MSTRG.11820.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11820.1.p1
Unique NameMSTRG.11820.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:241864..254959-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11820.1.p1 ID=MSTRG.11820.1.p1|Name=MSTRG.11820.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13096bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:241864..254959- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CAGTACCACAACTTGGTACCCCCCCCCCGCATAAAATCATAAAAAAGCAT AAAGTTTGATTTCAATGCTCGGGTATAGTGAGCATAAAATATGAGTGCCA AATCTGGAATTTTTTATAGAGTTATTCACAAAGACCAAGCTCTACTTCTT TTTTCATCTATATACTTCCATCTAACCTCTATATTTCTACTGTCTGCATA TCTTATGCTTTTGGTTTTTCGATGGGTTTTTCGCGCATAATATTGTCTTA GCTCATCCTCTGCTCATCCAATCTGAGTGGTCCAGTGTTTGACCATTTCA ACAATTGAGTTCGAATCAGCCATTCTCTGTAAGGTAAATATGCAAGAAAC AGGTTGTTGAACATCTTTGAGATTTTTTTGAAGGTATTTTGAAATTTTTA GCCATGTCACGTAAATCTCTTGGTAATAAGACACCGATCCCCCTTCTCAC AGACCCGGTAGGATGTTTTGACCAGTGGGGATAGAAATAACAGACTGAAA CTCGATAGGGATTGTTTTTTCATATTTTTTATGGCTTGGGATTTGTCAGA AAATTCAGTGGAGATGGGGAAAATAGCATAATATTTGCAGTGAGGACTGG TTTATTTGATCAATTTCAGTGGAGACAAAAATTTGAATCTAATTTTCCAC CGGGGACGATATTTTTGCCAATTTTTCCAGTAGGAAGGGGTCCCAGTGGG TCTGTGAGAAGGGAGTGTAATAAGTTGGCTGATGTCTGAAAGGCACCATT CCAGGGAGACGTTCCTTTTAGTTGTGTTGACTGGGCGACTGGTTTGAGGT GACATTTTCTTTCTAGGTGCTGTTTAGTGTTATGAATAATTACCACCTTT CCCATCGCCTTAGTTTATTTTTTTGTTCGATTATACACATGATTTTGTAT CTTTCTCTTCTTTTTTCTGGACTGTTGAAATATATCCTTGAGCATTTCTC AACAGTTTTAAGTTAGTTCAAAGTTGGATTCCTTTTAAAAAGAACTTTTT TAAATACTCCGAGTCTTATACCAATGATCGTTTAGAAGGAGATTACAACT GGGAAGAATAGTCCATATGGGGAAGTGACAATGACTTCCAAAGCATTATG GATTTATCTCTGGATTTGAAGGTTCTGTGACCCAGGCGTTATACCCCTTG ATCCTGTCAGTAATCATTTTGATATGCTTTTCACAAGATTGTTTTAGAGT AGGACTCCAAGTCCCTCGCTGCACTTTTGATTTGTATGGGCATCTTTACG TCTGACTCGTAAATTGATTGTACTGTCAGCTGGTTGTTTTTCTGAATGGG ATGTGCTCGAATTTTTCGTCCTCTTGAGCTCCGTATTGCTTTATGCTGCA CAATTGTAAACAGTGTCTAATTCCTCTTGAAGTAGACAGGCATCCATAGC ACAAGATATTCCTTTCATAAGCCTTTTGTTGTCAGCAAATGATGAGAGAA AATGTTTTCTATCCTTTTGTTGATATCACTGATCATTACCAGAAACAGGA GGGGTCTGAGACCTTAACCTTGCGGAGCTCTACTTGTAACTTCTTATCCG TATGAGAACAATGTATTCACTGATACTTTCTTGTGTATTTCAGTCAAAAA GGATTTTCATCCAGTTCAGTAATCGTCCTTTTATTATGTTATGCTAATGT GAAGCTTGTGAAGTAAAATTTGATGGTCTACCTTTGGTCTACCTTGTGGA AGGCCTTGCGGAAGTCTAAATAGAGAACATCCACATCTTCATTTTTTGTA GTTGGGTTGCCAGTTTTTCTACACGGGCCAGCAATTGACTCAATCATGAT CGTCCTAGTCTGAAATCATGCTGTGTTAATCTATTTTCTCAAATAACTTG GTTGTGGTTGTCAGGGTAAACATAATCGGCAATCTTCTGGAAGACCTTGA 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TTTTTACTCTAGATTTGAGAGAAATAGAAAGAGTAATCATTCCTCAAAAA AGAATTCAGGTCAACTTTTTTGTACTAAACCCGAATTTAGGGATATTTTT