MSTRG.11938.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11938.5.p1
Unique NameMSTRG.11938.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000088_pilon:544310..557708+

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11938.5.p1 ID=MSTRG.11938.5.p1|Name=MSTRG.11938.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13399bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:544310..557708+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AACGTTGCCACAAAAAGACTTTTCTCAAAGtaactattttattttcattt tctattttcactTTCGAATTCTACAAAACCACCTGTTTTTCAAGACATTG ATTTGAGCTTATAAGTTGGATTTATAGTTGTATAAacgatatattttttt ctcaagaaaaacCTCTACAAGCCTTTCAGATTTATGCTGAGTGTGTCAGG AATAAGTTACCTTGGCTCTTTGAAATagatttctataaaagaaagacttt taaaagaacaaaacctttttttttaaagaaatattaaaGCTTAAGATTCT TATTATTAtcatcaatttttcttcttttacagTAGCTGTTTGGCTCTCCA ACAAGGGTTTTGCCATTATGATATTCTAGGAGTTGATCGAAATGCAAGTA AAAAAGATATAAGAGTTGCATATCTACAAAAGACTAAACAggtaaatgtt atttttgtgttcTTATCTTCATAAAAAGAACTAAGGCAAGACGTTAAAAC TGAacagtttaaaatttaaaatttcttatataCCAGAGTCTagattattt tttccaaaaaattaaagcTTACATCAACACAATTCTTTGTATTTACCTaa aaagggaactaattttggcgagcaaCACAGAtcctaaaaaacttttttaa ttttgacgagAACTAATTTAGACAAATTTTAACAGGcaaagttctcgcca aaatgaGATCTCCTCCCTTTAAGTTTTAAATGCTCACAGTTTTTTAACAT AATGACTTAAAAAGATACTTTCCAAGACATTAGATTtcctagtgttaaaa ctcaacAAAGTGCAACATCTTTCATGACCTGTTGAACTGTTGATGAAGGC CAAAACCCacctttccaaaagaaaatgtttaacaactgaacccaaaataa gaaaccaatcccaagaaaaAATATACGACAAAATCAATGGTATAGATCAT 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ctcccggTCCGGACTTAATCAAATCAACTGGCGCATCATGGCTTGGCTAT TGCCtagtttagaaaaatataaatttataagaatataagaacttggaaat attgacttctaaacgtttatctcctttagatccaattttgtactttttag tcGGGGGATGAGTGGGTAgggggggTTAGGTTGGCACTTTAGGCAAGAAA TTGCATGCGTAATCACTTACAAGAGCTATTACAAGgtttattttattcat taagATTATTTCCCATACTCGCTCTACAataaaattattactttgctttc tgattattcgtttgtgggcaacgttctagcacaactcaacaaactcatcc ttcacatcttttaatctctgaagccggagcttccagcgcagctggtttat tttactttcaaaatggtACTCGTCAAGTTTGTAGCACGCCAAATCTAATT TGGTTTGGCTAGTTAAAAGAAAAGGGGTAATTGTTTGTGGGACAAAATTC CAGTGCAACATCGTATTTCATTCTGAAATCACAATAATTCTTCAACCCTA CCAGTAATTGTTGCATGCTTACTATGTACTGATGTCACGAAATGCAGcat ttaaaatttcttaagTTTCTATTTTATGACCACTTAAGTGACACAAGCTT TGCTCATCTCGTATGCATGTCTAATGACTTGTGTGTGAtttttttCGTTT CGTGATTGATAAACTTCCTAGTATGATTCTTTATTACCCACTCGAAAGAT ATTTCGCGTTtcacaatttttgatatttaaatCAGATGTATGATATCAGA TAAAATATCTTTTAGTTTATTAATTCTGTCCAGTGCATGCTTGTAGTACT GCATTGGAATTCAGTAATGCCCTCTCTTTAAATGGTTATTAGAGTGATAG AGTGTGTTTCTTAATAATGTTAAACTTAAGGTATTCTTCAACATATTACG GAAAAGAATTCTTTTCTCATGAATGTTTTACATTTATCTTAAAACACTTA AATCCCTCTGGAAGTTTATTCCAGTTCTGCTAGGTTTCTTCTTTCGCGAG ATTATATAAAATTATCTGGAGATTGAAGGAAAGGTCGTTCTTGACCTGAT ACTTTTGCCATGTTATATTATCTGCCACAATTTGACATGAGTTGACTTGT TGCTCCACCATTTCTAGCTTTGACCCTAGAAAGTGATCTATTGAAGCTGA AAGCGTCAAACCGTTATATATTTTAATTCGAACCTGTCTGACTCAATTTT GGTGTACCGCGATTAAACTTGCTTGTCTCTTCGTCTTGTCATTGAttgat gaaaatgtttttatgaCAAAATCTATTTATCCTCTGGAACCTGATTGGTT