MSTRG.11659.4.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11659.4.p1
Unique NameMSTRG.11659.4.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000085_pilon:614635..637596-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11659.4.p1 ID=MSTRG.11659.4.p1|Name=MSTRG.11659.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=22962bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000085_pilon:614635..637596- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GGTTATGAAAATTCGGGGAAGTTGAATTTCGGGAAGAGACAAAGTAGCAC ACGAGATGAGTTTCAACCAATCACAGCTGTTCAAAATATCACACATTTTG CACGTAAATTACGGACCGAAAGGAAGCATATTTTTACAAATCTCGAAATT TTGTTGTTGATTCAAAATGGCTCCGGTTGCTCAGGTAAGACGTGCTTTTC CCCTAAATGTTTTGCCTTGCTTTTTATGGTTGTTTATTTGTAGCAAAATT ACGATTTTACTATTCAACCAAAATTTTACTATTCAACCAAATATTTCACT ATTTAGTGCCAACGAAAATATTATGGTTCAACCAAATTTTTGTATTCAAC GAAATATTTTACTATTTAGTGCCAACGAAAATATTATGGTTCAACCAAAT TTTTGTATTCAACGAAATATTTTACTATTTAGTGCCAACGAAAATATTAT GATTCAACTAAATTTTTGTATTCAACGAAATATTTCACTATTTAGTATTA TGGTTCAACCAAATTTTGCTATTCAACGAAATTTTTTACCATTCAACAAA ATATATAAGTGTTCAACAAACATTTTACCATTCAACAAAATATTTTTCTT TCAACCATTATTTACAGTGTTGTTCTAGGCTACGTCATATCTTCCTTTGT TTCGAGCGTAAAACTCCTACTCAAGAGTAAGGCCTAAAAGCCTGGAGCTG TCTATTGTTGTTCTTTCTTCTTCCGCGCGACCCATAAAAAAGAATAAATC AAATCTCGAGTCTGTTAACTGTAATGTTCTCCTACCTTGTACCTTCTTGA ATCAATCAGAGCTTTACACACATACTGATATGATATATAAGTAAGTTATG AAACATTAATCTTGCTTTAATCCATCAATTCACTTCCTCTTGTAGTTGTA ACTCAAAACCATCACATAACCACAGGACACCAACTGAGCAAATTCTTGGA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000085_pilon:614635..637596-

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CATCATTTTTGATTGTTCAAAGAAAGAAAGTTTCAATCCTAATAATGGAT
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TTTTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTCATTGGATTTGTTCGATTTGGACGAAG
CTTTCTCCTCTGAAAGATCGCGAATGGCTCAAACCACCAACAAATAGCGT
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TTCGAAACACCTCTACCTCCACTCGAACCATCTATCCCACATGATTTTAC
ACAATGCTTCCAAGGGAATGTTTACAATTTAGACACCAGTGTACTGCCAG
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AAAACAAATGTCAATTATTTCTTGGAAGATTATGGGATAAGTGTTAATAC
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AATTTTGGCTGGTCCAAGAGAAAAGTTTAAAGTGACTGAGCTTGGAAAAG
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TGAGACATTATCTTTGATAACACCTCAATTCGAAACACCTCTACCTCCAC
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TAATGTCATCATTTTTGATTGTTCAAAGAAAGAAAGTTTCAATCCTAATA
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ATATGGCTCCGGTTGCTCAGGATAACGAATGAGCAAAGAGGAAGATTTAG
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AGCAGTGGACAAAAGATCAATACCCGTACTATCAACTGGTAGTGTTTGCT
TCCCTCTTTTTCGACCTATATGCGCATTCAACCAAAGCAAGAGAGCTCAA
