MSTRG.11338.4.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11338.4.p1
Unique NameMSTRG.11338.4.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:1322101..1349312-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11338.4.p1 ID=MSTRG.11338.4.p1|Name=MSTRG.11338.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=27212bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1322101..1349312- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CCCATCCAGAACATGTGACGCGTGTGTTTTTCAAACACAATTTCTAAATG CGGGGCAAACATAATGCTTCACTTTTTCTTGCTTGAGAAAGGTTGAAGAT TCTTTTCTACCCCCCGTGCATCTGGTAGGGTGACTTTTGGTTATTTTGGA CAATTTTCAGGGTGGAAATCAGAACAATTTTCCACTTTTTCCTCAGATTT TTGGTCATTTTTGCCGCTTTTCAGGGCGAGTGAAAAAGAAAAAAATTTTC AAATTTTCATACTGACAGGGTCCACATTTCAAACTCCCCATCGGCCGTCT AAGTCAGTACCCCCCCCCCCCCCGGGTGATAATATTAGTAAGGTTCGATT GGATTGTCGACTCCGTTTGATTGACATCAGCTTTATATCATAAGAATTCG TCTTCTTCTCATTGAGTGTTTTTCTAGATTTTTTTGTAAATTTCTTATAA CATATTACACTGTTCCCTGAAGCGTTGTTGACCTAGGTATCTCGTCTCGT CTTCTAACAAAACAAACATTAACATATACCATATGTTTCTTTCCCACAAT CCTTTACCAACAAGAAATCTTGTCTTTGTTGAAGTGAAAGGTTCACGTTT GTCTGTGTTTCTACTATTCGTGAAGTAATGTTTTACACGCACGGAACCCC GGAAACCCTAGAAGCAAAGTAGAAGAAGTAGTAGAAGCAGTTTCCTTTCG AGGTAAGGTCTCAGAGGTCTGCCTTGCCTTCGGGTTAGCCTATAGAGTAA AGTTCCATAGCGTGAATGAAGACAAGAATAAACCCATCCATCGCATTGAG TTGAAAACCCCGAAGGGGCTAAAGTAGAAACCTTTGGATGGGAAATGAAA CTACTTACTCACTTCAGAACGGTTTGGGTTTTACACAAACGCTGGATTGA AAGTAAAATCTATCGCTAGATTTCAAAAAATGTAGCCCTCAAAAACCAAA 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ATAAAAATGAACTAACAAAATCAATTTTATTTTTATTTCGATTTTTGGAA TTTCAGGGTCGGTCCGGGTCCGTAAAACAACTAATCAAATTGGTTTCGCC TTAGTAGATTACGAGCACTTTTAAAGGTTTTGAGTTTAAAAAAGAGTGAT ATCGTTTGCTTACTCATCAATTTTAATTCACAAGCTTTTTCACATTGGAT TGACACGGATGTGGAGCAAGATTGGTTAGAAAAAGGAAAAGAACAGTTTT TTAGACATTCAGCACAATATACATGTGACTGATATGAAACGGGAACACTT ATGTAAACACAAAACCTTTAATATTTCCCCAATTTTACTCAATTTCTACT GATTTTCTTCTGATTTTCTATCCCAAAATATGACCAATCCGCAATTGTAT ACCTTATCGGGGAAAACTTCGTCGGGGAAAAATTCGTCACTTGCTGGTAG TTGGTAAACGCATTAAGGCCGGGGAAAATTTTCGTCACTTGTTCAAAATT TCGTCACTTTTCCCCGACGAAGTTTTCCCCGATAAGGTATCTGAAAATCA CAACACCCCTGTGCGTCCATAATGACTATTAACAACCGAAATTTCAATTT GAAAAGAATTTTAGTATTACACGCTTTTTTTATAAGAATGGTGTTTTTTC ATTTCATCATGGATATTCTTAACTTTTTGGCAAAAATCATCCACAAATAT TCTTACGGTATTCTTAGGTTAAGATCGAAATTGGCAATATAAGGGTTAAA ATGCATTAAAAATGGCATTCTTAGGTTCAGTTGCTAAATTCCATGATGGT GATATTCTTAGCATATTCTTAATTTCTTGGCCATTTTCATCACGGACATT CTTATAAAATGTACTCTTATTAAAAAAAACGTGTACTCATTCTATCTGTT AAGAAACTTTTGACAGAAAAAGTCGGGAAAATTTTGAAAACTTTTTGTTC 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ATTTGTAATAATTATCGGACAGTTGTGAGTACAATATGAGAAATATTTTA CGAGTCCCGAGATTTTTCCGTACAATATTATATACAGAAAATCCGGAACG AAAAATCGAAATGTTTCCAATTTTCAACCTGAATAGTGGCAAAGATGACT AAAAGTAGAGGAAAAATTGAAGGATTTTCTAATTTCCACCTTGAAAATGG TCAACAATCACCAAAAGTCGACCCTGTCAGATACACATCTTGAAAATTAG