MSTRG.11746.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11746.1.p1
Unique NameMSTRG.11746.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000086_pilon:520308..535763-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11746.1.p1 ID=MSTRG.11746.1.p1|Name=MSTRG.11746.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=15456bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000086_pilon:520308..535763- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTGCAATATGCCCGCGAAGTCTTCACTAAAGAAGATGAATAAATGTTAGG AAAGGTAAACAAAGATGGCGGCTGTTGAGCGTGGAATAATTTCATTTTTA GTTGCAGTTTTAGCATATTTTGCTTATATTGAAAATGAAAGGTTGTTAGT TCTCGTCATTTCAAGAGAATACAAAGCCTTGAATCGATTAGAAGAGGTCA TTGGAGATTCAAAATCTAAATATACGCGAGTTGCAGTTGGGTAAGTTTTT TCTTTTCATCTCTGCTCTTTTTTTCCAGACCAAGAGTAATCTAAAATATA TTATCCAGAACCACAGTTGACTGGTGAAATAAGCCTATATATATATATAT ATACAAATTTACAGGATAAAAATTTTCAAATCAAATGTACAGTTAAAAAT AAAAGAAAATATGTGAATATAAGAACTCCTGTGTTCCTAATATCTGAAAG TAAAAAAACTGAAGATAAAACACAAAAGTTGAATCTGATAAAAATATATA TGTTTTTCTTTTTTCAAATGTTAATGTTGGTCGTTAAGAGGCTTGTTGTA ATATCCTCATTAATGTTCAAAACTTTTTTACTGAAGACTGATCATCTGCT CCCGCATAGGCAGATACCTACCGTGAGAAAGGGTAACTTGCATCAGTGGA GGCTAACATGCATAGCCCTCAAATTAATGACCTGTCTGGTCATTAAAATA CAACTATGCAGCTCCGCTAAGCTCTACTCTACCTTTTTTGTTTTGATTTA ACTTTGTATTTTAATGACCAGACAAGTCTTTCATTTGAGTGCTATGCATG TTAGCCTCCAATGATGCAAGTTACCCTTTCTCACGGTACAGCTTTACATA GTCCTATGGATATCTTTTGCCTCATCCACGTAATCATTTCACTGTACGGT TTATCTTGTTTACTCGCCATCATTTCGGCCAATCGTGAAACAAATTTTGT ACATTCACGTCCCATGCCGCCGGTTGCGGAGAAGACCAGAGGTGTGAACG AGCCATGTTCGATCACCAAAACACGTTGATTGTATGCTCGTTTCTTTTCC CGTTCATTGGATTCAAAGCACTTTTTGAGGTCCTGTGAGACATGTCGTTT TGCAAGTGGGTTAAAAACCCTAATGTCAAAGAATGCAGATTGACCTGTCT GTCAGAAACCTCTGGCGTGAATGTCCAAGCGCGCCTCATCTCCAGTGATG GCACTGACTTTGTGGACTTTAAGCTGTACTTGACCTTTTTCACCTCACCT TCATCATCCAAAGGGATTTGCTGTTTGATGATGTTATTAGCTAGTTGGTT AGTGAGCTTTTGGGAATTTTCATATTCCCCTGCTGCCATTTCAGCAAAGA TTGGGATGCCCAGGCCACCAAGCTTTGGTGGCAGGGCCATCAGTTTTCTC AAGTTGATAGAGAAGATGATCCCATTTGTAATAGCAGGGATGAATTCAGT GGTTATGATGTGGTCAAGCTGTTGTAGCTGTTCATGGATATCTGGGATGG TGCGCATGGCATAACAGATTTTATGCTTGTAGCCCGCTATTCTATTCTAT TCTATTCTATTATGGTTGAGTTACAGGAGCCTCTGGGAGCCCATTCTCGC AACTATAGATGCTTTGAGTAAGCATCCCGTCAGCACCTTGAACTGACTAC CCAGTTCCCCTCACATGGCATGGGTTGACCCGGGCGAAGGTTTGTTCACT TGCCAAGTGAACCGTTGTGAGTGGGAATCGAACCTTGGTCGCCTGTACAG GAATCAAGGTTGATGTCCGCTATACCACAACGCCTACAAAAGCAGCATAT GCTGCTTGAGGCTCAGTTTTGCCTATTGCACTTAGCACCCTGATTTCCTT AACCCACTCATCAACTTTTTCTTGCATGAAGGTTCTTCTAAAAGAATAAT 