MSTRG.12088.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12088.2.p1
Unique NameMSTRG.12088.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000089_pilon:1106807..1138111-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12088.2.p1 ID=MSTRG.12088.2.p1|Name=MSTRG.12088.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=31305bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:1106807..1138111- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000089_pilon:1106807..1138111-

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CTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTATCAAATGA
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AAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGTCATC
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TCGTTTCACCTGAACCTCAGAATATGGAATTCTTTTTACAAATACTTTTG
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TTTGAGCCAACTTGAAGCACAATACAATGATTTATTGATGCATGTCAAAT
TACTGAACGGGGATAAGATACCCCTCAAATGCAAGCTGACTTTGAAACAA
ATTAAACGCGTTTTGTTTAGCTAAATATTGATTTAACGTTGACACGTGGT
AAAAAGACGCAATGCATTGATGGAACTACCGCATTGCATGATGCTGTAGA
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CACTTTTGCACGTGGCTTGTAATAAGCGCAAAATTCATCGAATCAAAGCG
CTCATCGAAATGGGTGCTAAAGTTAACACACAAGACAACGCAGGGTGGAC
GCCCTTACATGAGGCGTGTTGCTTTGGTAACCACGAAGTTGTGCAAGAAC
TCATGAAAGCCCCCGAGTAGCCCAGCAATCACCATCGAATTCAGTGTCAC
CTTTGGTTTCACCCAAACGACTCAATAAACCGAACGGAAAAGATATTATA
TTACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCACAAT
TACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACATA
TGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAGAT
AAACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGTGG
ATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTGC
ACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAACG
TATCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTACC
GTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATTA
AGCAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAGTT
AAGGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTGG
CTTTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTAT
CAAATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCATGA
AGCAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGTC
ATCAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGACGAAGAAACGAAGAT
CAAACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAGTGTGT
GCCCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACATGT
TGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAGAAACGACCGCAATG
CATGATACTTTGTTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTTTA
CTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCAAGTTTGGACGAGAAAGATTTCTA
CCCAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTATCCGA
ATGCGAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGACA
TCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGATGTCTTCCTCACAACCTCTACCAAGTCA
TAAAAATGATACGTACCCCGAATCCCTGACGTTGTCCGCTCTGAAGCTTA
TTCCTGATACAGAATTTAAACGTACAACTACACCGACGATTAAACAAGAA
GTTCTGACGCCTGATAAATCAAACACGTCTACCGATAGTGCTCCGGTGTC
AGGCAACGATGTACCGACTCTTGATACTACTAGGCAATTTGTTCTTGATC
TTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTTGTCG
ACAAATTTGGTCGAGACCTACTTCATTTGAGAAGAGCTGATGGGAAGACA
CCACTTGATATTTGCCGAGAACCGTCGGCGATGAAAACCTTGTTGAAAAG
ATATGAGAATGTGGAGTCATCTTCTGACTATACTAACGTCTCAATTGTTG
