MSTRG.12088.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12088.5.p1
Unique NameMSTRG.12088.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000089_pilon:1107333..1155379-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12088.5.p1 ID=MSTRG.12088.5.p1|Name=MSTRG.12088.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=48047bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:1107333..1155379- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CACAACGTACCGACTCTTGAAAAAATTTGTTCTTGATCTTTGCATCAAAG GAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTTGTCGACAAATTTGGTA AGCTTTTAAGTTTTGGTTTAAAGCAAAGGTTTTTTCGGTAGTCGAAAAGT ATTTTCATTGATCATGTCGTGATTCTGTGGGTGTTGAGTAAATTGTTTAT CAGTTTTCTAGTCAGTAAATTGAGTTTCGGGTAAATTCTTTAGCTGGTCT ATTAAATGGTAAATAATCCACCCAGCGCCCACGGAATCATGACACGATAC ACTTCCATTTATTTAACTTGAGCGACCTTAGTGCAGTGGTAGAGCATCCG GCTACGGTTCGCAAGGTTGTTGGTTCAACCCCAGCCGGGTCATACCAAAA TGGTACTTGATGCCTAATTGCTTGATGCTCAGCAATTTAGAGAAGGGTTA AGTGTAAGTGGAGAAATCTAGGCAGAAACAGTGGCGCCCTCCCCTTCCTT CGGGTAGATAGCTATCGAAAGAGGAGCCTTCGGGTCTCCTCCGACTGCGG TCGTTGATTTACTAAGGCTATTTAACTTGAAAAAATTCCGTCTTTAAATC TTTACCTGATAGTAGGGGGAAATTTGTAAAATCGCTCGATTTTTTAGTCA AAGCACTTGTTATACATTTTTGGAAAGCTAAGGGGTAGGGGAATCAAAAT AACTTGGGTGCCAATTTTTTTTCGGACACTTTGGAGTGATTTTCGGACAA ATACGACGGTCTCAGGCAAAAATCATAGGTCGAAAATTAATGAGAATTTT AGCTTGAGAAAACGGAGACCTGTTGTATATTTTTGGAAAGCTCTCAAAAA ATTAAGATTAGTGATATATTGCGAGTATAGGTGATTTCTTTACCTAACTC GAGATATTAATCCTTAAAAACAGTGTTTTTCATTGTTTTTCAGCCTGTTT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000089_pilon:1107333..1155379-

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TCAATAAATATTATATTACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGA
AGGAACACCCACAATTACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTC
TCCAATTACGACATATGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGC
TGTTCCGTGAAAGATAAACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGC
AAAAAGCTTTTGTGGATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGT
CCCCTGACACACTGCACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGC
GATACTTGGATAACGTATCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGA
TTCTTGCTTGGTACCGTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGT
CCTTTGATAAAATTAAGCAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCA
CTTATTGAAGAAGTTAAGGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGAC
AACGTCATGAATTGGCTTTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATG
ACAGTATCGCTCTATCAAATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGC
TCTCGAGTTGCATGAAGCAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAAT
GACTTCAATGATGTCATCAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGA
CGAAGAACCGAAGATCAAACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTG
TACACTACAATGTGTGCCCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAA
TGTATGTCCACATGTTGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAA
GAAACGACCGCAATGCATGATACTTTATTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAG
AGAGCAGTATTTTTACTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCGAGTTTGGA
CGAGAAAGATTTCTACCCAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAG
AATTCTACTACCCGAATGCAAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTG
AAGAAGAAGATGACATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGACAACGTACCGACT
CTTGAAAAAATTTGTTCTTGATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATT
GGAATCCAATCCTACCTTTGTCGACAAATTTGCCCAGCAATCACCATCGA
ATTCAGTGTCACCTTTGGTTTCACCCAAACGACTCAATAAATATTATATT
ACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCACAATTA
CGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACATATG
TTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAGATAA
ACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGTGGAT
ATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTGCAC
CGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAACGTA
TCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTACCGT
CAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATTAAG
CAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAGTTAA
GGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTGGCT
TTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTATCA
AATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCATGAAG
CAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGTCAT
CAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGACGAAGAACCGAAGATCA
AACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAATGTGTGC
CCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACATGTTG
AAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAGAAACGACCGCAATGCA
TGATACTTTATTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTTTACT
CAAATGGGACAACGAAATCGAATCGAGTTTGGACGAGAAAGATTTCTACC
CAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTACCCGAAT
GCAAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGACATC
AAAGAAAGCTTCCGGAAAGACAACGTACCGACTCTTGAAAAAATTTGTTC
TTGATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCT
TTGTCGACAAATTTGCCCAGCAATCACCATCGAATTCAGTGTCACCTTTG
GTTTCACCCAAACGACTCAATAAATATTATATTACTTTTACATGTATCCT
GGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCACAATTACGCACGCCCGTCAAAGA
CCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACATATGTTCATTGGTCTTATGCG
CATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAGATAAACTTTTTACAGGCTATT
ATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGTGGATATTTTACAGAATGCAGC
TTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTGCACCGTATGAAAGTAATATT
TTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAACGTATCGTGTATGCGAGGCCT
TACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTACCGTCAAGGATAAAAGACTTG
TCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATTAAGCAGCCAAGTTGACATCA
AAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAGTTAAGGCTTTCACTGATTTAC
CAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTGGCTTTGAACTCTACCGTCAA
GGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTATCAAATGAAGGACAACTCGA
CTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCATGAAGCAAGCAGAATACATCAC
TAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGTCATCAAAGAAATAGATGCAA
GGTTGATATTAGAAGACGAAGAACCGAAGATCAAACGGAGTCATTTAAAC
GGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAATGTGTGCCCATGTTACATCCAGTG
AAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACATGTTGAAAAACCCAAAGCAAGA
GAAACGTGAAGTCAAAGAAACGACCGCAATGCATGATACTTTATTGGAAG
CTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTTTACTCAAATGGGACAACGAAA
TCGAATCGAGTTTGGACGAGAAAGATTTCTACCCAGCTTTGTGTGTTCTT
AAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTACCCGAATGCAAAAGTCATTTCAAG
GTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGACATCAAAGAAAGCTTCCGGAA
AGACAACGTACCGACTCTTGAAAAAATTTGTTCTTGATCTTTGCATCAAA
GGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTTGTCGACAAATTTGCC
CAGCAATCACCATCGAATTCAGTGTCACCTTTGGTTTCACCCAAACGACT
CAATAAATATTATATTACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAA
GGAACACCCACAATTACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCT
CCAATTACGACATATGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCT
GTTCCGTGAAAGATAAACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCA
AAAAGCTTTTGTGGATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTC
CCCTGACACACTGCACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCG
ATACTTGGATAACGTATCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGAT
TCTTGCTTGGTACCGTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTC
CTTTGATAAAATTAAGCAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCAC
TTATTGAAGAAGTTAAGGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACA
ACGTCATGAATTGGCTTTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGA
CAGTATCGCTCTATCAAATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCT
CTCGAGTTGCATGAAGCAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATG
ACTTCAATGATGTCATCAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGAC
GAAGAACCGAAGATCAAACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGT
ACACTACAATGTGTGCCCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAAT
GTATGTCCACATGTTGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAG
AAACGACCGCAATGCATGATACTTTATTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGA
GAGCAGTATTTTTACTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCGAGTTTGGAC
GAGAAAGATTTCTACCCAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGA
ATTCTACTACCCGAATGCAAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGA
AGAAGAAGATGACATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGACAACGTACCGACTC
TTGAAAAAATTTGTTCTTGATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTG
GAATCCAATCCTACCTTTGTCGACAAATTTGCCCAGCAATCACCATCGAA
TTCAGTGTCACCTTTGGTTTCACCCAAACGACTCAATAAATATTATATTA
CTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCACAATTAC
GCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACATATGT
TCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAGATAAA
CTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGTGGATA
TTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTGCACC
GTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAACGTAT
CGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTACCGTC
AAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATTAAGC
AGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAGTTAAG
GCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTGGCTT
TGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTATCAA
ATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCATGAAGC
AAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGTCATC
AAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGACGAAGAACCGAAGATCAA
ACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAATGTGTGCC
CATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACATGTTGA
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GATACTTTATTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTTTACTC
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AGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTACCCGAATG
CAAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGACATCA
AAGAAAGCTTCCGGAAAGACAACGTACCGACTCTTGAAAAAATTTGTTCT
TGATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTT
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TGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTGCACCGTATGAAAGTAATATTT
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CTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATTAAGCAGCCAAGTTGACATCAA
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AAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTGGCTTTGAACTCTACCGTCAAG
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CCTGACACACTGCACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGA
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CTTGCTTGGTACCGTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCC
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TATGTCCACATGTTGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAGA
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AGCAGTATTTTTACTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCGAGTTTGGACG
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GAAGAAGATGACATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGACAACGTACCGACTCT
TGAAAAAATTTGTTCTTGATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGG
AATCCAATCCTACCTTTGTCGACAAATTTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12088MSTRG.12088Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.12088.5.p1.exon9MSTRG.12088.5.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon8MSTRG.12088.5.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon7MSTRG.12088.5.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon6MSTRG.12088.5.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon5MSTRG.12088.5.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon4MSTRG.12088.5.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon3MSTRG.12088.5.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon2MSTRG.12088.5.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12088.5.p1.exon1MSTRG.12088.5.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12088.5.p1MSTRG.12088.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000089_pilongenomesc0000089_pilon:1107333..1155379 -