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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000089_pilon:109312..116618+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.12000.3.p1 ID=MSTRG.12000.3.p1|Name=MSTRG.12000.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7307bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:109312..116618+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
gAATTTACCAGCACTTGAACGGATAATTCCAGACTTAATTTGCTCTTTGA
TGATCTGAAGGGcttaagctttcaaaattttggcttATTTagtcgattgg
tttcgattacgggcttttttggtgaaaaaatcgATATTTGACAAGACATT
TTTGGTCGAATAAGTTTTTTACGgcagccatctttaattttgttttggta
GACTGCGTCGAGTTCAGACATGCGCACTCGATTATTGTGGTCATCTGACA
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TCGTAAGATGGATTTGGACAGAGATAAATGAAAACTCCCGCCTTCTTGTG
TATTATTGGGTACGAAGAAATTGTTAGGTTTACTTTtgtatttcaataaa
ttttaacTGGATCATACACACCCTTGAAAAATTGTTGGATATTTACTTCT
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TGTGGTGTGGTTCGCGGCACGATGACTGGCGTTATAAAATGTGGCTGCTT
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TTGAGCTTTCTACTTCTAAGGAGAGGAACTCCAGTAGTAAGAAatacata
gaaaatttttcttgcATGTCTCGTTTGAACCTTGAACTGGTTGACAAGAT
AAGATTTGTTGACTCTTCTCCCTTGTTTACATGTGACATTGACAAAAAAg
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accaaaattctaATAACCACATCAAGCAAAATGGATGTGCTGACTTGATA
CCCCATGTCCAGAAAATTATTGATAAACCAACTTGCTGTGCAACTACGAT
TGATGTCAACCGGGAACCGCAACCAGTTGCTGAATTTAAGCCGACATCGC
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TCCTATATTGACAATAATCTCAATTCATTGAATGAACGTCTGAAAAGACT
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aaaaagtcttGAACTATCACGACAAGCCTAAAGAAAAGGATTACAAGAGT
TGCAAGACTGATTTTAGCGAATCTAAGTCATTACCGCTTCCTTTAAAACT
TTCATATGACGTTCTTCCTGACCCAATCACTGATAATGAGGATGATCTAG
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TGGGTATAGCTTTTAtatatcatcaaaagaatttgagagggggaaaaatt
tgcccaaaaaaatacAGGTGGACTTATTTTCGTAGTATTTGTCAGTCAAT
CTGTTGCATTTGACAGTATATACTGAGTGAATTTTAGAAGTTctgaaaaa
gttcaaaattgaagaggatgaaattttctttgactactttaatgggataa
acttttgcgggattaaatttcgcggttgggcctgtacgtgaaattcaaaa
atttcgcgcggacttaatttcgcggatggcactattgggtggcaatattt
tcacaattttgtgactTTAGCTGTCAAATcgtgcatgttggttgttgaaa
tacacattattagcgcctctttgatgcaagtaacaattcaaatagtattt
atttgacatattttgagttttatttagaaatatttcgcgaatgaggccct
