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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000084_pilon:987946..993017+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.11585.1.p1 ID=MSTRG.11585.1.p1|Name=MSTRG.11585.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5072bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000084_pilon:987946..993017+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
cTTACTCTTATGCATGTTTGAGTTTGATTTTGCATTTAAATTCCgttttt
ttttgtacattagtaTATTAAGTTtacgttttcaaatttgagaaTTGATG
CCAAATTGACATGGGATATATACTTGGGTAAGTTGTTTAAGTGTTCTTTG
CTAGTTTTGCTTTAGGGTAGAAAATCGAGTTTAATTACTATTCGGCTTtg
cactgggcgaaataataagagatttccaatcctggaagtttaggaaatat
catatttcataatatttccaaatctgaaattcattgaaatatcatgaaat
atgatatttcctaaACAGTTTTTAAGGGAAAGCCTTTGAAGGGTTATAAC
ACTTATAGGACTATGTATATATTTCCCAGTTTGAACTACAAGTGATTTTG
GTTGTTCAGAAATGCTGACTCGGTCGGTCTGGCCATACCCATGGTGTAGT
GCTGATGAGTCCCAATAAGGATGAAATTTATTCGCCTGCTCTGCCACTCA
ATCTtctgagtgaatataattggcTTCAGCCTCCCCGCTTTTTTGCTAAA
TAGACTTTTGTTCTCCGAAGCCTGGCGAATTCTATCTCACTTTTAGCCTT
TAGCCTTTAGCCCCTCCACTTTtgcggttgttccgccgggcttGTGGACA
GAAaatcttatttcttcacatctATTTTCTTAACAATAGAAAAACCACTA
TAATCTCTAAATCCAATTTTCCActtttagtttgtttttgacGATAATGG
TCATTAACAATGTTGACAGTCAAGAATTAAAACTGCGGAAACCTTATTCC
CAAAAGAATTGTCCTGCAACAATGACAAACCAAATGAAAGCTGCAAACAT
ACTAATCGCACGTAAAATCATCAGAAAACTCGAAAATATTACCTCTGTCT
TAGACTGCTCACAGCCGTGTGCGTCAGATAGTCTGTGTGCGTACTTTTCC
TACCATTCAGTGAACCGTCGTTGTCTACATTTTAAGGGTCTGTTGGCAGA
ACATACTATAGCTCAATTAATGTCAGACGGTTGGAGATATGGACGTAGTG
TCAATGGAaaggtattttctgataaatttcGTCTCAAAATTCTACACTCT
CCTTAGAACAAGTgcattttttctttccaaattccaAGAAAAACTTTTAC
CTTAAAGTGGAAGCTTAGTAGGGTGAAATTTAAGTTTGGGAAAACTTTGT
CACTTTTGCCtaaaaattttgccattttttcctGACTAAATTTCCCCCTT
TAATAAGGTAAAATTACTTGATTTTCCTcgtgattttcttcttttggaAA
TAAATTGTGAATCAATGTTGGTATTTCTACTGTTTTTCTCATtaaacccc
cttctcacagacccactgggaccccttccctctcgaaaaattagccaaaa
tatcgtcccggtggaaaattatccttcaatttttgtccccactgaaaata
atcaaataaacctaTCCTCACTGCAAACTATTtattattttcacattttc
actGACTTGAAAGCAAAAGAATTGAAgttcccagccataaaaaatatggg
actACCAgtctccatcgagtttcagtccgttatttttatccccactggct
gataaaaccACACTGGGTCTATgagaatttcgtgatttttgaaCCCTTAT
ACAGAgacttaattttctttttaatggtttttgcacccctttgagagact
ttcgagggtgtgaaaaaggcacctttatggctcgcacatacctgacACCC
ATTTTGTCGAAGTACCCACCTCCCCCGGGTTGAATGTACATGATTAATCT
TAGACAGGTTAAGCCACTGTGCTCTGTTTTCACCTAGTTCGTCATGGTGT