CAAATCAACAGGTTGCTGTGAGTAGCATAAATAAAGAAATGTACCAGAGT
TTCGTTTCACCTGAACCTCAGAATATGGAATTCTTTTTACAAATACTTTT
GCAACTTATTACCAGTTACCGGGAATCGAACATAGACGGCTTAAGATGCA
ATTTGAGCCAACTTGAAGCACAATACAATGATTTATTGATGCATGTCAAA
TTACTGAACGGGGATAAGATACCCCTCAAATGCAAGCTGACTTTGAAACA
AATTAAACGCGTTTTGTTTAGCTAAATATTGATTTAACGTTGACACGTGG
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ACACTTTTGCACGTGGCTTGTAATAAGCGCAAAATTCATCGAATCAAAGC
GCTCATCGAAATGGGTGCTAAAGTTAACACACAAGACAACGCAGGGTGGA
CGCCCTTACATGAGGCGTGTTGCTTTGGTAACCACGAAGTTGTGCAAGAA
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TTACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACAT
ATGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAGA
TAAACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGTG
GATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACTG
CACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAAC
GTATCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTAC
CGTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAATT
AAGCAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAGT
TAAGGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATTG
GCTTTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCTA
TCAAATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCATG
AAGCAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATGT
CATCAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGACGAAGAAACGAAGA
TCAAACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAGTGTG
TGCCCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACATG
TTGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAGAAACGACCGCAAT
GCATGATACTTTGTTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTTT
ACTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCAAGTTTGGACGAGAAAGATTTCT
ACCCAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTATCCG
AATGCGAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGAC
ATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGATGTCTTCCTCACAACCTCTACCAAGTC
ATAAAAATGATACGTACCCCGAATCCCTGACGTTGTCCGCTCTGAAGCTT
ATTCCTGATACAGAATTTAAACGTACAACTACACCGACGATTAAACAAGA
AGTTCTGACGCCTGATAAATCAAACACGTCTACCGATAGTGCTCCGGTGT
CAGGCAACGATGTACCGACTCTTGATACTACTAGGCAATTTGTTCTTGAT
CTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTTGTC
GACAAATTTGGTCGAGACCTACTTCATTTGAGAAGAGCTGATGGGAAGAC
ACCACTTGATATTTGCCGAGAACCGTCGGCGATGAAAACCTTGTTGAAAA
GATATGAGAATGTGGAGTCATCTTCTGACTATACTAACGTCTCAATTGTT
GCAAATCAACAGGTTGCTGTGAGTAGCATAAATAAAGAAATGTACCAGAG
TTTCGTTTCACCTGAACCTCAGAATATGGAATTCTTTTTACAAATACTTT
TGCAACTTATTACCAGTTACCGGGAATCGAACATAGACGGCTTAAGATGC
AATTTGAGCCAACTTGAAGCACAATACAATGATTTATTGATGCATGTCAA
ATTACTGAACGGGGATAAGATACCCCTCAAATGCAAGCTGACTTTGAAAC
AAATTAAACGCGTTTTGTTTAGCTAAATATTGATTTAACGTTGACACGTG
GTAAAAAGACGCAATGCATTGATGGAACTACCGCATTGCATGATGCTGTA
GAGAATAATTTCCTTAATATCGCCGAGTTCTTGTTACAAAAAGGAGGTGA
AACACTTTTGCACGTGGCTTGTAATAAGCGCAAAATTCATCGAATCAAAG
CGCTCATCGAAATGGGTGCTAAAGTTAACACACAAGACAACGCAGGGTGG
ACGCCCTTACATGAGGCGTGTTGCTTTGGTAACCACGAAGTTGTGCAAGA
ACTCATGAAAGCCCCCGAGTAGCCCAGCAATCACCATCGAATTCAGTGTC
ACCTTTGGTTTCACCCAAACGACTCAATAAACCGAACGGAAAAGATATTA
TATTACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCACA
ATTACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGACA
TATGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAAG
ATAAACTTTTTACAGGCTATTATCATGGCAATGACGCAAAAAGCTTTTGT
GGATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACACT
GCACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATAA
CGTATCGTGTATGCGAGGCCTTACTAGACCGGATGGATTCTTGCTTGGTA
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TAAGCAGCCAAGTTGACATCAAAGATACAAATCATCACTTATTGAAGAAG
TTAAGGCTTTCACTGATTTACCAAACTTTATGGGGACAACGTCATGAATT
GGCTTTGAACTCTACCGTCAAGGAGTTTGTGGAGATGACAGTATCGCTCT
ATCAAATGAAGGACAACTCGACTGAGTTCAAGGTTGCTCTCGAGTTGCAT
GAAGCAAGCAGAATACATCACTAATCTTCTGCAGAATGACTTCAATGATG
TCATCAAAGAAATAGATGCAAGGTTGATATTAGAAGACGAAGAAACGAAG
ATCAAACGGAGTCATTTAAACGGATGGAGTTGTTCTGTACACTACAGTGT
GTGCCCATGTTACATCCAGTGAAAGATCTCACGTCAATGTATGTCCACAT
GTTGAAAAACCCAAAGCAAGAGAAACGTGAAGTCAAAGAAACGACCGCAA
TGCATGATACTTTGTTGGAAGCTGCTAGGACAAGAAGAGAGCAGTATTTT
TACTCAAATGGGACAACGAAATCGAATCAAGTTTGGACGAGAAAGATTTC
TACCCAGCTTTGTGTGTTCTTAAGGAAAACATGTCAGAATTCTACTATCC
GAATGCGAAAGTCATTTCAAGGTTTATGAACCTCTTGAAGAAGAAGATGA
CATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGATGTCTTCCTCACAACCTCTACCAAGT
CATAAAAATGATACGTACCCCGAATCCCTGACGTTGTCCGCTCTGAAGCT
TATTCCTGATACAGAATTTAAACGTACAACTACACCGACGATTAAACAAG
AAGTTCTGACGCCTGATAAATCAAACACGTCTACCGATAGTGCTCCGGTG
TCAGGCAACGATGTACCGACTCTTGATACTACTAGGCAATTTGTTCTTGA
TCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTTGT
CGACAAATTTGGTCGAGACCTACTTCATTTGAGAAGAGCTGATGGGAAGA
CACCACTTGATATTTGCCGAGAACCGTCGGCGATGAAAACCTTGTTGAAA
AGATATGAGAATGTGGAGTCATCTTCTGACTATACTAACGTCTCAATTGT
TGCAAATCAACAGGTTGCTGTGAGTAGCATAAATAAAGAAATGTACCAGA
GTTTCGTTTCACCTGAACCTCAGAATATGGAATTCTTTTTACAAATACTT
TTGCAACTTATTACCAGTTACCGGGAATCGAACATAGACGGCTTAAGATG
CAATTTGAGCCAACTTGAAGCACAATACAATGATTTATTGATGCATGTCA
AATTACTGAACGGGGATAAGATACCCCTCAAATGCAAGCTGACTTTGAAA
CAAATTAAACGCGTTTTGTTTAGCTAAATATTGATTTAACGTTGACACGT
GGTAAAAAGACGCAATGCATTGATGGAACTACCGCATTGCATGATGCTGT
AGAGAATAATTTCCTTAATATCGCCGAGTTCTTGTTACAAAAAGGAGGTG
AAACACTTTTGCACGTGGCTTGTAATAAGCGCAAAATTCATCGAATCAAA
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GACGCCCTTACATGAGGCGTGTTGCTTTGGTAACCACGAAGTTGTGCAAG
AACTCATGAAAGCCCCCGAGTAGCCCAGCAATCACCATCGAATTCAGTGT
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ATATTACTTTTACATGTATCCTGGAAGAGCTGTTCGGAAGGAACACCCAC
AATTACGCACGCCCGTCAAAGACCTTCAAACCAGGCTCTCCAATTACGAC
ATATGTTCATTGGTCTTATGCGCATCATAGCCGAATGCTGTTCCGTGAAA
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TGGATATTTTACAGAATGCAGCTTGCTATTACTTAAGTCCCCTGACACAC
TGCACCGTATGAAAGTAATATTTTTGCGTGAGATTGGCGATACTTGGATA
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ACCGTCAAGGATAAAAGACTTGTCTGAAAAGACAATGTCCTTTGATAAAA
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GACATCAAAGAAAGCTTCCGGAAAGATGTCTTCCTCACAACCTCTACCAA
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GATCTTTGCATCAAAGGAAAGACTCTGAATTGGAATCCAATCCTACCTTT
GTCGACAAATTTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12088MSTRG.12088Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12088.2.p1MSTRG.12088.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.12088.2.p1.exon9MSTRG.12088.2.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.12088.2.p1.exon5MSTRG.12088.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.12088.2.p1.exon3MSTRG.12088.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.12088.2.p1.exon1MSTRG.12088.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000089_pilongenomesc0000089_pilon:1106807..1138111 -