MSTRG.12124.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.12124.1.p1
Unique Name	MSTRG.12124.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000090_pilon:479759..500414+
coding sequence from alignment at sc0000090_pilon:479759..500414+

mRNA from alignment at sc0000090_pilon:479759..500414+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.12124.1.p1 ID=MSTRG.12124.1.p1|Name=MSTRG.12124.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20656bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000090_pilon:479759..500414+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AGGCAGGCTCTTCTGATAAAAATTCTGCTTGCTTGGATGCGAGCACACAT
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ATATTCAaaataccgttgaaaagataattcagagcactaaccgtttcttt
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CACGagtccaacaacaacaacaattgcCACGACCACCACTGCAACAACCA
TTGCGAGCCCCACAACGACCACTACAATGACGACCACCAACCCTACAACT
ACAACGACTGACCCTACAACAACGACAACTTCTGAATCTACAACAAAAAC
CACGACTGCTGCAGCAATTACAAGCGAAAGTGTACAAACAACAATAATCG
GTTAGTAATTCAATACTTTCATGTTCCTCAAGCATTTGAAGGTTCAGTGA
TAGAAATAATCATATCCACGTTCATGAAATTAAGGTCAAATGCACACCCC
TGTGCCACAGGCCCCAACAGACacccccactggaaaatttggttaaaatt
gtACTCTACAACCATCTGCACTAGACTTTTTGAactgagaacaatagaat
ttctatttggattttgatagaaattttcatccccactgtggaagaaagtt
ccaccggggctgtgagacaggggtgtgttccTGCGCCATAAATGGACACT
GTGTTACTTTTATTACCGTTTGGTCTATAATAACATTTTGCAAATATTTC
AACCAGtattttcgggggggggggggtggttggGTGTGATTGAAGTCACT
TGAATGCGTTATACTGTAGTGTTGTTTCAGAGAGCTGACGTCACTTCAAT
gtaaagcaaaatacgtaagacgtaataaatatataccaaaaagtattaaa
aatgggcaaaaaCTAACAGTTATTTTAATATCCAAAATCTACTTTTCAGA
TTCAACAATAGAAAATGGAGATATACAAATCACAAAGGGTAATAAAATCG
ATGTTATACCATTACGGAAGACAGCCTGGTTCATTTCTTTCGATTTCAAA
CAACTTCCTGTTCCGAGTAATTGGACAAACCTGATCCGTTTTACAGCTGG
TATGCAAGATAAAGATGAAGAGAGGGACCGACAACCAGCTGTTTTTATGT
ATAAAAACCAAATGAAATTTTGTATTGGATTGGAAAATAAACCAGAAGAA
TGCGCACCTCTGAGTGAAGAGTTACCTTTTAATCAATGGCATGCGATTGA
AATCAAACAAGAATTTATAGACTCTAAATACATGTTTACCGTTCATATTG
ATGGCGTTGAATTTTATTCTGCAGAGAATCAAAGTCCAAAGAGATATGAG
AATGTTACTGTTTATGCGAGTGATGTTTTCAGAAATCCTACAAATGGCTT
GATTCGAAATTTGACGTACTACAATTTACCTGAAGGTGAGAGTCTAATAA
AATCTTAACTCTATGAGACCCCAGGCTGGCACACAatgttttttcaacgt
tcagaccatctaaaaagaacggcaaataattatattaaaaagcgacaaaa
agaactaCAAACCCTAACCCTATCTAGACTAGCAGCCGtttgtctttcct
tggacacaggaatgcgggaatagtgcttataaagagttcttataaaaata
gaaattgccgcgggagagtggtttggaaagacATTGTATTCAGTGAGCAT
ATAGACAAAGATCCCattgcaagtttaatctgcagcgaaatacaacgacg
tggtttactagtctaaccCTAACCCtgactatcaaagaacgacattTTTC
ACCCATACATAATACTTTTTGTACTTTACGCTATTTATAACAACTAGCGG
TTTAAAAaacgataaattacgcatgcgtataagtctctatttgggtgagc
tggaaacattagatgaagTAACTCCTATGCTACAAAACAATTTCTTGAAC
CCAGTCCCTGTTATGAATCAGATAGCTCACATATTAAAAATCATTGTcat
cattaaaaataaaaaagctggGTGCGAGATTGACAATACacgcgtttttt
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tttaagaacattttatggcttTACGTTAGAATCTTAAGTTGTTCTTTATA
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GATTTTCTGGGAGGCTTTGATCTGAAAGCTAGTAACCCTGTGAACCTGTT
CAGTCGTTGCAATGACATGAAGAGATGTCAATATCTAGAAAAAGCCTgtt
