MSTRG.11785.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11785.1.p1
Unique NameMSTRG.11785.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000086_pilon:974619..982419-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11785.1.p1 ID=MSTRG.11785.1.p1|Name=MSTRG.11785.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=7801bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000086_pilon:974619..982419- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAGAAACATATAAAATGTAAGTTTCAGTTTTCCCAGTAACAATTCCTTTA
CGTCTTTACCAGCTAATCAAAAAATATTTTGTCTTATGATTTTTTTTCTT
TGACAAATGTGAATTGGATTGATTTAGGAGTGTGTTTTTAAGTATTGATT
GTTTTCGTCGAAAGTATTTGGTATGATTTGGAAATTTGTTTTAAATCCTG
AAAACACCCCCTTCGCACAGACCCGGTAGAATTTTATCACCTAGCAGGGG
TAAAAATTGCAGACCAAAAATCGATGGAGATTGATATGTTTTTTATGGCT
GGGGATTTGAATTCCGCTGTTTTTCTAGCCAGAAAGTTCAGTGAGGATGG
AAAAAATAGCCCAATAAATATTTTGCTTATCTGATTATTTTCAGCGGGGA
CAAAAATTTGAGTATAATTGTCCACTGGGGACGATATTTTGACCAATTTT
TCCAGTGGGAAGGGCTCCCAGTGGTCTGTGAGAAGGGGTGTCAGAAAACC
TGTTTTTAAAACTATTGATGAATGACCTCCGGTGGTTTGGGACAAGCTGG
AGTTTTTATAAGCTCTTATTTGATTTGGTTGGTCGTTAAGATGTAATAAA
AGAATCTTTTTACTTTTTCTAAAGAACGCGTCATCTCTATCACTTTAAGT
GACCAATTAGTGAAGTATCTTGTAAAAACTCCAGCTCATCCCAGTGGTTT
ACATGATAATGTGATCTACGAGTTCAAAATGATACTTGATTTACGAAATG
TTTTTTTTGGTTTTGATGGTGTGATGAGAGAATATTTTCGACCAATAGTG
TGATTAAAATTTCTTTTTAGTGTGATAGCGTGATCGAGGAGGGCTGCACT
GGGGGAGGGGTAAGCTCGATAGAAGCAATAGCATATTTCTGAGTGGTTTC
AGCATATATAAAGATACTTGGTTATACGGTATTTATAGGCTACTTCACCC
CCTTCTCACAGCCCTATTGGGACCCCTTGTCACTGGAAAATCTGCCCAAA
ATATCACCTCCGGTGGAAAATTATCCTCAATTTTTTGTCCCCATTGAAAC
TAATCAAATACACCAATCCTTACTGCAAAATATTATCCTATTTTCCTCAT
CCCCACTAAATTTTCTGACTTCAAAACAAAAGAATTGAAACCCCAGCTAT
AAAAATTATTGGAATATCAATCCTCATCGAGTTTCAGTCCGATGTTTTTA
TCCCCACTGGCTGAAAAAATCCTACCGGGTCTGTTAGAAAAGGGTGTGTT
GCTTTTTCCTGTGTATATGGACATTAATTTGGCTTCTAACTATCTGGAAC
GAGTTTATCTAAATTATTTTGGATTAAAAGTGGTTTTAAATGATTTACAA
ATTACTGTGCATTCTCATTATAAAACAGTTCGAATCTAAATGAGAAGTTT
CCAGGGGTACCTAAGACGATAAATTCGGGTGGAGTAAGTAGTGGCGGAGG
TGTTTACAGTGTTCCAAACTCTACCGCCACTTTTTCCGTAAACCACCCTG
ACGCCCTTATATGACGCCGATCATTGAGTTTAGAGCATTGAGTTTCAAGC
CCGAAGGGCTAGAGGTCAATCTCTAACCTTTCTCAGGCAAGAAAAATTGA
AGCCTTAAAATATGCGCCGTATTTTTGATGACAGATTGAATCTAGCAATT
CCTTTGTTTTCGAGTGATATATTTTTCGAAATTAAGCGGTAAATTTTAGT
TTCAATCTGTCATTTGTGTAAAAACCAGGCGGGTCGCTTAAGGCCGCGCA
ACTTTGGTAGGATTTGTTGGCTTCAAATCCTACCAAAGAGATTGACCTCT
AGTCCTTCGGGCTTGAAACTCAATGGTTTAGAGCCCGAAGGGCTAGAGTA