tccaaatttccattgggacttaatttcgcagattttcgcggatgacactc
AAATCCGCGAAGTCCGCataatttaatccccgcaaaagtttatcccatta
aagtatattgACAGTCAAGGATTATGACAAATAAGGAAACCTGTTGACAA
TCTCCCATTTAGGAGATTCAGGTATGCTTAATAGGAGAGTAGACACATTG
ACATAGATTTTTGTGGTTTTATTACATTGATCCGCATTCCCaaaactacc
ttaaaggaagaaattttggcggaaagaaaatttggcggatttggccagaa
tccgccaaattaagttcccgctaaaatttctttttttcgccgtccgccaa
aataaattctcgccaaattaaactttttgaaaatatgatctcttttaagg
tgtttttgcatttttttgcgtatttgcatatttttacgccattttcagga
tagattttttCGTCcaactgccaaattaaattccctctaaaaaacttttt
cggccatccgccaaattgaattcccgccaaaatttcttcctttaaggtat
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GTTTCTCTGATGGGCTCCTCAAAAATTAACACCATTAAAAATCTGGCGTA
CAGAGCCTGACACTAACACAGGCTAAaatcttatatttttctttttacaa
aacAACCTGCTGGGTCctacattttaaaatttctagAAAGTGTCTGGGTA
CTTTTCTTTGCAGATAAAAAGTGCTCGGTgcaaaagtctttttttaataC
CAATCCCTTTTTGCTTGATATGGAATAATTAAGGATAATTCCAGATTTTC
AGGTTTTTCTGATTGATAGGaagaatataacaatagcgttcagtttgagg
ggcagaattaatgacaacaacaaacaaaaacttaacgctattactattac
taTCCATAttggacattcaaacaacgtttttttctagtgTCAGCCAAGTT
AtctcgcttcaatgcaatgtcttcaacgaGTTTTTAGCACCTTGCAAGCG
GGCCGTAAATAACCAAGAAGTGtttttttCCGACGTTagcttaagtggat
aaattttgccGTGGAATTATAAATACAATTTTTGgcagaaatttaatttg
gcgacagatcaatttcgtaaaatttggcggggatttaatttggcaaattg
gaaattttgtcacattgaagtgggtgaaaattactcaaaaatatactaaa
aatttgtgatttttcacataattctctttttgttaaatttggcggggatt
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ttaatccccgccaaaatttatccacttaaggtagtttagtgcaacgactt
caatccaattccAAGCAGGCCGCAAATGATGTTAACCTGGGCCCTCTGAA
GCCTGGCActttagtttcctcagcgcgggtatgacaatttgagtcacaaa
acctttcaataccacccgccgattgaacctttaatgaccgctatatggat
agtAATAATTAATAAGGCCCTCTGTAAGTattgaaatgtaaaaaataatg
taaaaaataattgaggCTTGGAATTGGTACACTCTTATTTTATAACAAgc
agaaaaattttgatgaggcttcactgttcttatattttggcactttgagc
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gctttatacccaatttttactacttagactactttgacccctaaattgct
tgtaATTCTGTGTAATTGAGTAATTCCAGCCTcaacatttttcttgaatt
gttcttattttttggcaattttgagccctcattgctcttataaaattgtt
cttacaaaaaaagagttaatgttagaaaaaaattgttactTTAGAAATAA
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ttgaaAGCCTTTTGGGGCCATAACAGTGTTCCATATTCTAACACACTTCA
GTGGCTATAAGGCTAAAGCTTTGCGTTTGCAGGTTTTCCTTAGTTTCCAG
ACCAGAGTTCCTGGCACAGTTCCTCTCAGCAATTTCTCAGTGATTCATAt
