MSTRG.11890.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11890.1.p1
Unique NameMSTRG.11890.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:1286345..1303620-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11890.1.p1 ID=MSTRG.11890.1.p1|Name=MSTRG.11890.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=17276bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1286345..1303620- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:1286345..1303620-

>MSTRG.11890.1.p1 ID=MSTRG.11890.1.p1|Name=MSTRG.11890.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=9756bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1286345..1303620- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ACTTCGCAAGAAGAAGCTATGGAAACATAATTGGCATTGATTGATCAAAG
CAAAGACAAGAAAGACGACAAAACAGAAGATGCAACGGCCGCTCCCGAAT
CTATGGAACAAGACTCAAATTGCACCATAGCAGTTGTAGGGAAAGACAAG
AAATTGACTTTGTTGGATAATGAAGATGTCGCTCCATTTCCTCTTACGAA
GAAATCATCGCACATGGCTTAAGATCGCTTAGAGAATGTTTACCCAACGA
ACAAGAATTAACAACTAAGAGTGCAAGAACATACTTAGAACGAAACTTGG
ACAAATTTCAAGAGTAGTCAAGGAAGTCACATTTATCAACTGTGTCCATC
AGCAAACTATTTCGATTGTAAATCCATGGCAATCGGTGCAAGATCACAGA
AATGCAAAAACCTACCAAAGTATACGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGGAA
TTCTCGTTGCAGGTTACGATTAATTTTATGCAAGACGAATGTTTGAATTC
TCGATACGTTTATGAAGAAGCTCTACCAGTTTCCAGACTTGTCACCGCCA
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TTCAGTGGATGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATG
GTCGCTTATTAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTG
TGAAACAAGGAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTT
TTGGTTGCCTTAAAGTACCGTAATCAATATGATCATGATGTCAGTATTTG
GAGTCCTCAGATGACTTCGCAAGAAGAAGCTATGGAAACATAATTGGCAT
TGATTGATCAAAGCAAAGACAAGAAAGACGACAAAACAGAAGATGCAACG
GCCGCTCCCGAATCTATGGAACAAGACTCAAATTGCACCATAGCAGTTGT
AGGGAAAGACAAGAAATTGACTTTGTTGGATAATGAAGATGTCGCTCCAT
TTCCTCTTACGAAGAAATCATCGCACATGGCTTAAGATCGCTTAGAGAAT
GTTTACCCAACGAACAAGAATTAACAACTAAGAGTGCAAGAACATACTTA
GAACGAAACTTGGACAAATTTCAAGAGTAGTCAAGGAAGTCACATTTATC
AACTGTGTCCATCAGCAAACTATTTCGATTGTAAATCCATGGCAATCGGT
GCAAGATCACAGAAATGCAAAAACCTACCAAAGTATACGGAAGACGTCCA
TTTGGCGTCGGAATTCTCGTTGCAGGTTACGATTAATTTTATGCAAGACG
AATGTTTGAATTCTCGATACGTTTATGAAGAAGCTCTACCAGTTTCCAGA
CTTGTCACCGCCACAGCTGAAAAGATCATCGTCCGAACTTTCATCATATC
AAAGGAAGATCATTTCAGTGGATGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGT
CTTACCTCTGATGGTCGCTTATTAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATAT
GCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAA
TGATTATGCTGTTTTGGTTGCCTTAAAGTACCGTAATCAATATGATCATG
ATGTCAGTATTTGGAGTCCTCAGATGACTTCGCAAGAAGAAGCTATGGAA
ACATAATTGGCATTGATTGATCAAAGCAAAGACAAGAAAGACGACAAAAC
AGAAGATGCAACGGCCGCTCCCGAATCTATGGAACAAGACTCAAATTGCA
CCATAGCAGTTGTAGGGAAAGACAAGAAATTGACTTTGTTGGATAATGAA
GATGTCGCTCCATTTCCTCTTACGAAGAAATCATCGCACATGGCTTAAGA
TCGCTTAGAGAATGTTTACCCAACGAACAAGAATTAACAACTAAGAGTGC
AAGAACATACTTAGAACGAAACTTGGACAAATTTCAAGAGTAGTCAAGGA
AGTCACATTTATCAACTGTGTCCATCAGCAAACTATTTCGATTGTAAATC
CATGGCAATCGGTGCAAGATCACAGAAATGCAAAAACCTACCAAAGTATA
CGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGGAATTCTCGTTGCAGGTTACGATTAAT
TTTATGCAAGACGAATGTTTGAATTCTCGATACGTTTATGAAGAAGCTCT
ACCAGTTTCCAGACTTGTCACCGCCACAGCTGAAAAGATCATCGTCCGAA
CTTTCATCATATCAAAGGAAGATCATTTCAGTGGATGACCATGTCGCAGC
CAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATGGTCGCTTATTAAGGGGCGTATTTT
TCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGAAGTGCTACTGTTG
GTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTTTTGGTTGCCTTAAAGTACCGTAAT
CAATATGATCATGATGTCAGTATTTGGAGTCCTCAGATGACTTCGCAAGA
AGAAGCTATGGAAACATAATTGGCATTGATTGATCAAAGCAAAGACAAGA
AAGACGACAAAACAGAAGATGCAACGGCCGCTCCCGAATCTATGGAACAA
GACTCAAATTGCACCATAGCAGTTGTAGGGAAAGACAAGAAATTGACTTT
GTTGGATAATGAAGATGTCGCTCCATTTCCTCTTACGAAGAAATCATCGC
ACATGGCTTAAGATCGCTTAGAGAATGTTTACCCAACGAACAAGAATTAA
CAACTAAGAGTGCAAGAACATACTTAGAACGAAACTTGGACAAATTTCAA
GAGTAGTCAAGGAAGTCACATTTATCAACTGTGTCCATCAGCAAACTATT
TCGATTGTAAATCCATGGCAATCGGTGCAAGATCACAGAAATGCAAAAAC
CTACCAAAGTATACGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGGAATTCTCGTTGCA
GGTTACGATTAATTTTATGCAAGACGAATGTTTGAATTCTCGATACGTTT
ATGAAGAAGCTCTACCAGTTTCCAGACTTGTCACCGCCACAGCTGAAAAG
ATCATCGTCCGAACTTTCATCATATCAAAGGAAGATCATTTCAGTGGATG
ACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATGGTCGCTTATTA
AGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGA
AGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTTTTGGTTGCCTT
AAAGTACCGTAATCAATATGATCATGATGTCAGTATTTGGAGTCCTCAGA
TGACTTCGCAAGAAGAAGCTATGGAAACATAATTGGCATTGATTGATCAA
AGCAAAGACAAGAAAGACGACAAAACAGAAGATGCAACGGCCGCTCCCGA
ATCTATGGAACAAGACTCAAATTGCACCATAGCAGTTGTAGGGAAAGACA
AGAAATTGACTTTGTTGGATAATGAAGATGTCGCTCCATTTCCTCTTACG
AAGAAATCATCGCACATGGCTTAAGATCGCTTAGAGAATGTTTACCCAAC
GAACAAGAATTAACAACTAAGAGTGCAAGAACATACTTAGAACGAAACTT
GGACAAATTTCAAGAGTAGTCAAGGAAGTCACATTTATCAACTGTGTCCA
TCAGCAAACTATTTCGATTGTAAATCCATGGCAATCGGTGCAAGATCACA
GAAATGCAAAAACCTACCAAAGTATACGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGG
AATTCTCGTTGCAGGTTACGATTAATTTTATGCAAGACGAATGTTTGAAT
TCTCGATACGTTTATGAAGAAGCTCTACCAGTTTCCAGACTTGTCACCGC
CACAGCTGAAAAGATCATCGTCCGAACTTTCATCATATCAAAGGAAGATC
ATTTCAGTGGATGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGA
TGGTCGCTTATTAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGC
TGTGAAACAAGGAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTG
TTTTGGTTGCCTTAAAGTACCGTAATCAATATGATCATGATGTCAGTATT
TGGAGTCCTCAGATGACTTCGCAAGAAGAAGCTATGGAAACATAATTGGC
ATTGATTGATCAAAGCAAAGACAAGAAAGACGACAAAACAGAAGATGCAA
CGGCCGCTCCCGAATCTATGGAACAAGACTCAAATTGCACCATAGCAGTT
GTAGGGAAAGACAAGAAATTGACTTTGTTGGATAATGAAGATGTCGCTCC
ATTTCCTCTTACGAAGAAATCATCGCACATGGCTTAAGATCGCTTAGAGA
ATGTTTACCCAACGAACAAGAATTAACAACTAAGAGTGCAAGAACATACT
TAGAACGAAACTTGGACAAATTTCAAGAGTAGTCAAGGAAGTCACATTTA
TCAACTGTGTCCATCAGCAAACTATTTCGATTGTAAATCCATGGCAATCG
GTGCAAGATCACAGAAATGCAAAAACCTACCAAAGTATACGGAAGACGTC
CATTTGGCGTCGGAATTCTCGTTGCAGGTTACGATTAATTTTATGCAAGA
CGAATGTTTGAATTCTCGATACGTTTATGAAGAAGCTCTACCAGTTTCCA
GACTTGTCACCGCCACAGCTGAAAAGATCATCGTCCGAACTTTCATCATA