GGCGAAAAATCGAttgtgtttttctttatttagattgtGTTTTACACAAA
ACTGAGCACATGTGATACAGAATACTGTCAAAAATCATGTTTGTTTGATA
TCAAGGAATTTGTTGATGGTAAGCTTGTATCTACTACTATTTTCTTTTGT
CCTCTGTAATGTAAGACGAgcttcatctaagaggaacaaacgtgaagacg
ggaattttttacggGGGTGGCTGTTgtcacagactctatccgccgcgaaa
catattacgttttatatatacaaactatgttatatcataataatatatta
tacggacgatagcatcgtctaactCTAAACGAGAGTCAAAATTCCGAAAT
TACGACCTAAGTGTTGCTGAAGTGCGTACTATAcccgttttttataaaaa
tgaagttttcattTCACCATAAATATTCTtagattttatgaaaaattcca
tGATAACGATATTTttagcatgttcttaattttttagccaatttcATCGG
ATATTTTTATATAGTATATTCTGTGTTTAAATTAAGTCAATAAGTGAATA
AAATCAGTAAAATTAAAAGGTTaaagcttgttcttataaaaactacGTGT
ATTGAACAAAGGattgaaacaaaaataccattagatgtcAGAATGAATAA
AACCTTGCACATGTTAAACATCAAACTTTGTGATAACAGTTATCTATCAC
CAAGAAGATGCAGAAACATTTATctgacacgctaaagctctgaaggacgG
GAAGGTTTAGGTTATAAGCTCTTCAATGTTGAAATACTTGTCCTcgcaaa
tgtcttcattttctttttcatcaatttttttcaatgcagttttggaattt
tcagattcaggaatagtctgtctaacagaaaatgtataacatgtcgtagt
tttgttggttacatcagtcagaaaacacattttaaacacggcatttatga
aaaattcactatggtccttatagaatttcaaaatgacCGCGTCTAAAATT
TTTGCGGTGGATTCAACATTTCTGCTTTACgcgcaagggtagttgaaccc
gactggggaagcgacacatcaaaggccgactattctaatcctctccgatg
ggaagtTGGCCTGCTCTTTTAAAGCTTTAGcatgggcggccgccaatccg
ccatcgaaTATATACCAGATAATtataacttcttttttttttcgtctcaG
GTTTTATTCCGTATGGAGCGGGAAATGGTGACCAATTTGTTCGAGAAGGA
GATGACGTCACCGATTGTACTCCAGTTTCAGGGGATTTCCCCTTATTCAC
TACGAAAGGACATTATAGATTATGCGTGAGTCAATTtctacaatttatag
atctaatacagtgtgtcccgaaaaaaggaTAAAGAATTTacaacaataaa
taaaaatccatggataagatatattttttttggttttcccCTTGTTCACT
ACGAAAGGACATTATAGATTATGTGTGAGCCATTTgctacaatttataga
tctaatacagtgtgtcccgaaaAAGGGTAAGGAATTTACATCAATAAAAA
TCCATGAAtaagatatatttttttggttttaccCTTGTTCACTACGAAAG
GGCATTATAGATTATGTGTGAGCCATTTGCTACAATTTATAAGTCTACAG
TGTGCGCCGAGAAAAGAGTAaggaattttcaacaaaaaaaatccaTGGAT
AAGATATATGATAAGATACATTAGAATTTTACTATCAAACTTGCAATTCA
GTAGTCACCAAACATACCCTTACAatgtatccagctaaaagaataccctt
gtagtgcactccATCAAAAGTAcaaccttacagtgcatttcgagggtctc
gaaaaacctaccatTAAGGGCGGTAAATGCCGTaagtcggaccatatgag
tgcacCCCCACTCGGATTTtaccaagtttatgtatttgcacttttcagga
cggtagagtgactgaagcgattttgaAAAACCcacaattccgccccgcaa
aatcgaggaccgtaaaagtgctaatttaccgtcgtcctcagctggttagg
atctactcaaattagaaccttaccatctccgtcgctgaaaaacacacata
cataaacttgcttttATCTTAATAGATTCAACTGTATTTTAagatcgttt
ttttttaatttttcttaccAGATTTCTTCAAACGGATATTTCACGGTAGA
TACTCAAAGTTTTTCTTATACGCCATCATTAGAAAACAATGCACATATAA
