MSTRG.11448.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11448.1.p1
Unique NameMSTRG.11448.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000083_pilon:216553..231531-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11448.1.p1 ID=MSTRG.11448.1.p1|Name=MSTRG.11448.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14979bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000083_pilon:216553..231531- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCAGTTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGAT CGGCTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCGGCTGAGGATCTTGAAGTGAGT TGATCGACTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCAGCTGAGGATCTTGAAGT GAGTTGATCGGCTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCAGCTAAGGATCTTG AAGTGAGTTGATCGGCTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCGGCTGAGGAT CTTGAAGTGAGTTGATCGCTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCGGCTGAG GATCTTGAAGTGAGTTGATCAGCTGAGGATCTTGAAGTGAGTTGATCGGC TGAGGATCTTGAAGTGAGTTGAGGGACCTTCTCTCCAGTATTGTTGAAGA TACGGTAGTTGATACGAGGATTTCGTCTACCAGACATGCAGTGCACTTTG TTTGAATGTGCCGTGTCAGACTGCACACGAGCGGGGAATGGTTTGGAACA ATCAAAATATCGGTAGCATGTCAACTATCTTTATTGATATCAGAAGGTTC AAACTAGAAAAGTAAAAAATGACAAACATAAGGACTAGAAAAACAAAAAA ACAAAACAGAAATTTTCTAAGTTCTGAGGCTAGTGTAGTACTAGCCAAAG ATGGCTCAGAGAAAGACAAGTCTTAAGACAAAACACTATTATCAAATTCA TTGTAAAATTATATGATGTAATAGTATAAAGTAAAAGTGAAAGATAGACT AAAAATATCTACCCTAACCTAAGTCCAGTGCTGTGCCTCAACACTGGACT GGTGAGCTGATGGGAGAACAAAAAGCAAAACAAAAACAAAAATGTGGCCA TGCAAAAAGGTTGCAAAAAGAGGAGTGGCAAAAGAAACTTACCAAATTGG CCACATGTGTGAGCTGGTGAAAATAGCCAAAAGAAAACACTACTGATGTG TTGACTGGTCAGTGAGTGTGTGTGCAAGTGTAAAGTGTATTAACAAAAAT AAAAAAGTGTATTAAATTTGTTGCATCCTCTCAAGAAAACATACATCTTG TCTCTATGAAGTATTCTCAAGAATGAATAGAAAAATGACACAAATCAACT CTTATATGCATGTGTGAGAAATCACTGCCGACCAATTATAAACTAATTAT AAAAAGAGAAACGCTTTTTTATAAGTCAGTGTTTTTTACACTTTTGGCAA AAACGTGAAAATTTGGGCACTTTTTTAAAACCAAATTTTAGAGAGCAAGT TTTCGTTCATTATCAAATTTAGTGGTTCTATTGGAGAGAGAAAAGATTAA AGATTCCATTCCTTTTTAAATGAACTATATAGCGTTGTTGTATTAAAAGT AACGATCTTTCAAAGTTTGGAGCAGTTAATCATAAATTTATTCCATTGGG AAATGGAAGAAATATTCCATCGGCAATAGCTCATTGAGTTTTTAAGCTTT TAGGCTAAAATTTGGCAGGCAGAAGCCTTTAAGCGTTCGCAATCCATAAA AGGAAGAATTATTCCATTTAGAGCAATTCTGGAGGAGTTATTTCACTTTT TCGTTGGATAAATCATTAACTTCATTCAAAATTTTATTGGGTAGTATTTG AGAAATCATGTTCAAGCAAGCATTTGTTCAATCTCAAGCATCCCTAGAAT TGAAGAGTTAACATTTTTTTGGAAATGGAGCATGCCGCCGGGATTCCATA TTTCACTTTTTGCATAACCCCCTATCCTGGTACTCTTTTTTTATTAGTTT GGTAGAAAAGGTCTCATTTCAGAAGTATCTTTTTGTAAAGAATAATTTTA CACCACCTGATAGCCTGCTTTATCCGTAGGGTAAGATATAAATTCATTTG GAGCTCTCTAGAATGACATATTCCAAATTTACAAAAAATCATTCATGTCA CGGATGGAATGATTCATCCTAAATGACTTGCTACATTCGAATGTTTTCAT