MSTRG.11900.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11900.1.p1
Unique NameMSTRG.11900.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000088_pilon:42631..50285+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11900.1.p1 ID=MSTRG.11900.1.p1|Name=MSTRG.11900.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7655bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:42631..50285+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAATATTCCGCGCTTCTATTTCAATCAGAAGCGCTATTCCTTTTTCTTCC GCGCTGCAACTTAAACATGAAGCACTACTAAAAGATCTTCCGCTCTATGT TTTAAATGTGCAGTGTGAGAATTCTTTCCACTGCAGATTAAATCACAAGC GTTACTTGGAATTTTCCGCGCTGCACTTGAAATTTACGAAGCGTTGAttt tttttCCGCTTAAGATCGGCCATAGGTCATCACTTGATGTGTTGATTTGA AACGGGCCTCAGGTAACGTGTAAACAAACTGAATAGTGGTACAAAAAATA GAATAATAAAAACAGGTGAAGAAGCACTGAGACCATGCCTCATCATGATA GAAGAAGTAAGTATTTCTTTCCAATCATTAATATTCACAACATATTAGAT AATACAACACCTTTTAAAGAATCCTGAACAATTAATGCGTCTTTTGTACA GAAGGGAAGGGGTACTATGTCCAGCGTCCAGGGTGGTTGCACTCATGACA GCGTGGTGATCAATGAATGGGCAGATGGGAAAGGgtgattgataaaaaat tgttaggtAATTCAGTCAAGATCCTGAGTATGGATTACCTATCAATTCTG TATTTTTATCGATTACTCATTAATTTTACTTTGATCCTTACTAAAGTACT ACATTTTCAATCAATTATTCATTGGTATAGGCGAGGCagccattgaaaaa ttgttctgttcacGTCGCCCGCCCGCACCATCCatatttttcactgattt tccAGTGCGGAGATTCgaaaaaaatccaggaaaaATCCAGAAGAAACAAC TTGTTCTTCAAATGTATAACTTTTTCTTTGGGGAAGGAGGAGGGTTTCAG CTTCAGGCGATATTTAAAAAACCCGTAAAATTTTATATAATTCAATATAT TTGAGACCTTCTGGCGACGCGAACATAACtatttttcgatggccgccaTA 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TCAAGTAAACTCcattttatatttaaaatattttttagtttttaggcaAT GTCGCtttaccaaaaatacattcaataTGAATGTATAGATGAAAGATAAT CCTTCAATGTTTGAATTGCTTACAAGGAATAaggattaaaatgaaaaatc tttctacCCTTTGATACAATGTGCTGCTAGATCTTTCCAGAATAACCTCC ATCTCAATTACGTCCATAAATTAAAGGGTGTTTGATGTACTGAAGTTAAA ATTCATTACAATAATGAATTTCTAGCttaaatacagggtgtccgaaAAAA TGTCAGAACACTGCTATGGGTAGAAAGTCTTTGTGTGTGTATCACaaaca aaatccgaaaaatgaACTGGGATGTTAAGTTATTTGAGTAAACGTtaata aatgtttttatatgataaAACATATTACAGCTGCAGTAACCGAGTCATGA TCTACATACGTTCAAATTCTAATGGCAACTGTACTATAGGTTTGTAACGG TATACAAGGTTTCCGAGCACGCAATCTCACATCCCGATTCCAGGAAACCA GCCACGTTATCTACTCTTCGATcatttttttttcgtgtttttttttatga atataatttcttttttttattacgcacgttaattatttttatagatCGTC GACCaaaaaaaTGCGAGCGTGTTTATTGGTCAAGAGCATTGACATAAATG CAATATTTCATATTTATGCTGTTGCATTAAGAAAAACTTTGCGATACACA CACCAACACTTTCTACTCATAGCAGTGGTCTGATCGGATAcattttttcc ggacaccctgtagagaATAATTGACTTTCCAATTTAGAGAATTGAAGCAT TTTGGTCTCAATTGAAGCGGTCACTGACTCAATGGTGGATGAACTTTTTT AAGGTAATTTATTCCTTCATTGTTTCCCAACAACCCAGagaattttggct gaaatcttTGGTAATTTTTTCTTGCATTAGTACCTGGTAGAGTTTCTTCT GACTTTAAATCCTGAAATTGACAGAATTGCTTTTTGTggggataattttt ttaagagatACCAAAATCGAGCCAGTTCGATGAACAAGGTTGACAGTTTT GACCAATCATACTGCAGCTGTTTTTTATTACATGTATATGAATTTTCCAG GACATGATTGACGATGGAACATTTGATGAATCTGATGAAATTCAAAGGTA CGCGAGAATATAAATTATTGTCAAtagaaaaacaatagaaaatggATTCA ATTTAAtggatttaatttttgaaaaatgaaagctCTGCTCGCCCTCTCTC TGAATGAATTGAATGAATTCTAACCGGTGAAGAGTTTTGACCTAAATTCA ATGGACTTTGATTTCTGACCAAAAATTATGACCAGACCAGCAATAGCGAG TGGCCACGgatttgaaaagtgaaattaaaatgtaacatttaaaagaaaat gagaTCCAGATAAACTGAATTGACCCCCACGCGaacttttttaaatcatt ttcaagtCTTTTGAATTGttataattctaaaaatgtttgcatttaaaaga gcaattttacacaaataacgattttaaaaatataaattacatTCCGCCAA