MSTRG.11871.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11871.1.p1
Unique NameMSTRG.11871.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:1015402..1040492-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11871.1.p1 ID=MSTRG.11871.1.p1|Name=MSTRG.11871.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=25091bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1015402..1040492- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CTAATTGACTTTTTAACCAAATTTTTCCACAGGGATAACCCTACAACATT GAAAATGTATCTAGTATGAAAATGATAATCAATGGACAATTCTACAAGCA CTTGTTTTTTTTCTTCTTAATTTTATAACTTGTTAAAAATCTTTTTCATC TTAGCCTCCCCCAACGTTGCACTTAGGGTTTCAAGGCTTTCTTTAAATAA TTACATAATTATAGTTTTCATAATAAATATCTTACTGTGAATTAATCTTT TATAGTTTAGCATAAGAAATTTCTTTATTCATAGTGAACCTATATAACAG CAGAACTATGATTTGGTAACCAAATCATAGTTCTGCTGTTATCTGAATTT TTTCCTTTGCTCTTGCTCGCATCTCTGATGATCTGCGACTTTGAAAATAA GTTCTTGTGTTCCTCCCAGGGTACAATATCGTGCGGACAGCTTTTTGGCC GTATAATAAAAAGCTGACAATAAATGTATTGATAACAATAGCTCCAAACT GGAACACATCTTTATTAATATCCTTTTGAAAATACACAATCGGGAAACTA ACGCCGAAAACGATGCTCAAAGTAAATGTTGTGTAGGTCAAGATGATACT ATCATTCATTACACTTGGTAGATTTCGTCCTCGGAAGGCTTGTATGGAGC ATAACAGTTGAATGACCATTGTTGAGCCGATGAAGAAATTTGTATGAAAG TATGTATTACAAGCATACTGTTTTGTTAATGCAAATGCATCCCTGATTTT AATGACTTTTATCGGCTTTTTCAACATTGCCACTCCCAGAATTCCATTGA CAGAGGTTAAGAAAATGAATATAATAAATCTTTGAACATAGACTGTTCGT TTGGTTTGTCCAGGAGTTAAACGCACTTTACTCAGGAATGCTTGAAGTAA TTTCTGTGAGCGAATAAAAACGATACCAATATTCAAAACATACATAGTGC TGGTTAGTTCCACCTTAGCAACACAATACCCATGATGCTTTGCTTCTGAT GTCATTGCGACTAACGGAAAATATCAAGACAAGGAGTGTCATGTGACCTA ACGACGCAGTTTGTAATCAGAAAGAGCGACTATTGGGGTGTTTCTCTTTT TAGCAAAAATGACCATATTTAGAACCGTCGTTAATATACCAATGGCACAT ATTGAAATGACAAAGATTCGTTCACCATTTACTGGCAAAGGCTTTGTTTT GTAGGGGTCGATACAAGCAGTTCGATATCCATTATCAATGCTAAATATTC CAGTACATGGGCGACATTCGGTATTCCCATAGAATGATTTGTAGTGATCT GCTTACATTTCCATAAATTTTATAAAAACCAGGTGCACATGTTATATTAG GGCACTGGCAGGCAGTTGCATTTTCTGTTTTGCTTCTTCGACGAAATTTG CATATCCTGACGTACTGTTGAATAATATAACTTTGAGCCATAATTTACAG TTTCCCACCATAGTAATCTTTTACCACCAAAAATATTCTCTGATGCAGTT TGTCGGAGATCTAAAAACGTCATTTTGAAATAGGGTTGTGGAAAGCAAGT TATTATCTCCATATGAAAAGTTAAGTATGATCTTATTGCGTTGTTTATCT TAACATGAGTTGGAAGGGGTATCAATGGGTACGTTAGCAGAGCTGTATAC