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TTGTGATATTTGTATACTATTAAAACCTTTTTGCCTATACTTGGTTCTTC AAAACCATTTCCCTTTCCCGCAGCAGGCTTTAAAGTTCATGTTGACCCCC GTTTTTTTGCGCGGTAATCTAGAAAGGCCTTTAGTGCGGTATAAACAAAT GATTTCATTGGTTTAAAAAAGTCAAAACATCAAGCTATATCACATGATCA GAATCATGATTGGAGTGAACGGAAGCCGTGGTTATACGTCATATGATATT ATCGCACGTTTTAATTCGGCAAAGTTTAGTAAACTCGACCACGTATCAAT ATTTTGATTTTTCAAGCGGGGATTTCTGTAGAATGATAAAATATGGCTTG GCTGGAATGGACACCATAACAGCAGTGGGCTGTGTTTCGGCATCGATGCA GGATCTTTTTACATATTATTTTAGAAATTTTCGTGTTATTGAGCAACGAA AAATTGAAAAAATCACTTTTAAAAATCCAAAAAACCATTTTCTCGATGCA CTTTAACAATTTTCAAACACCTCTGACATCTTTGCTAGCAACTCCAGAAG ATTTTTCAAATTTTAATTTTTTTTTCAAAACCTTTCCTTTCTTGTAGAGC TTTGAAAAAGAAAGAAAATGAGGGGTCATAGGCCTCCAGAGGATAAGTGG TTGTAAAGATATTCAATTTTAGTGTCAAAAATTTGACTGAAAATGTCAAA AAAAAGGTTAGGAAAATAGCTTGGAAAAACTCAAAAAATGTGTCAAAAAA GAAAAAAAAGAAATTTTCCAGTCATGCTTCTTCAATTTTGCATATCTCTT TTTCTAGTGTAGCTAGAGACCTGAAATTTGGAGGGAGAATTCTTTAATGG TGTTTTGTAAAATATTTGGTATATTTTTATCAAAATAATGAAAGATATAT ATTTTTTTGAAAAAGAAGACATTGCATTGTTTTATTTTTGTTTTTGAAGA 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TACATTGACAAGTAATCCCTTAGAGAAGTTTTTATAGAAATCTGCAACAA AAACGAAAGTGGTCTCTTCTACTGATTGCTTCCAGTGCTCCTTCGCAGCT GTTTATCAAATTTTCACCAATGAGGTTGCCGCATTTCTAACGGCCTTTTT TTTGGCACCTGTGGCCTTTCAGTGCCTTGCACGACGGGCGGCTGTAAAAT CCCACCCTTCATATATTTGTTTCAATCCGTGATCCGTGGCTTAAGTTTTT TCTCATCTTCAATTTTATGAAGAAAGCGGGAATTTGATGCAAGATTTAGA TTGTGAACAAAGTGCCGTAAAAAATCATTGAATAAAAGAAGAACTTAAAA TCTGAAATATTTTCATTTTAAAGAATAGGTGCAAAAAAGTGAATCATAGA AAAGTTTCATTTTTCATTGCATTAATCGAAATGGGGAATTTGGAAAATTT TCTATGGTATGCTTAGTTTTTTTCACAAACCCCTGTAACTATGGGCAAAC ACCCTGTTGCTAAGATGTTGGCTTGAAATTGAAAATAAAACCACTCAAAA CAAAAGTAAAATCGTTTCGTATTCGAAATCCTTGTGGGTGTCTTCTCTCC TCCGCCCTCATAGATCATTTTCTTGCAGTTCGGCACTCAGTCCTGTTTTT GGGTCCATAAACTCAGCATTTAACAACACAAATTTAGCCAACATTTCTGC AACCGTGGCTATGACAAATGACTTTTCACTGTTAGCACGCCCTTTATTAT TATTTTAGTTTTCTTTCAAAATGGCTGACGATGATCGGAGAATTAGAGAG CACCCCAAAAAAGAACAAATTATGCTAGCGTGTAATTTGCGGTGTGTGAC GTCATGTGCTCCATCGTCATGTCGCCAATTTTTTTTTCTTCATTTTCGAG GAAAGCAAGTTGGGGCAGAGATTTAGCTCATGAAAGCTGTCATTCATATT TACAAACTTTAAAAGCCCCAAAACTTGCTATCAATAGTTGCTTGGGAGAA CGCAACGGCCTATTGACACAGTTCCACATGTTAAATCACTCCACCCATTT GGTTCAGAAATTATCTGCTCCCATAGTGTCCTCCCCCCCTGGATTCAGGG GGGATGGGTTTTGAGTTCAAAAGGACGTATAGGGGAGAAAGAATATTTTT GAAGCCAGGGTGGGGGAAAACGAGGGGGGGGAATGGAAAATTTTCATTCT AGGCATGGGGGGGGGAACTCACCAAAATCAATTTAAAATTGAAAAACATC TAGTTTTATGAGATGATATAGCATAATGCTTAGTTTTATTAATATTATGG TTTAAAAACAACCATCCTTTCCATTTATTCTTGAATTAGAACTACCTTAG