MSTRG.11805.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11805.1.p1
Unique NameMSTRG.11805.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:63620..103608-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11805.1.p1 ID=MSTRG.11805.1.p1|Name=MSTRG.11805.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=39989bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:63620..103608- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TATGGATTTATAGACATATGACACGTTCTAGCCGGGATGTAATATACTAG TAACACAGATTACCCGTTATATCCTATGTTCATTCTTGACAATTAGCCTC CGTCTCAGAACGCGGTCAGAAAATTTTGCGGATAATTTCACAGCGAAAAT GCATCCAGTGAAATGTGAGTAATGTATCATGATTCAAGTCGACTGACATA ATTATACATATAATACATGTTACAAGTTCTGCGTAGGGATTCTCAAGCTC GGCTATAATAAAACTATTACATGTTAGTAGCAGACCCGACTGACCAATGT TATGTAGCAGGTTGAAACATGAGTTTCTGCTGGAAAGATGCAGTTTGTTT TCAAGTTAAATCTTCAAAATAAAACAAACTGTATGGGTTTCTTTACTTCC AAACAACCTACCAATAGTTTTGGAACACTCCATAATAAAGGAAGATGGCT CTTCTTGTGGATTGGCTTTCTGATACCCCATATAAACACGATGTGACATG AAAGTGAAGAGACATGATTTGTTGGTTTTTGTTTGATTTGTTGACTCATA TATCTCATGGCAAATGGGATAGCAAATGACTTTTCATGTATTGCTTGGCT CTACATATGATACCTCTAACTTTGAACACCTCCATAATGTTGAAAAAAGC ATTTTACGAGATAAGTTTCAATTATAATTTTCATCATTATTCATGGAAAT TTTTAATCGACAGATTTGGCTTGGCGTCAGTTTTGTTTGGTTGATGTTTG GTATAATGATCATTAAAAGCAATGAAATGCCACACAGTCACTCTACACAT GATGCCTCCAGCCATGATTGGTATCAGAATGTTGGAAAAAAACATTTTAC GAGAAATTGTTGATAGAAATTATATTGACTTATTTTTACAATTTTGGCGG TGTGGGTTTAGTTGGTTGATAATGTTTACACTGTGGGATGGTTTCCAAAA AACTGTTATATTGATTGTTGTTTGTTGGAATTGATTACCAAAAAAAAGAG AACCTTTTTTTGATAAATACTTTATTTTTTTCATGAATCGAAAAAACCGT GTGGATGGTTGACATCTTTCTCTAGTCTTGTAAACCAATGCAGTGTCTGT TTTCAAATTTTGAAAGCTCTTTACCTACTGAATTGAAGCTCTGACTAGCT CTGTTTTTAAAACTTTGAGCCATGATTTTTTCTTTGCTGCTATTAAAGAT AGATTTTTAAATTGTCGTAGTGTAAATTTATGGTAAAATTTTAGTTTTTG AGTTTAGTTCATCTACAGTAGTATTTTTTCAGTAATCCTTTCTTGTAAAT ATAGTAACATTTAACCAGACTCATTGCCCTCATTATTTTCAAATTTGTAT TTTTTTAGGACTGATAAGTACATATTTTTAAATACCAAAACAAAGCAAAC AACATGCCAGTTCTTTCTGGACAAATATATATGTATACTTTATTGTGTGC TTTGATTTCTATTTTAATCAACCCTCTCAACTGCTGATCTTTCAACTATC ATTTAGGAGTATAGAATGGGCTTCCATAGTACCATTTTCTCTAAGTATTT TGTGCAAATTTTCAACAAAGTAGACTTCTTGACTGTCCTTGTCCCTTATG TTAAAGTTGTTCTGATGGAGGACATTGCTATTTTTGGTAGCTTTCACATA TCAATAAGGAGCTTTGGTGTAAATGTTTTTTTCTGATGAAATCATACTAA TCGGAAACTATTAGGCCTTTATGAACTTTCTAGAACAATAATCTTGCTCC AATCTTGAGAAACACTGGAAAAATAGGTTAGCATTCCCTGCCATAATTTC ACAGATTTCCTCTGCTTTCTGCCTGAAAACGCTGTCGTATAGCCGAAAAC GAAAGTGAAACTGTGAAAACGTCCGCAAATTCGGGCCCAGTCCTCTTCCG AGACGGAGGCTAATTCATGACGCAATTTTTCACATAGAAACACTCAAAAC ATCGGGAGTTTATACTACCATAGCTAAAAAACTGAACCGGTAAAAAGATT ACGTCATTAATATCAGGAATTGCTGTCACAAGCATAAGCGTACTTTGCTA GCGCTATCCGTTACTTCTAAATCAAACGAGAGTTGTCATTCAAGCAAGCT GATCCATCTATGTACCTTACACGTTTACCAATTACAAAGATGTTAGCTTG TTCTAACGACGACGCGCGCAACCGCAATAGAGAAATCAATGTCGAGTGTC TATTTCAACCGCACTTCATGTTGATAACCAACTGAATACACTGTTTGTCA TCTAATGTTAAGATCATAACATAACTAATACTAATGTCCTTTACATGATA ATAACAGCACTAGCTCATCCTGTCAATCTGTTCAAATACATTTTTGATTG TTATCATTGATAACGTAACTGTGTATTTATTGTACACGAATTTTAACTTC