GAATCTCTAACCTTTCTCAGGCAAGAAAAAGTGAAGCCTTAAAAAATGTG
ACGTATTTTTGACGACAGATTGAATCTAGCAGTTCCTTTGGTTACGATTG
TTATTTTTTCAAAATTTAGTGGTAAATTTTAGTTTCAATCTGTCATTTGT
GTAAAAACCAGGCGAGCTGCTCAAGGCTACGCAACTTTGGTAGGATTTGT
TGGCTTCAAATCCTACCAAGGAGATTTGATTCTAGCCCTTCGGGCTTATA
CTTCATTGATGCCGACTATACGCCCGACTATGCACTTATATATTTTCCTG
CGGTTACTGACCCTCTAAAACGGACGATAGCATCGTCTAGGGATACCGTA
AAACGACCATAATTTATTAATTATCACGTCTGGTTATGTCTCTTATGTTT
TGGGTTTTAGACCCGATACATCTCTAACTCTTAAAATCTTTGAACCAAAC
TGACGAAATTCTTACATCAGTTATCAAAAAGGATCCATCAATGAAAGTAT
CACAGGTAGAGAGTCTCTCAGCCATAAAAGGTAAAATATCACAGAGAGTT
TATGTTCTCCATTGCAGAGATTATCTCTATCTACTTTCAATGTAGGAACA
ACTGTGTCAGGGGGCTGGTTTATTGACAAAATATAAAATCTTCAAATGAT
ATTTGAATTAGATTTTCAATGTTTAAAATATTTGACAAACAAAAATAAAG
TACAAAAAAATTAAAATCAAAAAATAATAAAGTTCCTTGAAAAACAAAGC
TATTAAACAAAACAATCAAAATATAATCACAACTGATTTTGTTTAAAAAG
TTTTACGATAATTTTTATGATAATTTCTAATCAATGAATTAAAAATCCGT
TAAATTATTCTAAACTCTAGACAACGGCGTAATGAGTTGTGATTGTCAAT
AACATTGTCAAGGGAATTTCTATGCTTTGTTATGACTCTCAAATGGCTTG
TCTTGTTGAAGCTCATGGGATTTGTTAGTGATTGTGATAATGGTAGGTGA
TTAGGGTTGGATATCGTATTAAAAATTGGATTAAAAAGTTAAAATGTTTT
ACGTTTGTTGAAAGTGGTGACTTCTGATAGTTGATGTGGTGTGGCGTAAA
GTTGTGGTTTCGCTGATGGTTTGACGAAATGAGCGTTTGAAAAATTGCAT
TTTTATGAAAATAGCAAATTTTTATGAAATTTTTACCATGAAAAGTTTTG
GTTTTCAAAATTATGTTTCTAACCTAATGAAACGGTCTTTCAAACATGAA
TAGTTTTGGAAGTTTGAGTCTTTTTACATGAGCTTTATTTCACTGTATGT
ATCCTCGAGTTCAGCCGAAAATCTCCTGAATTCGTAAATCTACTTGTAAT
GCTTATATCGAAACAATTACTTTCGTTAAATGTTTTAAAAAATCGAGTTT
TTTAAGTTTTAAAGTTAAGTATGGCTTTTAGTAGAGAACGTTTCTGATTT
TTTGAAACTTTCATTTGTGTCCAAAGTTGTTTTTAAAAGGCTGATTTCTG
TATCCACAAAGCTATATTTTCGAAGGATTAAATCTCAGAGAGATGGATTA
ATTTTGAAGCTTTAGGTTTTTTTGGTTTCAGTCACCCATTAAGTGAACTA
GATTTCAAAAGTTTTTTTACGTCAATCGATCAACGAATTTAGAAAATTTC
AAGTTTTCTGTAGCTTTTGATTATTGTGAGAGATGGTGACGTCATTCATT
TGTAAAAGATAAGTTTTCGGTAGGAACGGTACATGATACTTACGCTCTAC
TGTACTTGTGACTTTCTTTCCAAAAGGTCGTTTAGCAGTGAAACCACAGA
TTTATAAAGTCCGAAGGGCTAGATGTCGTGTTTTAAGCCATAGCAGGGAA
AAAAAATTGAATATCGCAAAAGATATTGTTGCTCTTGTTCTCGAAAGCCC
GTGAAGCTTCTAATTGGTCAAGCGCTGAAATTTTATTGTAATGTCATGTA
ACCACGACACACTTTTGAGACAAAGCACAACATCTAGCCCTTCGGGCTTT
ATAAATCTATGAGTGAAACACGCCAAAATGACAGAGATTCGGATAGCGTT
GCGTTATATATATTTGAATAGCACTTTGTCCAGTATTCTGATAGTACAGC
AGTGCAGAATTAATTGACACGGCCATAAAACATGGCAACTTGAAGAGATA
AGCGGGTTTAGTTAGAATACCTCATCCATTACGAACTGTTATTTTGCCAA
GAAAGTCTTTCATTTAATTCAGTATTTGAAATCAATCATCATGATAGAAC