GGAAAACAATAAGCGTTAAGTTCATCAAATTACAGCTTTTTAATTTTATG CTTAAGGGGGGGAGGCAGAAAAATTTTTGGAGGCAGGAAATGGAGAAAAA TGAGGGGGGGGAATGGAAAATTTTCATTCTAGGCATGGGGGGGAAGAGAC CCTGAAGGACACTATGGCTCTGTATCACAGAAATGATATACCCTAGTACT CTATACCCTAATACTTTATATAGGATGTCGCCCGGGTAGATTGGCAACGC TATTGCGTCGTTAATCTGAGAGAATGTTAGCATGCCAATTTGAACAAAAC TTATTTATAGGTAATATCTAATTTCCCATTGTTACTAAAAAGGGTAACAG GGGGTAACACAGGACAACACAGGGTAACATAGGGTAACAAGGAGTAGCAG TAATTAAAAATGAATTATCATATTCTTTTTAGAGTCAATGCTAACGTGGA TGTCATTGTGTCAGCCACAAAAACCTTTTCAAAGTTGGGTCTGCAACCTT CCAATAAACCGCAAGACCATAGTGAAATCACTTCCCTACAAGAGCTTGAA 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ACGAATAATCATCTTAATTTTTATTTTAGTGCAGTTTTGGTTTGTAAGAA ACCGAAGCGAACTGTTGGTCTGGGTGATTGTATTTCTGCCACAGGCTTAC AGCAATCTAAATTTCTATGAATTTTTATCATTATTTTTTTAATGAATATG CACAGATTTTTTTTTATTATTTCACATTGAATTGAAATGTATTTTTTAAG ACATTCATAGTTTTGTAGTGCATACAGAAAAAAATTATAAAATCCATTTT TACTGC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000086_pilon:520308..535763-

>MSTRG.11746.1.p1 ID=MSTRG.11746.1.p1|Name=MSTRG.11746.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=8694bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000086_pilon:520308..535763- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GGTTGATGGCTGACATATTAGATTGGGCTTTGAATACTTTTGGTCGAAAC
ACGCGATACGGTGGTGCTAGTTCACGCTTAACACGAATCCATTTTCACTG
CTTAATCTACCATGTTATTTGTGTACATGAAGGTTACTGGGGTAACGCTT
TAGCCGCGACGGCTGCTGGATCGCGAGCAGCGTCAAGACAGGCTTGTGAT
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TGCACGTTCTGTACAGAATTGGCAACTACGCCGGAATTTAGTAAAACATG
ACGATGCGAATCCTGTCACTCAATGGACGAATAATCATCTTAATTTTTAT
TTTAGTGCAGTTTTGGTTTGTAAGAAACCGAAGCGAACTGTTGGTCTGGG
TGATTGTATTTCTGCCACAGGCTTACAGCAATCTAAATTTCTATGAACTC
GTTGGAAAGTTTTCAACCTGAGCTTGTGGTCATTTCTGGACTTCATTTAC
TGGAAGGGCAAACCGAAGAAATTCGTAAAACAAAACTGGAAGATCTACGT
CATCATTTACGTGCTATTGAAGAAGACACTCCCATACATTTAGAGTTGGC
TAGTATGACTTCACCAAAGCTTATGGAAGATATTGCCTACATGATTTTTC
CGATGGTCGACTCTGTTGGATTAAATGAACAAGAACTGGCTTTCTTGTCT
TCATCTTTGAATGGACCAGGAGGAAAAGAAGAACTCACTCAAAGCCCACC
AGAAATCGGTGCTACTAGGAGGACCAGTAGGAAAAAGATTGAAATCCATG
CTTGATGGTCGGATCGTGATTCCTAAGCAACTTCTACAAGAAGAAGACGA
ATACCATCTTATACTGGAATATCCGAGAGGTGAAAGCTGGGGTGAAAAGA
AATCCAATTGTGCGAACCGTTTCATCATATCACATGATAAGGCTAATGGT
CAGATGGCTGCATTGGATAATTTCTTTATTCGATGTTGGAGGAAATGCAG
CATTGATGGGGTTGAAAATGCTTTACTCGAATCCTAACAGTACTAGTCAA
TGCTAACGTGGATGTCATTGTGTCAGCCACAAAAACCTTTTCAAAGTTGG
GTCTGCAACCTTCCAATAAACCGCAAGACCATAGTGAAATCACTTCCCTA
CAAGAGCTTGAACAATGTTTTGCGTACTATTTTGAAAGATGTGCAGCAGC
