MSTRG.1136.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1136.3.p1
Unique NameMSTRG.1136.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000005_pilon:2787741..2794247+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1136.3.p1 ID=MSTRG.1136.3.p1|Name=MSTRG.1136.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6507bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:2787741..2794247+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AGATTCCTTTATTATTTTCTAATGTTTGCAGCCCGTAGAGAGACTTTTGA
ACGTTACAAATTACAAACTTAGCCTTCTCGTCTGCATATACTCTGCATTC
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gaagtaagttttttttttaaattgcaaCTTTTATATCCAATTTTATCTAG
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ATGAGAAAATTGATACGAAAAGAATAGAACCTTGCTACGATCCAGATATC
AATCCCTAAGAGCTTTCTTCTTGTTCAATCTTGCCGTACTTTTTCAAAGT
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GCCGACAGCTAGAAGTagatacaatcatggtcgaaatatattgagatttt
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tttagcacttccactttctttcattgagtatttcgattttagaggggttc
ggtggcttctaggctatgttaaaactctactttccaactgtagtttaagg
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CTCAATCTGTCATTCGGAATGAAGAACGAATATTTTGCTGCCTCTGGGAA
TGGTTGATTATTGCTCCCTAGCATTTTGCTATATTTTATTGGTTAGGACA
AAATAAGGTGTGAAAGCTGGCCTTCgtatacaaaaaaaattgatgtagtt
tcttgtcagggtaaaattttcaatatttaaatgCATATTGCGCTGTTAGG
acaaaaaaacacgtttgaaatggtaaacagttactaaaaataaaacaaat
tacaaaaattcaatttataAGTTGAAGCAACTCCATTCAATTTGCGATTT
TCGAACGAGTGGGTCTTTTAAAATGAGGTGCTTTTGAAGCTTCGTGATTT
CGATTACAGATATACATTCTTTATATTAATAAAACTATTGTATGGAACGT
TAAGGCCTTGAAAGGTTGCCGTTGaagtgaaaaaagcaaaaaaaacggGG
TTTTTCGACTCTAATGAAAAAATTCTTGAGACTGTAACGTCCGATGAagg
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TTTAGCTCTACCAAAAATGACGTTTCTAGAATTAAAggataaaaattcat
tttttcttcttcatagtCTTTTGAATTACTTTTCTCAGAAATTATAGTgt
tctgaattatcttttcaacgatatAATGGCATGTTAAAATTGTGGAAATG
GACTTTAGATGCTTGTAAACGTAGGGTCGGAAAGTCTTTAGCCTGGAGTT
ATATTTGAATCGACAAAATACGCAGTGTTTCCGTCTGATGTTGGAATGTA
AATCGCTTAAGAAAGACCAGTTGGTAAACCAGAAACATCAAGAATAAAAA
CCTGATCTTTCCAGGCTAATTCTGGCCCTGCAAAGCAATTCTTGATACAT
TTATGATACATATTGAattgttataggtaagtacGGTACCGAACTACCGG
ACAGAAAAAGGCCGGTAATAACATGTCATCGAAAACCTTGAAACCACCTT
TGGGAGCTAAAGCCTTTATcaagaatgaaaaagaaattgttctTCGAATT
CTTAAGATacttattaaaataaaaacggtcaaaaacaggaaaattgaCCA
ACTCACCTCATactcactttttttttataagaaccagtaaaatttttgct
gaggctcggctgttcttatttttttggcactttgagccttgaattgttct
tactttgttcttatattttctaaggtaaaaaacaagttttgctttggcta
tttactttactatttagaggattttagaaaccagtgattctttttgctat
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ttggtatttttgcgcctcattgttcttataaaattgttcttataaaaaaa