TaaaattctcttcttcatttgtGGCTTGTGCTTTGACCTCATTAAATTGA AAATGGAATCTTTCCAAAACATGTTAtgatcttctttttcaattgatgtt ttttttttcaacaaaacgGAACCTACGCACAACCTCTACGTTTTTCACCG TAAGGACTTGAGCTATCgtaattttctaaaatattttattttctttcttc atgTTGATCCTAGTCTTATGTTGATAAATCTTGGGATCAAAATTAAGGTG TTTGTACATGAATACCTTCTCTACGTGatggtgattttttttctgtcatA TATACCATAGGCATTTGAAAGAAAGTGTAACAAAAATAACACAGCTTTAC AAACGGTTTAAATCTTTTCATTAGTTTTCATTGTCTTGTCTAAATTCTTG TATCTTCAATTCATTTAGTCAGGCTAAAGCTGGTAGGCGAGGCTCAAACT CATAATCCTTTACATTGAATTCATGAATTATCTAAATTATCTCTATTTGG AACACGAAAATGTCTTCCTTGCAACAGTACTGTAGATTACTACTTCTCGT 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ACTCGTGTGTTGATAATAAATGAATAGCGCCCTAGGTAGCCCATAAATCT CTCTGAGTGTTTCCTCTATTGCATGTCTGTATAGTCTAACCATGGAATGT GTCATCTAAACTTTTGATGAGTTGGAAACTTTGGAAGGACGCCATTATTT GTTTGTGACTAGGACAACACGAGTCGTTGCTAAGGAGAAATTGATTGAAT GGTTTTCTTGAACGAGCTGTTTTATGAAAGAGATTTAGAGAAACGTGGGC CTAATCAGTCCTTCTGCTACTGAATGATGTCATCGTTCTTTTGATCTGTT TTAATATAAACATGTAAATTCGGTGTTTTTACATCGGTTTAGGTATTTCT ATTTTCCATCTTTGAATATGGAAATTAAGTCTATATATCTCTGTGTATAA ACAATTTTGAAGtagtttatttataagaaaagatGCGATTGATCATATTA AGCTCTACCAGAAGTTTGAGTGCCTATTTGTATACATACTGTATGCTTTT TCCATGAGATCATATTTGGTTAACGTGGACAAATatccaaatatttttca tatacctTTTCGTTCAAATCTAATATGAATAGCTCATTAAAAAGGAGTaa gtatatttttaaattgatttagatttcttaaagaaaattgTGGAAGGAGT TATATCAACCGATGCTCTTGATTATAATCTTTGCAATCATCTGAAGAATT TCAAAAGTCCTCCTCTACGATGACGTTAATTCATAAAAAACTTacttaaa aaatactatttcatAAACAAGCTCCACGACGCAATTTATTCATTGAGGCT TATCCTAGCAGATTAAGAAATCAAACCTCTTCATTACCTTTCCCTTTATG GAATGTTTGTTTTACATACCTCAACTGCTGGTATTAAGTAAGTGCTAAAA CAATATCCATGCAAAATATTGGATAATCAAAAGAGcgtttttttcatcaa aatacgaGTCTTAATAACTCGAATATTATTCAAATTGGTGTTTTTATTTC AACGCAGTAGCGTGGgggtcgactaaaattcgggcaaactggggaggtaa ttttaggaaagttttatttttgcgcccctttgaattttcttttcaaaggg gcgcaaaaataaaactttcctAAAATTACCTCCCCAGTTTATCGGGTATG TTTGTTACAAAGTTTGTTAAAAAGTCCCGTCCAACCAGATTCCATGATCA TGAATTTGTTCCAAACTTTGCTGATGATGGTTTTCGTGGGGCTCAGACGA AATCTTTCTACTATAGATCGATCCCAACATGGAATGCACTGCCGCGATTT GTCATCGAATCGACCTCAATCAAATCGTTTAAAGAAAGCCTTAACAAAGC GTGGGAAAAACACCAACTAAGATACTTGACATATTAATATTGTAATTAGA AATCGGTTCGTAGAGGTCCACCTCGGGCCTGTGAGCTTGTATACatcata ataataatgtttATAAAATTACGCGAGGGAAGCGATCACGAAATTTTGGG gtgttttctctctttttggccgaaaactgccaATTCTAAGGTGaaaaaaa GCAAAGAGGCACCGTCTTTTGTAATCAGAGGCGTCTTTTTAAGCCCTCTG TATTTTGGCGCTCCCCTCAAAAAATCGGACGCTTAGTGGGGGGAGGCACT AGTGTTTATTGGGCTTCTTCAGTTATCTAATCCTTTTAAACTTGTCTTTT TAACCTAGATTTCCATAGCTCGGAAAAAATTGTTCCATAGTGCGTGATCG AGTTGATTTTTATTTGAGTATTTTGACTTCAGCACATCAGATTAATTTTT ATCACTTATCGTTACGAAAAGCGGTATACCTATTGAGTATTCAAAATTGA CAGTTACGAAGAGATGACGGAAGATGAAGAATAAGCCTAATTGTTTTGAC 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TTCTCTTCTTAAATGGTAGGTCTCCGCTGTCAATTTATAACATAACCGGT TTATCTTTGACAATGCTTTCAGGGTCAAAAACATTATCATGAGATCGTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000088_pilon:544310..557708+