tttaaagtctattcacgataagtgtgcactcttttttcatttaccgataa
cttttgaaagaattcttcaatttttataaatttggtatcattggaaagat
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caaagaatctctccagtgaaaatgaaagttatagcagtattctacaagat
cttcatttttttcttcttcattttcatcttcatttatggaatttttttaa
agatttttttattttgaattgttccactcattaatatctttccaatgata
ccaaatttataaagattgaagaattccttcaaaagttataggtaaaagaa
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ATGAAGAAAAGACGATATATTTGGATTGTGCTGGCCCTTCTtgtttcttt
caaagaattcgCCAAAGCAACATGTCCAGCAGAATTTTTTGAATACCAGT
CAATATGCTATCACAGAGGCTCAAGTGCAGTGACTCATGCTCAAGCACAA
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CAGATTTAAGGGTAATCGGAGGAAGAATACCAGCTCTTTTTATTAAGAAA
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GGACAAGaggttgaaaaagttgaaaatacaaAACCCCGAATATTTTCGGA
TGTCAAAGTATACCTATCCGATGATTTGTTTGATCCTGCTAAAGCAAGGA
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CGGAATAGTCTAATTGGCATTATTTCAGTATGGAAGCCAGCTTGGTTCAT
TTCATTCAATGTTCAACCAATGGAAACGCTCACAACTTGGGGTAATATAC
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CCGGCAATTTTTCTTAAAGATCACACAAATCAGCTCCATACTTGTATTGG
TTTGAATGACAATCGAAATTATTGTTTCACAAGTAAAGAAAAACTGGAAC
TAGGAGAATGGTACTCAATCGAATTATCTCAAATCAAGCAAGGATCGAAA
TATGTTTATTTTGCTCGTATTAATGGAAAAATCATTCATCAAATGATCAA
CGAAAATCCATTGACTTTCGAAAATGTTCATGTGTACAGATCAGATGATT
TTTATGAACCAGCTAAAGTCTTACTTCGAGATTTGGTTTATTATAATTTG
CCAGAAGATCATTGCCACTTACCAAATGCTCCTGTCGGTGCCGTAAGATT
AGGCACCAAATGTATAATGGTCATGGATTTAGAATCATTTGGGTTGACAT
ACAACGGAGAAGGGATAACATACTGCGCAGAAAAATACGGCGGTGAAATG
ATCACAATAAATTCGCTCGAAGAATTCAACCAACTAACAGATTATTTGAA
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TAAAATGGCAAGATAatcACATTGGAGCACCTGTCGAAATTGCTGGTGAA
AATACTGTCGAGAACAATtgtattaaaattcaaaacttgcCAAATAGCAA
AGAATTACAATGGCAAAAATGCATTCAGGATAGACATGAACTTGTGTGTC
AATGGCGAGAAGGTCTAAGTAACTGCACCAAAGACCACGGCTTCCAATAT
AAAAACAAATGTTTTCGAGAATTATCACAAGCCGTTGCCAAAAGATCAGA
TGCCGATCAAATGTGTCGTGATTGGGGCGGTACTTTATTTATGCCGGATG
ACGATCAAGAAGTTCAATTTATAAGCGACGTCCTACGAAATCAACGTACT
TGGCTGGGAGCTTCTGATTTAGAAACGGAAGGATTACTCCAATGGGATGA
TGGGACAACAACTGCTACAAAATGGACTTTCCTCACCAAGGGAAACATTG
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GAAAGTAACAATGGAAAAGTTTATTTGGGAGGTATCGTCGATGATAAATT
TGATCCTGAAGAAATCATCACCTTTGAAAATAAGCATGACAGAGGTGCAC
CAAATCAATGGCTAGGATTCCAAgataaaatatttgcaaatgAATTCTTA
AAGATTGAGTTATGGGTCAAATTCGTAAGCATTATTCCGTTAAAATCAAA
TGGTTTCGGAATAAAAGTTTATGGTGATATCTTCAATGACTGGTTTGATG
ACTGTGTTGCAGATGAATGGTGTCAAGTTATGTTAGAAGTTCAAAACCGA
GGCTCTGGCGATGGAGATCATATTCTCTTGATTTTTGATGGTGTCAGCCA
AAAACTAAGTATTAGAATCGCCAAATTTGCTATTACCATTGGAAAGGGTA
TTCACAAAGATGATGATTTTCGAAGTCAACTTGAGTTCAAATTCCAAACT
GCTAGCAGAGATTGTGCAAgatttaaccctatttttatcaggggggggtg
ttttccaccaggctggcactcttttgctaatagctcactgaaaatttttt
ttaacattctgaaagtttttgacttttaaATGAAGAAAAGACGATATATT
TGGATTGTGCTGGCCCTTCTtgtttctttcaaagaattcgCCAAAGCAAC
ATGTCCAGCAGAATTTTTTGAATACCAGTCAATATGCTATCACAGAGGCT
CAAGTGCAGTGACTCATGCTCAAGCACAAGCTTACTGCACTGCAAAAGAG
GGAAGTTTGTTGGCTTATTGGGATGGAAACGGTGTCAATACGATCGCTAA