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ATCTGAGTAtaaatattcgatttttttatatatacctATATAACTTCGGG
TTCCATATTATACAATGGTTCTTATCCCGCTCTagtaaatatcaaaaaat
actGTACTAAATATAGTATGCATAATCTAAATATTTTAGTCTATGGTGTA
CTTTTATTGCAGAATTGGCTTGAGCTGAGATAGGTAACCTGGAGAATAAT
ATAGATATCCGACTCCCTGCTGGCATACAATGTTGCTTCAaagtttatct
aatgttcacaacgtcaatataacgttagatgaacgttgaaaccgAGTGGG
CATGGAATTGGCGTGCGTAGGGAAATCGAGGACATACTCGAgcacaaaaa
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aaaaagaaattgatcTATTTTAGGcttacccaatttttactactatTGAT
TAACTCTTTTCTTGAGCAGTGATTTCATGCTCAGCTTTGTTCTTGGTATG
TTCTTATTGTTGGACATCTTTTAGCCTCGTTTGTCTCATAAAATTGTTCG
TAAAAAGGGTATAAAATGAGTTTTTGCATACGTGTATATATAATAAAAAG
TATgttccaaaaatattaacagTCCACACATTTTCATACATTGATGAAAT
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taagaatgtccatgatgaaaatagcaaaaaaattaagaatgatATGCTAA
GAATCTCacaatcatggaattttgctactcaagctaagccatttttagaa
cattttcaattataagttgtcaattacccccaagtaaggttagctccttt
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agtctgaattaggatcctaacctaagaatgctgtaagaatattttaggat
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ttcttataaaaaaaagcgtgtatataaagatttcaaaaatggaaaTGAAG
GGCATAAAttcaagaattttaatttttcgcaATTTGTCAAATCTTTTAAC
GCTGTAAGGTTATTTGGAACAAatgttaatttaatttttgctatttgttc
ttttaaagcaAATATACACTATGGCTTACAAATCACTGGAGCAATGGGAA
CGTCAACGAAGTCACATGCTGGTTCTGATGGCATTCCAACAACTCATGAA
CggtattgtttttgttttgttttgttacaGTCAACTAATTTGGAAACCTC
TATCATTCGAATCGCTTTATAactcgaactaaaatattggtccacTCAGC
CGGAAAGTGACGAATCATTAATAAAAATAAGCGTATTTGAGATTTTGGCA
AAAAGCCTGTTTTTCAGCCCATTTGTGATGATgtcattaaaaatcaaatt
gaatatctcaagacCCATTCAACTAAAATTCATGAACTTTACACGAATAG
CACAAGTTCGTTTCACGATTTATTATACTACGAGGGGTGATGATGGGTGA
AAAACATTCCTGAAAATTGAGACCTGTATTAATTTACGTCTGAGcctgaa
gatcgaattagagagtctGAGtctgaagatcgaattagagagagtcaact
gtacagTTTGTTTAACTACAAAATGTAAGGGGAAAGGTTCTCAAAATGAT
TTGGACGAAGAGATCAAGCATTTGTAACTTTAGAGGCCTTTTAGGTGATG
CCATTTTAGGTGGTGCTTATGCCATTTCATAATATGATACTTATGGTATT
GTTCCAAATTTCCACGTTTCGATATTAGCCagcacaaaactttaaaacaa
gcGCCTGGCTACGTTAATATAGCTGTCATATgttacgagggactgatttt
taaGACAAAAGTCCATTTTATTATCTGGGAAGGAAAAATTCACTAAGAGC
ACGTTATTTTTCACTATTTCTCAGGTATTGAATACAGCATCACATACGCA
ACAATGTGGCTTTACATCAAATCTGTTGATCCTTTGGCATCCGATTCAAA
AAATCGCATCTTCTATTCGTTAATCGCAACAAGTAAATTTGCCAGCACCA
TATTGTTTTCACCTATCATCGGCAAAATAATGGATAAGCACCGTAATTTA
CGTACTCTAACTCTATTCGCTAATATTTTAGCTGTTATTGGTAATCTAGT
TTACACTTTCAATTTCTCGATATGGTGTTTATTGATTGGTGCTTTCTTAA
CTGGATTCCAAGGAACAACTCGTCCTATTGGCTACAGTGAAGTTTCCAGA
TGCTACAGTAAAGATGAAGTCCAATCTAAGCTAGCCTTAACTGCAGGTGC