TGATGATTCCGTTCAACGCAGATACAAGAAGTAATGGCTCCGACATATCC
TTCAGGATGACTTCAGATCCAAACGATATGATACTCATTGATGAAGCGAT
AATGTTGTCTCTTAATCGACCAGGTTATCCAGCAGACTATAAAACCAAAC
AAGCTTTATTGGTCACAAATAATAATATCCCTCATTATAAATATAGTCGA
TCTAATGAGAGATACCATTTTCAGACTGTGTTAGCGACTGATTTTACGCA
CACTTTTATATACATGAGTTTCGATCGTGTTGATGTTGGCGGACCGGATA
ATATCGGATTTAATCAACCAGGAATATGTACACGAAAGTTTGGATTGAAA
TCTGATGGGTCGTTGGTTACGAACAGTAATATTGGGATTCCTGggaaata
tgttttcttgGCGGTATGTTAAAAAAGAATAGGCTCtatattattaatat
ttttatttcatacaCCCTGTGTTACAGGCCCATTGGGACCCAAGTCCAAC
TGGAaaatttaagcaaaaatttcatccatggtgggaaaataccattgaat
ttcagctccactcggaaattgactttgatttcatccccactcgaaataaC
ATGTTTAAAAAGaccactccaaaaccatccccactagggtttttaacctt
ggaagaatagaatttctatccccattgggatttcaatatgaatctttatc
cccactgaggaaaaaagttccaacggggctgtgagacaggggtgttttca
ttgttcattttttaaaacaaactgATTTCTCAGTTCAGTACCTTGAAAAC
ATGTACTCTAGAGGAAAGTACTCTTTGTCTGAAAGGGAGTACTTATGGAA
TAAACGTTTAAGAGGTGTCTTGAATATCCAGAAAACGTTGAAAAGTTAAT
TTGatagtttgattattttgattttgtcctTATACTTTGTctcattttat
aattttacttgctcttttaata Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000084_pilon:987946..993017+ >MSTRG.11585.1.p1 ID=MSTRG.11585.1.p1|Name=MSTRG.11585.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5295bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000084_pilon:987946..993017+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGGATATATACTTGGtttgtttttgacGATAATGGTCATTAACAATGT
TGACAGTCAAGAATTAAAACTGCGGAAACCTTATTCCCAAAAGAATTGTC
CTGCAACAATGACAAACCAAATGAAAGCTGCAAACATACTAATCGCACGT
AAAATCATCAGAAAACTCGAAAATATTACCTCTGTCTTAGACTGCTCACA
GCCGTGTGCGTCAGATAGTCTGTGTGCGTACTTTTCCTACCATTCAGTGA
ACCGTCGTTGTCTACATTTTAAGGGTCTGTTGGCAGAACATACTATAGCT
CAATTAATGTCAGACGGTTGGAGATATGGACGTAGTGTCAATGGAaagat
tgtGTTTTACACAAAACTGAGCACATGTGATACAGAATACTGTCAAAAAT
CATGTTTGTTTGATATCAAGGAATTTGTTGATGGTTTTATTCCGTATGGA
GCGGGAAATGGTGACCAATTTGTTCGAGAAGGAGATGACGTCACCGATTG
TACTCCAGTTTCAGGGGATTTCCCCTTATTCACTACGAAAGGACATTATA
GATTATGCATTTCTTCAAACGGATATTTCACGGTAGATACTCAAAGTTTT
TCTTATACGCCATCATTAGAAAACAATGCACATATAATGATGATTCCGTT
CAACGCAGATACAAGAAGTAATGGCTCCGACATATCCTTCAGGATGACTT
CAGATCCAAACGATATGATACTCATTGATGAAGCGATAATGTTGTCTCTT
AATCGACCAGGTTATCCAGCAGACTATAAAACCAAACAAGCTTTATTGGT
CACAAATAATAATATCCCTCATTATAAATATAGTCGATCTAATGAGAGAT
ACCATTTTCAGACTGTGTTAGCGACTGATTTTACGCACACTTTTATATAC
ATGAGTTTCGATCGTGTTGATGTTGGCGGACCGGATAATATCGGATTTAA
