MSTRG.11316.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.11316.1.p1
Unique Name	MSTRG.11316.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+
coding sequence from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.11316.1.p1 ID=MSTRG.11316.1.p1|Name=MSTRG.11316.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14005bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GGCTGATGTACATGTTTCGTTTGATTGCTCGAGTAAGTGTAGTCTGTATA
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ATTGAAAACACTCTCTGTAAATTAGGtattttctttaaaggtatTCTTTT
AAGATATAGAAAAGCGGCTAAGCATCTATGTTGACAAAGCATAGAAAGGA
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CTGATCTCACTGTAATTCACTAAATTAATTCTTTAATTTAGAAGCAAAGA
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GTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAGG
ACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATAC
CGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAGT
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TTCATGTTGCTCTTTACTTTAATAGTCGGAATGAAATTCTTAACTAGATG
AACCTCTTTCAAATTTCGTTTCGACAGTCATGAATTTCTTAAAAGATTGA
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AGAGATCACTGACCTTtaatatccctggaccaagttactcaatacCGCAC
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ATTTCTCtccaaaagaaaaacattcttatTGATCTATGGGAAAAACTTTG
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Gaagacttttgaaaatggtaagaatatttttttttagttttcctttatga
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AGAGCCCTAGAGGTAATTCTACTAGTTAAGcagtttcattattttattct
tGTTTAATTCTTTAATAAGTGTTATTGATTGTTTGCCAACCTACTGGCGG
GTGCTTATTTTGTTGTGCTTGTGTCTCATTGATTAACCTTTCATTCCAAT
GCCCCAAAATCTCTAAAACCTTTACCATTAAGATCATGAAATTTTATCCA
TTTGAGTAAATGTAATTCAGTGCTTGCTAGCCTTATGGCGGGTGCTAATT
TTGTTGTGCTTGTCAGCCTTCTGGCGGGTTAACCTTTTACTCGGATGACC
TAAAACTTATACAAATAAAATcatccaattttttccatttgagTAAATGT
AATTCAGTTGCTTGTTAGCCTTATGGCGGGTGCTAATTTTGTTGTGCTTG
TCAGCCTTCTGGCGGGTTAACCTTTTACTCGAATGACCTAAAACTTATAC
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GCTTGCTATCCTTATGGCGGGTGCTAATTTTGTTGTGCTTGTCAGCCTTC
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AGCTACCATAAGTTACCCACATTCAAAGCAGGTAAAAACTACTTTTGCCA
TGCACTTTCGAATCTTTGGTGTATTTTTATCTGATTAATTTTACTTTGTT
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CTACTCATAGGTCAATCCAGGTTCCAAAACAAGTAAATTTTAATATgctc
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TAACTATCAATTGACCGATTTTAACAATTACTGTTGATGACGTGGAGTAG
AGCTGCCAAATATTAAATCAATTTATACTAAAATCATGTAGTATTTCAGT
CAGTTACATTAAAATTAAAGTGAAAGATACAAATACAGAATACAACAGAA
ATTCATAATATTAATTGAATTGACCTGGAACTAAAATGAGAAGCTACTGC
TGTTTCGACAATAATAAGACAAATAAGCATtgtagaaaacaattttttac
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TTTTTTgcgggtaccaactttcaaaaaaacttcgatcaaagatggcggat
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TacatttcacttttttgcttgtATGTAGAAACCATGTCCGTGTCATTAAT
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CGTTAACACCATTGAGCCTGCCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATT
TCGCAGGTCGTCAAACAACATCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGA
TTTAGAGGGATTGGGTCGAGCGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCG
AAAACTTGCATACAAAAGCATGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGA
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CAAGAAAACGAGCTACCGGTACCAATGCATCAACGGTTAAGTAAGTCAAT
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CCTTATTTTCCCTCCCTGACAACCTTAACGTTTCACTTTGTCATGTAAAA
GGTTGAAAGATTCTCTTTAGCTTCTTTAGGCTTTAAACTCGATGCTATTG
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GcctgaaatctagcgatagactttactttcaatccagcgttATGTGTAAT
CCAGGAGGCTCGAgtctaacccttcgggcttggaagtcattGCTCTGTAG
CGTTTGCTTGATTTACAATTTCTCATATCTACTAAGTACAGTTGGCGCTC
tccaattcgattttcaaggggattagaccttttcataaattacgccacga
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agacattaaatgattttaatgaatagaaagtagttataataaaatccgct
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cctgcacattttcgatcttctccaaattcgtcatctgagggctgccatca
aggtcatctcaatgtttgtttttcttcttatggttatcttctgaaatcca
ttgcaacaaggaaagtcaaatctgtaaggtgtgtggtatttttttctatt
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AAAAACTGCTCCCCTTCCCCAGGGGCGGATACAAGCATTGTGAAAGTTGT
GCGTTCACAAGGTCAATTTTCTTGATCAAGTGATTGAAGAATTAGACAAG
ACTTTAGTTTCTTGTATGTTCAGTCGTGTGTGAAAAATTTACATAACAAG
CTTCTCATcgctctttcttctttttgtatacaaatcaatttatttttctt
tctttattatttcttttgactttcCCGCGAAAATGCGAACTGCCTCTCTC
ACACACACTGATTTACGTcatcatgaaatatgatatcTCACTGTTTTTTA
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atatttgccAGGACCACGGTTGACTGGCTAACACGAGCTagcaaaaaaaa
tgatattttttttttaacaaacaaatAATCCTATCATAGGcgaaatatat
atattatattctaATTGAAGGCTGAGCTCACTTCCGAAGCATCAGTGTCA
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TCCTCGGACACAGTATACCAGCGATTTCATGAGCGAGAGGTTGATCTTTC
TCTTAACCCACGACGAAACAAGGCTGacattagtttttcttttgtcagCG
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ACCAAAAGCACTGAATACCATGGGACTAAACGACCCATGCTCCACTCTCA
ATACTCGTTCATTATACTGCCTTTTCTTTTCACGTTCGTTGATCTCGTAA
CACTTTTTGATTTCCAAGTCAGCATACCTCCGGGCTGTTGGGTTAAAAAC
CCTTATGTCAAAAAATGCCCTTTGGTGAGTGACCCAGAAATTGCGAGCGG
AGACTCTATACACTCTATACACTCCGCCGTATAGCGTTTTCAAAGAAACC
TTAAtcatattttgtgttttttttcggtGGTGAAGAGCCATTATGTGtgt
attttacataattttgcATAGTTTTGCACGAAACGCATACATTATGACCT
TGTGAATTCAATTTTCACAACAACAGAATCATAATTTCGTGCAAATTTTT
CTCGCTTATTCAaccaaaaataactttgaagtaaaagtaaaatcttaaaa
acatcGAGAcaaactttcgttttcgaatatttttgttgttgttgataaaa
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TAAAAATTGCAAGTGCCACTAAGACTATGATTGAAACGTGAAGTAATGAT
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AACGCAATAAAATCGGGGATAAAAACGGGTTTTGagcaaaaatcggggaa
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CCTCTTTCTCTACTTTTATCTGCCTATGGCCTACTATGACCTGTCATACG
TAGCTACTGTTTGTTTGGCCAATCACTCTGGCTAAGAAAAGGTTgacgac
aggagatgaattgGTGGGAATTTAAGAGGCAAAGGTAGAACCAACctatt
gtggttttattttgaaataagagaaaaaaaataacattgaaaattttgtg
attctgaggaccttgacaccctaatgtttttaatatcttttggccggtta
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TTTGAGGTACACAAACAGattgtatttgactatgtttagtttgcgggcca
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gacaatcttaaaaatgatttctctatttttttttagttctcTCCCAAATG
GAAATTGCCTGTACAGTTCCATTTCTCTACATCTTGTGGGCAAAAATTCT
TTGATGGATACACTTTGATGTCTTGCACGTGTgcagaacttttcctgaat