CGAAATACATTCGATTACTGTCAAACAAGACATTCAAGTTAGGATAATAT TTCATTTCGTTTGGAGGGCCAAGGTCTTGGGCTATAATAATTGTAATACC GTTTCCGTTCAATGACTCAAAGCTGATTTTCAAAAATTGATATTGCAGAG CTGACAGACCGTACAATACGACAATTGGTTTTGTTTGCGTCAACCAATCT TCCATCTCTGCATTATTACCAGGCCACAGGTCTGTCAAATTATGGATGCT TTCGAAATGAACACAACACTCTTCACTTTTGAGTGTCGCCAAACTTGTTT GATGATATTCATTATACAGAGGGTTTTGTGACTTGTCAGTTTGCAAAGAA ACCATCTAAACGTTATTCCATTCTGAGGTTTTTAAGATCTTTGCGAAGTA TTTTGCATACAGGTTAAATTCGTTTTCCAAAGTTTCTTCGTGGATTGGTA TAACATGTACAATAGATTTCAGCCGTTTTGACATTTTGTTTGGCAGATAA GCCATGATGTACCAATGACTGTTATCGCTAGTTTCGTGTTTTTTTGTCTA ATGAAATATTTCTCATCAAGCATTAGTTCAACGACAACTTTAAGGAGTTT TTCTTCATTCTTCGCCATGGCATGACGTCAGAACTGGGGTACAACAGAAC ACTTACTAAATATTAATTATGTGTTTTCAGTAAACATAATCTTTTAGTGA GTTAAACCATAGTGTTTGTTTTACCCTCGAAATTATTAAATCTTATTGGT TGAAAAAGATGTCACGTGACTTTCCGTGGCAAGGAATTGTAACAAACACC ATGATTATTAATAGAAGAGTTTATTTTAATGCAGTCGCTTTCGTAAATTG CCCATAATCCAGCTAGTGAGAGTATTGAAGTCCTCTTTTATGATTGTTGA GTTTCAGTTGAACTCTGATCGATTGGTTTGACTCTGATTGAGACATTCTG AATAAATACCAATGTTTTGAAATACAAGCGTCGACCTTGATGTAAGCACA TAATGAGTAAACAAAATACTAAAGGCTATCAATTCAACTCCCATCGTTTT TGCGAGTGAGATGTAGTTTGTACCTGTGATCTTGCTTCACTCACTGCTAC GTCTTAATGGATGCTTAAAACATAGTAACATATTCTTCAACAATCCAAGC TGTTTTCAATTCATTATCTTAAAAGTAAAGTTTGTGGGCCATTTCAAATC AACTTGTTCTTTGAGGTAACGAAATTTTCTCTGCATTAACATTTACACGT GCATACAACCTTTAGATTATGATTAAAGTTTTATTGTATTGAAATCCCTC CAATAAGTGGAGCTTTTTCCTGTTGTAAAATTTGATTGAGAAGTTAAACC TTCCGAGAAAACATCGGGATGGAAAATCAATAAAATTCTTTAAAATCACA GTAGTCAATTTTTTTTTCTCCATTCAAACAGTGAATGTTATCAGCCTTTT TTTCTAATTTGTGCAGGTGCAAAGGATGATGTTACATTAAATTGTTTTCC TTTCAATTTTTACACGAATATGGTTTTCCCATTGGTTTTGCTAAATCCGG TCGGTGTTGTGGCTTGATGAGTTTTTTAGGTTTGTGCCCATCTGCCATTT TTGATGGTCCGTTTCCCTTCACCTCTATACGAATAATTTGGTACCTTTGG TGATAATGGATAAACAGTATTTTTGAAAATCACTAGGTGCAAATAATGAA TGAATGAATCATGGGTTCAGTGCTCAGTCAATAAGCTGGCTTCGGGGAGA ATTTCACCATCATTTCAAAGACACCCTTTAGTGAATTTTGAAAGTGGGGT GATCGGTGGAACGTGATAAACCTCTGTCTGAGATTCCACTGTTTCCTAAA CTTATAGATAATGTATCCCCCTACCCCTAGCAACGGATTTTTTTTGGAAG GGCCTATTTTACTGAACGTTCTTCAAAGCAGGGGTCCCAAATTTCCTAAT TCAACTACTTCGGAAAAATTCTTTGGAAAAGAAATGTACCGATTTTACTA TTTTATTAAATAATATGGTCCTATTTGTTTACTGAAATAATCTCCAGATT TCGTGAGACGTAGACTAAAATGACGTTTTTGCACTGAAAAATTTGTCCCT