TCGTGCTGCAGGAAAGAAAATGTCTAACTCTGGCTTAGCAGATGGAGATG
TTACTCACTCTCAATCATTGTGTTGTAAGGACAAGTTATTATAAATATTT
CCACCCAAAAGAATCATTGATACCAAACGGAGTGCTGAATAGTTTGAAGC
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GGCACTACAAGAAGGAGAAGAGGAGGTGATCATCAAATGGCTCGCCACAG
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GAATAGTTTGAAGCACTGAAGCAATTTCTTGAAAATGGAGGAAGTATTTT
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GTTGTAATATGGCTCCGGTTGCTCAGGATAACGAATGAGCAAAGAGGAAG
ATTTAGAATATTACGTTCGTGAATGTGGAAACATTCTTGGGGTGACGGGC
AAACTACCACCAGAATCACAAGACGCAAGACACATATTAGAGTACATCTT
CGCACAAGTCGTCGAATTCAAAAAACTTAATCAGGTTTTCCCGCCCTCTT
TTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTCATTGGATTTGTTCGATTTGGACGAAGCT
TTCTCCTCTGAAAGATCGCGAATGGCTCAAACCACCAACAAATAGCGTAC
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CGAAACACCTCTACCTCCACTCGAACCATCTATCCCACATGATTTTACAC
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GTTTCATATACCCATACGGAGCCACTTTAGCAGTGGACAAAAGATCAATA
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TCTAACTCTGGCTTAGCAGATGGAGATGTTACTCACTCTCAATCATTGTG
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CCAAACGGAGTGCTGAATAGTTTGAAGCACTGAAGCAATTTCTTGAAAAT
GGAGGAAGTATTTTGGTAATGTCTGGCGAGGGTGGTGAAGATAATATGAA
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TTTTGGCTGGTCCAAGAGAAAAGTTTAAAGTGACTGAGCTTGGAAAAGAC
AGTCCAATGGCAGGGCAAAATAATGTCATCATTTTTGATTGTTCAAAGAA
AGAAAGTTTCAATCCTAATAATGGATTTAAATCTTGGTCAAGAAAGTTAC
GGAATAATTGGAAAGTTGTAATATGGCTCCGGTTGCTCAGGATAACGAAT
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TTGGGGTGACGGGCAAACTACCACCAGAATCACAAGACGCAAGACACATA
TTAGAGTACATCTTCGCACAAGTCGTCGAATTCAAAAAACTTAATCAGGT
TTTCCCGCCCTCTTTTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTCATTGGATTTGTTCG
ATTTGGACGAAGCTTTCTCCTCTGAAAGATCGCGAATGGCTCAAACCACC
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ATAACACCTCAATTCGAAACACCTCTACCTCCACTCGAACCATCTATCCC
ACATGATTTTACACAATGCTTCCAAGGGAATGTTTACAATTTAGACACCA
GTGTACTGCCAGCTACCCTGAGATCAACGATTACAATTACATACCAGACA
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GAGGTGATCATCAAATGGCTCGCCACAGACGATATGGAACTCAACGCTAT
TGATGCTGAAGACCCAGAGCATGGCAAAGGAAAACTGTGCGTGATTGGAT
CACACATGATATTCAGTGATCAGTATATTGATAAAGAAGAAAATAATAAA
GTTCAGATGTCTTTGTTTCATATACCCATACGGAGCCACTTTAGCAGTGG
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TTTCGACCTATATGCGCATTCAACCAAAGCAAGAGAGCTCAATCGTGCTG
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AAGAATCATTGATACCAAACGGAGTGCTGAATAGTTTGAAGCACTGAAGC
AATTTCTTGAAAATGGAGGAAGTATTTTGGTAATGTCTGGCGAGGGTGGT
GAAGATAATATGAAAACAAATGTCAATTATTTCTTGGAAGATTATGGGAT
AAGTGTTAATACAGGAACAAAGATGATTTAACAAAGGAGCGATTATCTCT