TTTTGAACTAAATGCACCATTGTATTATCCTGAAAGTTAAATACACTTTC
ATCGAGTTGGCACAAAAAGTGTTTCAATGTTTCTAATGTTGTTATACGCG
TTAGATCAATGCTGAAAGAATATTTTGAACCAGTCCAGACTGATGCATGA
ATGTTCCGATAAATCTGTTTTCAGGGGATAACAAAACAATAATTCAAAAT
GGCGATGATTGCAGGTGATTTCAAGAGCTTCCTAACTATCAAAATCAAGC
AGCGAGATGACAATTTATTTGATCAATATTCCCGAATCTTTATGGTGAAA
GTCCTGTTGATCACATCAATGGTTTGTGGAATCTCTTGGTATAGTGACAA
ATTCAATTGCATCATACCTGGTAAGAGCAAAACTTAATATTTATACGCAG
ACACCCCTTGCTCACAGCCCTAGTGGAAGGTTTTCTTACAGTGAAATAAG
TATTTCTTTCGAAATTCAATAGCTCAAAAATTGTAGGAGTGGTTTTGGAG
TGCATTGAATTTCAATGAAAATAGAGAGCTAATTTATCAGTGAAATGGTA
GGGTATTTTTCTAACCGGACACAAAGTTTTGACCAACTTTTAGACAGGGG
TTCAACCAGGATTTTATTTGATTGTTATGCATGTGGACTTTCGGATAGTT
AGTGGTAAGTACGTAAGCTCAAAATTAGGGGAAAACATCCGGGCTATTTT
GGGTACTTCCGTATAGAAATATATTGCGTAATATCACGAGTTATAAACTT
TTAAATTTTCACAGTGAAGTATCTATCCAAATATCATGGGTAATGCTTTA
ACTTTTAACTACAGTTCTCGCTCTCTAATTCGATCTTTAATTGGAATTGG
ATTCTCATCGAATAAGGGAGCGACATTTTTGAGACTTTCTTATTGACGAT
GGCTTTCATTTATCAAATAGTGAAGCCTATCGAATAGTAGAACGTCGAAT
TAGAGAGCTTCAACTGTATTCTTACTTTCTAGAAAAAATGATGGTTTCGG
AAGACTTTCCAGCATTCGTCGGTGCAACATGCTGGATCCAAGGTGTTTAT
ATCTACAAAGAACTTTACGGTCGGAATGACGACGTTGCATATTTTGGTAT
CACAAAAGATATTGATACAGATGGAATGTATAATGGTGAATTATGTAAAA
CGGAGAAAAAGTTGAATAAAGATTCGAACGAATACTGTGAACCAATGGAA
AAGACATTCTATCAACAGGTAAGAATATGAGTGACTCACGCAAAAAGAGT
TAAAGCTTTTGAAAAGCTTCACTTTGTTCGTATTTTAGTGGAGTGAAAAA
GACTTATTACTTCGTACTTTATATTTGGTTCAGTGGCTTAAATACCGAGC
TTTCAAAGTTGAATTTCCTTTTGAAAATGTCCGAAGAAAAACCTGAATTC
TGAGGAACTACTTATCTCAAATCTCAGGCTCTTAGATTCCAGTATTTCAG
TACGGTACATACATACCCTTCCTTCTTGGTGCAATCATAGTATAAGAAAG
CCGCGGCTGGAATATGTACCGCATTGTCTTTTCAGTTAATTGCTGTTCCA
TCTCTGTCTCCGAGCTTTATAAGAACATCAAGATGCTCAGTTTATCATTG
GTAGATAGTTTTTGAAATTTTTCTCTTATTTTCCTTCACAAAAAGTTTTT
TTGTTGCTAGATATCTTTGAATCTGTACCCAATAGAACACTTGAACTAAT
TTTGGACATATTTTAGGGGTATTTTGTGGAAACAATAGTTTTTCGCTAAA
ATTGAAATCATAAGAACTATATTCAAGATGACAACTTTCCTGTCAGTTTA
AATGATAAATTTTGAAGGTGCTGGCTTGAAATTTTCACAGTATTATCTTG
ATGTACTTTTTCATTGATTTCTAAAAAGATTTTACTGAAATATTGCGAAG
GCATTTCGAGGCACCTCATTAATTTTTGAGTTCTTTCAGCCCAGCCATTT
TGTGCTTGTTTAAATTTCTTAGTGTTGATTTTTCCTTTACAATGATTTTA
TAATGCAAGAGCATATCATTAATTTCTAAAACGCACTGAGAAGTAAGTAT
TAACGACAAACCAATAAAATATACCATTAAAGATGCTACATTACTGATTT
CTTGATCAACAAATAGTCATCAAATACGACAGAGATAGAACAAGAGAAGT
TCAGATGTTATCATTCCAGCCGCGGCTTTCTTATACTATGGTGCAATGTC
TCTCATGCTATATACCGTACAAATAAAGAATCAAATGCTGCCTCCAACTT
AAAATAAAAAGTTGAGTTTGTTGTCGTTATTGTATGCCCAAAATTACAAT
