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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000082_pilon:138529..150610+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.11349.3.p1 ID=MSTRG.11349.3.p1|Name=MSTRG.11349.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12082bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000082_pilon:138529..150610+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
cttccatATTCTTGAAGTTTTTGTTTCTCTGTTGAATTATTTTGTAATGG
TATATAACAGGAGAGGGTGAGTGCTTGCCATGTTGACCCTTTTCGCCTAC
TTCTACATGGATGGCTTTAGCCACAACATTAGAagatttcttgttttcaa
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CTATTGTGAGCGCCAAGGTTGATGGTAATCCTGTCTGGTGTTTATCCTTC
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tttgttgtttttttttggaaagttagctttttttaaatactgaAACAATT
TCAACTTTGACAAAACATCCAATTGTTTGCACTAGCCCACCACCAGACAC
ACAAACACTGGAACAGCACCAAGCCGATGAACAAATTGATGTCAATATTC
TCAAGTTGATACGCCAAGAAATCCTCCCCAACTCGACAAGTCTGCCACAA
GAATTTGTCGACACTTTGATGAAATTGCTGAATCGTGGATCTAGTCATAC
GACCAGTACTACCATGTTTGATAGTAAGTTTATTGATCTAAAGTTTGACA
TCTCGAAAACATTTCCCTAGTAGTTGGTCGATCTTTGATGGATTTCCTCC
TAGATAGGACTGATGTTTCAATTCTGTTACATCTGCATGTGGAAGGTGGA
TAGAATTGACACTTTCTGTGAGTGAGtgagggagggagggagggagggaa
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GATCACCTATTGTAAACATTTGAGAATAAGCTAAATAAGATCAAaactga
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CAAACACTCTGGAAAAAGGCTATCGCTTTTCCACCAAGTGTGATGAATAG
GTGGTCTCAAAACGTGGTCAgtgaacaaagaaaaaactgATTTAAGCTTT
GTGACGATCTCGCTGAAATAACCAGAGAAAATGATTGCAGTTCGTTCATC
TATATGTctgtttgtgtgtcactttcgattttgcaagcaatgttttgttc
tcgataagtttgttttgattgacagatctgGTTTAGACTtcattcagcct
ttgttttgaaattcaaggcccatctacatttagtaattgcccccgcagga
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Gtgttgtcgcgcaagcatacccgtagttagtctcttccgtaatgttcggt
ttttttccggggcggtagtatacatattttcatattacgttatatgctat
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gaagcgagtgttataaatcataacaaatcataacagtgtatgatataaca
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cacattcaactttttcatgcagttgtaaTAGCTTAAATAACTTACGcacc
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CTTCACGAAGGCATTtattaacggtggttagactaggtacacagacagtc
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tctagcttcctgaaggcacatTTCTTCATTGTGTGCGCTGCGATCATCCT
AATGGCTTCAACCCTTTCaacttggagaaaagattgcatcatgaaaaagt
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aagcaagctatttctgattggctgccttgttgatttattcaccgctatat
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ctgcgaattgttcaagtattttgttaaaggaataattataattttttttt
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atctctttcttcatataaaaacattcaagtggttgatactgttaaaaact
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aaaagcaattcaGAATTGACTTacttatctttttaaatctgataaaaaca
