MSTRG.11316.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11316.2.p1
Unique NameMSTRG.11316.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:1065034..1078171+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11316.2.p1 ID=MSTRG.11316.2.p1|Name=MSTRG.11316.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13138bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1065034..1078171+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ctctttaatgacacgtggtttgcgcaatgtttacattttactacttttat
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ATCTTGTTTAGAGATTCGAacatttgcttccataatggcggaaattacat
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ATCTGCCTATGGCCTACTATGACCTGTCATACGTAGCTACTGTTTGTTTG
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tttctctatttttttttagttctcTCCCAAATGGAAATTGCCTGTACAGT
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ATACGCCCCTCACGAAGCAACACCAAATTGTATCCATCAGCTTGAGTATC
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TCATGTTGATATTTCAAGGTGTTTCACAAGCAAGTGATCTTATTGTTTTC
ATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAACCATATAAAATGCTGTT
GGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAAAGAACAGTTGGAGTACC
ATGCACAAACTTTAGGTAAGAATTGATGAGCCGTGACTGGCCAGGCCACA
TTATTTTACCGCTAACAATACATTTACTAATTTAgccaaattcttttttt
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aaaatttgccaaagtttgaggaaaaagtgaccctgaatgggactgaaatt
acaaaattttctctaaattttcgaaaaaagacaCCCTGCGAGGgacaaat
ttttctatttttgtgtttttgcgaccctacctgggactcatgaAAGTGAA
AAAGGTAACCTGACCAGCGGTGCAtacccgtaacccattttgccctggGC
GTAAAGTATGTATTGAGATTTTAATCTCGAATTATCTCAATACTTATACA
GTACtttctttatataaaaaaggTATATGAAGAACTTCGGAATCTCAACC
ATGAGATAACCAGTAAAGATATGGGTTCGCCATCTCTACCATACCTCCAT
ACTGTTATAATGGAAACATACCGATTGTCAGCATTGACACAGCTGATGAT
TCCCCATAAAGCAATTGTGGACACCACGATTCAAGGTACTTGTAGTACTt
tatcagccctttttacaccggcccgtagcgggatacaaaatcaaaacaaa
tgtcacatgtcaaaataaaaaaataaaaacaaatatggctgattttgatt
gtttcaattgttttacaagtttgttttgaacacgtgattttaattgtttt
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ccctttaaggtcAAAAAATCCCAAAGAACACAACTGTCTTCTTCAACATG
CTTAACATACACCAAGATGCGCGTCACTGGAAAGATCCAAAAATCTTCAA
TCCTGACCGATGGATTGATTCCAAAACTGGTGAAGTAAAATCCGAGAAAA
ATCAAAGCTATTTACCATTTTCGATGGGTTCTAGAGCATGTGTAGGCGAG
AAGATGGGTAGAATGGATGTCTTTTTATGTATTTCGAAATtattgttgaa
tttcaaaatggtgCCCGATGAAAACGACCCTCTACCGAGTTATAACAAAG
GTACGGCAGCTTTGAACAGAGCACCTATCAAAGACTTTAAAGTGATTTTC
AAGTCTAGATAAGAGTTTCTGCAAGAAATTCCAAGTTACTTATCAACCAT
TCAAGGCTAACGTAATTCAAAAGGTAAAGAGTTAAGATGGAAGAATTTTC
GGTACCTTATCAGtaaaaaagtgacgaaaaataTACTTGGCGATGGAGTG
TGTTATTGATAATTCtttttgatgattattttttgccgacgaatattttt
taccaaattttttttgttaaccTTTAATTTCTTTAGTATATTTTAGAACT
AAATTTATATGGTTACCGTGCTACTCGATAGATGATTTGTACACATAAAC
TAAATATAATGCATTAATTGCTCTGTTTATGCTATTTTCCAGTTCTAATT
TCTCTAAAAAGCCGAACGCTACTCTGGTACAAAATTCGTCGCTAAAATGT
GAATTATCATTGATATTGAATATTAAAAAGTTCTGATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000081_pilon:1065034..1078171+

>MSTRG.11316.2.p1 ID=MSTRG.11316.2.p1|Name=MSTRG.11316.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=9000bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1065034..1078171+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATTCTATTGATATTCAGTGGCGTTATAGGTGTTTTGTTGGTCTGGTT
AGTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAG
GACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATA
CCGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAG
TTTGAGTTTAGGTATGGAACGAGTCGTAGTCGTTAACACCATTGAGCCTG
CCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATTTCGCAGGTCGTCAAACAACA
TCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGATTTAGAGGGATTGGGTCGAG
CGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCGAAAACTTGCATACAAAAGCA
TGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGATTGAGAATGTAGCTTTGAAA
CAGTGTGACTTATTGGTAGAGAAGTTGAAACAAGAAAACGAGCTACCGGT
ACCAATGCATCAACGGTTAATCAATTATGCAGCCAATATAAGCTGTCACT
TACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttcagaacatt
ttaagatcAGTCATGTTGATATTTCAAGGTGTTTCACAAGCAAGTGATCT
TATTGTTTTCATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAACCATATA
AAATGCTGTTGGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAAAGAACAG
TTGGAGTACCATGCACAAACTTTAGATCCTAACAACACTCGAGACATTTT
AGACGAGTTGCTAGTTCAATGTCAAGATCAAGAATTTTTGAAGGAAGGAG
ATTTCAAAGAATTCCCTATTGAAGAAATCTTTGTGATGTTTAGTGACTTA
TTGTTAGCTTCGATCGATACTACAGCATTGGTTCTTCATTGGGCAATCTT
GTTTTTAACTCATCATCCCGAATACCAAGACAAGgTATATGAAGAACTTC
GGAATCTCAACCATGAGATAACCAGTAAAGATATGGGTTCGCCATCTCTA
CCATACCTCCATACTGTTATAATGGAAACATACCGATTGTCAGCATTGAC
ACAGCTGATGATTCCCCATAAAGCAATTGTGGACACCACGATTCAAGgtc
AAAAAATCCCAAAGAACACAACTGTCTTCTTCAACATGCTTAACATACAC
CAAGATGCGCGTCACTGGAAAGATCCAAAAATCTTCAATCCTGACCGATG
GATTGATTCCAAAACTGGTGAAGTAAAATCCGAGAAAAATCAAAGCTATT
TACCATTTTCGATGGGTTCTAGAGCATGTGTAGGCGAGAAGATGGGTAGA
ATGGATGTCTTTTTATGTATTTCGAAATtattgttgaatttcaaaatggt
gCCCGATGAAAACGACCCTCTACCGAGTTATAACAAAGGTACGGCAGCTT
TGAACAGAGCACCTATCAAAGACTTTAAAGTGATTTTCAAGTCTAGATAA
ATGATTCTATTGATATTCAGTGGCGTTATAGGTGTTTTGTTGGTCTGGTT
AGTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAG
GACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATA
CCGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAG
TTTGAGTTTAGGTATGGAACGAGTCGTAGTCGTTAACACCATTGAGCCTG
CCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATTTCGCAGGTCGTCAAACAACA
TCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGATTTAGAGGGATTGGGTCGAG
CGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCGAAAACTTGCATACAAAAGCA
TGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGATTGAGAATGTAGCTTTGAAA
CAGTGTGACTTATTGGTAGAGAAGTTGAAACAAGAAAACGAGCTACCGGT
ACCAATGCATCAACGGTTAATCAATTATGCAGCCAATATAAGCTGTCACT
TACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttcagaacatt
ttaagatcAGTCATGTTGATATTTCAAGGTGTTTCACAAGCAAGTGATCT
TATTGTTTTCATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAACCATATA
AAATGCTGTTGGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAAAGAACAG
TTGGAGTACCATGCACAAACTTTAGATCCTAACAACACTCGAGACATTTT
AGACGAGTTGCTAGTTCAATGTCAAGATCAAGAATTTTTGAAGGAAGGAG
ATTTCAAAGAATTCCCTATTGAAGAAATCTTTGTGATGTTTAGTGACTTA
TTGTTAGCTTCGATCGATACTACAGCATTGGTTCTTCATTGGGCAATCTT
GTTTTTAACTCATCATCCCGAATACCAAGACAAGgTATATGAAGAACTTC
GGAATCTCAACCATGAGATAACCAGTAAAGATATGGGTTCGCCATCTCTA
CCATACCTCCATACTGTTATAATGGAAACATACCGATTGTCAGCATTGAC
ACAGCTGATGATTCCCCATAAAGCAATTGTGGACACCACGATTCAAGgtc
AAAAAATCCCAAAGAACACAACTGTCTTCTTCAACATGCTTAACATACAC
CAAGATGCGCGTCACTGGAAAGATCCAAAAATCTTCAATCCTGACCGATG
GATTGATTCCAAAACTGGTGAAGTAAAATCCGAGAAAAATCAAAGCTATT
TACCATTTTCGATGGGTTCTAGAGCATGTGTAGGCGAGAAGATGGGTAGA
ATGGATGTCTTTTTATGTATTTCGAAATtattgttgaatttcaaaatggt
gCCCGATGAAAACGACCCTCTACCGAGTTATAACAAAGGTACGGCAGCTT
TGAACAGAGCACCTATCAAAGACTTTAAAGTGATTTTCAAGTCTAGATAA
ATGATTCTATTGATATTCAGTGGCGTTATAGGTGTTTTGTTGGTCTGGTT
AGTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAG
GACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATA
CCGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAG
TTTGAGTTTAGGTATGGAACGAGTCGTAGTCGTTAACACCATTGAGCCTG
CCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATTTCGCAGGTCGTCAAACAACA
TCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGATTTAGAGGGATTGGGTCGAG
CGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCGAAAACTTGCATACAAAAGCA
TGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGATTGAGAATGTAGCTTTGAAA
CAGTGTGACTTATTGGTAGAGAAGTTGAAACAAGAAAACGAGCTACCGGT
ACCAATGCATCAACGGTTAATCAATTATGCAGCCAATATAAGCTGTCACT
TACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttcagaacatt
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Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11316MSTRG.11316Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11316.2.p1MSTRG.11316.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11316.2.p1.exon1MSTRG.11316.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon2MSTRG.11316.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon3MSTRG.11316.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon4MSTRG.11316.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon5MSTRG.11316.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon6MSTRG.11316.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11316.2.p1.exon7MSTRG.11316.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000081_pilongenomesc0000081_pilon:1065034..1078171 +