TCAACCAGGAATATGTACACGAAAGTTTGGATTGAAATCTGATGGGTCGT
TGGTTACGAACAGTAATATTGGGATTCCTGggaaatatgttttcttgGCG
GTATGTTAAATGGGATATATACTTGGtttgtttttgacGATAATGGTCAT
TAACAATGTTGACAGTCAAGAATTAAAACTGCGGAAACCTTATTCCCAAA
AGAATTGTCCTGCAACAATGACAAACCAAATGAAAGCTGCAAACATACTA
ATCGCACGTAAAATCATCAGAAAACTCGAAAATATTACCTCTGTCTTAGA
CTGCTCACAGCCGTGTGCGTCAGATAGTCTGTGTGCGTACTTTTCCTACC
ATTCAGTGAACCGTCGTTGTCTACATTTTAAGGGTCTGTTGGCAGAACAT
ACTATAGCTCAATTAATGTCAGACGGTTGGAGATATGGACGTAGTGTCAA
TGGAaagattgtGTTTTACACAAAACTGAGCACATGTGATACAGAATACT
GTCAAAAATCATGTTTGTTTGATATCAAGGAATTTGTTGATGGTTTTATT
CCGTATGGAGCGGGAAATGGTGACCAATTTGTTCGAGAAGGAGATGACGT
CACCGATTGTACTCCAGTTTCAGGGGATTTCCCCTTATTCACTACGAAAG
GACATTATAGATTATGCATTTCTTCAAACGGATATTTCACGGTAGATACT
CAAAGTTTTTCTTATACGCCATCATTAGAAAACAATGCACATATAATGAT
GATTCCGTTCAACGCAGATACAAGAAGTAATGGCTCCGACATATCCTTCA
GGATGACTTCAGATCCAAACGATATGATACTCATTGATGAAGCGATAATG
TTGTCTCTTAATCGACCAGGTTATCCAGCAGACTATAAAACCAAACAAGC
TTTATTGGTCACAAATAATAATATCCCTCATTATAAATATAGTCGATCTA
ATGAGAGATACCATTTTCAGACTGTGTTAGCGACTGATTTTACGCACACT
TTTATATACATGAGTTTCGATCGTGTTGATGTTGGCGGACCGGATAATAT
CGGATTTAATCAACCAGGAATATGTACACGAAAGTTTGGATTGAAATCTG
ATGGGTCGTTGGTTACGAACAGTAATATTGGGATTCCTGggaaatatgtt
ttcttgGCGGTATGTTAAATGGGATATATACTTGGtttgtttttgacGAT
AATGGTCATTAACAATGTTGACAGTCAAGAATTAAAACTGCGGAAACCTT
ATTCCCAAAAGAATTGTCCTGCAACAATGACAAACCAAATGAAAGCTGCA
AACATACTAATCGCACGTAAAATCATCAGAAAACTCGAAAATATTACCTC
TGTCTTAGACTGCTCACAGCCGTGTGCGTCAGATAGTCTGTGTGCGTACT
TTTCCTACCATTCAGTGAACCGTCGTTGTCTACATTTTAAGGGTCTGTTG
GCAGAACATACTATAGCTCAATTAATGTCAGACGGTTGGAGATATGGACG
TAGTGTCAATGGAaagattgtGTTTTACACAAAACTGAGCACATGTGATA
CAGAATACTGTCAAAAATCATGTTTGTTTGATATCAAGGAATTTGTTGAT
GGTTTTATTCCGTATGGAGCGGGAAATGGTGACCAATTTGTTCGAGAAGG
AGATGACGTCACCGATTGTACTCCAGTTTCAGGGGATTTCCCCTTATTCA
CTACGAAAGGACATTATAGATTATGCATTTCTTCAAACGGATATTTCACG
GTAGATACTCAAAGTTTTTCTTATACGCCATCATTAGAAAACAATGCACA
TATAATGATGATTCCGTTCAACGCAGATACAAGAAGTAATGGCTCCGACA
TATCCTTCAGGATGACTTCAGATCCAAACGATATGATACTCATTGATGAA
GCGATAATGTTGTCTCTTAATCGACCAGGTTATCCAGCAGACTATAAAAC
CAAACAAGCTTTATTGGTCACAAATAATAATATCCCTCATTATAAATATA
GTCGATCTAATGAGAGATACCATTTTCAGACTGTGTTAGCGACTGATTTT
ACGCACACTTTTATATACATGAGTTTCGATCGTGTTGATGTTGGCGGACC
GGATAATATCGGATTTAATCAACCAGGAATATGTACACGAAAGTTTGGAT
TGAAATCTGATGGGTCGTTGGTTACGAACAGTAATATTGGGATTCCTGgg
aaatatgttttcttgGCGGTATGTTAAATGGGATATATACTTGGtttgtt