TTCATAATAATTCTACAACTTCAGTACCAATACATGCCGTTCCTTCTTGG
TGCAATGGCTCTCATCTATGTATAGCGCCAAATATGAATGACACGCAAAT
TTTTGATTCTCAATTTTATTACTCTTATAATATTTTACAACTTAGTACCA
ATACATGCCGTTCCTTCTTGGTGCATTGGCTCTCATCTATTACATACCAT
ACATGTTCCACAAAGTGGTCAACCATGACATTGTCAAATTGAAGAACCAA
GTGGATAAGGAGAATCCAGATGCTTCTGCTATTTACCGCATCTTTTTCAA
ACAGCACAGAGGTACGTCATTTTCAACTTTCCCATCGCATGACCAACTAC
CNCATTCATGTCCAGTATTAAGGCATATTGGAATTCCACTCAAAATCCAT
CAAATTCCAAATCGAAGTGTCGCTTGCCATGGAACCCTGCTTTAACATAT
CTCTTTGCACAATATACTAGGGAGATAATATCTTTGATGAAATGAAAAAG
AAAACAAGTTCCACGAACAGATTCAATTAATTGGATTTGGTGGAATTCCA
CAAATGGAGTCCATTGGATTTCAAGAGTTGTCATTTGAAACCATAAAAAG
AGGGTAGGATCCATGGAAATGGGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGATT
CAATTTATTGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGAGTCCATTGGATTTCA
AGAGTTGTCATTTGAAAACCATAAGAAAGAGGGTACGATCCATGGAAATG
GGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGATTCAATTAATTGGATTTGGGGGA
ATTCCACCAATGGAGTCCATTGGATTTCAAGAGTTGTCATTTGAAACCAT
AAAAAAGAGGGTACGATCCATGGAAATGGGGATTTGGTGGAATTCCACAA
ATGGATTCGATTAATTGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGAGTCCATTG
GATTTCAAGAGTTGTCATTTGAAACCATAAGAAAGAGGGTAGGATGCTTG
GAAATGGGGATTCGGTGGAATTCCACAAATGTATTCGATTAATTGGATTT
GGTGGAATTCCACAAATGGAGTCCATTGGATTTCAAGAGTTGTCATTTGA
AACAGTAAGAAAGAGGGTAGGATGCTTGGAAATGGGGATTTGGTGGAATT
CCACAAATGGATTCAATTAATTGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGAGT
CCATTGGATTTTAAGAGTTGTCATTTGAGAACGATAAAAGGAGGGTAGGA
TGCTTGGAAATGGGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGAGTCCATTGGAT
TTTAAGAGTTGTCATTTGAGAACGATAAAAAGAGGGTAGGATGCTTGGAA
ATGGGGATTTGGTGGAATTCCACAAATGGAGTCAATTGGATTTCAAGAGT
T

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000086_pilon:974619..982419-

>MSTRG.11785.1.p1 ID=MSTRG.11785.1.p1|Name=MSTRG.11785.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2124bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000086_pilon:974619..982419- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TACCAATACATGCCGTTCCTTCTTGGTGCATTGGCTCTCATCTATTACAT
ACCATACATGTTCCACAAAGTGGTCAACCATGACATTGTCAAATTGAAGA
ACCAAGTGGATAAGGAGAATCCAGATGCTTCTGCTATTTACCGCATCTTT
TTCAAACAGCACAGAGGTACGTCATTTTCAACTTTCCCATCGCATGACCA
ACTACCNCATTCATGTCCAGTATTAAGGCATATTGGAATTCCACTCAAAA
TCCATCAAATTCCAAATCGAAGTGTCGCTTGCCATGGAACCCTGCTTTAA
AAAAAATGATGGTTTCGGAAGACTTTCCAGCATTCGTCGGTGCAACATGC
TGGATCCAAGGTGTTTATATCTACAAAGAACTTTACGGTCGGAATGACGA