TAGGAAAACGACATTCCATTGAATGACATAATCAAACATATCTAATAAAA AATGTATTTTCTGAAGAAAAAAATAGATGTTTCTAGAATATGTTTTGTTC TTGAATATTTTAGAATCAAAATGGAAGAAGCCTACAAGGAAGCCATAAGT GCCTCTCTGAGTAAATCACCATTTCATATGCCAGATGAAGAACAATTTCG AAAATTGATGTCAAGTATCAGTTCAAGTATTTTAAAAGAACTAAATGAAA AAAACCGTATCGGTGGTAAGCTGTCTAAGTGGCAAGTGCAACCTATACTA GACGCTTACATACGAGATCACCAAAGAGCACGTTACGACCTAAGCTATCG TGATCATAATGGTCGCTATCTTGCATGTAATTGTGAATTGTCTAATATAC AAGTAGAAAATGAGGAAGCGGTTACAAGGAGAATGTACAACGACTTGTTT GATAATGTCAGTGACTTTGGCACGGAATCCAATAAGTTTTGTTCTACTGT ATGGGGTACCTGGCGAGATGTTGGCGAACTTATTGACAAATCTGACATTA ATCCAAGAAAATTAGTAACTTCTAAACATTTTGAAAATACAACAAGAAAC AAAACAGTTGATGTAGACTCAGAAGGTTATATTAAACTTAGCAATATCAT CGCTCGGGGATATATTCACAATCCTGATAAAGTAGAAGCACTACAAACAT CACAATTTTCTTTGGATGTATTCCTGTCCAGTTTTCCAACTGCTGGTATA GAATTGCCCGTAAATATTCCGTATATTAAATGTCCAACCGTCAAAGCAAA ATTTAGATGTGAAATTGAATTTCAATTAAAAAAGGGATTTGTAGTATACA CATGGCTAAAAGTCTTCTCTTTGGGAATAAACTGCGCTTTTGATCATCAA AAAACCACCAAACACACATCCCATCAATTTCAAATTACCGCCGAATTAAA CCAAAGTCAAATAAGGCCAAGAGAAAAACCGAATATTAATGTCAGTCTAG CTCAAGCAGAAGACTTTCTACAAGCAGAAGCCACTTTGAGAGAATATAAA GAGCAAATCGAGTATGACGAAGATAAATTGAAGATAATAAAAGACGTACG TGACAGGGAGATAGAGGATTTGTGCAAACCTGCTCCTGAAGAGAGAGTGA GTATTTCTTCCGCTTTTGTCCCTCATAACTTGACAATTCCCGAACCTAAT GCAATAAAGTATTAAAATATTAAGCCATACACTTTTTTTTATAAGCAGCT CCAATTTTCGGATCCGCCAGCCCTGGGACTGCTTCGTATTCTAGCTCATT TTCTGAAACCAATTTCGGCGTTTCCGTTACCCTTATCTCATAACAGATCA TCCATTCTGCGCATACCACGTTCTGCTCTAAAGGGACATGGCGCAAGAGA CCTACTGGTTGTTCAGCCAAAACAAATCAAAACAATTATCTCGCACCAAG CTAATCAGTAATTTTAATGACTAATGTAAACTTTCTTATCTTTATCGTTT TCAATTAAATGGTATGAAGTATTGAAATACAATAAGGGAGTGGTTAGAAA TTATCTACTAGTAAGAGAGTGGAGTGGAGGATATTTCAAAAAATCAAAAA AAAATTTGCACCACTACCCCTAACCTGGAAAATTTTTTCGAACCCCCGCC CCTCAAAAGGGTTAAAAAAATTTAGCACCTCCCTCCGTACTAATTTTTTC TCTCTAAACTCTAACTAACTGATTAATAAGGTGAGTGTTATACTTACTTA TCCTTACTTTTAGATAAGGGCGACTTGTCACATATAAATCGGGTTTAACC 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TTTCCAGCTCGAAGATTCTGGGCCTCCTGCAAAATACGTTTTATGCTTTT TGTTCATCCCCACTGAATTTTCTGCCATGAAAACAATGGAATTCAAATCG CAAACCATAAGAAACATGGGTATATCATCGAGTTTCAGTCCATACTTGTA TGGTCCCAAAGCTGGAAAAATCCTAAAGGGTCTGTAAAAAGGGGGTGTAT AAATTATTGGTTACAAGTTTTGTTTCACTTTTAGGAGAAGCTGGAAAATT TCAAGGTGAATTGAAAAAAATGAAGGCAAGGCGCATAAGGCATGCGATTT AGCAAACACTTATACTTGATATGTCGCTTTTTTTTAACAGATTTTTGAAG AAGATGACGACTTAAGTGACGCTAGTACACTCTCAGACGATGCTTCAGAT TTCAGTGAAATCAGTGTTGACGAGTTGATGGAACTTTCGGACAGTACTGC ATCTGGTTTGCGTGATCCTGAAGTCAAAGGTAATGTATCAGCTATTGGAT CGTCAAACTCTGATCGTCAAACGCTGAAAACCGGTGAAAATCATCTTCTA TCCCATGCAGAACAACATTTGAATACAACTCGCATCAATTCTCAGAATGT AGCGAATATTGAGACTGTGAGCCAAGCTGCATATAAAGCTGGCAAAACAG TTCTTGAACAAAAAAGTGCTATGTTTGAAAATGCACCAAACTTTAATGCA CTAACTCGCGGTCAAAAAAATGCAATAGGTGGATTTACTTTTGAAAATTT GTCTGATGGAAGAGTTCGATCAAACATGGGAGTTAATGGAAAACCGACTG GTTTGATCGAGGGAGATGGAAAAGGTTTTGTTCAAACCAGAACCGGTGAA TGTCAAACGCCTGAATATACCGATACTACTTTTGTTACAAAAAAAGGTCC TAAGGTGACACAATACAAATATACAAATGATGCAGATCAAATGCAAATGG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:241864..254959-