AGCAAAAATTTTAATTTTGGCTGGTCCAAGAGAAAAGTTTAAAGTGACTG
AGCTTGGAAAAGACAGTCCAATGGCAGGGCAAAATAATGTCATCATTTTT
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GTCAAGAAAGTTACGGAATAATTGGAAAGTTGTAATATGGCTCCGGTTGC
TCAGGATAACGAATGAGCAAAGAGGAAGATTTAGAATATTACGTTCGTGA
ATGTGGAAACATTCTTGGGGTGACGGGCAAACTACCACCAGAATCACAAG
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AAACTTAATCAGGTTTTCCCGCCCTCTTTTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTC
ATTGGATTTGTTCGATTTGGACGAAGCTTTCTCCTCTGAAAGATCGCGAA
TGGCTCAAACCACCAACAAATAGCGTACAACGAGATGAACGTGAAACATG
AGACATTATCTTTGATAACACCTCAATTCGAAACACCTCTACCTCCACTC
GAACCATCTATCCCACATGATTTTACACAATGCTTCCAAGGGAATGTTTA
CAATTTAGACACCAGTGTACTGCCAGCTACCCTGAGATCAACGATTACAA
TTACATACCAGACACAATTTCATTAAGTGATAAAGTCCGTGTGGCACTAC
AAGAAGGAGAAGAGGAGGTGATCATCAAATGGCTCGCCACAGACGATATG
GAACTCAACGCTATTGATGCTGAAGACCCAGAGCATGGCAAAGGAAAACT
GTGCGTGATTGGATCACACATGATATTCAGTGATCAGTATATTGATAAAG
AAGAAAATAATAAAGTTCAGATGTCTTTGTTTCATATACCCATACGGAGC
CACTTTAGCAGTGGACAAAAGATCAATACCCGTACTATCAACTGGTAGTG
TTTGCTTCCCTCTTTTTCGACCTATATGCGCATTCAACCAAAGCAAGAGA
GCTCAATCGTGCTGCAGGAAAGAAAATGTCTAACTCTGGCTTAGCAGATG
GAGATGTTACTCACTCTCAATCATTGTGTTGTAAGGACAAGTTATTATAA
ATATTTCCACCCAAAAGAATCATTGATACCAAACGGAGTGCTGAATAGTT
TGAAGCACTGAAGCAATTTCTTGAAAATGGAGGAAGTATTTTGGTAATGT
CTGGCGAGGGTGGTGAAGATAATATGAAAACAAATGTCAATTATTTCTTG
GAAGATTATGGGATAAGTGTTAATACAGGAACAAAGATGATTTAACAAAG
GAGCGATTATCTCTAGCAAAAATTTTAATTTTGGCTGGTCCAAGAGAAAA
GTTTAAAGTGACTGAGCTTGGAAAAGACAGTCCAATGGCAGGGCAAAATA
ATGTCATCATTTTTGATTGTTCAAAGAAAGAAAGTTTCAATCCTAATAAT
GGATTTAAATCTTGGTCAAGAAAGTTACGGAATAATTGGAAAGTTGTAAT
ATGGCTCCGGTTGCTCAGGATAACGAATGAGCAAAGAGGAAGATTTAGAA
TATTACGTTCGTGAATGTGGAAACATTCTTGGGGTGACGGGCAAACTACC
ACCAGAATCACAAGACGCAAGACACATATTAGAGTACATCTTCGCACAAG
TCGTCGAATTCAAAAAACTTAATCAGGTTTTCCCGCCCTCTTTTCGTGAG
CTTCCTGCCCCCTCATTGGATTTGTTCGATTTGGACGAAGCTTTCTCCTC
TGAAAGATCGCGAATGGCTCAAACCACCAACAAATAGCGTACAACGAGAT
GAACGTGAAACATGAGACATTATCTTTGATAACACCTCAATTCGAAACAC
CTCTACCTCCACTCGAACCATCTATCCCACATGATTTTACACAATGCTTC
CAAGGGAATGTTTACAATTTAGACACCAGTGTACTGCCAGCTACCCTGAG
ATCAACGATTACAATTACATACCAGACACAATTTCATTAAGTGATAAAGT
CCGTGTGGCACTACAAGAAGGAGAAGAGGAGGTGATCATCAAATGGCTCG
CCACAGACGATATGGAACTCAACGCTATTGATGCTGAAGACCCAGAGCAT
GGCAAAGGAAAACTGTGCGTGATTGGATCACACATGATATTCAGTGATCA
GTATATTGATAAAGAAGAAAATAATAAAGTTCAGATGTCTTTGTTTCATA
TACCCATACGGAGCCACTTTAGCAGTGGACAAAAGATCAATACCCGTACT
ATCAACTGGTAGTGTTTGCTTCCCTCTTTTTCGACCTATATGCGCATTCA
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TGGCTTAGCAGATGGAGATGTTACTCACTCTCAATCATTGTGTTGTAAGG
ACAAGTTATTATAAATATTTCCACCCAAAAGAATCATTGATACCAAACGG
AGTGCTGAATAGTTTGAAGCACTGAAGCAATTTCTTGAAAATGGAGGAAG
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GGTCCAAGAGAAAAGTTTAAAGTGACTGAGCTTGGAAAAGACAGTCCAAT