AGATGGTGTTGGCTTCTTGATCGGtcctgttttaaatttcttcttcatca
atgtCGATATCAAAATAGGTAGCTGGCATTTGAATTACTATAATGCTGCA
GTTGGTTTCTTAGCTATAGTGTACTTGATTCTGATCATAGCTGACGTCAT
CTTTCTGAAAGACATTTCGAAAGATTTGGAATTGAGTGGTGAAAGATCTC
TTTTacttgatgaagaagaagatgcgGACAAGGAAGATGATGAAAATCTT
CAAACGTTTGAGAAATGGAGTATAGGCACATACGTAGATATTGCTATTAT
AGCGTGTCTAACATTCTTAACAGCTTTCTTACCATACATGGAAGATATAT
GGGCTTCTTTGTTGATTATTGATATCCAAGGTTTAACAGTGAAAGAAATG
AACATCTTCTTCCTCATTTGCGCAATCTCATCTATAATTACCATGGtcat
tttcattaaattcaATTTCACTGGAAGCACGCTATACTATTTAGCTATCA
CGTGGATTCTAGcattgctgattcagcaaaactTAACAGCATTACTCAAA
ATATATACTTTGTCATACGGCTTGACTATGTTTTTGTGGGGTATCGTGGG
TGTAGCAACAACTCAGATTGTGTCAATGGAGTATTActatttggttgaaa
ttttacCAAGAATGGTCACACGTTCTAGATTATCGTACTGGAGTAGTTTT
AGATGGTCGCTCTACATGGTGGGATGTTTAATAGCCTCCTTAGCAGGCCC
ttatctttttctttacttAGAATACGAAGTTTTATTTGTGAACGCTTTTG
TTATGATTTTGTTGATAGCATTCGTGTTTCGGAAGGATTCTTTTGTAAAC
CCTAAAGTTATTATCAATTAAAACTATTTGGCTAGAATTTTATACCATCA
GTCACCAAAAGTATATTAAAATAtctcccgaacgggaaggtgaaacACTT
TTCCTCAAACGGTTGTTGAAATAAATAGATAATGCTGATTGAAGGAAAAC
AAATGTAGATACTATTTCCCGTGTTGCTAGGAAATTACAGGGTTGCCGCC
tcttaatttcattttcttctaaTTTCACTTTCTAATTCGGCACAAACCCC
GAACAAAATTGATGGAGAATTCAAGAAGGCAGCCAGAAAAAGTGATAAAT
CGGGAAGTAATTTCCTTTTTGGGAAACGCAATATTCCCGTACTTCCCGTG
ACGGAGGCTCTTGTCATTTCGACATAGTGTTGTCAGCTGATGTATCTTAA
AGAAACATATATTTCCAGGGATAGTTTTTGAAAGATCttgtatttcaaat
attttctatgATCGTAATCGCAATCGTtctgcaaaaagaaaatttgaaat
tgaacatttgaaaattttgaacgCAAATATTTTAGCAGTTGTTCAAATGC
TAAGGAAATTTAAATTCTTTAGATAATTAACAATAAGATCAAACTTATGA
GCTGATACAGAGGGGtattgtaaattgaaattttgagtaTAACATAAACT
gtgtatt

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000005_pilon:2787741..2794247+

>MSTRG.1136.3.p1 ID=MSTRG.1136.3.p1|Name=MSTRG.1136.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2658bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:2787741..2794247+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCTTACAAATCACTGGAGCAATGGGAACGTCAACGAAGTCACATGCT
GGTTCTGATGGCATTCCAACAACTCATGAACgGTATTGAATACAGCATCA
CATACGCAACAATGTGGCTTTACATCAAATCTGTTGATCCTTTGGCATCC
GATTCAAAAAATCGCATCTTCTATTCGTTAATCGCAACAAGTAAATTTGC
CAGCACCATATTGTTTTCACCTATCATCGGCAAAATAATGGATAAGCACC
GTAATTTACGTACTCTAACTCTATTCGCTAATATTTTAGCTGTTATTGGT
AATCTAGTTTACACTTTCAATTTCTCGATATGGTGTTTATTGATTGGTGC
TTTCTTAACTGGATTCCAAGGAACAACTCGTCCTATTGGCTACAGTGAAG
TTTCCAGATGCTACAGTAAAGATGAAGTCCAATCTAAGCTAGCCTTAACT
GCAGGTGCAGATGGTGTTGGCTTCTTGATCGGtcctgttttaaatttctt
cttcatcaatgtCGATATCAAAATAGGTAGCTGGCATTTGAATTACTATA
ATGCTGCAGTTGGTTTCTTAGCTATAGTGTACTTGATTCTGATCATAGCT
GACGTCATCTTTCTGAAAGACATTTCGAAAGATTTGGAATTGAGTGGTGA