tgtaagtattattttcagaaccaaaaaaaaacatccaagAAGTTTAGTAG
ATAGACTCATGAAGCATTGCGGTTGGCGGTTACCCACAGTCAGCCGGTTA
TTATATAagattaatttcattggttgtccagttgtcgtttgacttaaatt
ttgttgttttgtgttttttaatgtaggtgtagcttgcaaagatcctaatt
ctctcttcattatatactttcaggttagttgccatcatactgtccagtag
cccctagatcaatggattattttgcaccttcacgtggttggtacgaaatc
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ACTTTAAGGAAaaaacagaatggaataattcaatcaaaatgatgatgtgt
acctaacatttagtttcttggaagtttttggattcaaaatttttcctgta
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gatttgattttgacatgtaattgccaatgcaaatgaatttggatgcataa
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GGGCTagactacaatttcaagatgaaccaactatagagttttcagcttca
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taatgaaatactcttttcttgagcagtctgaataaaatagttttgctctt
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taatttataatcttttgtgtgctattgtacgtattattttgctatcattt
ttcacttttttgtgtaaagttcaaaaagttcttaaaaaaattcatgatag
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cctttctctttccttcattttttccatattttagaggccactcttttttg
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TTCAAAAATTTTCTAGCCCGTCGGGCCCAACCATGGTGGGCCCTCCTTAG
ACACTATATATAGCTGAATCACTATATATAGCTGAATCATTTTTGCAGGG
TATCCTAAAAATCCTAGATACGCCCCTCACGAAGCAACACCAAATTGTAT
CCATCAGCTTGAGTATCCCGTTAGCAAGGGTCGGACTTTGTGGTTTTTAG
CCTTATTTTTGTAGGTTTTAAGGGGTATTTTGATTTTaacacatattttt
tagatcatttaggtactaatggtatattcataacattagtaactttacag
tgaatcactgttcaaaatttgaggtcaaaagaacttttttgtaaaaagtt
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TGAgattttcttgttgacggtgaccttcaatattttcgaataaCTAGAGC
GTATTGAACAGAAGAAGGTCGAatcagagagcgtcaactgtatgaaattt
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TGTCACTTACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttca
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GTGATCTTATTGTTTTCATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAA
CCATATAAAATGCTGTTGGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAA
AGAACAGTTGGAGTACCATGCACAAACTTTAGGTAAGAATTGATGAGCCG
TGACTGGCCAGGCCACATTATTTTACCGCTAACAATACATTTACTAATTT
AgccaaattctttttttatatgagcttttttataagaacagtgaGGCTAA
AAATGCCGAGCCtagaattactcaatttcaagcaatttaggggtgaAACT
AGTAAGAATTGGGATATAAAACCTAAAATAAcctaaataagaacatgata
agaacaatttgaggcccAAAGTGCCAGAAGAATAAACACGGTCGAGCCTC
AttaaaaatctaatgaaaaaaaaatgtatagGCAATCTATAAGATTTAGA
ATCCGTCGGTACCAATCATGGTCGGAACCCAAcgggaaattaattttgaa
agtggatAAAGCCATGATGCAGTGACTCCACAAAACGCTAAACACTGTAA
AGACTGAGTATTGACAAGAATTGGGTCCAGAAATGGTGGTCCGTgtccac
tgttgaggatatcggatatccagggggttaaatatctacaagggagcgga
tatccagggggtaaagtgtcttttcaagtaaaaaatacgacaTCTAgagg
taagcatctttataagagtggatatcctcaacagtgagGGTAAATTCTTt
tcctggaaaagcccatttaaaGTGGCTCTCATACTTAGCTTTTTCTTTAC
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TGTCAAGATCAAGAATTTTTGAAGGAAGGAGATTTCAAAGAATTCCCTAT
TGAAGAAATCTTTGTGATGTTTAGTGACTTATTGTTAGCTTCGATCGATA
CTACAGCATTGGTTCTTCATTGGGCAATCTTGTTTTTAACTCATCATCCC
GAATACCAAGACAAGGTAAGATATAGAAAAGCGGCTCAATTACTTCAGAA
TATTCCCACCTAGACTAACTTCAAAGTGGAACAGATTTACTCTCactttt
agaccatgttcagacgttgcggttccgttccgtttcgtttcgaaacggtt
ccgaaacaagtgtgaacgtcaaaatttgaaacgtcaaaaaagaagacgtt
acacagtaaaacagatcgaaatggtttcgctccacttttttcatcagaac