>MSTRG.11820.1.p1 ID=MSTRG.11820.1.p1|Name=MSTRG.11820.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5994bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:241864..254959- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AACGGCAAATGATAAAAGGGGCAGCTCTTCAAGTCGCTGTGGGCGCTCTC
ATAGACGGTGCTACAACGTTGATCATCTCCATATCAGAACAATTAGAATT
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GATCAGTGGAATTGGGAAGTTTGGATCGACTACTCTTGGACCAGCTTTGT
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TTTCGATGACGATCCGAAAGAAATAAAAATCAAACAAATTCAACGATGTA
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AAAACACCATGAAATTTCAAGCATTATTATGTGCTTTCACGTTACTTAAA
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GAAAATTGATGTCAAGTATCAGTTCAAGTATTTTAAAAGAACTAAATGAA
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TGATAATGTCAGTGACTTTGGCACGGAATCCAATAAGTTTTGTTCTACTG
TATGGGGTACCTGGCGAGATGTTGGCGAACTTATTGACAAATCTGACATT
AATCCAAGAAAATTAGTAACTTCTAAACATTTTGAAAATACAACAAGAAA
CAAAACAGTTGATGTAGACTCAGAAGGTTATATTAAACTTAGCAATATCA
TCGCTCGGGGATATATTCACAATCCTGATAAAGTAGAAGCACTACAAACA
TCACAATTTTCTTTGGATGTATTCCTGTCCAGTTTTCCAACTGCTGGTAT
AGAATTGCCCGTAAATATTCCGTATATTAAATGTCCAACCGTCAAAGCAA
AATTTAGATGTGAAATTGAATTTCAATTAAAAAAGGGATTTGTAGTATAC
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AAAAACCACCAAACACACATCCCATCAATTTCAAATTACCGCCGAATTAA
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GCTCAAGCAGAAGACTTTCTACAAGCAGAAGCCACTTTGAGAGAATATAA
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GTGACAGGGAGATAGAGGATTTGTGCAAACCTGCTCCTGAAGAGAGAATT
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TTCAGATTTCAGTGAAATCAGTGTTGACGAGTTGATGGAACTTTCGGACA
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TCTTCTATCCCATGCAGAACAACATTTGAATACAACTCGCATCAATTCTC
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AAAACAGTTCTTGAACAAAAAAGTGCTATGTTTGAAAATGCACCAAACTT
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AAAATTTGTCTGATGGAAGAGTTCGATCAAACATGGGAGTTAATGGAAAA
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CAAATGGTGACCGAAAGATTCTTTAATAGATGGAGCCGGAGGGATGACGC
AACAATCAAATCACCTAATCTGCCAAGTGATTTTCATCTAGAAAACATGG
AAGTTTATGGCCCACCAGATGCTGTCGACGGTCGCACCTTTGAGGTCAAA
ACCGGACCAAATAGTAGAAAACAGATACAACCAAAAGGGGAGATAAACAT
TGATGGAGTAAAGACTGAACTACCAAACGTTGCAGATGTTGATAAATATC