CGCTCTCCAAGATTACGATAATAACAGGAACCAGCCTGTTTGGACAGCCG
GAAAATGGGACCAGCACCGCTATGTTTGGGACGGAaggcaaaATGGCAAT
CTTACAGTTGAAGACACACAATGGAATCCTTACGCGGACACTAACAAGTG
TATGGCATATAAGCGTGCCGAATACTCAGCAGGCACAGCTTTTTTATCCG
ATAATTGTGGATCCAATCATAAGTTTTTATGTATGGCCTTAAAAAACGGG
CAAAACTGTCCTGGCTCGACTCTGGATGAGATCAAAGGAGGTGAAAGATG
TTATATCTTATTAAGACAGTCTTGGGACATAAATCAACTCATGCAGGCAG
GCTCTTCTGATAAAAATTCTGCTTGCTTGGATGCGAGCACACATGGATCC
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CTTGGAAGACCTTGAAAGTCTTCCTGATGATATACCTGCTAAAGTGTGGA
CTTATTTCAGACAGACAGACACTAACTCATGGAGAAAATTAGaTAATAGC
CCAGTGGAGCCACCACCCGAACCCTTCTTTTCCAACCCAAATAAAGGATG
TGTTCGTGTTAATGGAGGTCAATTACAACCATATGATTGTGCTTCACCTC
TCAAACCACTTTGTAAATTAGATCTGAACAATCCACAAGGCGGATCACCA
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TTATTTATGCCGGATGACGATCAAGAAGTTCAATTTATAAGCGACGTCCT
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GAAACATTGCGAATTCAAGATTAAAAATTCTGGGTGCATTTGGAAGAAAT
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GAGGTGCACCAAATCAATGGCTAGGATTCCAAgataaaatatttgcaaat
gAATTCTTAAAGATTGAGTTATGGGTCAAATTCGTAAGCATTATTCCGTT
AAAATCAAATGGTTTCGGAATAAAAGTTTATGGTGATATCTTCAATGACT
GGTTTGATGACTGTGTTGCAGATGAATGGTGTCAAGTTATGTTAGAAGTT
CAAAACCGAGGCTCTGGCGATGGAGATCATATTCTCTTGATTTTTGATGG
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GAAAGGGTATTCACAAAGATGATGATTTTCGAAGTCAACTTGAGTTCAAA
TTCCAAACTGCTAGCAGAGATTGTGCAAgatttaaccctatttttatcag
gggggggtgttttccaccaggctggcactcttttgctaatagctcactga
aaattttttttaacattctgaaagtttttgacttttaa

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12124	MSTRG.12124	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12124.1.p1.exon1	MSTRG.12124.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon2	MSTRG.12124.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon3	MSTRG.12124.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon4	MSTRG.12124.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon5	MSTRG.12124.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon6	MSTRG.12124.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon7	MSTRG.12124.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon8	MSTRG.12124.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon9	MSTRG.12124.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon10	MSTRG.12124.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon11	MSTRG.12124.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon12	MSTRG.12124.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon13	MSTRG.12124.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon14	MSTRG.12124.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon15	MSTRG.12124.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.12124.1.p1.exon16	MSTRG.12124.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.12124.1.p1	MSTRG.12124.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000090_pilon	genome	sc0000090_pilon:479759..500414 +

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MSTRG.12124.1.p1 (mRNA) -