MSTRG.11246.1.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.11246.1.p1
Unique Name	MSTRG.11246.1.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:72497..92206+
coding sequence from alignment at sc0000081_pilon:72497..92206+

mRNA from alignment at sc0000081_pilon:72497..92206+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.11246.1.p1 ID=MSTRG.11246.1.p1|Name=MSTRG.11246.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19710bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081_pilon:72497..92206+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ACCATTATAATTGAATTTGTATTTCCCAATGCAATTTCCATCAGTGCCTT
TAATCCACCAACCCGTGAATTGATAATCCTTTGCACAATTACAAGAAGAA
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GATAATTACTTCGTTCGCTATCTACCTGGAAATGTGTGAATGTGTTGTTA
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GATCACAATAAACTTGAGTCATTCGATATCCGTTCATTGTGACCTTATAA
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CTGCATGCACAAGGCAGAGAATGAAAGATAAAACGTTGATAATTGTGACA
CATATCATGATACGTCTTTTCTCTCCAATCGCCTTTCaatctttgatgaa
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GTCATATCTTCGCGAAAGAATTTAGGCTACAGAATCATCTTCTTTTCATG
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ttcttaggttttgttcaattttcagCCTTGTGTTCTTGTAAAATGGTTCC
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TTGTTTTGAGCTACTTACACTCTTaatcttttctaaaatttctaaattga
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TTCTTTAGTTGGTCTCCCACCCACACGACCAAACACATGATTCATTTTCC
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000081_pilon:72497..92206+

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TGAAGTTCCATGCTACCAAAATAGTCAACCGCACCCTGGAATCAGTAACT
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GGGGACCAACAATGTATGGAGCTTCCTTGGCTGCTATTGACATCAATGGT
GACGGttTCCAAGATTTGGCTATCGGTGCACCATTATTTTCGGATCAGTT
CGGTAATCGAATCGGTCAGGATGAAGGTcgtgtttttatatttatcaacA
ATGGAAAAGCTCAATTTGATTACGAGGTCAACATGACATTAACGGGTGAA
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GTCGACGTACCATCACAGATCTTACACGCTCCTGTTCCAAATGGTTTCTT
TGGTCATTCAATTACATCATCCGTCATCGATACCCGAGTTTATCCAGcCA
TCGCTATCAGTGCACCGAACTCAAATCGTGTTTTTGTTTACAAAGCAAAA
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TACTGATATAAATGACGCGAATTGTGAATACAAAGAAACCAAATATGAAT
GtatTTACTTTCAAGCGAATATTCAAGATGAGAGCACCAACGCCCCTGAA
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AGGAAGCCGAGCTTTCATTTTCGACAACGTCACTCAGACGTTGACAAGCA
ACTTGGTTCGCAATGTCACTTTCAAACGTGGCGAAAAGAAACTGTACCGA
CACAAACTTTACTTCTCTATCGCGAGAGCAACAAACTTCGAAGAAGCAGT
CAGTTTGACGACATCTTACAAAGCAGCTGACACAAAGAATAACTGTGGAG
ACGGACCCTGCGCTATTTTGGATCAATTTGGAACACAAAAAGGCGCTATC
GAAgtcaaatatttgagacaaTGTGGTACAGATCAAATTTGCGATGTCAA
TCTGGATATTATATCCAGTGAAATTCGAGTCCTAAAAGGAGCCTCTTCAG
TGGTTGAACCATTATACATCGGTTCATTCAACAATGAAGTAAAACTGATT
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CCATTTTCACGAAGATTTCACGCTCCTATCACTCACTGCTAACACGATAA
ACGCAAAAAGGGAATACGATGGACTAGCAGCGAATTACACTGAAGGCAAC
ACCACTTTCAATGGAACAGGAAATCTCGTCAAATTCTTATTGGATAACCC
GATACTGGAAAATGAAGTGGTCACAGTGGAAGCTCAATTTATTGTAAAGT
ATCTTGCCAAGCCAAAGTTTTTCGAATACCCATTCAAATTACATGTCAAC
TCAACCGGTCACGATGCCAACGCAACAAACAATGACGTCACTGTTGATCt
accaatgaaaatacaaacttGTGTCCAAATCTCTCTTGATCAAGCTGATG
TTGAAAGTGAAAAGCGGATCAAAGCACAAGTCTTGGTGTACAATGATACT