aagttgcactattcttcgTGGCTTTCCCgctttagtgcgttcagctacac
cttaaccggcgtgcgacgccgggtaccggctagttttcATATATTTCTTG
GTTGAAAAGGGCACATTCGATTTTGACTTTGTATGAAAGATCTTTTTGAC
AGCGTTCCAGAAATTCTAtggattgatttgatttttgtttaaaatttgtt
gGTAATGGTTTCTCTTTACATCTTTCAACCTCCCATTGCACTTATTTCCA
CGCTTCTTGTACTGCTTGCAAAGGATACAAGTTCAACCTAAAAGTAACAT
GTAATACACACTTGAAGCATGAAATTGTTTTGTGGAACCTTTCAGCATTG
CTGGGGAATAGCTGGCAATGGTACAAtggtaaaatgctctaaaaatggca
ttcttaggtttagttgctatgatggtgatattcttatcatattctttaat
tttttgaccaaattcATTATGAAAATTCCTATCCCGGGAATcgctgtttt
tgcagattttcattggaattttccttagtatttctttgttttttcacaca
aaaacattattgctaacaatgctcaccatcaatcatgattcaattgtcaa
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cgttttcatgaaaatttggaCACTGACGCCagatggcaatacctaaaatg
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TTCTAGCATCTAGCTTGTCTCAAGTAAACATCAACTTCTCCTCTTTTCCC
AACGGTTCTCGGTTTCGAATTAAAAgatagcccggggtccacttaaagct
ttttttatagactggatggcgtgATTAAGTGACCCGGTAGTTTTGCTTAG
GCGAAAGGTAAAGACATTATGAACCAATgattttatttgagaataaggga
ttgcaaatttgttattgatgtttgtttctcatttttgattatatgtttta
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aattgattatcaaaaagcaaagttccgccaaaagtagactctagtctaat
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AGTGAGTAAATAGGCGACATCCTCATTATGATAAGGTAATTAGCCAGCAG
TAATTAGTCtattatttctttcaaaacacTTTCTAAAGGGACTTTCCTAA
AAATTGGTATAAATTCTTGCAAGAAAAGCATCGAATACATTTACTCACTC
TTTTCACAACAACTGAGATTATTTTCGAGTATTTACAAGATGGTTCGTAT
CTCCTTTTTGGTGACTTGTTTTCTCTTCATATTGATATCATCATTTCATT
GCAATGGGTTCCAGTTTGAAAAGTTTGGAATGTTGGCTTGCACTGAAACA
AATAATATAACCATTATTGCTAATTTTATTGAATTGGAATTTTTGGATGA
CCTCTTGCGACGTTTGGAGCCTTTGACATGGAACGAAGATTGCTTCACGA
TCAATGTATACCTTCCTAGTGATGGTTTTGTTGTTCAATGGCGACCGAAC
TTTAATGCCAatcattttgaaaggaattttcTTCAAAGCGTAATTAAATA
CAGAGTATCTTCGGAGGATATTGCTCACAAGAATGTGATAAATTTCTTGG
TTCGTCTTTATAACGAAGAAGTGATGGGAACTAACACTGTCAAACAAACG
TTAGTCTATTTACATAGTTTCACACAAAAGTGGGTCTTTTTACATACCTT
TTGGACATTCATGGTGGACGGAGAAAAAAGACGGGTTTTCAAAGACGAAA
CGATTTCCTTTTTGCGAAGGCTTCAAGATGATCGATTGTGGAAGATAATT
TTTCACTGTAGCACTCTTCTTTGTGAATTTCCTATTTGGTTGCCTGCCCA
TCGAATCTCTTTTGCATATGATTGGAAATGGAATTTACCTGTTGAGACAA
CAAAAATGTTACTCAAAGATCTAACTGATGTGATAAAAGAACCAGATTTC
GACCGATGCGAATACATGCAACGATACCTTCTCTCAAGAGATGACCTGTT
TAATGAAACTTGTATGAATGAAATATCTATGATCAATATATACATGAAAA
ACCCTATTGCTTTTTATTTTCCGTATTTTGTTGCCTTATTGAACAAAGTA
AACACTCCGcgtgaaataaaaaagacacaACCGTTATTGTTGATCGTGAT
ACACTACTATAATGATGATGtaaaatcttttatcaatcatGTAAGGCAAT
TTACTAAAAAGTTAAGCTATCTTTTTTATACCACTGTGAGCGATAGTTTT
TATGAATTTGAACAAAACGTTTCTTTCAATATTCGAGACGATGAAGGATG
TGAATCTTTTTCAAGATCAAACATCAACCATTACCGTTGGGCATCTTTGG
ATATGAAAGATTGCCATCTCAATGATGTAAAAGTGAAAACATTTGAAAGT
TTGGATGATCTTATAGAAATGATGAACCAGGATATttgtgaaaaacaaag
