MSTRG.1197.3.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.1197.3.p1
Unique Name	MSTRG.1197.3.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:44438..79207+
coding sequence from alignment at sc0000006_pilon:44438..79207+

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:44438..79207+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.1197.3.p1 ID=MSTRG.1197.3.p1|Name=MSTRG.1197.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=34770bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:44438..79207+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTTATAGCCGCACTTTTCGCTTCCTATATGCAGCCCACTCATGTGTTATT
GTTTCGTTGCTTTATAACAATATTtcattatataaaaacaaaccattGTA
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TGTTATATTTAAACCAATTCTTTTCAGTTTTATCTTCTTGTCGCTAACCG
CAGACTAGCACCATGGAGGTGTAAAGAAAAACAGAAGATTTATGTTCGTT
CGCCCTACGATTgctacgat

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:44438..79207+

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GCCATTCCCAGGATTGAAATTCTTCGCACAAGTACCGGACTTTCGTGTTC
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gacaattttgaaaagaCTTCAATCGAAGGAGATATAATGCCACAAAATAT
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TTCATTTACAGAGGGAGAAAAACCCTGAAAAGTTCAACAGCAGGTTTAAG
AATAAACTTCGATATTTTCAAGCTGGTACGTCAGAGCAACTGGCTGCAAC
ATGTACAAAACTAAGCAACTTCTTAGAAATTATTTGCGATGGCAAGAAAC
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AGAGCTTAGACCAGCTGAATGGTGATATTCCAAGGAGAGCAATTTCAGAA
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TCATATCTTACCACCAATTTGTATAACCCCTGCATCAAAGGAGAAGGCAG
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GCTATTTACTAAATCCACGACAAGTTTTTAACTTGGCAGAAGGAGGGCCA
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GGAAACGATTTGGCAAGGTGTTTAGGGTGGGGTGGAGGATACGAAGGAGG
CAGCTTGGACAAAGTTTTACAAAAAGTTCTCAAAAGTTCAGTTGTCATGA
TGGATAGGTGGCAGATTGattgtgacaattttgaaaagaCTTCAATCGAA
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TGATGCGGCAATCGCATTGAAATTTCATTTACAGAGGGAGAAAAACCCTG
AAAAGTTCAACAGCAGGTTTAAGAATAAACTTCGATATTTTCAAGCTGGT
ACGTCAGAGCAACTGGCTGCAACATGTACAAAACTAAGCAACTTCTTAGA
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CAATATTGAACATCCCAAGTATCTACGGAGGAGCGAATATTTGGGGTGAA
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TAGAAGTCGTTGGTTTGGAAAATAGTTTATATGTTGGTCAAATCATCGCT
GGTGTCAGACAACATGGTTTAAGATTAGCACAATGCTCGACTGTTGTTAT
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GTTGCACCACGAAATGAAAAGCGAGGCTGGTTCCGCTTCTaaATGGCTGC
TGCAGGGATCTGGGACAGGCTACATCCTGACGAATTTACCAAATTACAAG
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CGAGAAGGTTATCATGAAGGTTACGACCCTGAACAGccTATGGGTTACGA
TGGATTCAAACTATTCATGTCAGTCTATTTGGGACAAAGTGTGAGCGAAG
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GATGCAAAGTCACCAGATCTTCCCAACACAATATTACGAAAAATCTTAGT
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aatgatgaaatgcTAACACCTATAACAAAGAGACGATTATTTTTAGATAC
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TGTTCGTTAGGACCACACAAAGTTCATATCTTACCACCAATTTGTATAAC
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TGGCCATTCTTCCTCTCGGCACTGGAAACGATTTGGCAAGGTGTTTAGGG
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TCTCAAAAGTTCAGTTGTCATGATGGATAGGTGGCAGATTGattgtgaca