TAGATTTGGGACCCTGTCAGATATCTTCAGAGCCTATAAAGAGGATCCTG ACCAGCGGCATGTCCCCGTACCCAATTTCGCCTAAGTGCCCCCGGAGGAG GGTGATTGTGCCTCTTTTCCTGTCTATAAATTACAAGACATCCCTATTTT TAGCAACCCAAAGGGTCTGTTACGAAATTCGTTGCATTTTTGTCAATCCG AGGCCAGGCAATATTCCAGCCTAATGTTTCTGGGTATGAGAGTTGTTGTG ATAGACTTTAGAAGATAACTAAAAGTTAGCGATGATGAATTGTCGGATAT AAAAAAAAATAATAGCAGAATCAGCTAGCCGAAAACAACCATTATTAGCA AAATTTAGATTGGGTCTTTCCAGAAAAAAACCGTGCACCCCCTGTTGAGG AGTCCATTTCCATTCCAAGGGGGTATGGTTTGAAATGCAGTGGAATTCCA GAGCAGTAGACAAAAATCCGTCATTAGCGATGATGAATTGTCGGATATAA AAAAAAATAATAGCAGAATCAGCTAGCCGAAAACAACCATTATTATCAAA ATTTAGATTTTTATTTCACTTTCAGATCTTTGGTTTTTGAAAAGTCAATT TGTACATCTGTTTTGGAAGCAGACTCTGCATAGTACGCACGTGTGAGTTG GAAAACCACGTAACTTTAAGGATTTTTCCTTCCTTTTCTGCTTTAGATAT CAACAAGTCAATCAAATGTTTCGATTGCGAAAACAAGATAGGTGAACCAG CCTGTGAGAGAGAATCAACATTCCAAGATTGTCATCTAGCCCGTGCTCGA TGTGGAAAGTTGACTTTGGGTGATGTAATCAAGAAATATTGTGTTCCACG TAGACTTTTTGAAACTTGCAAAATCATTGTTGGGGAGCCGTGTAAGGTGA GATTGAGACCATGTTTAAAAAAAGGAGTGATGGCCAAGTGGTCAAAGGCG TCATTGTCTCAAACCAGGGGTTCGTGAATCCCCGCTCCTTCCAATGTTCC GTTCAGTTTATAGATAGCGAGTGAAGCCAGCTGGCCGTGAACCCCGTGAA AACAATCGAAAGACTGTCTAAAAGTCATAGATTATTGGGCTATCCACGTT AAAAGCCAAAAGGTGCAATCGCAGCGCACGCAATTGAAGACCGGCCTTTA CATTCAAGTGTACACTGTACCAGATTGTATTTCACGTTTATCGCTTCGTA ATACACTCTGTGCGCATTGTCTGTTTGATAAAAAAATTCCCATACGAAGA CCTCTGCGATGAAGTGTGATTTATATATAGCAACTCTTCTCTCATCGTCT CCCCTCTCTCACCAATACTCCATCGCAGCGGTTGGTTTGAAAATTCTCAA ATGAGAAAAGACAAGCTGTAGATATGGGTCTGCGTACAGACAAATTCAAG TGTTACGTCACTTTTAACCAATAGAATGGCTTCATTCCGTTTCGGAGCAA AACACAACTGTCACGTGTGAACATGGAGTTAAAAAAGAGCGCTGTATTCT AATAATACTACAGTGGAGTGTCTCAATAACTCGAACACGCATACAAATTT GTTCGAGTTAAAGAAATGGAGAAAAGTCATGGCGTTGTAAATCTAGATTT AGTACGCCATGAGTAAAGTTTATAAGGTATTGTTAACTGAAGGGACTATA AAGATTTTCGAGTTAAGAACAGTGAATGATTATTGTTTATTTTATAAATA GAAAGTAGTTTTAATAAAATCCGCTGGGAGTTAATCACCTTGGCAATAAT TTCAAAACGAGGCAAGTGATGTTTATCAAAAAATTAGAAGACAGTTAGAT GGGCGAGAAAAGTCTAAAAGATTATGAGAGGGCGTGGAGACAGGGCGTTT ATAAGCTACACAAGAATAAATGCCAGTGTATTATCTTACGCTAGTAATAA CATGAAAAAGCTTATAATACGCAGGGAGAGGGCGGGACAGGGCGTTTATT AGCTACACAAGATTGATTAAAGACAAAAAACTTAAATACAATATGAATTA TTTTTTTTCAGCTCGAATTATGCGACACAGATTTTTGCAACGGAATGATA ACAACACCGAAACGAACAATACGTCAACAAAAACATCAACACAGCCCAAC GGAAAATTCATCAAGAGGAATTCGTCCAGGAAAGACATTTATTGGAGTAT TTTTTATAATGACTTCATTAGTATATTGTTTTTGGAATTGTAATTTTTGA GAGAAACTTTGAGTCTACTTCAAAGTTGATAATTTTACAAAAGGGACTTT CGTGTTTCTCAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000081_pilon:1322101..1349312-

>MSTRG.11338.4.p1 ID=MSTRG.11338.4.p1|Name=MSTRG.11338.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4590bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1322101..1349312- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGTGGTAATGGATTGTTTGTTCACCATATGCTCGAATTATGCGACACAGA
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TTGGAATTGTAATTTGTCCGAATTCTCTGTCGTCCGAAATTCAATTCAAT