TCCACATCCATGGAATCATTTATAATTGCTAAATATTTGGTGGTTTTATT GTGAAAGTCAACTTTTATTCCGAAAATAATCTTATTTCACTAACAATTTC TTAAAGAATTTTATTACAATAGGTATGTATAGATATTTCAAGAGGTGAAA AGCTCCTGAAGCTGAGCGAGGAGACCTGCAGCCAGAGAATAACATAACAC AAAAAGTTTTATTGTTCGAAATAACTAGTAACCAAAAGCTACCAAGCGTG ATAATATTTCGTTATTTCTTTGTCCAGGACATCCAACGCGGAACGCATCT ACGAAGAAGAATTAAACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAAAATTCCCACT GATGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCTGACGTCAGCGATGTGAT TACGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAGCGAAGAAAGAATTATGA AAATGCTGACTTGTAAGAAATCGGGTATGTCTGTTTTTGGGTCAAGCTGG AGTTTTTACAAGTTCTTTGATGACTCTGTTGGTCGTTAAATGTTGAGACA AACGATTTTATTACTTTTTCTAAAGAACGCGTCATCCCTATTGTTAGAAA ATAACCATTCAGTTAAACATCTTGTAAAAACTCCAGCTTATCCCCTGTTT TTATACCACTCATTTCCTAAAATAAGCTCTGAAGCCTGCTTGTTTTTCGC ACGATTCTTGGATTGAAGGTAATATTTGGTGCCATATTACGAGAAAATGT GCAGTACAGTAAGAATCTTGAGGGAGGGCATCACTTTTTCTTTTACCATG GAAATTTTACCATGGCTTGGAAAATTCTCTTTATACGTGATGACAGAAAA CACAGGCACTTAAAGTCGCTACAAACGATCATTGCTGATGTGGATTTTGT CAAAAACAATTATCAAATTGAATAGCGTCTTATGTTGATTAGAAGGTGCA AATTTTCTTTGTCGCCCAACCATGGTTATTGGCGGCAATTCTTTTTCCAA GATTTTCTTTTCAAACGGCTCTCACGGGCCGGCGTGTCATCATAATTATT GACATTTTGAATCCAACATTTTCTTATTATAGGCACTGAAAGCGAAGGCT CGGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTCAAAACAATATTTCACCTCAAAAA TTACAACAACAACCTCTACCTGCCAACAATCCAGTAAACACTACTGATGA CTCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGATGACTTTATGTCTCATAAATCTG CGAAAACGACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCCGGAAGAGATCTAAAACA AGCGGGCGTCGCCGGACACGCGTTGTGGAATCGGACGAAGAAATATGTGT TAAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCGATAA GCGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATAGTAAGCGCTTTTTTACC TTTATTTACCGCACTCGTCAATGTTGAGGTTGGTTAAATAGGTGGTATGA CCACTGACCTTTATAAAATAGGGGCAGCATGACAGGTTAATCCATGGTAC TATTTGTCACACAGTTCTGACGTCATCCTGTTGCAAAGAATACAAATTAA GAATGGATTTTCATTTTATTCTTTAATTTCCTTTTCAGCCACTGCAACTA TTGAAGAAACGGACAAAGAAAATTCGCCCGTTAAACGTCCGATTAAGCGC TCTACAAAAACTAAGAAGGATACACCGTTCACCAAAGTCTCGAAATTCTT GGGCTCAGCACCGTTATCTGACAAAGAAGACAATGTGTCACCGCTTAAAA GAAATGGTATGTATAAGATATTCTTTATTACCGCTGTTGTTATTACCTGC AAGGGGCCTTAAAATATAATTTCAATAGGACTAATTTGAATAGATTTCAT