ATCATTCAAACTAACAATTCGAACTCAAACGGGAAGTCTGATTGCTTCAA ATTACAAAGAGTTTTTACGAAGATTTTCTCTTGACAGGAACTGAGAATTT GTTCGAATTATAGATAGATTCGAATAATAGAAGCTCGAATTAGCGCATTT AAATCCTTCATATTCACACTAGTACTTAGAGTTGAACACCCCTGTTTCAG TGGTCCGGTGAATATTTTCAAATCATAATCAAGGATTAAAAGGACTAGAC TGAATGTTAATGGGAATGGAAAATCTCTTGTTCGGAATTTAAATTTTAGC CTTCTTAGCTAAATAATCCAGTGGAAATTCACTGCAGTCACTGTGATCCA AACTAGAACCCAGCTACCTCGATTCGCTTTATTAAAATTCAGCGCTTGAA AGGTTTTATCGCGCCCATCAGTAAAATCAAAAAGTGGTGCAAGTGGCTCT TGGATTTGGTCTAAGTTTAAAGTTTAAGACATTGACAGATTTTTCCGGCG TATGAAAATGTTATCAAAAGGGACTGAAAAATTGCCCTCACTGATTTGGC CCGTACGTCAGTTAGGTACAGTTACAAGGAAAATTTATTTGAGTTAGCAA GCTATCGCAAAGTTCCCTACTGACATAATCGTTCCGCCTTTCATGTTAAA TTTAGGGAATCTTCAAACAGCGGGGCCCCTACGGGTCAGTGAGATGGGTT GAAACTTGACAGCTTCTGATTATGAAATGTAATTCTTTCGTAGAGACCGG TCGAGACGGATGGAATCGTACACCAGATACTATGATGTCAAATTCTAAGA ATATCGTTCGAAAAGTCACAAGACAAATGGGGTTTTACCAAATGAATATC AACAGTAGTGATCATCTTGTTGGTGAGAAATTTTTCCATCGTTGTAATTA GGGGTATTCCCTCTCCAATGATGATTTATTGATGATGATGCTCCACAGTG ACTGTGAATTCTCAAGTAAATACCAGAAGAACATTATGATTGGTTATACC TTTGGTGTATTTCATTGGGTAGCTCGTTTCTCGATGATTCAATAGCAACT TTATTGACATTTATCGACAAAAAAAATTGAAAAAAGTTCCTTAATTGTAC TGAACTTACATCAATTAGCCCCATATTATCCCCATATTATATTTGTGGAA TCTGGAGTTTGAGCCTGTTGAATCATTTGCATTTGTTCTAGTTATATGGA ACGACCCAATGATGACATCATTATAATTTGTAAAGCTCTTAACAAGTCAA CGCTAAACACAAAATGATAGCCATGGTGATTGACAGTGAATGTTCTTGAC GACATGCTGGCCTGTTGACATCATCACATGGCTTGACTTGTGACTTCTGA TCAAATAAGGTCATCAGCTAGGTGAGGGCTCTAGTCCTAGTACTAGTTGC TGCTGCTTCAGTAATATTGTCTTTATTACTTTAGCAATTTTCAAAATAGT CACGCACATGCCACTTAGGACTATCTAGACGATCTAGAAAGCTAAGACGG GGATCGCTAGCATGAAATGATAGGAAGTAGGTCATTTTGAATTTTAAAGC ATTTTATCAAATTGTTAAGATATTAAAATGTCTGAAATGTACACATATGA TTGAAAACAAAATACCGAAACAAACTTTTCTCACGTCAACTTAATAAATG ACAACCTCTATGTGCGAGTTGCTAGATGACAGCTTTTTTTATATTGTTGA TATTACACTGGTCCTGAGATTTCTCAATCATGTCAAACACTGTATCCCTC TGAAGTTATTTATAAGCGATGTCGTGCTCCTCGTCCCTTAAGGGAGATAG GAAAGATACTCAAGGAAATTATTTTAGTCAGCGTGAAACATAGTTGCACA TATATGAGAGAAGGTACGCGGACTGACAATTATGAAAATTATGAAATTCA AGTTATAAAATTCAACTTTTTGCATGTATGAAATATATCTAAGAGCTAAA GAAACTCTCTATACATGAATTATGTTTATCAGCAGCGCGGTGGCAGAGGG TAGGGGGCATTGCTCCTTTACACCTTAGTTAGATAATGGCAGCTTTCGGC CAAAAAGAGAAAATACCCCACAATTTTTTCAAAGATATTTATTATTCATA GGGGCCTAAATCAAAATCTTCTAAAATTGTCTCCCCAGATTACGCGAAAA TTAGTCGACCCACCTACCACGCTACTGGTGTTTATGAGCACTCTTCGGAA ATGATTTAACCTTGATTGATAATCCACGTGATGGAGATGATCAGTCTTCC CCTATCCAGTCCGTTCGTTCCTGTTTACTACATTAAATTATTTTCTGTTT TGTATTTTTAAATTATTCATCAAAGATTTTTATATTTTTTGTATAAGCTG GTAATTTTAGGTTTTGTAAATTCCAAGTTTCTAGCATTGTACTATGATAG AGAATACTGAGTGATGATGGTATTATAAATGCACCTTTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:63620..103608-

>MSTRG.11805.1.p1 ID=MSTRG.11805.1.p1|Name=MSTRG.11805.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4164bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:63620..103608- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTGGTAGTGGTGACAGTGGCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAAC
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ACCACCTCCACCGCCTCCACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTC
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TACGATGTACCTATCATTTCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTT
ACAAATTGCTGATACATTGGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTT
TTAACAGGATTACCACAAGAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATG
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AGGTGTCTGAAGTTTACAAATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAA
GAAATACAAAGATCACAACTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGA
TACTAATTCAATCAAGGACAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAAC
AGAATAAAAAAGAGGATGGGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTA
CCCAAAACAATTGATACAGTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGA
AAATCCATACAAGAAATATGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTG
GTGACAGTGGCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGAT
TTACCAACCATCGGTGAAGATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCAC
CGCACCTCCACCGCCACCGCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCAC
CTCCACCACCCCCACCCCCAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCC
ACCGCCTCCACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTC
CCCCACCACCAATGCCAGACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCG
AACATGGAGGAGGAAGAGGAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTAC
CAACAGGGAAGAACTGGAACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGC
CTGGCCTTGGAAATGTTCCTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGAT
CTGCCTGGCGTTGTTGATGATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTA
CCTATCATTTCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGC
TGATACATTGGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGA
TTACCACAAGAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAA
AGAACTGATTCAGCTCAAGCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAA
GGCCATACGTGTGTTTTCAAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTG
AAGTTTACAAATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAA
AGATCACAACTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTC
AATCAAGGACAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAA
AAGAGGATGGGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACA
ATTGATACAGTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATA
CAAGAAATATGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTGGTGACAGTG
GCATGTCAATCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGATTTACCAACC
ATCGGTGAAGATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCACCGCACCTCC
ACCGCCACCGCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCACCTCCACCAC
CCCCACCCCCAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCCACCGCCTCC
ACCCCCACCACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTCCCCCACCAC
CAATGCCAGACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCGAACATGGAG
GAGGAAGAGGAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTACCAACAGGGA
AGAACTGGAACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGCCTGGCCTTG
GAAATGTTCCTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGATCTGCCTGGC
GTTGTTGATGATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTACCTATCATT
TCTCATGATTTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGCTGATACATT
GGAATACCTGGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGATTACCACAA
GAGTAACTGAGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAAAGAACTGAT
TCAGCTCAAGCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAAGGCCATACG
TGTGTTTTCAAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTGAAGTTTACA
AATCAATCTTTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAAAGATCACAA
CTAGAGATTTCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTCAATCAAGGA
CAAATTGCAATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAAAAGAGGATG
GGGAAAAGAAAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACAATTGATACA
GTGAGTTCTCTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATACAAGAAATA
TGTCATCATGGATCCTCTTGCAGGTGGTAGTGGTGACAGTGGCATGTCAA
TCGCTCCTTCATTACCCATGAACATTCCCGATTTACCAACCATCGGTGAA
GATGTACCCTCCTTACCCGACCCTTCCTCCACCGCACCTCCACCGCCACC
GCCACCCGGAGGAGACTCCTCAGCCCCACCACCTCCACCACCCCCACCCC
CAGCTGCAGGAGCCCCCACCACCACCACCTCCACCGCCTCCACCCCCACC
ACCGACAGAGACAGCCATGCCTCCACCTCCTCCCCCACCACCAATGCCAG
ACGAAGAAGGGGCAGTCACGAAGACGCGAGCGAACATGGAGGAGGAAGAG
GAAGATATCGGGGCAGCACCCACCACCATTACCAACAGGGAAGAACTGGA
ACGTGGTACTGCAGATAATTATTTCTACATGCCTGGCCTTGGAAATGTTC
CTGAAATCGACGTCCCAAATGACTTGCCGGATCTGCCTGGCGTTGTTGAT
GATATTGCGTTCAGATGCAACCGTACGATGTACCTATCATTTCTCATGAT
TTGCGTCAAGAAGAATTTGTCTTACAAATTGCTGATACATTGGAATACCT
GGAAAATGTGACTGAAGACATTTTTAACAGGATTACCACAAGAGTAACTG
AGTGTCAACAACGTTTGGATATGGTCAATAAAAGAACTGATTCAGCTCAA
GCCAAAATTAATGCCTTGAAAGGCTCGAAGAAGGCCATACGTGTGTTTTC
AAGCTCCAAATACCCAGCCGAGGAGGTGTCTGAAGTTTACAAATCAATCT
TTGATATTGAAAACAATCTAAAAGAAATACAAAGATCACAACTAGAGATT
TCTAGCAAACACAAAAGTGCAGATACTAATTCAATCAAGGACAAATTGCA
ATTTTACAGTGTCAATATTAAACAGAATAAAAAAGAGGATGGGGAAAAGA
AAGGAGAAGGGCTTGGTAAATTACCCAAAACAATTGATACAGTGAGTTCT
CTCTTGTTATTCAATACGGCGGAAAATCCATACAAGAAATATGTCATCAT
GGATCCTCTTGCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805MSTRG.11805Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805.1.p1MSTRG.11805.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11805.1.p1.exon6MSTRG.11805.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.1.p1.exon5MSTRG.11805.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.1.p1.exon4MSTRG.11805.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.1.p1.exon3MSTRG.11805.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.1.p1.exon2MSTRG.11805.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11805.1.p1.exon1MSTRG.11805.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:63620..103608 -