CAAATCCTTTCGAAGAGAAGGTTAGATAATCACTTGATAAAGCGTTACTT GTGATAGAGAGCCTTCTAAGATTGATATATTCCTAACTAGTTCTTGTGTT AAAAAAATACGAAATAAATTACCCAGAAGCATCTTAACGTTCATGTCAAG TTATAATCCATAATCTGAGCTTCTCGTTCAAAAGTGCTCCTTTTTACAGA CTTGTTTCATATTATGACAAAGAAACTTTCCATCGAAAGTATTGTAGTTT AGAGCGTGCAAAGAATATTTATTCCATGAAACTTTTGAAAAATGCCAGAA AATATATATATTTTTGTTGGAATTCGAAATGTTAGATTGCTTGGGTGACT GGTAGACTTCGACTTCTTTGCATTATTAGAACTAGGTAGCCCTTTAAAAA CGGAATATTTCATCCACTTCTTACTTCTACAATTAATCGAGTTCATGATA CTTATTATGTTTCTAAGCTTTTCAACTGGGAATAGTCCGAAGAAGCTCAA AGAGGTTACTATGGTTAGGTTTTTCTGATATTTCTTGTTGGAATATTAAT CTTTCTCAGCTCCTTTAGATTATTTCATTATTATTCATTGTTAAAATTCG TTAACTTTATCTTGATATGTATTATGAGTTCATGCTAAAAATTCTTTCTT TGTTCGATAATCAATATGGTTAAATAATTTTGCTTCCATATAGTCCAAGT TAAATGGAATGTCAAATACTTATTGACTCTGTAAGGGTTGGAATATCATT CTAAAAACTTTCTAGGGTAATCTTGTACGACTCAGCAGACTTTCCACCAA GTTTAGATGTTATAGGATTCAAAATCATTTGATAAAACCTTAAAAATTTA TGCTTAGCTTTAACTGACTTTTGTGACGGAATAAGCAATAAAAAAGTGCT CTTCGCTTGTGCTTTTCGAATTTCAGGGATGAAGGTGTAAGGAAATTGTA TTTAGAACTTTGAAATTTGTATATAACAATTTCAAATGAGAAAAACACAA AATCTAATTTTTTGGAATATCTCATCAAGTAATGCTCGAGGAAAAAGTTT CAACAGATTTGAAATGATAATTCGCAACTTATTGGAAGTTTTCATCCCAA AATACTCAAGAATCGTGATTTTAGACTGAAAAAAACCGTTTTTGACGTAA ATTAGTTTTCACGTTTTTGCCAAAAAGTGTAAAAAACACTGACATAAGAA TATTTAAATCTAAGAAACATATTTTAATGCAAAATAAATGTGCTTATAAA GAAAATAGAAAATGATACTTTTTATAGGAAACAAAGTATGTGAAATATTT TAGCAAGAAGGAAATTATTTCCCCTTTTCTAATTAGACATTAGTTCATTT TACAGTGTTTTAACCTGGGTTGGGTGCAGCAGATCCAAGGGGAAAGCCAT CTCACTTCGAATAACCGAATTATTCGAATAAGTGCAAGTTCCAATAACAT AATAATAGGGAGTCTAAATGTAGATAGAACAAGAAGGGAATAAGCAAACA AGATAGACCTTTAAAGATAAAAGTAAAAATTTTGTATACAAAAGATTTCT AGTTTTTTTGTATTCGCATAAGACATTAGCGAGCACCTCGCCAAAAAACG ACTCCACTGCACTTTAACAATTTTTGAAAAATAGAAGTATATTTACGCAA ATTCGATTTTTTTGCTACTGCAAGAGCTCCGAAAGTTTAGTGACGTCCTG GACTCAATAACACTTAACAGAGGCATACCTCAGTACAATAGGCCTTTTTA TGACAAAAAAAATGATTTACCAAACTAAAATTTAAATAATATTTCGACAG AATGATAATATAAAACTATTTTTTTCTCTTGTATATGAAGGACACAGAAC 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AAGTCTAAAAAAGTAAGAATAAGTTAAGAATATTTCACCCTCAATTTTGG CAGTTTCTTAAGAATACTTAACCCTCGTCTAAAGTACACCATTCTTATAA AAAAAGCGTGTAATTGAAGTACCGATTGACGTCAAATGAGCTTAGTAAAG CTCAAATTGCAGATGTAGAACGATAAACTCGGTATACATTCACTCACCAT CTGGATAAGGCTATTACTGTGTCGTACTAACATTCTGCCGATTGGTAGTG TGAAGGATTCGATCACAGACTTGCACTGTAATGGACTGTGTTCGAATCCC ACTGCCAGACAGGCTTTTAGGGAAATATGGTATACCTTCACTCGTATAAC CTTTTTCTGTTCGGTAGAGAATACTAAATTTTCACACCTTGAGCATAATG ACATATCTGACAGTAAGGTGTCATAAAAATTGACACTTTTCCAATACAAA TTTATGTTTGATGTCAATTATATCGTTTAAAACCGTGATTTATTGAATAT TTAGGATAAAATAATATTTTTAAACCAATGGAACTTTTTTTCTAAAGCCT TTGTTTGTATACAATCAGATACAATATCTCTTTGGAAGATCAAAGAAATT TTCGATTTTTGCTCACTTTAGGCATGATTTAAGAAAATAAAGGCTGGTAC