CAGAAACCGATTTCTAAGCCCTCAACTGCACGAGAGGCTGGTCCCATTGT
CTCTTACAATATTCTGGTACAGAACAGTGGTCGAGTACCCATTGAAAATA
TGTCGCTGGATGTGACCCTTGTTGATaaagttcaaaatcaaaatctcatT
TACATTTCTGATTTATCGATCGAAGGTAGACCTTGTCTATTGAACAATAT
TAATGTTGGAAAGTTGACTGGAGACAATGACATTCAACCTCAATtaagac
gaacgaacgaaacgacaAAAGACATCACCGCTCGTCGAAAACGACGTGCC
ACTCATGCGCAGTTGACAGATACCCGTCCTCCTATAATTGATTGTTTGAA
TGGCGATTGTGTGACAATGACGtgtgaaaatgttttgaacGTACCAGTTG
ATGGCATTCAAAGATTGAGGTTGACTATGGCTGTTTACTTGGAAACATTG
CAAAAGtttgaatCGGAAGAGATGGTGATTCAGGTCACTCCACGATTCGG
GGGAGAGTATGGAACAGTTACTGAACAAGCTAATGAATGTCCTACCACTA
TTGAACTTCGACAACCGTTCAAGAAATCGGAGCCAATTTTGATAGCCAGG
AGAGTTGAATGGTGGGTCATTCTGGTGGCCATCGTCGGTGCTCTAATCAT
TCTCGATATCTTCTGTGTCATCTTATACAGGATTGGTTTTTTCAAGAGAC
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CTCAACCACTAGTAGTGATTTcgattaaATGTTGCTAAAAGCTCTCACAT
TCCAACTGGTGGTTGTGATGCTATTAAACATGGTGCTTGCCTTTAACATC
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AGGCTTTAGGAATTTCTATCTCAACCACCGATAACTCAATCATTGCATGT
GCTCCGTTAGCTCACGGATTCCGCATCAAAAATGGCAAATGTTTTAACGA
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CGAGAGGCTGGTCCCATTGTCTCTTACAATATTCTGGTACAGAACAGTGG
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TCGACAACGTCACTCAGACGTTGACAAGCAACTTGGTTCGCAATGTCACT
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GATCAATTTGGAACACAAAAAGGCGCTATCGAAgtcaaatatttgagaca
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GGACTAGCAGCGAATTACACTGAAGGCAACACCACTTTCAATGGAACAGG
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TTCGAATACCCATTCAAATTACATGTCAACTCAACCGGTCACGATGCCAA
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CTCAACTGCACGAGAGGCTGGTCCCATTGTCTCTTACAATATTCTGGTAC
AGAACAGTGGTCGAGTACCCATTGAAAATATGTCGCTGGATGTGACCCTT
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GACATCACCGCTCGTCGAAAACGACGTGCCACTCATGCGCAGTTGACAGA
TACCCGTCCTCCTATAATTGATTGTTTGAATGGCGATTGTGTGACAATGA
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GATGGTGATTCAGGTCACTCCACGATTCGGGGGAGAGTATGGAACAGTTA
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TTTCGACAACGTCACTCAGACGTTGACAAGCAACTTGGTTCGCAATGTCA
CTTTCAAACGTGGCGAAAAGAAACTGTACCGACACAAACTTTACTTCTCT
ATCGCGAGAGCAACAAACTTCGAAGAAGCAGTCAGTTTGACGACATCTTA
CAAAGCAGCTGACACAAAGAATAACTGTGGAGACGGACCCTGCGCTATTT
TGGATCAATTTGGAACACAAAAAGGCGCTATCGAAgtcaaatatttgaga
caaTGTGGTACAGATCAAATTTGCGATGTCAATCTGGATATTATATCCAG
TGAAATTCGAGTCCTAAAAGGAGCCTCTTCAGTGGTTGAACCATTATACA
TCGGTTCATTCAACAATGAAGTAAAACTGATTGCCAATGTAAAAAACTGG
AACGAATCTGCATATCAAGCCAAAATGACCATCCATTTTCACGAAGATTT
CACGCTCCTATCACTCACTGCTAACACGATAAACGCAAAAAGGGAATACG
ATGGACTAGCAGCGAATTACACTGAAGGCAACACCACTTTCAATGGAACA
GGAAATCTCGTCAAATTCTTATTGGATAACCCGATACTGGAAAATGAAGT
GGTCACAGTGGAAGCTCAATTTATTGTAAAGTATCTTGCCAAGCCAAAGT
TTTTCGAATACCCATTCAAATTACATGTCAACTCAACCGGTCACGATGCC
AACGCAACAAACAATGACGTCACTGTTGATCtaccaatgaaaatacaaac
ttGTGTCCAAATCTCTCTTGATCAAGCTGATGTTGAAAGTGAAAAGCGGA
TCAAAGCACAAGTCTTGGTGTACAATGATACTCAGAAACCGATTTCTAAG
CCCTCAACTGCACGAGAGGCTGGTCCCATTGTCTCTTACAATATTCTGGT
ACAGAACAGTGGTCGAGTACCCATTGAAAATATGTCGCTGGATGTGACCC
TTGTTGATaaagttcaaaatcaaaatctcatTTACATTTCTGATTTATCG
ATCGAAGGTAGACCTTGTCTATTGAACAATATTAATGTTGGAAAGTTGAC
TGGAGACAATGACATTCAACCTCAATtaagacgaacgaacgaaacgacaA
AAGACATCACCGCTCGTCGAAAACGACGTGCCACTCATGCGCAGTTGACA