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AATAATTATTTCTCTATCGGTGTTGATGCGGCAATCGCATTGAAATTTCA
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CCAAGATATAAGTGACCGCAAACTAGAAGTCGTTGGTTTGGAAAATAGTT
TATATGTTGGTCAAATCATCGCTGGTGTCAGACAACATGGTTTAAGATTA
GCACAATGCTCGACTGTTGTTATTAAaatCATGAAGACAATGCCAATGCA
AATCGACGGTGAACCTTGGATGCAGGCACCTGCTCAGATCacaataaatc
ataaaaatcaaTCCCCAATGTGTGTTGCACCACGAAATGAAAAGCGAGGC
TGGTTCCGCTTCTaaATGGCTGCTGCAGGGATCTGGGACAGGCTACATCC
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TAAAAGATGTACTGCAGGAATTTCGAGAAGGTTATCATGAAGGTTACGAC
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TTTGGGACAAAGTGTGAGCGAAGAATTGATGCAGACTTTATTTTGGACTT
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GCGGCAATCGCATTGAAATTTCATTTACAGAGGGAGAAAAACCCTGAAAA
GTTCAACAGCAGGTTTAAGAATAAACTTCGATATTTTCAAGCTGGTACGT
CAGAGCAACTGGCTGCAACATGTACAAAACTAAGCAACTTCTTAGAAATT
ATTTGCGATGGCAAGAAACTTGAACTACCCAGTTTAGAGGGTATTGCAAT
ATTGAACATCCCAAGTATCTACGGAGGAGCGAATATTTGGGGTGAACCgg
agaagaaaaggaaaaggaGGAAGAAGAGTAGTGGCTCTTCTGGTGATGAA
CCTGAATCACTCGGAAGTGTCAGCCAAGATATAAGTGACCGCAAACTAGA
AGTCGTTGGTTTGGAAAATAGTTTATATGTTGGTCAAATCATCGCTGGTG
TCAGACAACATGGTTTAAGATTAGCACAATGCTCGACTGTTGTTATTAAa
atCATGAAGACAATGCCAATGCAAATCGACGGTGAACCTTGGATGCAGGC
ACCTGCTCAGATCacaataaatcataaaaatcaaTCCCCAATGTGTGTTG
CACCACGAAATGAAAAGCGAGGCTGGTTCCGCTTCTaaATGGCTGCTGCA
GGGATCTGGGACAGGCTACATCCTGACGAATTTACCAAATTACAAGAATA
TACTAAATACTCGAAGAGAAGATTAAAAGATGTACTGCAGGAATTTCGAG
AAGGTTATCATGAAGGTTACGACCCTGAACAGccTATGGGTTACGATGGA
TTCAAACTATTCATGTCAGTCTATTTGGGACAAAGTGTGAGCGAAGAATT
GATGCAGACTTTATTTTGGACTTTCCATAAGAAAGTTCCCAGAGGAGATG
CAAAGTCACCAGATCTTCCCAACACAATATTACGAAAAATCTTAGTAGAA
AATGGAAATGTTTCGCAAGAGAGCTTAGACCAGCTGAATGGTGATATTCC
AAGGAGAGCAATTTCAGAAGCAGAGTTATCACGCATAGacaaaactaatg
atgaaatgcTAACACCTATAACAAAGAGACGATTATTTTTAGATACAATG
ACACATCTACCTATGattgaaatcaaagaaattgcTTGTTATTTATCACT
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ATGATTCGGACAATAACGATTATTTAGATGGAGAAGAATTGGAATCAATA
GTTTCTCAGATGTTAAGAGTAGCTGAATATCTAGGATGGGACACGACTGC
ATTGAAACCTATATTAACGGACATGTTAGCAGATATGGATTATGATTCGG
ACGGTCAAATTAGTTTAGAAGAATGGGTCAAAGGTGGCATGAACAATATC
CCTTTTCTTGTCCTCATGGGCATGGAAATCAAAGTCGACGAAGAAGGCAA
GCACCAGtgggCTATGAAACATTTCAAGACGCAAGCTTTTTGTAATATTT
GTCATGGAGTGTTAGCAGGGTTCGGACGAAAGCAAGGATTGCAATGTATA
TTTTGTAGGTTTACTTGTCACGAAAGATGCGTACAACGTTCGCCTAACTC
GTGTATTTCAACCTATACTCAAAACAAAACGAAACGGAAAGTTACGGAAA
TGGACCATCATTGGGTAGAAGGGAATTGTCCGGGAAAATGCACGAAGTGT
AATAAAACCATTAAAAACAATTGTTTAACTGGATTACACTGTGTGTGGTG
TTCTGCACAGGTACACAACAGATGTGTCACCAATATGCCAGTCATGTGTT
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GCATCAAAGGAGAAGGCAGAAAAAGTGGTGAAAGACAAGAAAAATTCGGT
GATAAGTTATGATGGTATACCCATGCAGATTACTCCGCTACCCGATACCA
AACCTCTTATCGCATTCATCAACCCTAAAAGTGGCGGACGGCAGGGTGCA
AGATTACTGAATAAATTCCGCTATTTACTAAATCCACGACAAGTTTTTAA
CTTGGCAGAAGGAGGGCCATTCCCAGGATTGAAATTCTTCGCACAAGTAC
CGGACTTTCGTGTTCTATGTTGTGGTGGAGATGGTACAGCCGGGTGGATT
CTTGCAACGATAGATCGATTAACGAGTTTGAAACAAAGACCTCCGATGGC
CATTCTTCCTCTCGGCACTGGAAACGATTTGGCAAGGTGTTTAGGGTGGG
GTGGAGGATACGAAGGAGGCAGCTTGGACAAAGTTTTACAAAAAGTTCTC
AAAAGTTCAGTTGTCATGATGGATAGGTGGCAGATTGattgtgacaattt
tgaaaagaCTTCAATCGAAGGAGATATAATGCCACAAAATATTATGAATA
ATTATTTCTCTATCGGTGTTGATGCGGCAATCGCATTGAAATTTCATTTA
