MSTRG.1197.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.1197.1.p1
Unique Name	MSTRG.1197.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+
coding sequence from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.1197.1.p1 ID=MSTRG.1197.1.p1|Name=MSTRG.1197.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=39874bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGCTAAATATAGACATGGCTTGATATTAGGGAGATAACAGTGATCCTTAC
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AtacgaaaaacaaaaatttgtggGAATACAGTAGTAAAGTGTTTATACTG
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GCTCCTCCAAATCTTTTgcattttgtaacattttttctttttttctgaag
aaTCTCCAAGCATCTTCTAGTCAATATTTCTAACTTGGAACTCTCCTGAA
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TTTTGTGTGGTGctaatactttaggcgtacaaactttcgcgagcagaaac
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ttttattgaAAGCGATTGTTTCTCTCAGACGTCTCATTTTATACACCAac
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AGGGTCTAACtttcaagtttcaaaaatttcaagttatgaaGTCAAGTATT
AAGTCAAGTGAAGTCACTTAAAGTCGAGCGTAAAACTCGACTCttagtaa
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GTTTCTAGACTCGAAGAGAAGATTAAAAGATGTACTGCAGGAATTTCGAG
AAGGTTATCATGAAGGTTACGACCCTGAACAGGTAAGCTCACTTTTGAAC
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TAGGtaaatttaaagggacattaaagtactgacgaaatttgtaaacaaac
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TGCCGATTCAGCATTATTATACTATTTTCAGTTGCCTTATTCCTTGACat
caattgattttttttgttgacaaaCCATGCTCGCAGGTAACGGCTCCGTT
CGCTCTGAAACGAAATCAAGCCGTTCTATTGGtcagaagtgacgtaaaac
atGAATATtgaccaatagaatggcttccaAAATGGAACCTTAGCGTTTGA
ACATGGTGTCAATATTTAGCTTGTCATAGTGATATCATTGCGGTgtcttt
ttttggacctaccccggtggaggtcctataaattaaccgttgttcgttcg
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gttcgttcgttcgttcgttcgttcgttaccagcttttctcgagattggct
ctttagtcttttctgattttttgcacaaagatgcataactataaaccctc
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attctttattattttttgcacaaagatgcgtaactataaacccttgaatg
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aaaaacggctaaaaaacgggttttttggactttgaaaaattggatcatta
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atttttgtaaaaaacgaatttttcagctcaaaaaacgcatctttatctat
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caaacaaacgactaattttaatagatcggcACTATtagtgttctgaatga
ttgtttaattgtcacgctcacgtagatatcaattatatatgtgttatatg
cataaccaggtaggtccataaaagtatcacttgtttcaattcaaaagaaa
agtgtttcaaattttatcagATCTATTATACaattaaaaagtcattaaaa
actTTCGGTTATTTTAACCCTTAGTTGATTGTATTGAACCCTACCAGTAA
AACATCTCCCCTCCATCATTAAGTTGTTATTTTTCAGGATAAATGGCTTT
ATGGTTCTGACCTAAGTCAAGACTCCCTTGAGAAGAACCCACAGATTTTT
GTGAAGTCTGAAGATGTCGTGctttttaagctcttccaagcaaaaaaaag
ggactatcgcaaaaaataatgctgctattgttttcgaaaatccgtgaagc
ttcttattggtcaagcgctgaaattctattgtaatgtcacgtgacatCGG
CACAAATTTCAGCCGAAGCACgacttctagccctttgggctttataaatc
tatggaagAATCCCTCTTTTAGGTTGtaattcttttcttcttttagccTA
TGGGTTACGATGGATTCAAACTATTCATGTCAGTCTATTTGGGACAAAGT
GTGAGCGAAGAATTGATGCAGACTTTATTTTGGACTTTCCATAAGAAAGT
TCCCAGAGGAGATGCAAAGTCACCAGATCTTCCCAACACAATATTACGAA
AAATCTTAGTAGAAAATGGAAATGTTTCGCAAGAGAGCTTAGACCAGCTG
AATGGTAACTATATAGCTTAACTCcagaaaaaaacattgttttttcccta
aaaatgtaaagttttaaattatgataaaaattctaaaattctaaaattta
aaaaactttaaaagtcgTTTTAATTAATCATACGTGTAATGTTCATTCAA
AACACATACACTAGCGGTTTCATATTATAGGATTTAAGTCTATTCTCATT
TGAGCACTCTTTTAGGAATAACTAGATTATGTTAATTTATAGGATGCATT
GTAAAGGCTGCTTGAATTTACTCTCACTGTTTTTAATAcactttattttt
gcaaaaactcTAATCACtttttttCACTTAATTATGTAAGAAAGCACTCA
TCATATTTCTATTCCAGAAAGTTCATTGTCAAGGATCGCAAAAGGTGCAC
GGCGAGCGACGGTTGTTGCCACAGCAACAGTTGTAGCAGGTATTAAACAG
AACGGTGAAACTACAGAACTCGAGAGTATCAaagaagacaaagaaaattc
TCGATTATCTTCTTCCCTTAATATAACATCCACTCGTACTAAATGTTGTA
ATGACACACTTACACCAGGTTAGCTAATCATTCCATGCAACACTTTGCAT
ACTACTTTACGCTTGCATGTACATTCAACACGACAAAGTCATAGAAGTCT
AGTTTTCACTTACCGCACAGTCAATAAAACTACATATTGAGCTATTTTAT
TGGCTGATAACACGAatgaaatacacttttttataagaacatccaaaatc
tttgaagccttcggatgttcttgactttttgagttttaagccaaaaaatg
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TTCCTTTATAAACTGCTGTTTATACTTAAATTCCTAGGACCGCTGCACTA
ACGCTTGTTACAGAAATTTGACATAACATAATTACGCAACGACACTGTCA
AAAATCACTAACATCTTATTAATTAAGCATACATTAACCTAAAACTAATT
ATTAACATATACTTCAAGAGAAATTACAGCGGGGAGTTTCCATAACTCAT
ATACGCGCGCTGAACGCAAAATTTGCGGTCGGTATTATATcttatcggta
gaaaattcgTCGGCTATAAAAATTCGTCTGTAAATATTTTGTCCCCAAGA
GATTTTCTCGTCTACCGATAGTGACATGATTGTTAAATTGTTGTACTTGT
TGGAGTCAAGGAGAcactcgcaagctcggtcgttacttgacttTGGGCAA
CATTTCTCAGAATAGCGTcaactaaccggtcattattgtattagtgtagt
aggcccgtcgtcatgctaaaagaaccaattgtattgctcaaaaagccgtg
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TATGGAGACTCAAGCCACTGTAATTTCAAATCGAATTTATTTTATTCAGA
TGACATACATACACAATATACGTtctaacaattttttttttctttatgag
GTTGTGTAAATGCCTCTTAGTCCCCGAAGATcccattttttgctgtttta
ctTTTTCGAGAAACTACATGACAATATTTGTCTTTCAATCCTTCTTGTCA
ATGATTACAtctccttctcacagatccggtaggattttttcaccCAGTTG
GGAtagaaataacggactgaaagtctagtgagagctacaatgttcttcat
gtgcacagacttgttaaaagcaaactaacttttttaaatgatcaattagg
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CTtgagaacaaaaaaaattcagtggggatggtaaaaaaaGCATCACATTt
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ACCGCAGACTAGCACCATGGAGGTGTAAAGAAAAACAGAAGATTTATGTT
CGTTCGCCCTACGATTgctacgat