CGTTGCATATTTTGGTATCACAAAAGATATTGATACAGATGGAATGTATA
ATGGTGAATTATGTAAAACGGAGAAAAAGTTGAATAAAGATTCGAACGAA
TACTGTGAACCAATGGAAAAGACATTCTATCAACAGATGGCGATGATTGC
AGGTGATTTCAAGAGCTTCCTAACTATCAAAATCAAGCAGCGAGATGACA
ATTTATTTGATCAATATTCCCGAATCTTTATGGTGAAAGTCCTGTTGATC
ACATCAATGGTTTGTGGAATCTCTTGGTATAGTGACAAATTCAATTGCAT
CATACCTGTACCAATACATGCCGTTCCTTCTTGGTGCATTGGCTCTCATC
TATTACATACCATACATGTTCCACAAAGTGGTCAACCATGACATTGTCAA
ATTGAAGAACCAAGTGGATAAGGAGAATCCAGATGCTTCTGCTATTTACC
GCATCTTTTTCAAACAGCACAGAGGTACGTCATTTTCAACTTTCCCATCG
CATGACCAACTACCNCATTCATGTCCAGTATTAAGGCATATTGGAATTCC
ACTCAAAATCCATCAAATTCCAAATCGAAGTGTCGCTTGCCATGGAACCC
TGCTTTAAAAAAAATGATGGTTTCGGAAGACTTTCCAGCATTCGTCGGTG
CAACATGCTGGATCCAAGGTGTTTATATCTACAAAGAACTTTACGGTCGG
AATGACGACGTTGCATATTTTGGTATCACAAAAGATATTGATACAGATGG
AATGTATAATGGTGAATTATGTAAAACGGAGAAAAAGTTGAATAAAGATT
CGAACGAATACTGTGAACCAATGGAAAAGACATTCTATCAACAGATGGCG
ATGATTGCAGGTGATTTCAAGAGCTTCCTAACTATCAAAATCAAGCAGCG
AGATGACAATTTATTTGATCAATATTCCCGAATCTTTATGGTGAAAGTCC
TGTTGATCACATCAATGGTTTGTGGAATCTCTTGGTATAGTGACAAATTC
AATTGCATCATACCTGTACCAATACATGCCGTTCCTTCTTGGTGCATTGG
CTCTCATCTATTACATACCATACATGTTCCACAAAGTGGTCAACCATGAC
ATTGTCAAATTGAAGAACCAAGTGGATAAGGAGAATCCAGATGCTTCTGC
TATTTACCGCATCTTTTTCAAACAGCACAGAGGTACGTCATTTTCAACTT
TCCCATCGCATGACCAACTACCNCATTCATGTCCAGTATTAAGGCATATT
GGAATTCCACTCAAAATCCATCAAATTCCAAATCGAAGTGTCGCTTGCCA
TGGAACCCTGCTTTAAAAAAAATGATGGTTTCGGAAGACTTTCCAGCATT
CGTCGGTGCAACATGCTGGATCCAAGGTGTTTATATCTACAAAGAACTTT
ACGGTCGGAATGACGACGTTGCATATTTTGGTATCACAAAAGATATTGAT
ACAGATGGAATGTATAATGGTGAATTATGTAAAACGGAGAAAAAGTTGAA
TAAAGATTCGAACGAATACTGTGAACCAATGGAAAAGACATTCTATCAAC
AGATGGCGATGATTGCAGGTGATTTCAAGAGCTTCCTAACTATCAAAATC
AAGCAGCGAGATGACAATTTATTTGATCAATATTCCCGAATCTTTATGGT
GAAAGTCCTGTTGATCACATCAATGGTTTGTGGAATCTCTTGGTATAGTG
ACAAATTCAATTGCATCATACCTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11785MSTRG.11785Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11785.1.p1MSTRG.11785.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11785.1.p1.exon4MSTRG.11785.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11785.1.p1.exon3MSTRG.11785.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11785.1.p1.exon2MSTRG.11785.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11785.1.p1.exon1MSTRG.11785.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000086_pilongenomesc0000086_pilon:974619..982419 -