ggaactgctccgttttcttgctccaaaacgttccgaaaccaatatgaaca
cactagatccgtaacgaaaatcataccagagcgaaacggaacagtaatgt
gtgaacatggtcttaggtTCGAAGTAGAGCGGAAGAAGTACatcttttat
cttttaaaaCGAGCAACAGACCATAACTATCAAGGTCTCAACCTTGAtaa
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GTATAATCTCTCCTTTTGGTAGAGCACTCTTGAAGTATCACTCAACCTTT
CAAATATACTGTGGAATATACAATACACAGGTTGTTgttctgaagacaaa
tcacgcttttactcgaaatttttatgtgcttgttacatgacatttaaatt
tatttctgattggttcgaatttactGACACTAATaaaaagttatcagctg
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gtaatggcatgttttgactgcattgatataattttgcaacctgtctATTC
TACTGAACTTAGGCCAGAAAATTCCTCCTTCCACAACATGATAAAACCTT
CAAAAGTAAAACCAACTGTAAAGTcccaggaggggggggggtagtagtac
ttgccgaccgacgggggtgctccgtgAGGTTCAAAAAATGGACCCGTCGT
GGGActggttttttgaaaaaatttgccaaagtttgaggaaaaagtgaccc
tgaatgggactgaaattacaaaattttctctaaattttcgaaaaaagaca
CCCTGCGAGGgacaaatttttctatttttgtgtttttgcgaccctacctg
ggactcatgaAAGTGAAAAAGGTAACCTGACCAGCGGTGCAtacccgtaa
cccattttgccctggGCGTAAAGTATGTATTGAGATTTTAATCTCGAATT
ATCTCAATACTTATACAGTACtttctttatataaaaaaggTATATGAAGA
ACTTCGGAATCTCAACCATGAGATAACCAGTAAAGATATGGGTTCGCCAT
CTCTACCATACCTCCATACTGTTATAATGGAAACATACCGATTGTCAGCA
TTGACACAGCTGATGATTCCCCATAAAGCAATTGTGGACACCACGATTCA
AGGTACTTGTAGTACTttatcagccctttttacaccggcccgtagcggga
tacaaaatcaaaacaaatgtcacatgtcaaaataaaaaaataaaaacaaa
tatggctgattttgattgtttcaattgttttacaagtttgttttgaacac
gtgattttaattgttttctttaataaCACGTGGttcacgcaatgtttaca
ttttactaattttatgtccctttaaggtcAAAAAATCCCAAAGAACACAA
CTGTCTTCTTCAACATGCTTAACATACACCAAGATGCGCGTCACTGGAAA
GATCCAAAAATCTTCAATCCTGACCGATGGATTGATTCCAAAACTGGTGA
AGTAAAATCCGAGAAAAATCAAAGCTATTTACCATTTTCGATGGGTTCTA
GAGCATGTGTAGGCGAGAAGATGGGTAGAATGGATGTCTTTTTATGTATT
TCGAAATtattgttgaatttcaaaatggtgCCCGATGAAAACGACCCTCT
ACCGAGTTATAACAAAGGTACGGCAGCTTTGAACAGAGCACCTATCAAAG
ACTTTAAAGTGATTTTCAAGTCTAGATAAGAGTTTCTGCAAGAAATTCCA
AGTTACTTATCAACCATTCAAGGCTAACGTAATTCAAAAGGTAAAGAGTT
AAGATGGAAGAATTTTCGGTACCTTATCAGtaaaaaagtgacgaaaaata
TACTTGGCGATGGAGTGTGTTATTGATAATTCtttttgatgattattttt
tgccgacgaatattttttaccaaattttttttgttaaccTTTAATTTCTT
TAGTATATTTTAGAACTAAATTTATATGGTTACCGTGCTACTCGATAGAT
GATTTGTACACATAAACTAAATATAATGCATTAATTGCTCTGTTTATGCT
ATTTTCCAGTTCTAATTTCTCTAAAAAGCCGAACGCTACTCTGGTACAAA
ATTCGTCGCTAAAATGTGAATTATCATTGATATTGAATATTAAAAAGTTC
TGATT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+

>MSTRG.11316.1.p1 ID=MSTRG.11316.1.p1|Name=MSTRG.11316.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=9000bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1064167..1078171+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGATTCTATTGATATTCAGTGGCGTTATAGGTGTTTTGTTGGTCTGGTT
AGTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAG
GACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATA
CCGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAG
TTTGAGTTTAGGTATGGAACGAGTCGTAGTCGTTAACACCATTGAGCCTG
CCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATTTCGCAGGTCGTCAAACAACA
TCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGATTTAGAGGGATTGGGTCGAG
CGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCGAAAACTTGCATACAAAAGCA
TGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGATTGAGAATGTAGCTTTGAAA
CAGTGTGACTTATTGGTAGAGAAGTTGAAACAAGAAAACGAGCTACCGGT
ACCAATGCATCAACGGTTAATCAATTATGCAGCCAATATAAGCTGTCACT
TACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttcagaacatt
ttaagatcAGTCATGTTGATATTTCAAGGTGTTTCACAAGCAAGTGATCT
TATTGTTTTCATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAACCATATA
AAATGCTGTTGGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAAAGAACAG
TTGGAGTACCATGCACAAACTTTAGATCCTAACAACACTCGAGACATTTT
AGACGAGTTGCTAGTTCAATGTCAAGATCAAGAATTTTTGAAGGAAGGAG
ATTTCAAAGAATTCCCTATTGAAGAAATCTTTGTGATGTTTAGTGACTTA
TTGTTAGCTTCGATCGATACTACAGCATTGGTTCTTCATTGGGCAATCTT
GTTTTTAACTCATCATCCCGAATACCAAGACAAGgTATATGAAGAACTTC
GGAATCTCAACCATGAGATAACCAGTAAAGATATGGGTTCGCCATCTCTA
CCATACCTCCATACTGTTATAATGGAAACATACCGATTGTCAGCATTGAC
ACAGCTGATGATTCCCCATAAAGCAATTGTGGACACCACGATTCAAGgtc
AAAAAATCCCAAAGAACACAACTGTCTTCTTCAACATGCTTAACATACAC
CAAGATGCGCGTCACTGGAAAGATCCAAAAATCTTCAATCCTGACCGATG
GATTGATTCCAAAACTGGTGAAGTAAAATCCGAGAAAAATCAAAGCTATT
TACCATTTTCGATGGGTTCTAGAGCATGTGTAGGCGAGAAGATGGGTAGA
ATGGATGTCTTTTTATGTATTTCGAAATtattgttgaatttcaaaatggt
gCCCGATGAAAACGACCCTCTACCGAGTTATAACAAAGGTACGGCAGCTT
TGAACAGAGCACCTATCAAAGACTTTAAAGTGATTTTCAAGTCTAGATAA
ATGATTCTATTGATATTCAGTGGCGTTATAGGTGTTTTGTTGGTCTGGTT
AGTATTAGTATACTTGGAACATGTATGGAAATTATCTTCATATCCAAAAG
GACCATTTCCTTTACCTATGATTGGTAATTTTAATGTATTGAGTGGAATA
CCGGCCGAAGATTTCATAGAACTTGGAAAGAAATATGGTGACGTGTTTAG
TTTGAGTTTAGGTATGGAACGAGTCGTAGTCGTTAACACCATTGAGCCTG
CCCGCGAAGCGTTACTCAAAGGAAACGATTTCGCAGGTCGTCAAACAACA
TCATTCCCAATGGAAATACAGAGTAAAGGATTTAGAGGGATTGGGTCGAG
CGATTTCACCAAAAGACACGTGTTTATTCGAAAACTTGCATACAAAAGCA
TGCATTTTTATGGAAATGGTTTGAAACGGATTGAGAATGTAGCTTTGAAA
CAGTGTGACTTATTGGTAGAGAAGTTGAAACAAGAAAACGAGCTACCGGT
ACCAATGCATCAACGGTTAATCAATTATGCAGCCAATATAAGCTGTCACT
TACTGATTGGAAAAACATTTGAACCAGAGGATCAACtttttcagaacatt
ttaagatcAGTCATGTTGATATTTCAAGGTGTTTCACAAGCAAGTGATCT
TATTGTTTTCATGCCATGGTTAAGACATTTCTTCCATACAAAACCATATA
AAATGCTGTTGGAAGGTTGCGCCATTCGTGATAAGATTGTGAAAGAACAG
TTGGAGTACCATGCACAAACTTTAGATCCTAACAACACTCGAGACATTTT
AGACGAGTTGCTAGTTCAATGTCAAGATCAAGAATTTTTGAAGGAAGGAG
ATTTCAAAGAATTCCCTATTGAAGAAATCTTTGTGATGTTTAGTGACTTA
TTGTTAGCTTCGATCGATACTACAGCATTGGTTCTTCATTGGGCAATCTT
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Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11316	MSTRG.11316	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11316.1.p1	MSTRG.11316.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11316.1.p1.exon1	MSTRG.11316.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon2	MSTRG.11316.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon3	MSTRG.11316.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon4	MSTRG.11316.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon5	MSTRG.11316.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon6	MSTRG.11316.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11316.1.p1.exon7	MSTRG.11316.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000081_pilon	genome	sc0000081_pilon:1064167..1078171 +

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MSTRG.11316.1.p1 (mRNA) -