tttgacGATAATGGTCATTAACAATGTTGACAGTCAAGAATTAAAACTGC
GGAAACCTTATTCCCAAAAGAATTGTCCTGCAACAATGACAAACCAAATG
AAAGCTGCAAACATACTAATCGCACGTAAAATCATCAGAAAACTCGAAAA
TATTACCTCTGTCTTAGACTGCTCACAGCCGTGTGCGTCAGATAGTCTGT
GTGCGTACTTTTCCTACCATTCAGTGAACCGTCGTTGTCTACATTTTAAG
GGTCTGTTGGCAGAACATACTATAGCTCAATTAATGTCAGACGGTTGGAG
ATATGGACGTAGTGTCAATGGAaagattgtGTTTTACACAAAACTGAGCA
CATGTGATACAGAATACTGTCAAAAATCATGTTTGTTTGATATCAAGGAA
TTTGTTGATGGTTTTATTCCGTATGGAGCGGGAAATGGTGACCAATTTGT
TCGAGAAGGAGATGACGTCACCGATTGTACTCCAGTTTCAGGGGATTTCC
CCTTATTCACTACGAAAGGACATTATAGATTATGCATTTCTTCAAACGGA
TATTTCACGGTAGATACTCAAAGTTTTTCTTATACGCCATCATTAGAAAA
CAATGCACATATAATGATGATTCCGTTCAACGCAGATACAAGAAGTAATG
GCTCCGACATATCCTTCAGGATGACTTCAGATCCAAACGATATGATACTC
ATTGATGAAGCGATAATGTTGTCTCTTAATCGACCAGGTTATCCAGCAGA
CTATAAAACCAAACAAGCTTTATTGGTCACAAATAATAATATCCCTCATT
ATAAATATAGTCGATCTAATGAGAGATACCATTTTCAGACTGTGTTAGCG
ACTGATTTTACGCACACTTTTATATACATGAGTTTCGATCGTGTTGATGT
TGGCGGACCGGATAATATCGGATTTAATCAACCAGGAATATGTACACGAA
AGTTTGGATTGAAATCTGATGGGTCGTTGGTTACGAACAGTAATATTGGG
ATTCCTGggaaatatgttttcttgGCGGTATGTTAAATGGGATATATACT
TGGtttgtttttgacGATAATGGTCATTAACAATGTTGACAGTCAAGAAT
TAAAACTGCGGAAACCTTATTCCCAAAAGAATTGTCCTGCAACAATGACA
AACCAAATGAAAGCTGCAAACATACTAATCGCACGTAAAATCATCAGAAA
ACTCGAAAATATTACCTCTGTCTTAGACTGCTCACAGCCGTGTGCGTCAG
ATAGTCTGTGTGCGTACTTTTCCTACCATTCAGTGAACCGTCGTTGTCTA
CATTTTAAGGGTCTGTTGGCAGAACATACTATAGCTCAATTAATGTCAGA
CGGTTGGAGATATGGACGTAGTGTCAATGGAaagattgtGTTTTACACAA
AACTGAGCACATGTGATACAGAATACTGTCAAAAATCATGTTTGTTTGAT
ATCAAGGAATTTGTTGATGGTTTTATTCCGTATGGAGCGGGAAATGGTGA
CCAATTTGTTCGAGAAGGAGATGACGTCACCGATTGTACTCCAGTTTCAG
GGGATTTCCCCTTATTCACTACGAAAGGACATTATAGATTATGCATTTCT
TCAAACGGATATTTCACGGTAGATACTCAAAGTTTTTCTTATACGCCATC
ATTAGAAAACAATGCACATATAATGATGATTCCGTTCAACGCAGATACAA
GAAGTAATGGCTCCGACATATCCTTCAGGATGACTTCAGATCCAAACGAT
ATGATACTCATTGATGAAGCGATAATGTTGTCTCTTAATCGACCAGGTTA
TCCAGCAGACTATAAAACCAAACAAGCTTTATTGGTCACAAATAATAATA
TCCCTCATTATAAATATAGTCGATCTAATGAGAGATACCATTTTCAGACT
GTGTTAGCGACTGATTTTACGCACACTTTTATATACATGAGTTTCGATCG
TGTTGATGTTGGCGGACCGGATAATATCGGATTTAATCAACCAGGAATAT
GTACACGAAAGTTTGGATTGAAATCTGATGGGTCGTTGGTTACGAACAGT
AATATTGGGATTCCTGggaaatatgttttcttgGCGGTATGTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000084_pilon | genome | sc0000084_pilon:987946..993017 + |
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