MSTRG.11805.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11805.2.p1
Unique NameMSTRG.11805.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:64467..100782-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11805.2.p1 ID=MSTRG.11805.2.p1|Name=MSTRG.11805.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36316bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:64467..100782- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AATTTAATTTACAAGCTTTTTGATATTGAATTGACAAGAATGTGGAGCAA AATTGGTCAGAAAGAGGAAAAGAAAAACATTTTTGCTTATATCAGCACAA TAAAACAATAAGTAGACACTGTCCTGATATGACAAATGTGTCTGATATGA AACAGGAACACTTATGTAAAAATAAAACCTTTAATTAAATAGTTTTTAAA CCAGTCTAAGTTGGTACCGTGAAGTCTGGTAACTTGCATCAGTGGAGGGA AACTTGCATATAGCCATTAAATGACTGACCAACCAAAGCAGCAAAATTTC AAAACAAATGAACTACGCAGCTTCGCTCGCTGCTCTACTCTACCATTTTG TTTTGATTTAACTTTGTATTTTAATGACCAGTCGGGTCATTCATTTGAGG GCTATGCAAGTTTCCCTCCACTGATGCAAGTTACCCGACTTCACAGTACC TGTTATCTCGTATCGTTCAAGTTTTTAGATTATATGTCATAATTATATTA TAAACTTAAAATTCTTTTGAAAGGTCAATGAAAATCCAATGGTGAATTTA TTTTTTTCAAAGGAATCTGAAATTCCATTGATTAATTCTAATAAGGCGTG TTCAGTCAAATGTTTTTGTTGAAAGCCAAATTGTTTTTAATAAAGAATTT TATGCTGCTGGAGATTGTAAGCCTATTGTATTGTACATAATTTTTTCAAG AAGTTTTGAAAAGAATGGTAAAACAGAAATTGGTCTATAATTTCCCAGGT CACTTTTTTCTCCTGTTTTAAAAACGTGTGACTTTTGCAATTTTCAGTTC ATTCGAAAAAATGCCTTGTTGTAAGGAGAGATAAAAAATATGATGAAGAA AAGGTTTGATAATAATATCATATGTTTTGAGAATAACATTTTAACCTCCA TTTGAACAGAAAAATTTTATTTAGAGTCAAAATCTTTCCAAAATTTAATT 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TCAAAAAGTGGTGCAAGTGGCTCTTGGATTTGGTCTAAGTTTAAAGTTTA AGACATTGACAGATTTTTCCGGCGTATGAAAATGTTATCAAAAGGGACTG AAAAATTGCCCTCACTGATTTGGCCCGTACGTCAGTTAGGTACAGTTACA AGGAAAATTTATTTGAGTTAGCAAGCTATCGCAAAGTTCCCTACTGACAT AATCGTTCCGCCTTTCATGTTAAATTTAGGGAATCTTCAAACAGCGGGGC CCCTACGGGTCAGTGAGATGGGTTGAAACTTGACAGCTTCTGATTATGAA ATGTAATTCTTTCGTAGAGACCGGTCGAGACGGATGGAATCGTACACCAG ATACTATGATGTCAAATTCTAAGAATATCGTTCGAAAAGTCACAAGACAA ATGGGGTTTTACCAAATGAATATCAACAGTAGTGATCATCTTGTTGGTGA GAAATTTTTCCATCGTTGTAATTAGGGGTATTCCCTCTCCAATGATGATT TATTGATGATGATGCTCCACAGTGACTGTGAATTCTCAAGTAAATACCAG AAGAACATTATGATTGGTTATACCTTTGGTGTATTTCATTGGGTAGCTCG TTTCTCGATGATTCAATAGCAACTTTATTGACATTTATCGACAAAAAAAA TTGAAAAAAGTTCCTTAATTGTACTGAACTTACATCAATTAGCCCCATAT TATCCCCATATTATATTTGTGGAATCTGGAGTTTGAGCCTGTTGAATCAT TTGCATTTGTTCTAGTTATATGGAACGACCCAATGATGACATCATTATAA TTTGTAAAGCTCTTAACAAGTCAACGCTAAACACAAAATGATAGCCATGG TGATTGACAGTGAATGTTCTTGACGACATGCTGGCCTGTTGACATCATCA CATGGCTTGACTTGTGACTTCTGATCAAATAAGGTCATCAGCTAGGTGAG GGCTCTAGTCCTAGTACTAGTTGCTGCTGCTTCAGTAATATTGTCTTTAT TACTTTAGCAATTTTCAAAATAGTCACGCACATGCCACTTAGGACTATCT AGACGATCTAGAAAGCTAAGACGGGGATCGCTAGCATGAAATGATAGGAA GTAGGTCATTTTGAATTTTAAAGCATTTTATCAAATTGTTAAGATATTAA AATGTCTGAAATGTAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:64467..100782-

>MSTRG.11805.2.p1 ID=MSTRG.11805.2.p1|Name=MSTRG.11805.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4164bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:64467..100782- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTGGTAGTGGTGACAGTGGCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAAC
ATTCCCGATTTACCAACCATCGGTGAAGATGTACCCTCCTTACCCGACCC
TTCCTCCACCGCACCTCCACCGCCACCGCCACCCGGAGGAGACTCCTCAG
CCCCACCACCTCCACCACCCCCACCCCCAGCTGCAGGAGCCCCCACCACC
ACCACCTCCACCGCCTCCACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTC
CACCTCCTCCCCCACCACCAATGCCAGACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAG
ACGCGAGCGAACATGGAGGAGGAAGAGGAAGATATCGGGGCAGCACCCAC
CACCATTACCAACAGGGAAGAACTGGAACGTGGTACTGCAGATAATTATT
TCTACATGCCTGGCCTTGGAAATGTTCCTGAAATCGACGTCCCAAATGAC
TTGCCGGATCTGCCTGGCGTTGTTGATGATATTGCGTTCAGATGCAACCG
TACGATGTACCTATCATTTCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTT
ACAAATTGCTGATACATTGGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTT
TTAACAGGATTACCACAAGAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATG
GTCAATAAAAGAACTGATTCAGCTCAAGCCAAAATTAATGCCTTGAAAGG
CTCGAAGAAGGCCATACGTGTGTTTTCAAGCTCCAAATACCCAGCCGAGG
AGGTGTCTGAAGTTTACAAATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAA
GAAATACAAAGATCACAACTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGA
TACTAATTCAATCAAGGACAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAAC
AGAATAAAAAAGAGGATGGGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTA
CCCAAAACAATTGATACAGTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGA
AAATCCATACAAGAAATATGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTG
GTGACAGTGGCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGAT
TTACCAACCATCGGTGAAGATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCAC
CGCACCTCCACCGCCACCGCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCAC
CTCCACCACCCCCACCCCCAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCC
ACCGCCTCCACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTC
CCCCACCACCAATGCCAGACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCG
AACATGGAGGAGGAAGAGGAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTAC
CAACAGGGAAGAACTGGAACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGC
CTGGCCTTGGAAATGTTCCTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGAT
CTGCCTGGCGTTGTTGATGATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTA
CCTATCATTTCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGC
TGATACATTGGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGA
TTACCACAAGAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAA
AGAACTGATTCAGCTCAAGCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAA
GGCCATACGTGTGTTTTCAAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTG
AAGTTTACAAATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAA
AGATCACAACTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTC
AATCAAGGACAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAA
AAGAGGATGGGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACA
ATTGATACAGTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATA
CAAGAAATATGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTGGTGACAGTG
GCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGATTTACCAACC
ATCGGTGAAGATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCACCGCACCTCC
ACCGCCACCGCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCACCTCCACCAC
CCCCACCCCCAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCCACCGCCTCC
ACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTCCCCCACCAC
CAATGCCAGACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCGAACATGGAG
GAGGAAGAGGAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTACCAACAGGGA
AGAACTGGAACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGCCTGGCCTTG
GAAATGTTCCTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGATCTGCCTGGC
GTTGTTGATGATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTACCTATCATT
TCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGCTGATACATT
GGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGATTACCACAA
GAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAAAGAACTGAT
TCAGCTCAAGCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAAGGCCATACG
TGTGTTTTCAAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTGAAGTTTACA
AATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAAAGATCACAA
CTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTCAATCAAGGA
CAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAAAAGAGGATG
GGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACAATTGATACA
GTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATACAAGAAATA
TGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTGGTGACAGTGGCATGTCAA
TCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGATTTACCAACCATCGGTGAA
GATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCACCGCACCTCCACCGCCACC
GCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCACCTCCACCACCCCCACCCC
CAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCCACCGCCTCCACCCCCACC
ACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTCCCCCACCACCAATGCCAG
ACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCGAACATGGAGGAGGAAGAG
GAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTACCAACAGGGAAGAACTGGA
ACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGCCTGGCCTTGGAAATGTTC
CTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGATCTGCCTGGCGTTGTTGAT
GATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTACCTATCATTTCTCATGAT
TTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGCTGATACATTGGAATACCT
GGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGATTACCACAAGAGTAACTG
AGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAAAGAACTGATTCAGCTCAA
GCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAAGGCCATACGTGTGTTTTC
AAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTGAAGTTTACAAATCAATCT
TTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAAAGATCACAACTAGAGATT
TCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTCAATCAAGGACAAATTGCA
ATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAAAAGAGGATGGGGAAAAGA
AAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACAATTGATACAGTGAGTTCT
CTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATACAAGAAATATGTCATCAT
GGATCCTCTTGCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805MSTRG.11805Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805.2.p1MSTRG.11805.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805.2.p1.exon6MSTRG.11805.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.2.p1.exon5MSTRG.11805.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.2.p1.exon4MSTRG.11805.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.2.p1.exon3MSTRG.11805.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.2.p1.exon2MSTRG.11805.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.2.p1.exon1MSTRG.11805.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:64467..100782 -