TAGTACTTGTTATCTACCGTAACGCTCTCCTGTTCTCCTTTTAAGTAAAA TTAATGGtacaattatttatttttagggaatgtttaaaattttgttttct ccaACTGATTCAAAAAGAGTTAGATGATTTCAAACTAATACACAACACTC ACAGGATTAGAAGAAGTAACACAAACGAAACAACTGGTGGAAAGCCGGAA CTTTTGTACAGCATGCCAAATTATTTCGGTAAGCTGTAACATTTGGTTAC ATTCGGTACTTAAGTCCATCGAAAAACTATGTGGAAACTTCACATTTAAT 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TGCTGATTTACAATGTTGGCCATACTCGCCATAACATTATGTCCATCTAT CTAAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000088_pilon:42631..50285+

>MSTRG.11900.1.p1 ID=MSTRG.11900.1.p1|Name=MSTRG.11900.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=14292bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000088_pilon:42631..50285+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCCTCATCATGATAGAAGAAGGAATGTCGCAATTCAGAAATATTTCAA
TGAGGGATATAgctataaaaacattttacggTTGCTGCAAAGACTTGGTA
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CAGAAATATTTCAATGAGGGATATAgctataaaaacattttacggTTGCT
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TAACTATTTGTGGCACCTGGATGGCTACGATAAGCTGAAACGATATGGGA
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TTATGGCCTTCTGCTCCGATTCATTAATGGTTTGGAAAACGCATATCATT
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GGATATAgctataaaaacattttacggTTGCTGCAAAGACTTGGTATTGT
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GAAGAAAACCAAATTGTTCACTGGCCCATGTGTGTGATACCCTTATGACT
GAAATTCAAGGAAGTGGAAGCTTGCTAGGATATAGATGTATGCATCAGAA
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GGATGGCTACGATAAGCTGAAACGATATGGGATATGTATACATGGTTGTA
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attttacggTTGCTGCAAAGACTTGGTATTGTGATCAgCATGCGAAAGTT
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CACTGGCCCATGTGTGTGATACCCTTATGACTGAAATTCAAGGAAGTGGA
AGCTTGCTAGGATATAGATGTATGCATCAGAAATTGCGTGTAATCCATAA
CATTCAAATCAGCAGAAACAATGTGATGAATCTTCAAAAGGCTATCGACC
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TGAGATTTCCAAGCTCATTTCAAGAAGCCAAAAGACTTTATGGCCTTCTG
CTCCGATTCATTAATGGTTTGGAAAACGCATATCATTTTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900MSTRG.11900Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900.1.p1.exon1MSTRG.11900.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon2MSTRG.11900.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon3MSTRG.11900.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon4MSTRG.11900.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon5MSTRG.11900.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon6MSTRG.11900.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon7MSTRG.11900.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon8MSTRG.11900.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon9MSTRG.11900.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon10MSTRG.11900.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon11MSTRG.11900.1.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11900.1.p1.exon12MSTRG.11900.1.p1.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11900.1.p1MSTRG.11900.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000088_pilongenomesc0000088_pilon:42631..50285 +