MSTRG.11314.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11314.2.p1
Unique NameMSTRG.11314.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:1052901..1088946-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11314.2.p1 ID=MSTRG.11314.2.p1|Name=MSTRG.11314.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36046bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1052901..1088946- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTCGGAGGGTATATTTATTCATACGCAGTGAAAGGAACGGTCAGCATGA CGTCAGATCAAGGTGCTTACCTGACTTCCATGTACTGGGTAAGTATATTA AGGGCTCTGACCATAGTCAGAAAATTGATTTAGTATCTGAACATAAAAGT TATGTTTTAGATTCTTTAACACTTTTAACAAAGAATTGCCTTTATAAATT GCTTTTCAATCAAACCCCTTAAGAGTAGTTAAGAACTTAATTGCAAAAAT GACGTTATGAACTTAAAAAGACGTTAATAATATGTTGCATCACCTTCTTT TATAAAAAGTGCTAAGTTTTAATGGGTAATACCCTTTTTGTTTCGAAATT TTTTCAAAACTGTCCGCAAAGAATTGAACTATCTTAAATTTTGCGGAAAA TTTTTTAAAAGGATGTGTCAAAAGTTATGACTGTTTTTTTAAGCAAAATC CAGATGCAAAATTGATGAAAAACCACTATTTTGAAGATTTTGAGACAAAG AAGCATTTACAAAAATTTTCCGCAAAAATGTTTATTGTTCGGTAAAAGAT ACACCATCTACTGCGAAAATATTTTCAAAATATTTTTTCTTCGCTGAAAC TAAGCTCTTCAAAGTTGAAATACTCTTCCTCGCTAAAGTCTTCATTTTCT TCTTCGTCAAATTTTTTCAATGCAATTTTTGAATTTTCAGATTCAGGAAT AGTTTGTCTAACAGAAAATGTATAACAGGCCATAGTTTTGTTGGTTACAT CAGTCAGAAAACACATTTTAAAACACGGCAATTATGAAAAATTCACTATG GTCAGAGCCCTTAAATTTCATTTCATTAAAATTTACTTTATTTCATAATG ATAAGCAGCGCGAAAAATCATTACCGTGCTCTAAAAATCACTAGCAACTT AATTAATATGCATGAGTTTTGCTGTGGGTGTAGCATAGATGTCAACCGCG 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TGTTGCCTGTGAAAATCTCTAAACATTTAACATTCCATACAGAGTCCGGC AAAAAGCGAAATATACGTTATGTCAATTGAAGTCCTCAACACTTATTAGC GAGTTTATGTGTCAGAGGATATCGAGGGTGATGATAAGTGAAGTCGACGG AAAAGAAAGTTGATAATTGATGTACGGCTCTATTTTTCCTTTGCTCACCT AAACAGACGACGGTATTTTTGTGTGTTTTAACGTCGTCGAGAATAAGTAG ACGGCGATTTTGGTTACATGTCAACTTTGCTTTATACCGTCTCCTTCGCT ATAAACTCTGTAGTACAGAATAATTAGAAAACGATAAAATTATATCTATA TGACATTTCATAATGTGAAATTATGTCCCAATTTTTCCGGAAACACTGTG TATCAGCCAAATTTTTGTAATATTTTGGGTCATTTTCTTTTATCGGGGTT ATGCATCAATTGAAAAATATAAAAAGAAAAAATGTAGGACGAAAATTGTT CTATTCAAATATACATTATTGTATTCTATGTTGTTTTTTGTTCCCAGTAG TCATCCTGTCTGGCATACAACGTTGTGGCCACAGATTTTTGTAAAGCCCG ATAGGCTAGATGGAGTGCCCCGGTGGGGGGGGGGCAATCGACTTCGAAAC GATGGTATGCGCTGCGCAAAATCTGCTTTTCAAAATCGTACCCTTACATA CAGTACAGTTCAATATGGTTGAAAATGAACCCTTTCAGTGCATTTTCTCA TGATTTACCGAACCCTTATATAGTGCACTATTTTTTTCAGCTGTAAATCT GCGTGAAAAAAGAAGCTTGGGAAATTTTCTGTTTCAAAGAAAAACTGAGA AAATTATTCTTGCTAGCTGTCAGCTAGAAACTTTTTCAAACAAACG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000081_pilon:1052901..1088946-

>MSTRG.11314.2.p1 ID=MSTRG.11314.2.p1|Name=MSTRG.11314.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5130bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:1052901..1088946- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCGAAATTTCTTGTGTTTTGGTTGCGAA
TCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAGAATACACTAGCCTGGAAAGTTCATC
AGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTATCTGAAGAAATGAATAATGACGTCA
TCAAACCCGACCAAATTCCGAAACCCGATTTATTTACAGGTCGGGTTCAA
CCGCCACCCGATATCGAGGTAATCGACGAATCATTAATTATCGCAGATTT
CGTCTATGGTGGATCCGATACTGACGTCACAAATACTGACGTCACAACCA
CACCGACTAAAACTGCTGACGTAAGCAAAAAAGAAGAGCCAAAGAAGTGA
GCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTATAGTACCAGCAACGGTATTATTGAT
TTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTATTGTCTTCTCTTAACCTTCGATAACG
ATAAAGCTTACGAGCATGCGCACACGACCAGTATCCTAGTTATTTCATCA
GCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTGTCATGGTTGGTCAGATTGGCTGTTT
CATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCTGGACAAAGCAATCTAAAAGCCATAT
ATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTTGTCGCTAAGCAGTACAGCGCCGTCA
GTTATCGCCATGGCTGAACAATACGTAGATCTCACAGGGTTTCTTCTCAC
TTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCATCGCATTCTTTGCTTCACCGAAGAGC
ATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAGGGTATATTTATTCATACGCAGTGAA
AGGAACGGTCAGCATGACGTCAGATCAAGGTGCTTACCTGACTTCCATGT
ACTGGTAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCGAAATTTCTTGTGTTTTGGTT
GCGAATCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAGAATACACTAGCCTGGAAAGT
TCATCAGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTATCTGAAGAAATGAATAATGA
CGTCATCAAACCCGACCAAATTCCGAAACCCGATTTATTTACAGGTCGGG
TTCAACCGCCACCCGATATCGAGGTAATCGACGAATCATTAATTATCGCA
GATTTCGTCTATGGTGGATCCGATACTGACGTCACAAATACTGACGTCAC
AACCACACCGACTAAAACTGCTGACGTAAGCAAAAAAGAAGAGCCAAAGA
AGTGAGCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTATAGTACCAGCAACGGTATTA
TTGATTTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTATTGTCTTCTCTTAACCTTCGA
TAACGATAAAGCTTACGAGCATGCGCACACGACCAGTATCCTAGTTATTT
CATCAGCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTGTCATGGTTGGTCAGATTGGC
TGTTTCATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCTGGACAAAGCAATCTAAAAGC
CATATATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTTGTCGCTAAGCAGTACAGCGC
CGTCAGTTATCGCCATGGCTGAACAATACGTAGATCTCACAGGGTTTCTT
CTCACTTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCATCGCATTCTTTGCTTCACCGA
AGAGCATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAGGGTATATTTATTCATACGCA
GTGAAAGGAACGGTCAGCATGACGTCAGATCAAGGTGCTTACCTGACTTC
CATGTACTGGTAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCGAAATTTCTTGTGTTT
TGGTTGCGAATCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAGAATACACTAGCCTGG
AAAGTTCATCAGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTATCTGAAGAAATGAAT
AATGACGTCATCAAACCCGACCAAATTCCGAAACCCGATTTATTTACAGG
TCGGGTTCAACCGCCACCCGATATCGAGGTAATCGACGAATCATTAATTA
TCGCAGATTTCGTCTATGGTGGATCCGATACTGACGTCACAAATACTGAC
GTCACAACCACACCGACTAAAACTGCTGACGTAAGCAAAAAAGAAGAGCC
AAAGAAGTGAGCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTATAGTACCAGCAACGG
TATTATTGATTTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTATTGTCTTCTCTTAACC
TTCGATAACGATAAAGCTTACGAGCATGCGCACACGACCAGTATCCTAGT
TATTTCATCAGCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTGTCATGGTTGGTCAGA
TTGGCTGTTTCATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCTGGACAAAGCAATCTA
AAAGCCATATATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTTGTCGCTAAGCAGTAC
AGCGCCGTCAGTTATCGCCATGGCTGAACAATACGTAGATCTCACAGGGT
TTCTTCTCACTTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCATCGCATTCTTTGCTTC
ACCGAAGAGCATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAGGGTATATTTATTCAT
ACGCAGTGAAAGGAACGGTCAGCATGACGTCAGATCAAGGTGCTTACCTG
ACTTCCATGTACTGGTAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCGAAATTTCTTG
TGTTTTGGTTGCGAATCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAGAATACACTAG
CCTGGAAAGTTCATCAGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTATCTGAAGAAA
TGAATAATGACGTCATCAAACCCGACCAAATTCCGAAACCCGATTTATTT
ACAGGTCGGGTTCAACCGCCACCCGATATCGAGGTAATCGACGAATCATT
AATTATCGCAGATTTCGTCTATGGTGGATCCGATACTGACGTCACAAATA
CTGACGTCACAACCACACCGACTAAAACTGCTGACGTAAGCAAAAAAGAA
GAGCCAAAGAAGTGAGCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTATAGTACCAGC
AACGGTATTATTGATTTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTATTGTCTTCTCT
TAACCTTCGATAACGATAAAGCTTACGAGCATGCGCACACGACCAGTATC
CTAGTTATTTCATCAGCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTGTCATGGTTGG
TCAGATTGGCTGTTTCATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCTGGACAAAGCA
ATCTAAAAGCCATATATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTTGTCGCTAAGC
AGTACAGCGCCGTCAGTTATCGCCATGGCTGAACAATACGTAGATCTCAC
AGGGTTTCTTCTCACTTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCATCGCATTCTTT
GCTTCACCGAAGAGCATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAGGGTATATTTA
TTCATACGCAGTGAAAGGAACGGTCAGCATGACGTCAGATCAAGGTGCTT
ACCTGACTTCCATGTACTGGTAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCGAAATT
TCTTGTGTTTTGGTTGCGAATCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAGAATAC
ACTAGCCTGGAAAGTTCATCAGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTATCTGA
AGAAATGAATAATGACGTCATCAAACCCGACCAAATTCCGAAACCCGATT
TATTTACAGGTCGGGTTCAACCGCCACCCGATATCGAGGTAATCGACGAA
TCATTAATTATCGCAGATTTCGTCTATGGTGGATCCGATACTGACGTCAC
AAATACTGACGTCACAACCACACCGACTAAAACTGCTGACGTAAGCAAAA
AAGAAGAGCCAAAGAAGTGAGCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTATAGTA
CCAGCAACGGTATTATTGATTTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTATTGTCT
TCTCTTAACCTTCGATAACGATAAAGCTTACGAGCATGCGCACACGACCA
GTATCCTAGTTATTTCATCAGCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTGTCATG
GTTGGTCAGATTGGCTGTTTCATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCTGGACA
AAGCAATCTAAAAGCCATATATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTTGTCGC
TAAGCAGTACAGCGCCGTCAGTTATCGCCATGGCTGAACAATACGTAGAT
CTCACAGGGTTTCTTCTCACTTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCATCGCAT
TCTTTGCTTCACCGAAGAGCATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAGGGTAT
ATTTATTCATACGCAGTGAAAGGAACGGTCAGCATGACGTCAGATCAAGG
TGCTTACCTGACTTCCATGTACTGGTAAGTGCAATATGGAAGGTGGTGCG
AAATTTCTTGTGTTTTGGTTGCGAATCAAAGCGTTCAAAGGCTGCTAAAG
AATACACTAGCCTGGAAAGTTCATCAGATTATGCTTCAAGTTCAGACTTA
TCTGAAGAAATGAATAATGACGTCATCAAACCCGACCAAATTCCGAAACC
CGATTTATTTACAGGTCGGGTTCAACCGCCACCCGATATCGAGGTAATCG
ACGAATCATTAATTATCGCAGATTTCGTCTATGGTGGATCCGATACTGAC
GTCACAAATACTGACGTCACAACCACACCGACTAAAACTGCTGACGTAAG
CAAAAAAGAAGAGCCAAAGAAGTGAGCTTTCGAGAGAGTGGGTACTAGTA
TAGTACCAGCAACGGTATTATTGATTTGTTTCCTTGGTTTCGTTGGGTAT
TGTCTTCTCTTAACCTTCGATAACGATAAAGCTTACGAGCATGCGCACAC
GACCAGTATCCTAGTTATTTCATCAGCTTTGGGTGAATTGACAATGCCTG
TCATGGTTGGTCAGATTGGCTGTTTCATATCTTCCATGGTCTTTGCTGCT
GGACAAAGCAATCTAAAAGCCATATATGTTGGCACTTGCATGCTAGGGTT
GTCGCTAAGCAGTACAGCGCCGTCAGTTATCGCCATGGCTGAACAATACG
TAGATCTCACAGGGTTTCTTCTCACTTGGAAGGTTTCTGGGGATCATCAT
CGCATTCTTTGCTTCACCGAAGAGCATGCTTATGGCTAATGTGTTCGGAG
GGTATATTTATTCATACGCAGTGAAAGGAACGGTCAGCATGACGTCAGAT
CAAGGTGCTTACCTGACTTCCATGTACTGG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11314MSTRG.11314Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11314.2.p1MSTRG.11314.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11314.2.p1.exon6MSTRG.11314.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11314.2.p1.exon5MSTRG.11314.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11314.2.p1.exon4MSTRG.11314.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11314.2.p1.exon3MSTRG.11314.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11314.2.p1.exon2MSTRG.11314.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11314.2.p1.exon1MSTRG.11314.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000081_pilongenomesc0000081_pilon:1052901..1088946 -