TCGAATAAAGATAAAGGTTTCGAGTTTGTTTGTGACATTCCAGCACCAAC
TTTCCAATTTGGTGGACAGTCGGGCCAAACTGTAACTAGTAATGTTTTCA
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GTTTATGGTATTGATTATTCACAACAAGCCATCGAGCTTGCTGATGCTAT
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ATTTTGGATGTTGGGTGTGGTAATGGATTGTTTGTTCACCATATGCTCGA
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ATTAGTATATTGTTTTTGGAATTGTAATTTGTCCGAATTCTCTGTCGTCC
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GCTTGCTGATGCTATCGCACTTTCAAGAGATGTCAAAACACAATGTCATT
TCTCTATGGTAAAGGTTATTAAGTACATTATGAAACAAAAAGATGTTTTA
CCGTTGGATTCAAACATTTTGGATGTTGGGTGTGGTAATGGATTGTTTGT
TCACCATATGCTCGAATTATGCGACACAGATTTTTGCAACGGAATGATAA
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TTTTATAATGACTTCATTAGTATATTGTTTTTGGAATTGTAATTTGTCCG
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CGAGTTTGTTTGTGACATTCCAGCACCAACTTTCCAATTTGGTGGACAGT
CGGGCCAAACTGTAACTAGTAATGTTTTCAGACCAAGCTGATTTTCTCGA
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TTTCGGACGGTGGAAGAAGGTTATAGCAATGTTTATGGTATTGATTATTC
ACAACAAGCCATCGAGCTTGCTGATGCTATCGCACTTTCAAGAGATGTCA
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CAAAAAGATGTTTTACCGTTGGATTCAAACATTTTGGATGTTGGGTGTGG
TAATGGATTGTTTGTTCACCATATGCTCGAATTATGCGACACAGATTTTT
GCAACGGAATGATAACAACACCGAAACGAACAATACGTCAACAAAAACAT
CAACACAGCCCAACGGAAAATTCATCAAGAGGAATTCGTCCAGGAAAGAC
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ATTGTAATTTGTCCGAATTCTCTGTCGTCCGAAATTCAATTCAATTCGAA
TAAAGATAAAGGTTTCGAGTTTGTTTGTGACATTCCAGCACCAACTTTCC
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AGCTGATTTTCTCGACCCATCCACGTGGAAAATAAATGACGTCACTTTCG
ATTTATGCCATGACAAAGGAACTTTCGATGCCGTATGTTTGAATCCAGAC
AATGCACAAGACAAAAGTCGACTTTATATCAAGAATTTGAAAACATTATT
GAAAGAAGGTTCCTGGTTTTTAATTACGTCTTGTAATTGGACTGGAGACG
AGATAAAGAAATATTTTTCGGACGGTGGAAGAAGGTTATAGCAATGTTTA
TGGTATTGATTATTCACAACAAGCCATCGAGCTTGCTGATGCTATCGCAC
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AAGTACATTATGAAACAAAAAGATGTTTTACCGTTGGATTCAAACATTTT
GGATGTTGGGTGTGGTAATGGATTGTTTGTTCACCATATG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11338MSTRG.11338Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11338.4.p1MSTRG.11338.4.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11338.4.p1.exon6MSTRG.11338.4.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11338.4.p1.exon5MSTRG.11338.4.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11338.4.p1.exon4MSTRG.11338.4.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11338.4.p1.exon3MSTRG.11338.4.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11338.4.p1.exon2MSTRG.11338.4.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11338.4.p1.exon1MSTRG.11338.4.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000081_pilongenomesc0000081_pilon:1322101..1349312 -