GTTTTTTTTCCTTCGGTGATTTTTTCTTACCGGTAGAAGATCAGGAGGAT TTCAAGCGGCTATACCAGATGATATAATGGTTGATTTCTACTTGCCCTTT CCATTTATTTATTATACAGTAATTTTACTTTGATATTAGAGTATCTATAA TGCGTTAGCATGCATGGGGAACACAAATTTGTTCGAGTTAAGGAAAATTC GAGTTACGGAGTAAGGTTTATAAGGCATTTTTAACTGAAGGGACGACAAA ACTTGTTTATTCAATCCATTTCTCTTTTGTTTGCATCCTCAGAGACTTCT GCTCAAAAGGGACAACATTTCAACAAGTTTCGAGTGGTGCCAAACAATGT GACACCAATGTCTCGATTGAGGTTGGGTTTATCACGGAACCGGAAGATCA ATAAGCCGTTACACCAAAATGTTTCTTTTAAATTTGTATAATATTGATGA TTGTGTGCACAGATTGTCCCGGGGGGTACTACCCTTGCCGACCGACGGGG GTGCTCTGCTGAGGCTCGAAAAATGGACCCTACATGGGACTCATTCGTTT TTTAAAAATTTTGCCGAAATTTGCGAAAAAGGTGACCCTGAATGGGACTG CAATTCCCAAAGTTTTCTACTTTTTCTCCCAAATTTTTCAAAAAAGGCAC CATACGAGGGACTGATTTTTCTATTTTGATGTTTTTGCGACCCTACCTGG GACTCGTGGATGTTAAAAAAGGTACCAGTGCCAGTGGTGCATTCCCGTAA CCCATTTTGCCCTAGTGATTAGGGTCATAAGAATTAATTTTCCCTTGTTG CATCAATATTCCTCTGCAATACTTCTCTTACGGAGCCATGGTGTTTAGTT TAAACACGTGCCATGCGCAAAGTAGTCAGGATCTGTTTGAATTAATTTTT TGTTATGTTTAACTCATTATCCCTCCAAAAAAGTGGACGCATTTATCAAA AATATTATTTTCCGGCCCGCCGTTGGAAAAGAAATTTAAAAAGAATTTTT TTTTATTTTTGGCTTTTTTGGCACATTTTTAAAGTTCAAAGGTTTTATCA ATTGGACAAAATTTAAGACTTTGTGACTGTGTAAATAGGTATTAAATTAT TTTTTATTTAGTTGCCCTCTCAAATGACTATGGACGAAATAGAAAAAGAG AAGAATATAATATCTCATAATTGAAATTTAAAAGAATGTTGTTTTTTTAT ATAATTTAAATATAAAAACTAATTTTAAAAATGTATTAAACTTTCGGGTA AAAAAGAGTAAAAAGGGTAACATAGATTCTTAGTACTGGCTGATATCAGG GGAAGTAGAGAGAGCAACTATTCCCTCTTGGCGGCTTATTTTTCTAGGAG CGTCAAAAGACTGGGATTGACAGAAAATCGCTAGTTCAAAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:1015402..1040492-

>MSTRG.11871.1.p1 ID=MSTRG.11871.1.p1|Name=MSTRG.11871.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1785bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1015402..1040492- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACGATCACTATAGTATTTTGTCAACAAAAATCTATCGCTCTATCCAA
AAAAGATGTATCAACATTGAAAGATCTGAAGGAACAAATCAAAAATGAGA
TTGGCATACCTGAACATTTACAAATACTTGTTAACAAAGATCATCTGGTT
TTATCAGATAGTGGATTTGCAGAATTGCTGCAACAGGGAAAAGATGATAT
ATCTCTGAAATTTTTTGTTAAAGGTTCTGATGATCTGGAAATACATGCTA
TTTGTAAGGAATTTGGTATCAATAGTGAGATCGAGGAGGTTAATATTCAT
GTCTTCACCTCACGACAATCTATCCTTGATAGTGTTCAAGTTTCTCTTGG
AAGTAAAGTATCTGATATCAAGAACCAACTTGATGAAGAGTATGGAATAA
ACAAGGAGTCGTTTTTCCTTTACCATCAAGATTTTGACGAAACTGAGGAA