attaaaTTGAAACATTACAGTCATGTTGCATCTATATgtgaaatgaaaac
attttaaatttttgatgaatttatAGCGatgaactaaaacaaaatatttg
tgAACCTTCCCTTTTAATTGTATTGTAATCTTTtataaaacattattttt
tcagtttaagctttaaaaaaacATGGATTACAATCACAGATTATAAGAGA
TACAAGAGATTCTCCTTTATATAGTGTATTTCTCTTGAGGCGATAAAAAA
TTTTAGCCAGGCACCACTGGATTGACATTTGAAAACTACAATAAGGTTtg
gtcaatcacactcctaaaattcgatttttacTAATTTATGTAGCATTTCT
AATAGTTAAGTCTGAATTTATGGTGTGtttttttATCACACTCCTCAGAC
ATTTTGAGTGTGTGTGGAGGCGTGTGCATGCTATCGCACGCCTTAAATTA
TTCTGACGTGTACCATTTTTTCATTGATTCTTTTTGACGttaaacaagag
ccgcaaagatgcggataaatatttcctttacaaatgataaaataatcatt
gatgtcctcaaaagatttcaaagtgctttgtctcagataacatcaagcaa
cacataCAAGTccccaagaatttcaaaattcgtttaTGTAATTGCTAGTA
TTTGCAGGATTATTCCTAAGATGAGGAAGGTTCAAACCTACGGATTACGg
agtatatccaagctgaactcgACTGAGAATAACAATGCAGTAACTAAATT
GGCTAGACAACCTTTAGTTTtggttactctcgggtacctaatagctgccc
ccccccccgctaattaatttttcgaagattttccacccaggacattctta
ttccaaccaactccccccccccccgcttattccaatccccccagctatta
ggtaccctaGAGTAGGTGGACTTTagttggattttagtattatactagcc
gtcacccggcgtcgcacccgccgagtagagtgttgtgttattgaacacat
caaaaggccTTGGGATAGTGCATAAttatatcattttattttatgcCAGA
AATGTTAGCCaaaaaggggaaatatctgaaatgaaagaatgacaaaaagg
aaaaaagttgtcatgccaggccaggaaatcacttgaaaatATTGTCAATT
GACAccaaagttttcttcattttttaaatgcatatgtggaagaaaaagtg
aagttttaaacgcacattgaagaaaataatacgctcgactgttttgttag
aagcacttgttatacatttttggaaagctaagaggtagggggaatcgaaa
ttaatatgtttccaatttttattcggacactttggtgtgattttcggaca
aatatgacggtctcaggcaaaaatcatagggttaaaaattaatgaaaatt
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tcgagatattgagcttcaaaaagcgcaaaaactggacaaaatagctgttt
ctggctgaaaagcacggttttcaagggttaatatctcgagttaggtacag
aaatcacctatacttgcaatatatctctaatcttatttttttgagagctt
tccaaaaataatcaacaggtctccgttttctcgagctaaaattttcatta
atttttaaccctatgatttttgcctgagaccgtcatatttgtccgaaaat
cacaccaaagtgtccgaaaaaaaattggaaacatatcaatttcgattccc
ctaccccttagctttccaaaaatgtataacaagtgcttctaacaaaacag
tcaagcgattccaaaaaatcgaacaaaattccccctactattaaaTGTAA
CGTCACTTTAGTcgagctacaatcatggtcgaaatatattgagattttag
tgtattttaacgtttttcagaattcaaagttcgggtgagaattgctattt
tagcacttccactttctttcattgaatatttcgattttagaggggttctG
TGGCTTCTAGgttatattccaagccttattcgagcaaatttgagctttca
aATCCTGAGAttcttaagtcttaagtctcatgttaaaagtcagagttaaa
actctactttccaactgtagtttaggCGCTTAagaatcatttgtggtgtt
caAAGTTTTgccgggaactcccctttgtctcaaatattgtgtccatgatt
gtagatcttaattttttttaccttcacaaatagaaatgatttttttctga
gcaaaaagttttcattcaaaattcaaaattttttcgccatcatttcagaa
atatttttcttgttctgtttacaaaatttcagctcCAAAGTATTTTTGGT
CCTTGAGATACCGAGATTCATTTGttgttgaatttttctttttactccGA
GAAaggtttaatttcttctttttttcttcagatgttTGGGAAATTTTGCG
CCAaaagaaattcgcgaaattcgaAGAAATTGTCCACCAAAAACCGAACA
TCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGATGGTTGGACACTTCTCGTGTGGGCT
GTTTTGAATGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATATCCTCA
GGATTTTTCACTCGTGAGCAATGTCGATGGATGGAACATTCTTCATTATG
TTGGTCGTCATGGAACAGTTCgttatttggaaaaatttggtCAACAAACA
ATCGAAATATTGATCAATGGCAGAAACAAACAGAACAACACACCATTGCA
TTTTGCAGCACGTCGCaacaatcatgacgtcatcagatggtTGTTGGCCA
AAGGAGCGGATCATgaagagaaaaatgaagatggtCGACGCCCTGATGAA
CGTTGTGATGGTTGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCATTCAATCGTTTCT
TGGTAAGAAAAATATCCACTTTTTCATGTGtttttttGGGCGGGAATATT
TTTAGgagtttgaaagaatttttgttCTATTATTGCGAGAgtgtgaaaac
tttttttttttcaatagaagtgaaaAGTTAGCGTCggataaattttactt
ttttggaatttaaatcaatgaaacggatgaattgatttcgattttttgat
tgagatttttcattgcatttgagcagacatatttttgagacggttgaaat
ttACAAATAGATTGTTGTTTGTGAAATGTTTTCTCAGTTTGTTACTAGTA
TGAGTTTATGTTTTGGTGGAGAAAttgtcgtttttttttattttatcgaa
CGTCTCTTATGATATTGTTCATgcgtttcaaaagttttttattcgattat
ttacttttcagattgattgtttgtttccattgtttgtttcgtcgtttcca
atgacgtcatcggttccAAATTATTTCCACGTAAGTATATTTAATTATGT
AAACTTactcggccctaagtgactaaatttgggcttggtgactaaaatta
gggccgactaaaaattagtTATTAGTCAGCCCTTAGTGATTAAATTTTGA
CGAAAAGCCtaaatttttctgcatttttttaacaaatgaatctattttaa
aaaacttagaaagaAGGGCTTGGTTAGCCTGTAGAAGGGTTTTGACCCTT
CTTGGTGGACTGAAAAGACCAAGGGAAATTCAGTATGATGTACAGTTCGG
ACTTTTATGTGACTGAGACGAATCCACGCAAGTCTCGGTTGTAAagtgtt
gaaatattttcagaataTCTAAGCTTCTTCAATTAGTCGAACAAATGCAA
ATGTTTTTGTACTcggtgttttttaaacttttccacCACATCAGCATTCT
CATTAGCCgcttctttaaaaaaaccattttcgAATCAGCAAGTTTCGTTT
TGCAAATTGAcctccaaaattttcaaacttttgttttcagattCCACGCT
TGAGAAGTTACACCAGTCATTTTTGACGCCGTTTCTATGATTACGTTATT
CATTCACTCCGTCTCTACAGTTCTGTTTGCGTTCAAATATTTCTGCCTta
attttggcttgtttttaaaTGTATTTTCACCACGTCACTAACCTGACAAT
TATTACGAACACTGTGTCGTCAAACCAGAAAATTGTCGTTTCACTTAATT
TTCTGAATATAAACGAGATTCAAGGATCTATTACTAAAATAGCAAGTTTT
TCggagtaaattttcaatttgttcaaTTGATTCCTAAGAATCGATGAGAG
TCGAGAAAGGctaggaaaaaacaaaaaagagc Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000082_pilon:138529..150610+ >MSTRG.11349.3.p1 ID=MSTRG.11349.3.p1|Name=MSTRG.11349.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2832bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000082_pilon:138529..150610+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCTTTAGCCACAACATTAGAagatttcttgttttcaaaaagCCCACC
ACCAGACACACAAACACTGGAACAGCACCAAGCCGATGAACAAATTGATG
TCAATATTCTCAAGTTGATACGCCAAGAAATCCTCCCCAACTCGACAAGT
CTGCCACAAGAATTTGTCGACACTTTGATGAAATTGCTGAATCGTGGATC
TAGTCATACGACCAGTACTACCATGTTTGATAatgttTGGGAAATTTTGC
GCCAaaagaaattcgcgaaattcgaAGAAATTGTCCACCAAAAACCGAAC
ATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGATGGTTGGACACTTCTCGTGTGGGC
TGTTTTGAATGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGAATATCCTC
AGGATTTTTCACTCGTGAGCAATGTCGATGGATGGAACATTCTTCATTAT
GTTGGTCGTCATGGAACAGTTCgttatttggaaaaatttggtCAACAAAC