ATGAAACCCCTCGTCAATTTCAATTTTACAAGCTTTTTCGCATTTAACTG ACACAAATGTGGAGCAAGATTGGTCAGAAAGAAGTAAAGAAAAACATATT TTTTGCTTATTCAGCACGAAATCGACCATAATATAATAATAGGAGATAGC GGCCTGATATAAATATGTGTCTGATATGAAACGGGAACACTTATGTAAAT ATAAAACCTTTTTTAACCCTACTGGCGTGTATTTCCTGTCAGTTAAATAT ATTTTTTTTAAACTTTCGATTATAGTTTGGTTGACAAGTTGATGGAAGAA GGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGGGTATTAAACATGAAATATCACATGT ACACAATGAAGAATTTCATATTACGTTGGATAAAGAATCGTATCACCACC ACGAAAAATGAGTTTAATACCTGTTATAGTAGGTCAAATGAAGAAAGACA AAGTACCAAGCATACCTACTTCTGAGCGTAAGTCAGGACATCACTCTAAG TGTGTGTAGAGAAAACATAACAGTCGTAGAGAAACTTAAAGTTTGTTGCA TCAAGAAACTTAAAGTTCCTTGGTTACATGTACTATAAAAATATATCTTT ATTTTAATTACGCGATTATGTACCTAAACAATGGCTCTATTGTTTAAGAA CAACAGAATGCTAATCATAATGCGAGCCTATCAACCTATTAATCTATTAA CAGCTATTGGCAATATTGTCAACTTGTGTGGGGATTGGTAAAGAAGTTTT GTGAAGGCATTTCTTAAGTTCCCTAAATGACTGAGTACTCATTATGCCAG CCCCCTCAACAATTGCCAAGGGTTAGGATAGATACTTATTGAACAATATC GGTATCTAAATAACTTCGTCATATTCAGTTTTTATTTAATAGATAGATAT AGCTTTTATATATTTCAGATTTCAGATGATATTTTTGTACCATTGTAAAT GGTTTATTACGTATATTAAATTTAATATTTTACTATATATTCAAAGAAAG AAGGATAAACTTAATTATACCGAATAGAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000083_pilon:216553..231531-

>MSTRG.11448.1.p1 ID=MSTRG.11448.1.p1|Name=MSTRG.11448.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2970bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000083_pilon:216553..231531- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTGGTTGACAAGTTGATGGAAGAAGGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGG
GTATTAAACATGAAATATCACATGTACACAATGAAGAATTTCATATTACG
TTGGATAAAGAATCGTATCACCACCACGAAAAATGAGTTTGGCGTCAGTT
ATGATCCCTGGGTTTACAATTAATCGAATATGTTGGGCATCTGCTATCGT
TTTGAGGAAATTTTCGAGTACAATGATTTCACATGGTACACAGAAAGCAT
TAGTGACGACTATTGGGTTGGGTTCAATTCCTGTCATTATAAAGCCTATT
GACAGGACACAGAACTTTACCATGAGAATGGACACCTCTATGCAAATCGA
AAAGCAGCAGAGATTTTCATTGAAGCAGCATTATGGCAAGGTTATGCCAA
CGAGGTTGGAGAAGCTTTTAGACAATTTGTATCAAAAAGAGTTGTCGGTT
TAAGTTATGCTGTAGCTTCATTCTATTGCTTATCTGATGCAACAAGCAAA
GCATATCTCGTCAAAAAGATGAGTGATCAGACCAGAGCAAAGCAGAAAGA
TGATGAGATAGATTATTTCAGAGATACTCCAATAAGATACTTAGTTTGGT
TGACAAGTTGATGGAAGAAGGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGGGTATTA
AACATGAAATATCACATGTACACAATGAAGAATTTCATATTACGTTGGAT
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CCTGGGTTTACAATTAATCGAATATGTTGGGCATCTGCTATCGTTTTGAG
GAAATTTTCGAGTACAATGATTTCACATGGTACACAGAAAGCATTAGTGA
CGACTATTGGGTTGGGTTCAATTCCTGTCATTATAAAGCCTATTGACAGG
ACACAGAACTTTACCATGAGAATGGACACCTCTATGCAAATCGAAAAGCA
GCAGAGATTTTCATTGAAGCAGCATTATGGCAAGGTTATGCCAACGAGGT
TGGAGAAGCTTTTAGACAATTTGTATCAAAAAGAGTTGTCGGTTTAAGTT
ATGCTGTAGCTTCATTCTATTGCTTATCTGATGCAACAAGCAAAGCATAT