>MSTRG.11938.5.p1 ID=MSTRG.11938.5.p1|Name=MSTRG.11938.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1965bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:544310..557708+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AACGTTGCCACAAAAAGACTTTTCTCAAATAGCTGTTTGGCTCTCCAACA
AGGGTTTTGCCATTATGATATTCTAGGAGTTGATCGAAATGCAAGTAAAA
AAGATATAAGAGTTGCATATCTACAAAAGACTAAACAgTACCATCCTGAT
TCCAATCCAGATGATGAGAGTTTACATGAAAAATTTGTCAAGGTGACAAA
CGCTTACCAAGTTCTAAACGATGACCATTCACGGACTCTTTACAATAACA
GTACCAGTCATTCAAACGCTGTCACGCAAACACACGCCTCGCGACGCGCA
CGGAGAGCACATTCAACGTCGGCTGCAAACCCCTTTGGGTCATACGTAGA
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CCACAAAAAGACTTTTCTCAAATAGCTGTTTGGCTCTCCAACAAGGGTTT
TGCCATTATGATATTCTAGGAGTTGATCGAAATGCAAGTAAAAAAGATAT
AAGAGTTGCATATCTACAAAAGACTAAACAgTACCATCCTGATTCCAATC
CAGATGATGAGAGTTTACATGAAAAATTTGTCAAGGTGACAAACGCTTAC
CAAGTTCTAAACGATGACCATTCACGGACTCTTTACAATAACAGTACCAG
TCATTCAAACGCTGTCACGCAAACACACGCCTCGCGACGCGCACGGAGAG
CACATTCAACGTCGGCTGCAAACCCCTTTGGGTCATACGTAGACGAAGAA
GAGCCGTACTGGGTCAAAAACATTATCATGAGATCGAACGTTGCCACAAA
AAGACTTTTCTCAAATAGCTGTTTGGCTCTCCAACAAGGGTTTTGCCATT
ATGATATTCTAGGAGTTGATCGAAATGCAAGTAAAAAAGATATAAGAGTT
GCATATCTACAAAAGACTAAACAgTACCATCCTGATTCCAATCCAGATGA
TGAGAGTTTACATGAAAAATTTGTCAAGGTGACAAACGCTTACCAAGTTC
TAAACGATGACCATTCACGGACTCTTTACAATAACAGTACCAGTCATTCA
AACGCTGTCACGCAAACACACGCCTCGCGACGCGCACGGAGAGCACATTC
AACGTCGGCTGCAAACCCCTTTGGGTCATACGTAGACGAAGAAGAGCCGT
ACTGGGTCAAAAACATTATCATGAGATCGAACGTTGCCACAAAAAGACTT
TTCTCAAATAGCTGTTTGGCTCTCCAACAAGGGTTTTGCCATTATGATAT
TCTAGGAGTTGATCGAAATGCAAGTAAAAAAGATATAAGAGTTGCATATC
TACAAAAGACTAAACAgTACCATCCTGATTCCAATCCAGATGATGAGAGT
TTACATGAAAAATTTGTCAAGGTGACAAACGCTTACCAAGTTCTAAACGA
TGACCATTCACGGACTCTTTACAATAACAGTACCAGTCATTCAAACGCTG
TCACGCAAACACACGCCTCGCGACGCGCACGGAGAGCACATTCAACGTCG
GCTGCAAACCCCTTTGGGTCATACGTAGACGAAGAAGAGCCGTACTGGGT
CAAAAACATTATCATGAGATCGAACGTTGCCACAAAAAGACTTTTCTCAA
ATAGCTGTTTGGCTCTCCAACAAGGGTTTTGCCATTATGATATTCTAGGA
GTTGATCGAAATGCAAGTAAAAAAGATATAAGAGTTGCATATCTACAAAA
GACTAAACAgTACCATCCTGATTCCAATCCAGATGATGAGAGTTTACATG
AAAAATTTGTCAAGGTGACAAACGCTTACCAAGTTCTAAACGATGACCAT
TCACGGACTCTTTACAATAACAGTACCAGTCATTCAAACGCTGTCACGCA
AACACACGCCTCGCGACGCGCACGGAGAGCACATTCAACGTCGGCTGCAA
ACCCCTTTGGGTCATACGTAGACGAAGAAGAGCCGTACTGGGTCAAAAAC
ATTATCATGAGATCG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11938MSTRG.11938Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11938.5.p1MSTRG.11938.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11938.5.p1.exon1MSTRG.11938.5.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11938.5.p1.exon2MSTRG.11938.5.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11938.5.p1.exon3MSTRG.11938.5.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11938.5.p1.exon4MSTRG.11938.5.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11938.5.p1.exon5MSTRG.11938.5.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000088_pilongenomesc0000088_pilon:544310..557708 +