TCCAAGAAAACTTTACAAAGCTGAAGGATATGGCAAGTGACGTTAATGTT
CTGAGACAGGAGCGTGCTAAAATGGCTGCTCTTGAAAAACAACTCCAAAC
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GTCTAGGAAATTAAAAACAACCGACGACTTAGCAAAGAATAAAGCAAAAC
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GACGGTGCTACAACGTTGATCATCTCCATATCAGAACAATTAGAATTGTA
CAAAAAAGGAGAAATAACACTTCTTCAATTAGTAGGAAATGTGACCAAGC
AGACTGCGGTTGCTGTCGTTCGAGGTGGTGGAGTAGCTGCAGCGATGGTT
GGTGCTCAGCTAGGTTTACAACAGATGGCTTTAGCATCTAACAGTGTGAT
CAGTGGAATTGGGAAGTTTGGATCGACTACTCTTGGACCAGCTTTGTTGA
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GGTGCTATTACTACAGGGGAAATGCAACGCCAATTTGGGCGAATGGCAGC
AACCACGGGACTCAGTATAGGTGCAATGGCAACTTCAATGGCAGTTTTTG
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GTTGCTCTTGGAGATTATTTCTTTGGCGATAAATTCATGCGCTTATTTTT
CGATGACGATCCGAAAGAAATAAAAATCAAACAAATTCAACGATGTAAAG
AATTTGAAGAGAAGGTTATAAACAAAGCTTACGAATTGTTTGGTTTGGAA
GATAATTGCAGTGATGAAGAATTGATCGAAGCAAAGAAAGCTGGGTATTT
AAAATACCATCCAGATAAATGCAAAGGAAGTGAAGAGGAGAAAAGAGAAA
ACACCATGAAATTTCAAGCATTATTATGTGCTTTCACGTTACTTAAAGTT
CGACGTTGTATGAAATGAATGGAAGAAGCCTACAAGGAAGCCATAAGTGC
CTCTCTGAGTAAATCACCATTTCATATGCCAGATGAAGAACAATTTCGAA
AATTGATGTCAAGTATCAGTTCAAGTATTTTAAAAGAACTAAATGAAAAA
AACCGTATCGGTGGTAAGCTGTCTAAGTGGCAAGTGCAACCTATACTAGA
CGCTTACATACGAGATCACCAAAGAGCACGTTACGACCTAAGCTATCGTG
ATCATAATGGTCGCTATCTTGCATGTAATTGTGAATTGTCTAATATACAA
GTAGAAAATGAGGAAGCGGTTACAAGGAGAATGTACAACGACTTGTTTGA
TAATGTCAGTGACTTTGGCACGGAATCCAATAAGTTTTGTTCTACTGTAT
GGGGTACCTGGCGAGATGTTGGCGAACTTATTGACAAATCTGACATTAAT
CCAAGAAAATTAGTAACTTCTAAACATTTTGAAAATACAACAAGAAACAA
AACAGTTGATGTAGACTCAGAAGGTTATATTAAACTTAGCAATATCATCG
CTCGGGGATATATTCACAATCCTGATAAAGTAGAAGCACTACAAACATCA
CAATTTTCTTTGGATGTATTCCTGTCCAGTTTTCCAACTGCTGGTATAGA
ATTGCCCGTAAATATTCCGTATATTAAATGTCCAACCGTCAAAGCAAAAT
TTAGATGTGAAATTGAATTTCAATTAAAAAAGGGATTTGTAGTATACACA
TGGCTAAAAGTCTTCTCTTTGGGAATAAACTGCGCTTTTGATCATCAAAA
AACCACCAAACACACATCCCATCAATTTCAAATTACCGCCGAATTAAACC
AAAGTCAAATAAGGCCAAGAGAAAAACCGAATATTAATGTCAGTCTAGCT
CAAGCAGAAGACTTTCTACAAGCAGAAGCCACTTTGAGAGAATATAAAGA
GCAAATCGAGTATGACGAAGATAAATTGAAGATAATAAAAGACGTACGTG
ACAGGGAGATAGAGGATTTGTGCAAACCTGCTCCTGAAGAGAGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11820MSTRG.11820Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11820.1.p1MSTRG.11820.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11820.1.p1.exon3MSTRG.11820.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11820.1.p1.exon2MSTRG.11820.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11820.1.p1.exon1MSTRG.11820.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:241864..254959 -