MSTRG.11900.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11900.2.p1
Unique NameMSTRG.11900.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000088_pilon:44130..50285+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11900.2.p1 ID=MSTRG.11900.2.p1|Name=MSTRG.11900.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6156bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:44130..50285+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AATGACAAGAGATAGCAAGAGATGCGGAAGATTAGGTAATTAGtaaatgt cttaaaattacaaaCGCAAGCGCATATATTTTTAGCATCTGTATTCTCAA GTGTATTTGGAAAAACAGTTTTACGAGTGTAAGAGCTTGAGGAGTGTTTA ATAACTTTTCTCACTCGTTTGGTTGCCGTAGTGAATAATAACAGTTTTGT AAGCTTTTATTTTGATGCTAAAATCGATGTACTTTTATAAACTGACAGGA TAAAACACTGGATAACattgtcaaataaaaatatatacagctTATATAGG GCTTATACAGGCTTTTGCACCTCACCAGTATAATGAATGGCAGTATCTTT GTTTGGACAACATGAAGCACactattttttttagttttcagttttttttt agttttttaagttGTCAGATTTCCGTTGTAAAGTTCCctaaaaaaaaatg gaattccGATATACTTTGGCAACAAAACTGGGTGAAATTTATGGAATTCC CATACTTTTACCTCCATTATACTAACAGTTGGACCTATCTCCTTTTTACA ACTGTCATTTCTTTTTCTCCTAGGGAATGTCGCAATTCAGAAATATTTCA ATGAGGGATATAgctataaaaacattttacggTTGCTGCAAAGACTTGGT ATTGTGATCAggtatataaaaatatatacattaaaGGTCAAGGTCATTGT TATTATAGAGTACTATAACAAGACTATataattttaagtaattaatttca attaccagattaaattctaattaaggAAAAATTACatcatcaaatttgat atttagatAAATTTTAATCCCTTGATctccttttttcttctttttacgaA TTTGGGAGCTTCGAAAGGAGCTTAAATTAAAACAAGGTCTTAAATCAAGC AATCATTGCTGTTATTCTATTGTGATAAGCTAATTGATTATATACATATA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000088_pilon:44130..50285+

>MSTRG.11900.2.p1 ID=MSTRG.11900.2.p1|Name=MSTRG.11900.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=14436bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:44130..50285+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACAAGAGATAGCAAGAGATGCGGAAGATTAGGGAATGTCGCAATTCA
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AAAGACTTGGTATTGTGATCAgCATGCGAAAGTTGAAAAGAATCTTATTC
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ATGCGAAAGTTGAAAAGAATCTTATTCAGCCTCGGGCTTGCAAGAAGAAA
ACCAAATTGTTCACTGGCCCATGTGTGTGATACCCTTATGACTGAAATTC
AAGGAAGTGGAAGCTTGCTAGGATATAGATGTATGCATCAGAAATTGCGT
GTAATCCATAACATTCAAATCAGCAGAAACAATGTGATGAATCTTCAAAA
GGCTATCGACCCTATTGGTGTTGCTGAGCGCCGTGCTAGGAAATTAAAGA
GAAGAAGATACATCACACCTGGTCCTAACTATTTGTGGCACCTGGATGGC
TACGATAAGCTGAAACGATATGGGATATGTATACATGGTTGTATTGACGG
ctATTCCAGAAAGTTGATCTGGTTGGAAGCAGCATCTACTAACAATTGTC
CAGCTGTTGTGGCTGGCTTTTTTCTCAATCAAGTTAAATCACTCAAAGGT
ACTGCGTTAAACGTTCGTGCAGACAGAGGAACAGAAAACTCGAACATCGC
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AAAAAAGTTTCCGATTTGGCAGGTCAACTTCAAATCAAAGAATTGAAGCA
TTTTGGTCTCAATTGAAGCGGTCACTGACTCAATGGTGGATGAACTTTTT
TAAGGACATGATTGACGATGGAACATTTGATGAATCTGATGAAATTCAAA
GggaatgtttaaaattttgttttctccaACTGATTCAAAAAGAGTTAGAT
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CGAAACAACTGGTGGAAAGCCGGAACTTTTGTACAGCATGCCAAATTATT
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GCTGAAGCGTATTGTCGTACACCGAACGTTTTTGGTTGTGGAAACGAAAT
TGAAACTGTTGGCTTATATTTTATGAATGAAAATAACTTGAGATTTCCAA
GCTCATTTCAAGAAGCCAAAAGACTTTATGGCCTTCTGCTCCGATTCATT
AATGGTTTGGAAAACGCATATCATTTTTAAATGACAAGAGATAGCAAGAG
ATGCGGAAGATTAGGGAATGTCGCAATTCAGAAATATTTCAATGAGGGAT
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AAAACCAAATTGTTCACTGGCCCATGTGTGTGATACCCTTATGACTGAAA
TTCAAGGAAGTGGAAGCTTGCTAGGATATAGATGTATGCATCAGAAATTG
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AAAGGCTATCGACCCTATTGGTGTTGCTGAGCGCCGTGCTAGGAAATTAA
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GGCTACGATAAGCTGAAACGATATGGGATATGTATACATGGTTGTATTGA
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GTCCAGCTGTTGTGGCTGGCTTTTTTCTCAATCAAGTTAAATCACTCAAA
GGTACTGCGTTAAACGTTCGTGCAGACAGAGGAACAGAAAACTCGAACAT
CGCTGGAATACAGAGGCTTTTTCGCTCAAACGACAATGACTTCCAAGCTA
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GCATTTTGGTCTCAATTGAAGCGGTCACTGACTCAATGGTGGATGAACTT
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TTCCAAGCTCATTTCAAGAAGCCAAAAGACTTTATGGCCTTCTGCTCCGA
TTCATTAATGGTTTGGAAAACGCATATCATTTTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900MSTRG.11900Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900.2.p1.exon1MSTRG.11900.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon2MSTRG.11900.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon3MSTRG.11900.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon4MSTRG.11900.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon5MSTRG.11900.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon6MSTRG.11900.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon7MSTRG.11900.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon8MSTRG.11900.2.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon9MSTRG.11900.2.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon10MSTRG.11900.2.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon11MSTRG.11900.2.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.2.p1.exon12MSTRG.11900.2.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900.2.p1MSTRG.11900.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000088_pilongenomesc0000088_pilon:44130..50285 +