tattagaaattttcaaaagcctGGCATACACCATTTAAACTCTTTGATGG
GAAATCGCTCTTATCTTTTTTAATCCACTCAAAAAACATATCTTACTTGG
AATACCATAAGAATATCTTAATTATGAAGATaaactttgagaaaaaatca
CAACAGGTCTCTGATTTGAATTCAACTTTTGACACCTTGTACCTTATGCA
GCCTTATGTCTGGAGATGGGTCTCTTacctttttacaattttgaaaaact
tgtcctcatgaaaaaattgattttgccaaAGCCACAAGAAAAGAGGCAGG
TCTAAAACGCATTATACCTACAACGTAATACCTAATGTTCTTGGTAAGCC
TTTAGGATCAAAATATACTGATATATACTTGGACAAACGCTGGTATTTTC
GTTTTAATTGTTCCTCCTTGTGTCCttttttttCTGGATAAGGGCTCAAA
CTGACAGTGCAGTTGAGTGTTGGAAAGAGTcggacccaaaaatcataatt
ttcaagctaataAAGCAACCCCAATCAGATATTTTGTCAGACTCACTCGA
AATTGTTATGTGGATTCTGTCTGTAATCAATAACACCATatgataatttt
tgaacttaTTTCTTTCAGACCAGCCCCACCTTCAAATGTTCTTCATCAAT
GGAAACAAAATCGTGCCAAGATTGGGTCCCAATGCTCCTGGTTAACACTC
AAGATGGCCGCGCTTGATGACAAGATTTCATCCTTGAATAAAGTTCATAC
AAACCTTAAAACCAGCAGAACTGTGAGAAACCATACATTTGACGAAGCAG
CAAAAAGACAAGTGCAATTGAATAACAGAAATGGACTAAACGACACGTCT
CAGGCAGATTGTGGTTGTAGTAGAACAAGACCATTACTTAATAGTCAATA
TCACAAATATTTACGACAAAACAAATATATCCCACAGACTAGCAATCAAG
ACTCGTATTCTTGTCATTGCATTGGAGGAAGCGCTGGCTGTCGATTTTGT
ACAAAACGTTTCAGAATGGATATGTGCTCTCAAACGAAAGTTGAACTTGA
TCAAAATTATCATCCAATTCTATCACAACAAAGTGGTAGGTTGTTTGTTA
TTGTAGATCTTACTATTCGGTTCTTTCTGAACGATTCTTTATCAGACTGA
CTGCAATGCAAAAAGGATATggcatgaaaatattttcagattgaaGAACA
ACACCTATTCATTCTATGCTTGGTATGTGAGGCCTTGCATTTAGTTGCAA
TCTGCCATTTAAACTTGCTTTTTTATTTGGATACATTAATACTTTTTAAG
CAAATCTGGAAGCGGTAATCTAATTAAATCTTCCAATTGCTTGATCAAAC
TCTCGCAGACTGTCTCATTATTTTGATAGGAATGCACACTCCCAATAGAG
ATTTCCAAATTTATATGATTTATTCCATTTCAATAAGGGATGCTAACTTT
TCTGGGGGCTTGTGTAGGTGAGGTACCaggatttttcaaaagaaattggg
AATTTAgggggggAGGTCAAATAATAAAAGGGGGTTTGGAAATTTGATCA
TATACAAATAGGCACAATCTGTGATGGCTTGGCTTGTGATGGTGTATGCT
TTGTACTCTTTGGTCAGTTTGGTTGtgcatggggggggggggtaaaataT
CATTACAGAAGGAGAGGGTGAGATAAGCCTCGAAGGTTTATACaccccct
ctgcaaactatgcaGATTTCATTTCCCACGAGACAGATTTTAATCAATAC
CAATAGCCCTCAGTTCTTTTTGTCTAATTTTCATAAACCTTTTTAAATTA
TTGTCAATAAATACTGTCCAAAACCCAGGTCTCTCTCAAACACAATATGA
CAATATGAGAGTATCATTGAACAgtgtttttagtttttagggTGATTGGC
TCTTGGTAAAAATCATTTAAGTGATGACTGCGTATTGATATTAAGCAGAT
ATGCGACAAGAACCAGCTAAATATTTTCGATATCCGAATCTTTCGCGTTG
AATATTTATCGTTCACTCATctacagaaaaatatttcctacTTTCGTTTC
CTTCGTCTCTTTCTCAAAAGACTCTTCTTTTCGAACGTTTCACTTTCTCA
Ttactatcattgtttttcttttattacaaataaatcaaattacttttttt