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+

>MSTRG.1197.1.p1 ID=MSTRG.1197.1.p1|Name=MSTRG.1197.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=50556bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:39334..79207+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGTTACGATGGATTCAAACTATTCATGTCAGTCTATTTGGGACAAAG
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aaTCCCCAATGTGTGTTGCACCACGAAATGAAAAGCGAGGCTGGTTCCGC
TTCTaa

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197	MSTRG.1197	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197.1.p1.exon1	MSTRG.1197.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon2	MSTRG.1197.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon3	MSTRG.1197.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon4	MSTRG.1197.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon5	MSTRG.1197.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon6	MSTRG.1197.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon7	MSTRG.1197.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon8	MSTRG.1197.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon9	MSTRG.1197.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon10	MSTRG.1197.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon11	MSTRG.1197.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon12	MSTRG.1197.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon13	MSTRG.1197.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon14	MSTRG.1197.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon15	MSTRG.1197.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon16	MSTRG.1197.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon17	MSTRG.1197.1.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon18	MSTRG.1197.1.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon19	MSTRG.1197.1.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon20	MSTRG.1197.1.p1.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon21	MSTRG.1197.1.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon22	MSTRG.1197.1.p1.exon22	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon23	MSTRG.1197.1.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon24	MSTRG.1197.1.p1.exon24	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.1197.1.p1.exon25	MSTRG.1197.1.p1.exon25	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.1197.1.p1	MSTRG.1197.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000006_pilon	genome	sc0000006_pilon:39334..79207 +

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MSTRG.1197.1.p1 (mRNA) -