AAGATCTCTTTTacttgatgaagaagaagatgcgGACAAGGAAGATGATG
AAAATCTTCAAACGTTTGAGAAATGGAGTATAGGCACATACGTAGATATT
GCTATTATAGCGTGTCTAACATTCTTAACAGCTTTCTTACCATACATGGA
AGATATATGGGCTTCTTTGTTGATTATTGATATCCAAGGTTTAACAGTGA
AAGAAATGAACATCTTCTTCCTCATTTGCGCAATCTCATCTATAATTACC
ATGGtcattttcattaaattcaATTTCACTGGAAGCACGCTATACTATTT
AGCTATCACGTGGATTCTAGcattgctgattcagcaaaactTAACAGCAT
TACTCAAAATATATACTTTGTCATACGGCTTGACTATGTTTTTGTGGGGT
ATCGTGGGTGTAGCAACAACTCAGATTGTGTCAATGGAGTATTActattt
ggttgaaattttacCAAGAATGGTCACACGTTCTAGATTATCGTACTGGA
GTAGTTTTAGATGGTCGCTCTACATGGTGGGATGTTTAATAGCCTCCTTA
GCAGGCCCttatctttttctttacttAGAATACGAAGTTTTATTTGTGAA
CGCTTTTGTTATGATTTTGTTGATAGCATTCGTGTTTCGGAAGGATTCTT
TTGTAAACCCTAAAGTTATTATCAATTAAATGGCTTACAAATCACTGGAG
CAATGGGAACGTCAACGAAGTCACATGCTGGTTCTGATGGCATTCCAACA
ACTCATGAACgGTATTGAATACAGCATCACATACGCAACAATGTGGCTTT
ACATCAAATCTGTTGATCCTTTGGCATCCGATTCAAAAAATCGCATCTTC
TATTCGTTAATCGCAACAAGTAAATTTGCCAGCACCATATTGTTTTCACC
TATCATCGGCAAAATAATGGATAAGCACCGTAATTTACGTACTCTAACTC
TATTCGCTAATATTTTAGCTGTTATTGGTAATCTAGTTTACACTTTCAAT
TTCTCGATATGGTGTTTATTGATTGGTGCTTTCTTAACTGGATTCCAAGG
AACAACTCGTCCTATTGGCTACAGTGAAGTTTCCAGATGCTACAGTAAAG
ATGAAGTCCAATCTAAGCTAGCCTTAACTGCAGGTGCAGATGGTGTTGGC
TTCTTGATCGGtcctgttttaaatttcttcttcatcaatgtCGATATCAA
AATAGGTAGCTGGCATTTGAATTACTATAATGCTGCAGTTGGTTTCTTAG
CTATAGTGTACTTGATTCTGATCATAGCTGACGTCATCTTTCTGAAAGAC
ATTTCGAAAGATTTGGAATTGAGTGGTGAAAGATCTCTTTTacttgatga
agaagaagatgcgGACAAGGAAGATGATGAAAATCTTCAAACGTTTGAGA
AATGGAGTATAGGCACATACGTAGATATTGCTATTATAGCGTGTCTAACA
TTCTTAACAGCTTTCTTACCATACATGGAAGATATATGGGCTTCTTTGTT
GATTATTGATATCCAAGGTTTAACAGTGAAAGAAATGAACATCTTCTTCC
TCATTTGCGCAATCTCATCTATAATTACCATGGtcattttcattaaattc
aATTTCACTGGAAGCACGCTATACTATTTAGCTATCACGTGGATTCTAGc
attgctgattcagcaaaactTAACAGCATTACTCAAAATATATACTTTGT
CATACGGCTTGACTATGTTTTTGTGGGGTATCGTGGGTGTAGCAACAACT
CAGATTGTGTCAATGGAGTATTActatttggttgaaattttacCAAGAAT
GGTCACACGTTCTAGATTATCGTACTGGAGTAGTTTTAGATGGTCGCTCT
ACATGGTGGGATGTTTAATAGCCTCCTTAGCAGGCCCttatctttttctt
tacttAGAATACGAAGTTTTATTTGTGAACGCTTTTGTTATGATTTTGTT
GATAGCATTCGTGTTTCGGAAGGATTCTTTTGTAAACCCTAAAGTTATTA
TCAATTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1136MSTRG.1136Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1136.3.p1MSTRG.1136.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1136.3.p1.exon1MSTRG.1136.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1136.3.p1.exon2MSTRG.1136.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1136.3.p1.exon3MSTRG.1136.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000005_pilongenomesc0000005_pilon:2787741..2794247 +