aattcCACATCACCTGttgtttatttataaaaagaacAAACACTTCAGTT
ATTTATTTggcattttatattttttgacgAGCTCGCAAAGAGATACTTTA
AAAGATGGGATGATGTGGCTCAATTAAATTTGAAGGAATAGTTTAACAAG
TATATTGCAAAATATATGCTAGGGGACCTGTCAAATGTTTAACCCAAACT
TGGTTAAACCCAATACATggatttaataatttttatttttcagacgtTTC
GCTGTCCTACCTGCTCGAAGAAACGCTTCGGAAGCAAAGAATCAACACCA
AAGTGACAAtcaccaaatcaaaaaagaaaaagtaagaacCCTGGAGtttt
tttAGCTCTATCAGTCGTTATACGGTATCTATGAAAAgctatttctcttt
ttcttagCGATTTTTTGTCCTGCTTCGTgaactttgataaaaaaacattg
GAAAGTTACACTTCGGAACTTTTATTAGACCCCTAAATGTCAGAAAGCCG
AATCACAAGTCGAACATTCGTCAAATTATTAGAAACTCGttttttttGTC
ATAGGAAACGACCTCAATCACTGACGACTCATTCACCCATCGGAGAAAGT
AAGTTTTATCGTTTTATGTTTTTTGACAAACGACGATATGTATAATTTGC
GAGTTAACATATGATAACCTTAAAGTATAGTATACGAGTTGATAAATAGT
ACGGTCTATTGGACAGGTGCTTTTACTGTTCACCGAATAAGCTGGAAAAC
ATATTCGCATATCGTTTCGTATGTTGGGTATCTGTTTTACTGTCTTGCTT
TTCTCTTTTCTAGAAGTTGAAAAAGCATTGAAAGCGAAGAGTAAATCGGA
GCGCTCTAAATCAGACGAATATTCAAGAAAACGTTACGCGGCATCTGACA
TTTCGAGTAAGTTTGCTTGTTGCTCTATATTAGATactacaaataaaaat
tttccgtcTGTTAAAGCCTTATGAATAGACAGGATAACATCTATTTTTGT
CTGTGAAAATAATCACTCAAAAACAGAAGGTCCTTGCACTAAAACCccct
tctttgtttttctttatcctCCCGTGGAGTGATTTGTAGATGCTTTGCTT
ttgaaaatatcatattttacTTTAAACCTAGACTAGTAAattagtcgttg
aaaacag Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000089_pilon:109312..116618+ >MSTRG.12000.3.p1 ID=MSTRG.12000.3.p1|Name=MSTRG.12000.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2694bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000089_pilon:109312..116618+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCTCCGGCTTTGGTTGAGCTTTCTACTTCTAAGGAGAGGAACTCCAG
TAGTAAGAAatacatagaaaatttttcttgcATGTCTCGTTTGAACCTTG
AACTGGTTGACAAGATAAGATTTGTTGACTCTTCTCCCTTGTTTACATGT
GACATTGACAAAAAAgttaatgaaaatttgaattctaAAGAGTTCATTTC
TCAAGTAATGGTTTCACATGAAAGTGAAAAAACGCCAATCAGCAACAGAA
ATGGAAATCTGCATAAAGTAATCAAAGAGGAAGTTATTTTGAACCTGAAA
AGTGAATCattcaaaaaccaaaattctaATAACCACATCAAGCAAAATGG
ATGTGCTGACTTGATACCCCATGTCCAGAAAATTATTGATAAACCAACTT
GCTGTGCAACTACGATTGATGTCAACCGGGAACCGCAACCAGTTGCTGAA
TTTAAGCCGACATCGCAAATCAAACAACTTCTCAAATCGAAAGAACAATC
CATCAGCAATAATTTTTCCTATATTGACAATAATCTCAATTCATTGAATG
AACGTCTGAAAAGACTGACGTCAAAAAGTTTATCATCAAATGTTGCTTGT
TTTGTcagtaaaagtaaaaaagtcttGAACTATCACGACAAGCCTAAAGA
AAAGGATTACAAGAGTTGCAAGACTGATTTTAGCGAATCTAAGTCATTAC