CAGAGGGAGAAAAACCCTGAAAAGTTCAACAGCAGGTTTAAGAATAAACT
TCGATATTTTCAAGCTGGTACGTCAGAGCAACTGGCTGCAACATGTACAA
AACTAAGCAACTTCTTAGAAATTATTTGCGATGGCAAGAAACTTGAACTA
CCCAGTTTAGAGGGTATTGCAATATTGAACATCCCAAGTATCTACGGAGG
AGCGAATATTTGGGGTGAACCggagaagaaaaggaaaaggaGGAAGAAGA
GTAGTGGCTCTTCTGGTGATGAACCTGAATCACTCGGAAGTGTCAGCCAA
GATATAAGTGACCGCAAACTAGAAGTCGTTGGTTTGGAAAATAGTTTATA
TGTTGGTCAAATCATCGCTGGTGTCAGACAACATGGTTTAAGATTAGCAC
AATGCTCGACTGTTGTTATTAAaatCATGAAGACAATGCCAATGCAAATC
GACGGTGAACCTTGGATGCAGGCACCTGCTCAGATCacaataaatcataa
aaatcaaTCCCCAATGTGTGTTGCACCACGAAATGAAAAGCGAGGCTGGT
TCCGCTTCTaaATGGCTGCTGCAGGGATCTGGGACAGGCTACATCCTGAC
GAATTTACCAAATTACAAGAATATACTAAATACTCGAAGAGAAGATTAAA
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AACAGccTATGGGTTACGATGGATTCAAACTATTCATGTCAGTCTATTTG
GGACAAAGTGTGAGCGAAGAATTGATGCAGACTTTATTTTGGACTTTCCA
TAAGAAAGTTCCCAGAGGAGATGCAAAGTCACCAGATCTTCCCAACACAA
TATTACGAAAAATCTTAGTAGAAAATGGAAATGTTTCGCAAGAGAGCTTA
GACCAGCTGAATGGTGATATTCCAAGGAGAGCAATTTCAGAAGCAGAGTT
ATCACGCATAGacaaaactaatgatgaaatgcTAACACCTATAACAAAGA
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TACTGCAGGAATTTCGAGAAGGTTATCATGAAGGTTACGACCCTGAACAG
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ATGAAAAGCGAGGCTGGTTCCGCTTCTaa

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197	MSTRG.1197	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197.3.p1.exon1	MSTRG.1197.3.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon2	MSTRG.1197.3.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon3	MSTRG.1197.3.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon4	MSTRG.1197.3.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon5	MSTRG.1197.3.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon6	MSTRG.1197.3.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon7	MSTRG.1197.3.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon8	MSTRG.1197.3.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon9	MSTRG.1197.3.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon10	MSTRG.1197.3.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon11	MSTRG.1197.3.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon12	MSTRG.1197.3.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon13	MSTRG.1197.3.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon14	MSTRG.1197.3.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon15	MSTRG.1197.3.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon16	MSTRG.1197.3.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon17	MSTRG.1197.3.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon18	MSTRG.1197.3.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon19	MSTRG.1197.3.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon20	MSTRG.1197.3.p1.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon21	MSTRG.1197.3.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon22	MSTRG.1197.3.p1.exon22	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.3.p1.exon23	MSTRG.1197.3.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197.3.p1	MSTRG.1197.3.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000006_pilon	genome	sc0000006_pilon:44438..79207 +

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MSTRG.1197.3.p1 (mRNA) -