TCAAAGGAAGATCATTTCAGTGGATGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAG
GTCTTACCTCTGATGGTCGCTTATTAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAAT
ATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCT
AATGATTATGCTGTTTTGGTTGCCTTAAAGTACCGTAATCAATATGATCA
TGATGTCAGTATTTGGAGTCCTCAGATGACTTCGCAAGAAGAAGCTATGG
AAACATAATTGGCATTGATTGATCAAAGCAAAGACAAGAAAGACGACAAA
ACAGAAGATGCAACGGCCGCTCCCGAATCTATGGAACAAGACTCAAATTG
CACCATAGCAGTTGTAGGGAAAGACAAGAAATTGACTTTGTTGGATAATG
AAGATGTCGCTCCATTTCCTCTTACGAAGAAATCATCGCACATGGCTTAA
GATCGCTTAGAGAATGTTTACCCAACGAACAAGAATTAACAACTAAGAGT
GCAAGAACATACTTAGAACGAAACTTGGACAAATTTCAAGAGTAGTCAAG
GAAGTCACATTTATCAACTGTGTCCATCAGCAAACTATTTCGATTGTAAA
TCCATGGCAATCGGTGCAAGATCACAGAAATGCAAAAACCTACCAAAGTA
TACGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGGAATTCTCGTTGCAGGTTACGATTA
ATTTTATGCAAGACGAATGTTTGAATTCTCGATACGTTTATGAAGAAGCT
CTACCAGTTTCCAGACTTGTCACCGCCACAGCTGAAAAGATCATCGTCCG
AACTTTCATCATATCAAAGGAAGATCATTTCAGTGGATGACCATGTCGCA
GCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATGGTCGCTTATTAAGGGGCGTATT
TTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGAAGTGCTACTGT
TGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTTTTGGTTGCCTTAAAGTACCGTA
ATCAATATGATCATGATGTCAGTATTTGGAGTCCTCAGATGACTTCGCAA
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TTGTTGGATAATGAAGATGTCGCTCCATTTCCTCTTACGAAGAAATCATC
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TGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATGGTCGCTTAT
TAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAG
GAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTTTTGGTTGCC
TTAAAGTACCGTAATCAATATGATCATGATGTCAGTATTTGGAGTCCTCA
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CGAACTTTCATCATATCAAAGGAAGATCATTTCAGTGGATGACCATGTCG
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TTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACAAGGAAGTGCTACT
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AAACCTACCAAAGTATACGGAAGACGTCCATTTGGCGTCGGAATTCTCGT
TGCAGGTTACGATTAATTTTATGCAAGACGAATGTTTGAATTCTCGATAC
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AAAGATCATCGTCCGAACTTTCATCATATCAAAGGAAGATCATTTCAGTG
GATGACCATGTCGCAGCCAGTATTGCAGGTCTTACCTCTGATGGTCGCTT
ATTAAGGGGCGTATTTTTCAAATTGAATATGCAATGGAAGCTGTGAAACA
AGGAAGTGCTACTGTTGGTCTCAAATCTAATGATTATGCTGTTTTGGTTG
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CAGATG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11890MSTRG.11890Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11890.1.p1MSTRG.11890.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.11890.1.p1.exon5MSTRG.11890.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11890.1.p1.exon4MSTRG.11890.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11890.1.p1.exon3MSTRG.11890.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11890.1.p1.exon2MSTRG.11890.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11890.1.p1.exon1MSTRG.11890.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:1286345..1303620 -