CGCTTCCTTTAAAACTTTCATATGACGTTCTTCCTGACCCAATCACTGAT
AATGAGGATGATCTAGACGTAAAGCAACATATTCCTTTTGGTGGAAAGCG
ACAAAAAAGCTCTAGACCAGCCCCACCTTCAAATGTTCTTCATCAATGGA
AACAAAATCGTGCCAAGATTGGGTCCCAATGCTCCTGGTTAACACTCAAG
ATGGCCGCGCTTGATGACAAGATTTCATCCTTGAATAAAGTTCATACAAA
CCTTAAAACCAGCAGAACTGTGAGAAACCATACATTTGACGAAGCAGCAA
AAAGACAAGTGCAATTGAATAACAGAAATGGACTAAACGACACGTCTCAG
GCAGATTGTGGTTGTAGTAGAACAAGACCATTACTTAATAGTCAATATCA
CAAATATTTACGACAAAACAAATATATCCCACAGACTAGCAATCAAGACT
CGTATTCTTGTCATTGCATTGGAGGAAGCGCTGGCTGTCGATTTTGTACA
AAACGTTTCAGAATGGATATGTGCTCTCAAACGAAAGTTGAACTTGATCA
AAATTATCATCCAATTCTATCACAACAAAGTGGTAGGTTGTTTGTTATTG
TAGATCTTACTATTCGGTTCTTTCTGAACGATTCTTTATCAGACTGAATG
GCTCCGGCTTTGGTTGAGCTTTCTACTTCTAAGGAGAGGAACTCCAGTAG
TAAGAAatacatagaaaatttttcttgcATGTCTCGTTTGAACCTTGAAC
TGGTTGACAAGATAAGATTTGTTGACTCTTCTCCCTTGTTTACATGTGAC
ATTGACAAAAAAgttaatgaaaatttgaattctaAAGAGTTCATTTCTCA
AGTAATGGTTTCACATGAAAGTGAAAAAACGCCAATCAGCAACAGAAATG
GAAATCTGCATAAAGTAATCAAAGAGGAAGTTATTTTGAACCTGAAAAGT
GAATCattcaaaaaccaaaattctaATAACCACATCAAGCAAAATGGATG
TGCTGACTTGATACCCCATGTCCAGAAAATTATTGATAAACCAACTTGCT
GTGCAACTACGATTGATGTCAACCGGGAACCGCAACCAGTTGCTGAATTT
AAGCCGACATCGCAAATCAAACAACTTCTCAAATCGAAAGAACAATCCAT
CAGCAATAATTTTTCCTATATTGACAATAATCTCAATTCATTGAATGAAC
GTCTGAAAAGACTGACGTCAAAAAGTTTATCATCAAATGTTGCTTGTTTT
GTcagtaaaagtaaaaaagtcttGAACTATCACGACAAGCCTAAAGAAAA
GGATTACAAGAGTTGCAAGACTGATTTTAGCGAATCTAAGTCATTACCGC
TTCCTTTAAAACTTTCATATGACGTTCTTCCTGACCCAATCACTGATAAT
GAGGATGATCTAGACGTAAAGCAACATATTCCTTTTGGTGGAAAGCGACA
AAAAAGCTCTAGACCAGCCCCACCTTCAAATGTTCTTCATCAATGGAAAC
AAAATCGTGCCAAGATTGGGTCCCAATGCTCCTGGTTAACACTCAAGATG
GCCGCGCTTGATGACAAGATTTCATCCTTGAATAAAGTTCATACAAACCT
TAAAACCAGCAGAACTGTGAGAAACCATACATTTGACGAAGCAGCAAAAA
GACAAGTGCAATTGAATAACAGAAATGGACTAAACGACACGTCTCAGGCA
GATTGTGGTTGTAGTAGAACAAGACCATTACTTAATAGTCAATATCACAA
ATATTTACGACAAAACAAATATATCCCACAGACTAGCAATCAAGACTCGT
ATTCTTGTCATTGCATTGGAGGAAGCGCTGGCTGTCGATTTTGTACAAAA
CGTTTCAGAATGGATATGTGCTCTCAAACGAAAGTTGAACTTGATCAAAA
TTATCATCCAATTCTATCACAACAAAGTGGTAGGTTGTTTGTTATTGTAG
ATCTTACTATTCGGTTCTTTCTGAACGATTCTTTATCAGACTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000089_pilon | genome | sc0000089_pilon:109312..116618 + |
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