TTACCTTTGAAACCTATAGAAGACGATTCATTCTTGGTTGATCTCTTTTT
CAAGGATGGGGAATTTTATGCGGGTGCAAGTGTTCAGGTAATGTTTAAAG
ACAACGAAGATGATGATTGGGCAAGTATGCAGGACACACTGACTATTTAT
GGAATACGCCTTAAAAACTTATCTGATGATACAGTAGTACTTGAATTTGA
TGGTCATGATATTATCGATACACTTGCGTTGAAGAGAAAGGTGAATGAAA
AATTGGGAATTCCTATTGAATTACAAGTCTTTTATTTGGATGATTTCTTG
TGGGAAGAATGTCATTTGATGTACAAGTTCACATCCTATTGTGATAGTTT
GATTGATGGGTTTTTTGAAATCAACTTTTTCATCTTTCCAACAGAAGATA
CCCTGGTTCAAAAAATCTGCACAGAAAATAACATTTTCGTTTTTGATCCT
CTGCCTGTTATCAGTGGGAATGGTACGCTATCTGATTACAGTTTCGGATT
GAATTCAACTGTTGAAGATTTGTTTTCGTTTATCAACAAAGAAGTTGGAA
TTCCTGCACCTCATTTTGTTCTCACAGCTGATGGTCAGGAACTTAGTAGA
ATGGAAAAAAAGATTGCTAACATCTTTGAAGATTTCACAAATCGAGAATA
TAGCAAGTATAATAAAGTGATTATGCGTAAAAAAGTTGGCATATATATAG
CAGTGAAGGAACTGTCGGAGAATTTGATGAATGAATTATATTTGAGCAAG
GGTATCAAAGCTTTAAAAACCATCACAGTGTATTACCACAACAAAAGCAC
CCTTGTTGAGAAGTATTCCGTTTCTGATATCCCAACTCTTGATGAGTTGA
GCAAGAAGTTACGTGCTCATTTTGGTGTTTTCCCTCCTGTTCTGTTTTTC
AAGAACGGTTATATGAAGGATGATATGTTTTGTTGGAAAAAGTCATTGGC
ATCCTTTTTTTTTGATGAAGAAACAAAATGCTACAATGAAAATATTGATA
TTTTTGTTGGTCTTGACATGGCCAGTTGTTTGGTTGGTGATAATGATATT
GCAATTGTTAATGCTTTTTGTTCCAAGCACAAAGTTAATTACCTTCAAAG
AGTTGTGGTTCATTTTGAAAATCAAGCAACGAAAGAGCTGAAACTTAGGG
TTGGATTTGGGATTGGAAAAATTAACGATTTAGTTGACAAACTTGATTTG
TCTCTTAAAGGATCTTTCGTTCACAATGGTACGAATTATTATAGAGGAAA
AAGGTTGCTTGAGATTTATTTTGAAAAAGAAGATTCTTCATCAGACTCAC
TGGTGTTCAAATACACACATCCTGCTGCTAAATGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871MSTRG.11871Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871.1.p1.exon8MSTRG.11871.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon7MSTRG.11871.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon6MSTRG.11871.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon5MSTRG.11871.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon4MSTRG.11871.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon3MSTRG.11871.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon2MSTRG.11871.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.1.p1.exon1MSTRG.11871.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871.1.p1MSTRG.11871.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:1015402..1040492 -