AATCGAAATATTGATCAATGGCAGAAACAAACAGAACAACACACCATTGC
ATTTTGCAGCACGTCGCaacaatcatgacgtcatcagatggtTGTTGGCC
AAAGGAGCGGATCATgaagagaaaaatgaagatggtCGACGCCCTGATGA
ACGTTGTGATGGTTGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCATTCAATCGTTTC
TTGattgaATGGCTTTAGCCACAACATTAGAagatttcttgttttcaaaa
agCCCACCACCAGACACACAAACACTGGAACAGCACCAAGCCGATGAACA
AATTGATGTCAATATTCTCAAGTTGATACGCCAAGAAATCCTCCCCAACT
CGACAAGTCTGCCACAAGAATTTGTCGACACTTTGATGAAATTGCTGAAT
CGTGGATCTAGTCATACGACCAGTACTACCATGTTTGATAatgttTGGGA
AATTTTGCGCCAaaagaaattcgcgaaattcgaAGAAATTGTCCACCAAA
AACCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGATGGTTGGACACTTCTC
GTGTGGGCTGTTTTGAATGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCACTTGATGGA
ATATCCTCAGGATTTTTCACTCGTGAGCAATGTCGATGGATGGAACATTC
TTCATTATGTTGGTCGTCATGGAACAGTTCgttatttggaaaaatttggt
CAACAAACAATCGAAATATTGATCAATGGCAGAAACAAACAGAACAACAC
ACCATTGCATTTTGCAGCACGTCGCaacaatcatgacgtcatcagatggt
TGTTGGCCAAAGGAGCGGATCATgaagagaaaaatgaagatggtCGACGC
CCTGATGAACGTTGTGATGGTTGTGATGGTGTTACCAAAGAAATCATTCA
ATCGTTTCTTGattgaATGGCTTTAGCCACAACATTAGAagatttcttgt
tttcaaaaagCCCACCACCAGACACACAAACACTGGAACAGCACCAAGCC
GATGAACAAATTGATGTCAATATTCTCAAGTTGATACGCCAAGAAATCCT
CCCCAACTCGACAAGTCTGCCACAAGAATTTGTCGACACTTTGATGAAAT
TGCTGAATCGTGGATCTAGTCATACGACCAGTACTACCATGTTTGATAat
gttTGGGAAATTTTGCGCCAaaagaaattcgcgaaattcgaAGAAATTGT
CCACCAAAAACCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGATGGTTGGA
CACTTCTCGTGTGGGCTGTTTTGAATGATCGTTTCGACGTTTTCGTTCAC
TTGATGGAATATCCTCAGGATTTTTCACTCGTGAGCAATGTCGATGGATG
GAACATTCTTCATTATGTTGGTCGTCATGGAACAGTTCgttatttggaaa
aatttggtCAACAAACAATCGAAATATTGATCAATGGCAGAAACAAACAG
AACAACACACCATTGCATTTTGCAGCACGTCGCaacaatcatgacgtcat
cagatggtTGTTGGCCAAAGGAGCGGATCATgaagagaaaaatgaagatg
gtCGACGCCCTGATGAACGTTGTGATGGTTGTGATGGTGTTACCAAAGAA
ATCATTCAATCGTTTCTTGattgaATGGCTTTAGCCACAACATTAGAaga
tttcttgttttcaaaaagCCCACCACCAGACACACAAACACTGGAACAGC
ACCAAGCCGATGAACAAATTGATGTCAATATTCTCAAGTTGATACGCCAA
GAAATCCTCCCCAACTCGACAAGTCTGCCACAAGAATTTGTCGACACTTT
GATGAAATTGCTGAATCGTGGATCTAGTCATACGACCAGTACTACCATGT
TTGATAatgttTGGGAAATTTTGCGCCAaaagaaattcgcgaaattcgaA
GAAATTGTCCACCAAAAACCGAACATCGTCAACTCGTTGCGTGATGGTGA
TGGTTGGACACTTCTCGTGTGGGCTGTTTTGAATGATCGTTTCGACGTTT
TCGTTCACTTGATGGAATATCCTCAGGATTTTTCACTCGTGAGCAATGTC
GATGGATGGAACATTCTTCATTATGTTGGTCGTCATGGAACAGTTCgtta
tttggaaaaatttggtCAACAAACAATCGAAATATTGATCAATGGCAGAA
ACAAACAGAACAACACACCATTGCATTTTGCAGCACGTCGCaacaatcat
gacgtcatcagatggtTGTTGGCCAAAGGAGCGGATCATgaagagaaaaa
tgaagatggtCGACGCCCTGATGAACGTTGTGATGGTTGTGATGGTGTTA
CCAAAGAAATCATTCAATCGTTTCTTGattga
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000082_pilon | genome | sc0000082_pilon:138529..150610 + |
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