaagttgaaaaaggaaCGA
GTAATCTAATCTTGAGAAAGCTAAATTTcaggaaatatcttttggatttT
AACCTTTTGGACGATGCATGGGTGTTGAAGctttttggaagtttttttgt
tttttttgaagttgtttTCTTTGCATCGCAAattattcatttaaaaaaaa
agaaaatgaatgatCCTAAAATAGGGATATCAAAATGTAACcgaatttaa
attttaaggtAGAATTTGGCGGTCGTGaatttttgtaataaataaatttg
attttagttttttatcgtttttcgatttaaCCAgttgaatatattttaaa
agcattatagTATCTTAGGaattttaccctttataatttttcatcatttt
agcattttcgaaataatttttaataggataaaatacttttgatttGGG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000090_pilon:1231490..1243037+ >MSTRG.12166.1.p1 ID=MSTRG.12166.1.p1|Name=MSTRG.12166.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1953bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000090_pilon:1231490..1243037+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTTACCAACTCTTCGAAATGAAACTCAAAatatcACTATTCCCAACAC
GTCCGATATTTGTAAATACTTGTACGGACACACGGTACAAACGCAAGGGG
AAGAAAAAGCAGAGTTTCTGAAACCTTCCACTAAAGGATTTGAATTAGAG
AAGAAGATTGATCGAATCGGTTTGTTGTTGAGAAGATATGCTTATTAtca
tATGATCGTTGACTACCCTGACAACATGGAGATGATTGCTTTGAAAGGTT
GGGGATTCCATGAGGAGACAGTCCCAAGCTGGCAAAAAATGATCCTCAAA
ATTGTTTGGCCTTTGAATCGAATTTTTGTAATCAATGCCTTacaaatcaa
caaaaagaaTGTCGAGAAAGATCGCAAAAGAATCGATGATTTTTATCGAG
AAATGGATGAAATTTTATCCAACAACAAGTATTTACTTGGCACTGATGAG
CCAACGTATATTGATATCACTTTTGCTGCTATCACCTCCTTGATTGTTTG
GCCTAAAGAATACGGTGGCCCACGCTTGACACCTGCTGCAAGACTGGAGA
TAAATGATTTTGGTCCTGAACCTCAAAAACGTATGAATGAGTTTCGCGAA
ACTGTGTCTGGTCAATTTGTACTTAGAATGTATCGAGAACATCGAATCTG
AATGTTACCAACTCTTCGAAATGAAACTCAAAatatcACTATTCCCAACA
CGTCCGATATTTGTAAATACTTGTACGGACACACGGTACAAACGCAAGGG
GAAGAAAAAGCAGAGTTTCTGAAACCTTCCACTAAAGGATTTGAATTAGA
GAAGAAGATTGATCGAATCGGTTTGTTGTTGAGAAGATATGCTTATTAtc
atATGATCGTTGACTACCCTGACAACATGGAGATGATTGCTTTGAAAGGT
TGGGGATTCCATGAGGAGACAGTCCCAAGCTGGCAAAAAATGATCCTCAA
AATTGTTTGGCCTTTGAATCGAATTTTTGTAATCAATGCCTTacaaatca
acaaaaagaaTGTCGAGAAAGATCGCAAAAGAATCGATGATTTTTATCGA
GAAATGGATGAAATTTTATCCAACAACAAGTATTTACTTGGCACTGATGA
GCCAACGTATATTGATATCACTTTTGCTGCTATCACCTCCTTGATTGTTT
GGCCTAAAGAATACGGTGGCCCACGCTTGACACCTGCTGCAAGACTGGAG
ATAAATGATTTTGGTCCTGAACCTCAAAAACGTATGAATGAGTTTCGCGA
AACTGTGTCTGGTCAATTTGTACTTAGAATGTATCGAGAACATCGAATCT
GAATGTTACCAACTCTTCGAAATGAAACTCAAAatatcACTATTCCCAAC
ACGTCCGATATTTGTAAATACTTGTACGGACACACGGTACAAACGCAAGG
GGAAGAAAAAGCAGAGTTTCTGAAACCTTCCACTAAAGGATTTGAATTAG
AGAAGAAGATTGATCGAATCGGTTTGTTGTTGAGAAGATATGCTTATTAt
catATGATCGTTGACTACCCTGACAACATGGAGATGATTGCTTTGAAAGG
TTGGGGATTCCATGAGGAGACAGTCCCAAGCTGGCAAAAAATGATCCTCA
AAATTGTTTGGCCTTTGAATCGAATTTTTGTAATCAATGCCTTacaaatc
aacaaaaagaaTGTCGAGAAAGATCGCAAAAGAATCGATGATTTTTATCG
AGAAATGGATGAAATTTTATCCAACAACAAGTATTTACTTGGCACTGATG
AGCCAACGTATATTGATATCACTTTTGCTGCTATCACCTCCTTGATTGTT
TGGCCTAAAGAATACGGTGGCCCACGCTTGACACCTGCTGCAAGACTGGA
GATAAATGATTTTGGTCCTGAACCTCAAAAACGTATGAATGAGTTTCGCG
AAACTGTGTCTGGTCAATTTGTACTTAGAATGTATCGAGAACATCGAATC
TGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000090_pilon | genome | sc0000090_pilon:1231490..1243037 + |
|