GATACCCGTCCTCCTATAATTGATTGTTTGAATGGCGATTGTGTGACAAT
GACGtgtgaaaatgttttgaacGTACCAGTTGATGGCATTCAAAGATTGA
GGTTGACTATGGCTGTTTACTTGGAAACATTGCAAAAGtttgaatCGGAA
GAGATGGTGATTCAGGTCACTCCACGATTCGGGGGAGAGTATGGAACAGT
TACTGAACAAGCTAATGAATGTCCTACCACTATTGAACTTCGACAACCGT
TCAAGAAATCGGAGCCAATTTTGATAGCCAGGAGAGTTGAATGGTGGGTC
ATTCTGGTGGCCATCGTCGGTGCTCTAATCATTCTCGATATCTTCTGTGT
CATCTTATACAGGATTGGTTTTTTCAAGAGACAGCGCTACGAAGATACTC
AACCACTGACTGGAACTCCAAATGCTCACATTGCGTACATGGAGAAATAC
AAACATAAAGGAAACGGTGGTGATGATGGTATCTCAACCACTAGTAGTGA
TTTcgattaa

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11246	MSTRG.11246	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11246.1.p1	MSTRG.11246.1.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.11246.1.p1.exon1	MSTRG.11246.1.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon2	MSTRG.11246.1.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon3	MSTRG.11246.1.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon4	MSTRG.11246.1.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon5	MSTRG.11246.1.p1.exon5	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon6	MSTRG.11246.1.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon7	MSTRG.11246.1.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon8	MSTRG.11246.1.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon9	MSTRG.11246.1.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon10	MSTRG.11246.1.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon11	MSTRG.11246.1.p1.exon11	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon12	MSTRG.11246.1.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon13	MSTRG.11246.1.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon14	MSTRG.11246.1.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon15	MSTRG.11246.1.p1.exon15	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon16	MSTRG.11246.1.p1.exon16	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon17	MSTRG.11246.1.p1.exon17	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon18	MSTRG.11246.1.p1.exon18	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon19	MSTRG.11246.1.p1.exon19	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon20	MSTRG.11246.1.p1.exon20	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon21	MSTRG.11246.1.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon22	MSTRG.11246.1.p1.exon22	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon23	MSTRG.11246.1.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon24	MSTRG.11246.1.p1.exon24	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon25	MSTRG.11246.1.p1.exon25	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon26	MSTRG.11246.1.p1.exon26	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon27	MSTRG.11246.1.p1.exon27	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon28	MSTRG.11246.1.p1.exon28	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon29	MSTRG.11246.1.p1.exon29	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.11246.1.p1.exon30	MSTRG.11246.1.p1.exon30	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000081_pilon	genome	sc0000081_pilon:72497..92206 +

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MSTRG.11246.1.p1 (mRNA) -