GGCAGGGCAAAATAATGTCATCATTTTTGATTGTTCAAAGAAAGAAAGTT
TCAATCCTAATAATGGATTTAAATCTTGGTCAAGAAAGTTACGGAATAAT
TGGAAAGTTGTAATATGGCTCCGGTTGCTCAGGATAACGAATGAGCAAAG
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ACGGGCAAACTACCACCAGAATCACAAGACGCAAGACACATATTAGAGTA
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CCTCTTTTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTCATTGGATTTGTTCGATTTGGAC
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TTAAGTGATAAAGTCCGTGTGGCACTACAAGAAGGAGAAGAGGAGGTGAT
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TATGAAAACAAATGTCAATTATTTCTTGGAAGATTATGGGATAAGTGTTA
ATACAGGAACAAAGATGATTTAACAAAGGAGCGATTATCTCTAGCAAAAA
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ACATTCTTGGGGTGACGGGCAAACTACCACCAGAATCACAAGACGCAAGA
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TCAGGTTTTCCCGCCCTCTTTTCGTGAGCTTCCTGCCCCCTCATTGGATT
TGTTCGATTTGGACGAAGCTTTCTCCTCTGAAAGATCGCGAATGGCTCAA
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TCTTTGATAACACCTCAATTCGAAACACCTCTACCTCCACTCGAACCATC
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CAGTGGACAAAAGATCAATACCCGTACTATCAACTGGTAGTGTTTGCTTC
CCTCTTTTTCGACCTATATGCGCATTCAACCAAAGCAAGAGAGCTCAATC
GTGCTGCAGGAAAGAAAATGTCTAACTCTGGCTTAGCAGATGGAGATGTT
ACTCACTCTCAATCATTGTGTTGTAAGGACAAGTTATTATAAATATTTCC
ACCCAAAAGAATCATTGATACCAAACGGAGTGCTGAATAGTTTGAAGCAC
TGAAGCAATTTCTTGAAAATGGAGGAAGTATTTTGGTAATGTCTGGCGAG
GGTGGTGAAGATAATATGAAAACAAATGTCAATTATTTCTTGGAAGATTA
TGGGATAAGTGTTAATACAGGAACAAAGATGATTTAACAAAGGAGCGATT
ATCTCTAGCAAAAATTTTAATTTTGGCTGGTCCAAGAGAAAAGTTTAAAG
TGACTGAGCTTGGAAAAGACAGTCCAATGGCAGGGCAAAATAATGTCATC
ATTTTTGATTGTTCAAAGAAAGAAAGTTTCAATCCTAATAATGGATTTAA
ATCTTGGTCAAGAAAGTTACGGAATAATTGGAAAGTTGTAATATGGCTCC
GGTTGCTCAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11659MSTRG.11659Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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MSTRG.11659.4.p1.exon8MSTRG.11659.4.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon7MSTRG.11659.4.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon6MSTRG.11659.4.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon5MSTRG.11659.4.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon4MSTRG.11659.4.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon3MSTRG.11659.4.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon2MSTRG.11659.4.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11659.4.p1.exon1MSTRG.11659.4.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11659.4.p1MSTRG.11659.4.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000085_pilongenomesc0000085_pilon:614635..637596 -