CTCGTCAAAAAGATGAGTGATCAGACCAGAGCAAAGCAGAAAGATGATGA
GATAGATTATTTCAGAGATACTCCAATAAGATACTTAGTTTGGTTGACAA
GTTGATGGAAGAAGGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGGGTATTAAACATG
AAATATCACATGTACACAATGAAGAATTTCATATTACGTTGGATAAAGAA
TCGTATCACCACCACGAAAAATGAGTTTGGCGTCAGTTATGATCCCTGGG
TTTACAATTAATCGAATATGTTGGGCATCTGCTATCGTTTTGAGGAAATT
TTCGAGTACAATGATTTCACATGGTACACAGAAAGCATTAGTGACGACTA
TTGGGTTGGGTTCAATTCCTGTCATTATAAAGCCTATTGACAGGACACAG
AACTTTACCATGAGAATGGACACCTCTATGCAAATCGAAAAGCAGCAGAG
ATTTTCATTGAAGCAGCATTATGGCAAGGTTATGCCAACGAGGTTGGAGA
AGCTTTTAGACAATTTGTATCAAAAAGAGTTGTCGGTTTAAGTTATGCTG
TAGCTTCATTCTATTGCTTATCTGATGCAACAAGCAAAGCATATCTCGTC
AAAAAGATGAGTGATCAGACCAGAGCAAAGCAGAAAGATGATGAGATAGA
TTATTTCAGAGATACTCCAATAAGATACTTAGTTTGGTTGACAAGTTGAT
GGAAGAAGGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGGGTATTAAACATGAAATAT
CACATGTACACAATGAAGAATTTCATATTACGTTGGATAAAGAATCGTAT
CACCACCACGAAAAATGAGTTTGGCGTCAGTTATGATCCCTGGGTTTACA
ATTAATCGAATATGTTGGGCATCTGCTATCGTTTTGAGGAAATTTTCGAG
TACAATGATTTCACATGGTACACAGAAAGCATTAGTGACGACTATTGGGT
TGGGTTCAATTCCTGTCATTATAAAGCCTATTGACAGGACACAGAACTTT
ACCATGAGAATGGACACCTCTATGCAAATCGAAAAGCAGCAGAGATTTTC
ATTGAAGCAGCATTATGGCAAGGTTATGCCAACGAGGTTGGAGAAGCTTT
TAGACAATTTGTATCAAAAAGAGTTGTCGGTTTAAGTTATGCTGTAGCTT
CATTCTATTGCTTATCTGATGCAACAAGCAAAGCATATCTCGTCAAAAAG
ATGAGTGATCAGACCAGAGCAAAGCAGAAAGATGATGAGATAGATTATTT
CAGAGATACTCCAATAAGATACTTAGTTTGGTTGACAAGTTGATGGAAGA
AGGAGTTGAACTTTCAAAAAGACTGGGTATTAAACATGAAATATCACATG
TACACAATGAAGAATTTCATATTACGTTGGATAAAGAATCGTATCACCAC
CACGAAAAATGAGTTTGGCGTCAGTTATGATCCCTGGGTTTACAATTAAT
CGAATATGTTGGGCATCTGCTATCGTTTTGAGGAAATTTTCGAGTACAAT
GATTTCACATGGTACACAGAAAGCATTAGTGACGACTATTGGGTTGGGTT
CAATTCCTGTCATTATAAAGCCTATTGACAGGACACAGAACTTTACCATG
AGAATGGACACCTCTATGCAAATCGAAAAGCAGCAGAGATTTTCATTGAA
GCAGCATTATGGCAAGGTTATGCCAACGAGGTTGGAGAAGCTTTTAGACA
ATTTGTATCAAAAAGAGTTGTCGGTTTAAGTTATGCTGTAGCTTCATTCT
ATTGCTTATCTGATGCAACAAGCAAAGCATATCTCGTCAAAAAGATGAGT
GATCAGACCAGAGCAAAGCAGAAAGATGATGAGATAGATTATTTCAGAGA
TACTCCAATAAGATACTTAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11448MSTRG.11448Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11448.1.p1MSTRG.11448.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11448.1.p1.exon5MSTRG.11448.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11448.1.p1.exon4MSTRG.11448.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11448.1.p1.exon3MSTRG.11448.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11448.1.p1.exon2MSTRG.11448.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11448.1.p1.exon1MSTRG.11448.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000083_pilongenomesc0000083_pilon:216553..231531 -