AGAAAGATTTGTTTCTTCTAAAGAAGTGTTTGAACAAATTGTGCAGGCTG
CCACAAATGTGGATGGTTCACAGATGGCGGCTGTTGAGCGTGGAATAATT
TCATTTTTAGTTGCAGTTTTAGCATATTTTGCTTATATTGAAAATGAAAG
GTTGTTAGTTCTCGTCATTTCAAGAGAATACAAAGCCTTGAATCGATTAG
AAGAGGTCATTGGAGATTCAAAATCTAAATATACGCGAGTTGCAGTTGGG
GTTGATGGCTGACATATTAGATTGGGCTTTGAATACTTTTGGTCGAAACA
CGCGATACGGTGGTGCTAGTTCACGCTTAACACGAATCCATTTTCACTGC
TTAATCTACCATGTTATTTGTGTACATGAAGGTTACTGGGGTAACGCTTT
AGCCGCGACGGCTGCTGGATCGCGAGCAGCGTCAAGACAGGCTTGTGATA
AGGAAGATGTTTCGACTTCAGAACTGGAGTTACGTACACCGGAATACTTT
GCACGTTCTGTACAGAATTGGCAACTACGCCGGAATTTAGTAAAACATGA
CGATGCGAATCCTGTCACTCAATGGACGAATAATCATCTTAATTTTTATT
TTAGTGCAGTTTTGGTTTGTAAGAAACCGAAGCGAACTGTTGGTCTGGGT
GATTGTATTTCTGCCACAGGCTTACAGCAATCTAAATTTCTATGAACTCG
TTGGAAAGTTTTCAACCTGAGCTTGTGGTCATTTCTGGACTTCATTTACT
GGAAGGGCAAACCGAAGAAATTCGTAAAACAAAACTGGAAGATCTACGTC
ATCATTTACGTGCTATTGAAGAAGACACTCCCATACATTTAGAGTTGGCT
AGTATGACTTCACCAAAGCTTATGGAAGATATTGCCTACATGATTTTTCC
GATGGTCGACTCTGTTGGATTAAATGAACAAGAACTGGCTTTCTTGTCTT
CATCTTTGAATGGACCAGGAGGAAAAGAAGAACTCACTCAAAGCCCACCA
GAAATCGGTGCTACTAGGAGGACCAGTAGGAAAAAGATTGAAATCCATGC
TTGATGGTCGGATCGTGATTCCTAAGCAACTTCTACAAGAAGAAGACGAA
TACCATCTTATACTGGAATATCCGAGAGGTGAAAGCTGGGGTGAAAAGAA
ATCCAATTGTGCGAACCGTTTCATCATATCACATGATAAGGCTAATGGTC
AGATGGCTGCATTGGATAATTTCTTTATTCGATGTTGGAGGAAATGCAGC
ATTGATGGGGTTGAAAATGCTTTACTCGAATCCTAACAGTACTAGTCAAT
GCTAACGTGGATGTCATTGTGTCAGCCACAAAAACCTTTTCAAAGTTGGG
TCTGCAACCTTCCAATAAACCGCAAGACCATAGTGAAATCACTTCCCTAC
AAGAGCTTGAACAATGTTTTGCGTACTATTTTGAAAGATGTGCAGCAGCA
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TGGTCGGATCGTGATTCCTAAGCAACTTCTACAAGAAGAAGACGAATACC
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GTCATTGGAGATTCAAAATCTAAATATACGCGAGTTGCAGTTGG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11746MSTRG.11746Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11746.1.p1MSTRG.11746.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11746.1.p1.exon6MSTRG.11746.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11746.1.p1.exon5MSTRG.11746.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11746.1.p1.exon4MSTRG.11746.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11746.1.p1.exon3MSTRG.11746.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11746.1.p1.exon2MSTRG.11746.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11746.1.p1.exon1MSTRG.11746.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000086_pilongenomesc0000086_pilon:520308..535763 -